小昭寺坐落于拉萨城之北，距离大昭寺约一公里多，占地4000平方米。据说它是由文成公主主持并由公主从内地带来的建筑师修建的。寺院大门朝东，以寄托公主对家乡父老的思念。
小昭寺始建于唐，史籍记载，大、小昭寺是同时兴建的。它的早期建筑是仿汉唐格式，崇楼峻阁、金碧辉煌，极为精美壮观。可惜几经火灾。现存的小昭寺的建筑大多是后来重修的，只有底层神殿是早期建筑。殿内的10根柱子依稀可见吐蕃遗风：上面镂刻着莲花，并雕有花草、卷云以及珠宝、六字真言。
小昭寺主楼三层，底层分门庭、经堂、佛殿三部分，周围是转经廊道，廊壁上遍绘无量寿佛像。三层楼上过去是达赖喇嘛下榻的地方。小昭寺的金顶也是汉地的歇山式样，以斗拱承托，整座建筑风格是汉藏合璧。
寺内原供奉的释迦牟尼12岁等身像，系文成公主由长安携带进藏，是西藏最珍贵的历史文物。后来在金城公主时期被移至大昭寺，而将尺尊公主携带的另一尊释迦牟尼8岁等身像移至小昭寺，成为小昭寺的主圣。
小昭寺是藏传佛教格鲁派上密院的修法之地，上密院堪布兼任小昭寺主持。
