凡例
一、经文据《丽藏》玄奘译本，与世所习诵者异。
二、科依义疑（录者案——扶桑体具实观述：《药师琉璃光如来本愿功德经义疏》三卷，收入日本《大正藏》中）。
三、问多增文，答据《义疏》，间或遗略，时有润文；而观解表法多缺。
四、唯引他文而略疏释，引文止处，未易见者，旁加（文）字。
五、若属私意，则上冠“案”字，以区别也。
六、案经谓此文唐疏者，指《药师本愿经疏》（隋本），唐慧观撰。系敦煌石室所发现之佚本。
七、经文句读，据大师写本。（目次中甲一之“一”，即内文子目之“初”字。） 八、析疑文标点，乃后人所加。
《药师经析疑》，原系弘一律师遗稿。弘公圆寂后，该稿经圆拙法师整理完成，圆师并嘱余筹印。数年前余曾请慧剑居士协助付梓，但因缘未能圆满，故于中止，仅就岷市先印一千余本。慧剑居士崇仰弘一大师，其情殷诚，曾撰写《弘一大师传》流通行世，今又再印《药师经析疑》及《弘一大师文钞》，以供世人同飨，嘱余为序，故略述其因缘，以表赞喜！
菲律宾三宝颜福泉寺沙门传贯民国丙辰六十五年二月十二日叙
药师琉璃光如来本愿功德经
问：若依台宗，说玄义五重，今应如何分判耶？
答：玄义五重：人法为名；正法宝藏为体；如来因果为宗；与拔功德为用；大乘方等为教相。
、人法为名者。魏塘云：药师琉璃光如来是人名，本愿功德是法名，此说是也。青丘、秋篠及长谷，同以药师为喻者，此等不知从德立名。
、正法宝藏为体者。正谓中正，法谓妙法，贵重为宝，句容为藏。与华严之诸法实性相，方等之实相如来藏，般若之佛母，法华之秘要之藏，涅槃之三德秘藏，金刚宝藏，同出异名。下文云：于其国中有二菩萨摩诃萨，乃至悉能持彼世尊药师琉璃光如来正法宝藏。若正法宝藏非经体者，二菩萨云何奉持耶？虽魏塘云：诸佛甚深行处为体者，今所不取。何者？诸佛言通，甚深叹行，行字是宗，处字非体。如下文云：流行之处。故行处字不正指体。
、如来因果为宗者。本愿二字，是如来因；其余九字，是如来果。魏塘以愿行方便为宗，引下文证者。今谓此昧宗致。既是因果，岂非因而不该始末耶！
、与拔功德为用者。此与魏塘同。彼云：此经始终，只明拔苦与乐。
大科为三：初序，二正宗，三流通。甲初序分二：初通序，二别序。今初
如是我闻。一时，薄伽梵游化诸国，至广严城，住乐音树下。与大苾刍众八千人俱，菩萨摩诃萨三万六千，及国王、大臣、婆罗门、居士、天、龙、药叉、人、非人等，无量大众，恭敬围绕，而为说法。
问：广严，梵语旧云毗舍离等。秋篠云：此是城名，而隋译本称为国者，误欤？
答：非也。国总，城别耳。《西域记》云：吠舍厘国（即是隋云毗舍离国）。周五千余里。吠舍厘城，已甚倾毁，其故基址周六七十里，宫城周四五里。
问：诸经列声闻众数，每云千二百五十人，今何甚多？
答：聚散随缘，何必一概。而经列千二百五十人者，如《南山》云：重其初故。又八千何多，如《金光明》云九万八千。
问：凡诸列众，何故数全耶？
答：《大论》释云：若过若减，皆存大数。
乙二别序三：初文殊请，二如来许，三文殊领。今丙初
尔时曼殊室利法王子，承佛威神。从座而起，偏袒一肩，右膝着地，向薄伽梵曲躬合掌。白言：“世尊！惟愿演说如是相类诸佛名号，及本大愿，殊胜功德。令诸闻者，业障消除，为欲利乐像法转时诸有情故。”
问：像法转时，是何义耶？
答：长谷云：转者，变也，恐指末法。今谓不尔。《七佛经》中，虽于此云末法之时，其后救脱章则云，于后末世像法起时。对佛灭后，虽蒙末名，实是像法。秋篠云：转者，起也。其说则是。
丙二如来许
尔时，世尊赞曼殊室利童子言：“善哉善哉！曼殊室利。汝以大悲，劝请我说诸佛名号本愿功德。为拔业障所缠有情，利益安乐像法转时诸有情故。汝今谛听，极善思惟。当为汝说。”
丙三文殊领
曼殊室利言：“唯然愿说！我等乐闻。”
甲二正宗分二：初举依正名号，二明本誓利益。今乙初
佛告曼殊室利：“东方去此过十殑伽沙等佛土，有世界名净琉璃。佛号药师琉璃光如来、应、正等觉、明行圆满、善逝、世间解、无上士、调御丈夫、天人师、佛、薄伽梵。”
问：药师在东方者，魏塘云：震方为群动之首，甲木又发生之相，以药治病，贵乎起死回生，不当同金方肃杀之号。其说然欤？
答：八卦释经，起自李长者，此是一期之说，何必拘泥。有物于此，自东观之为西，自西观之在东。西观岂但生长，东观不定肃杀。故东方过十殑伽沙佛土，应云西方有世界名净琉璃；西方过十万亿佛土，应云东方有世界名曰极乐。须知诸佛有无量德，应有无量名，莫认一名而固执矣。
又诸佛各有别缘，且示方位。皆悉无不竖穷横遍，故密教五大云：大悲胎藏包合万行，且在东方生长万物之首。金刚智界显现万德，且在西方成就万物之终。此是随方布教标帜，非谓真如法界定有方面。四方四佛，亦复如是，只是标帜，非谓定位。（文）斯言得之。
问：前文殊请云，唯愿演说诸佛名号；世尊许云，劝请我说诸佛名号。何至于此，但约一佛？
答：若约《七佛经》，七岂非诸。若约今经，乃是《华严》：一身一智慧，力无畏亦然之义。故下文云：如我称扬药师如来所有功德，此是诸佛甚深行处。又云：若闻药师如来名号，此是诸佛甚深所行。须知请诸答一，理不乖背。
乙二明本誓利益二：初明依正庄严，二明种种功德。丙初明依正庄严二：初正明本愿，二明佛土及侍。丁初正明本愿三：初标，二列，三结。今戊初
曼殊室利！彼世尊药师琉璃光如来，本行菩萨道时，发十二大愿。令诸有情，所求皆得。
问：何谓愿耶？
答：愿是要求之名。又《摩诃止观》云：发愿者，誓也。若无誓愿，如牛无御，不知所趣。愿来持行，将至所在。愿有四种：众生无边誓愿度，依苦谛立。烦恼无边誓愿断，依集谛立。法门无尽誓愿知，依道谛立。佛道无上誓愿成，依灭谛立。初二愿拔众生苦集二谛苦，后二愿与众生道灭二谛乐，此四为总愿。而今佛十二，弥陀四十八等，皆是别愿。《止观辅行记》云：一切菩萨凡见诸佛，无不发于总愿、别愿。应知总，总于别；别，别于总。故彼别愿，不出四弘而缘四谛。（文）下文十二大愿中，魏塘约四谛分、不失旨矣。
案：今据魏塘直解文、列表如下。
依灭谛二愿 第一愿 佛道无上
第二愿 誓愿成
生善与乐
依道谛三愿 第三愿 法门无尽
第四愿 誓愿知
第五愿
依苦集二谛共七愿 初先出三苦 第六愿 众生无边
第七愿 誓愿度
第八愿
烦恼无边
二间明集谛 第九愿 誓愿断
三重出三苦 第十愿 众生无边
第十一愿 誓愿度
第十二愿
戊二列。
第一大愿：愿我来世，得阿耨多罗三藐三菩提时。自身光明，炽然照曜无量无数无边世界。以三十二大丈夫相，八十随好，庄严其身。令一切有情，如我无异。
第二大愿：愿我来世，得菩提时。身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住；焰网庄严，过于日月。幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
问：儒胤云：初愿约应，次愿约报。其说然欤？
答：初愿约三身。光明照耀，即报身；相好严身，即应身；其所庄严，乃是法身。次愿亦尔。身下三句，应也；光下五句，报也。所净、所住，无非法身。
第三大愿：愿我来世，得菩提时。以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽所受用物；莫令众生，有所乏少。
问：青丘、秋篠，以第三第四愿为出世间门，而第三愿约人天乘者。其说然欤？
答：此说局矣。晋云：无量众生饥渴，何隔出世耶。
问：此愿与最后二愿何异？
答：长谷云：后别，此总。今谓不尔，皆是别愿。此重权实二智，后在衣食，故不同也。
第四大愿：愿我来世，得菩提时。若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中。若行声闻、独觉乘者；皆以大乘，而安立之。
第五大愿：愿我来世，得菩提时。若有无量无边有情，于我法中修行梵行。一切皆令得不缺戒，具三聚戒。设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
问：何谓还得清净？
答：因忏戒复，故云还得。《止观》云：大乘许悔斯罪。罪从重缘生，还从重心忏悔，可得相治。无殷重心，徒忏无益。（文）故欲至心发露，宜修药师妙忏。
第六大愿：愿我来世，得菩提时。若诸有情其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞癫狂，种种病苦，闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
问：第六大愿中，先列诸苦，闻我名已下，次第翻上。应如何分配耶？
答：青丘云云。
案：今据青丘古迹记文，列表如下。
（意）
其身下劣 丑陋释身
下劣 端正
顽愚 释意
下劣 黠慧
诸根不具 盲聋乃至白癞 释眼耳舌
身根不具
诸根完具
癫狂 释意根不具
种种病苦 摄鼻等病 无诸疾苦
第七大愿：愿我来世，得菩提时。若诸有情众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家；贫穷多苦。我之名号，一经其耳，众病悉除，身心安乐；家属资具，悉皆丰足。乃至证得无上菩提。
问：第七大愿中，先列诸苦，我之名号下，次第翻上。应如何分配耶？
答：秋篠有释。今不取。今谓云云。
案：今据《义疏》文，列表如下。
众病逼切 多苦 众病悉除，身心安乐。
无救
无归 家属丰足
无医无药-贫 资具丰足
无亲无家-穷
问：药师除病救苦，是其本旨。但众病悉除，足矣。云何便复证得无上菩提？
答：扬氏有释，今不取。今谓不尽一品无明，岂真众病悉除。以知证得菩提，是真病除。
第八大愿：愿我来世，得菩提时。若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身。闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相。乃至证得无上菩提。
问：扬氏谓转女成男，为来世受男身者。其说然欤？
答：不尔。长谷云：今愿现世转女成男。其说则是，以符《七佛经》故。
第九大愿：愿我来世，得菩提时。令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚。若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见。渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
问：渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提者。秋篠释云：渐修菩萨十地之行，因中渐出四魔罥网，终至菩提究竟出离。其说然欤？
答：如是释者，速证之义不成。今谓三教纡曲，故云渐修；皆入圆住，故云速证。若就圆论者，此约理外七种方便，渐入圆因，谓之渐圆。当知往前作意，未免渐修；住上任运，故速证耳。
第十大愿：愿我来世，得菩提时。若诸有情，王法所录，绳缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮。及余无量灾难陵辱，悲愁煎迫，身心受苦。若闻我名，以我福德，威神力故，皆得解脱一切忧苦。
第十一大愿：愿我来世，得菩提时。若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业。得闻我名，专念受持。我当先以上妙饮食，饱足其身。后以法味，毕竟安乐而建立之。
