6月25日，国防工业已启动。斯大林通知他们，每天必须生产50架军用飞机，而不是以前的20架。5个集团军正在秘密移师西部，它们分别是第16集团军、第19集团军、第20集团军、第21集团军和第22集团军。第16集团军、第19集团军和第21集团军正在开往西南，他们将被部署在离边境100～300英里的内地，之后加入第一波进攻中。第20集团军和第22集团军要部署在白俄罗斯，离边境250～300英里，以作为最高指挥部的后备兵力。到7月10日，这5个集团军将各就各位。其后，另外2个集团军，即第24集团军和第28集团军也将重新部署。具体位置还属高度机密。
5月20日，铁木辛哥和朱可夫向边境地区的各军区下达了命令。命令是华西列夫斯基草拟的。和其他先发制人的打击计划一样，这份命令的内容也很模糊。命令提醒将军们对可能发生的战争要提高警惕，但绝口不提先发制人的打击计划，也不提正在进行的增兵行动。
5月25日，指挥官们被要求提交一份详细的边防计划。在拟议的进攻计划中，唯一的暗示是第二条第四款：“如果形势有利，所有的边防部队、后备部队和军区，必须听从最高指挥部的命令，做好发动一场‘主动攻击’的准备。”然而，同一条款的内容，不同的战线，收到的指令也有所区别。在先发制人的打击计划中，西部军区担当辅助角色，他们收到的指令是“准备发动一场强有力的攻击”。预计进攻波兰南部的基辅军区和进攻罗马尼亚的敖德萨军区也接到不同的指令，给基辅军区的指令是“做好发动一场强有力打击的准备，以粉碎敌人的兵力，将战争行动转移到敌人的领土内，并抵达那里的有利位置”。敖德萨军区也要准备把战场转移到敌方领土，并占领有利位置，但其“强有力的打击”是小范围的，这或许是因为罗马尼亚太小的缘故。
7个集团军重新部署在西线并不能完全解决兵力问题，至少还需要2个集团军，况且，现有的军事单位都严重缺员。5～6月，80万预备役人员被悄悄地征兵。当年，所有军校毕业生都被命令提前毕业，以便能把那些年轻的少尉派往西线。
部队加速集结，意味着要在仲夏做好进攻的准备。7个集团军预计要在7月10日部署完毕，虽然预备役人员的征兵工作会在8月25日全部结束，但主要的征兵工作要在6月1日完成。
总体上，大约300万兵力要部署在波罗的海和黑海之间的西线。这个数字还包括11支警察部队，他们要维持被占领地区的治安。边境地区的军区要把部队移驻到离边境更近的地方。这些军区的司令们被要求建立战时指挥部。到6月25日，波罗的海军区指挥部被转移至帕涅韦日斯（Panevezys），西方方面军司令部移至奥布兹－莱斯尼（Obuz Lesny），基辅军区移至捷尔诺波尔，敖德萨军区移至蒂拉斯波尔。新驻地离预计的前线不足100英里。按照拟议中的战争计划，不久这些军区都要被重新命名为“前线”①［①前线：国内通常译为“方面军”——译注］。前线的存在，就明确地预示着战争。俄语中并没有词汇来表示和平时期的“前线”，只有作战的军队才使用这个词。
极有可能，只有不到10个人才知道计划的全部内容，300万军人更不知道这些，但很快，他们就知道自己已身处前线。甚至军区司令部也不清楚总体的战略计划。
从1940年12月至翌年1月的全军军事会议以后，红军的高级军官再没有开过会。因此，没有机会传播这些消息。但在5月底，发出了紧急会议通知：5月24日，斯大林要在克里姆林宫的书房里召开一次秘密会议。参加会议的人员按要求被分成三组，分别通报不同的会议情况。这是斯大林开会的惯例，这次也不例外。
5月24日，晚上6点，莫洛托夫和铁木辛哥赴会。10分钟后，朱可夫和瓦图京赴会（毫不怀疑，斯大林要把朱可夫和铁木辛哥分开，以便使他们之间没有机会达成一致意见）。40分钟后，16位将军进入会议室，有空军司令P.F.日加列夫（P.F.Zhigarev），边境军区司令巴甫洛夫（Pavlov）、库兹涅佐夫（Kuznetsov）、基尔波诺斯（Kirponos）、波波夫（Popov）、切列维钦科（Cherevichenko），还有这些军区的政委和空军司令。会议持续了两个半小时，我们不知道会议的中心议题，但极有可能，斯大林在会上向将军们通报了先发制人的打击计划。
与此同时，斯大林开始“清理”不久前占领的西部地区。他命令警察部队加紧在立陶宛、拉脱维亚和爱沙尼亚展开的清洗运动。有几类人被理所当然地逮捕，这些人分别是反革命党派成员、旧警察、地主、资本家、旧官僚，原波兰、立陶宛、爱沙尼亚、拉脱维亚和白俄军队的旧军官，还有罪犯。这些人要被送进劳改营，分别改造5~8年，然后在西伯利亚再待上20年。他们全家也要被遣送到西伯利亚，在那儿待上20年。总体上说，在这次危机时期的大清洗中，波罗的海地区至少有17万男男女女成为牺牲品。斯大林很清楚，要想随时发起攻击，一定要鼓动全国的士气。进行一场进攻性的战争对苏联来说也不是什么新鲜事。在过去的几年里，斯大林一直在重复着这样的口号，红军要用“最小的代价，在敌人的领土”上进行战争。
为了赢得“伏罗希洛夫射手”①［①伏罗希洛夫射手：1932～1941年苏联的荣誉称号和奖章，由苏联国防及航空化学建设促进会为纪念伏罗希洛夫而设。这一称号通常授予步枪射击达到规定标准的射手——译注］的荣誉称号，少年少女们相互比赛，他们就是伴随着这些理念长大的。军队也是如此。1937年，当叶戈罗夫（Yegorov）元帅建议在西线设立一个后备指挥所时，伏罗希洛夫元帅指责他不遵守斯大林的对外战争精神，是一个彻头彻尾的失败主义者。叶戈罗夫和其他的一些失败主义者被处决后，再无人敢怀疑斯大林的智慧。
但是整个国家，还有军队，都被苏德这种特殊的联盟关系所困惑。1939年《苏德互不侵犯条约》签订后，许多人都松了一口气，觉得不会再发生战争了。苏联官方的政策是，只有当社会主义祖国遭受侵略时，才会发动一场用“最小的代价、在敌人的领土”上进行的战争。斯大林每一次命令苏军越过边境线时，他都要为之辩护。借口就是：因为这个国家的劳动人民深受压迫，由于资本主义国家统治者的挑拨离间，苏联才进攻这个国家的。斯大林也想利用30年代产生的强烈的反法西斯情绪。然而，随着1939年《苏德互不侵犯条约》的签订，这种愿望也就迅速落空了。
早在4月24日，斯大林就召见了作家伊利亚·爱伦堡（Ilia Erenburg），他在大清洗中受到保护，是为数不多的生活在都市的波西米亚人。爱伦堡与欧洲各界有着很广泛的联系。他也甘愿在国外为斯大林做宣传工作。然而现在，他发现自己失宠了。作为一个讲法语的作家，看到法国被占领，他出版了一部反纳粹小说《巴黎的陷落》。因为小说结尾部分表达了作者强烈的反德情绪，宣传部门禁止发行这部小说。现在，斯大林建议作者要大力发行这本书。爱伦堡非常吃惊，他很快就把小说禁止发表的那部分送给了外交人民委员部、总参谋部和内务人民委员部。
5月15日，安得列·日丹诺夫（Andrei Zhdanov），一位极受信任的高级别理论家，告诉电影工作者，苏联要“继续宣传社会主义”。这暗示着战争已经临近。6月初，红军宣传部长谢尔巴科夫（A.S.Shcherbakov）发布过内容相同的指示。指示称，反对资本主义国家的战争不可避免，进行这场战争来“传播社会主义”是苏联义不容辞的责任。时任最高苏维埃主席团主席的米哈伊尔·加里宁（Mikhail Kalinin），在6月5日列宁军事学院毕业典礼大会上对毕业生发表讲话，称“战争是你们得以扩大共产主义影响的大好时机”。6月20日，红军宣传部长向红军军官传达了一份秘密文件，文件明确指出，德国军事力量非常强大，立足防御是无用的，并以欧洲国家的纷纷陷落为例证。文件称，苏联因此要“实施对德国的进攻战略”。
1941年6月 德国进攻苏联的前兆
很快，苏联即将发动对德攻击的消息就传到国外。
尽管斯大林采取根除所有叛国因素的措施，但外国势力在苏联仍然有自己的耳目。5月9日，《真理报》发表了斯大林亲自撰写的文章，驳斥了这种传言，称国外媒体对红军集结在西部边界的报道是“非常荒唐的”。但不管消息控制得有多么严密，也不可能完全隐蔽战备行动，或者能将消息限制在仅仅10个或20个高级军官知晓的范围内。
从西伯利亚或中亚坐飞机到莫斯科的乘客，甚至能从空中看到许多满载士兵的列车正在向西行驶。也有人在莫斯科看到了一些来自东部地区的将军们，他们身穿战地制服。西部军区的指挥部正在急匆匆地搬迁到新阵地。普通士兵或尉官还没有注意到这一切，但许多高级军官确实注意到了这些不同寻常的现象，并把所有线索综合起来，开始交头接耳地议论——战争就要爆发了。
斯大林非常气愤，他断定，有人背叛了他。
6月中旬，在克里姆林宫的书房里召开了一次会议。斯大林突然说道：“已经证实，施特恩是个人渣。”他在告诉高级将领，红军防空司令格里戈利·施特恩①［①格里戈利·施特恩（Grigory Shtern）：1900～1941年。1938～1941年任第一远东集团军和远东方面军司令，1940年升任上将，次年任防空司令——译注］将军已被逮捕。如果说数周前空军司令雷恰戈夫（Pavel Rychagov）的被捕还是斯大林一时的怪念头，那么，施特恩的被捕说明，恐怖机器确实已经重新启动了。海军人民委员库兹涅佐夫（Kuznetsov）备感沮丧：“今天是施特恩，明天可能就是我。”政治局的经济学家沃兹涅先斯基（Voznesensky）坐在库兹涅佐夫旁边，急切地大声说道：“施特恩是下流货。”
施特恩是6月7日被捕的。在严刑拷打下，他被迫承认，从1931年以来，自己就当了一名德国间谍。之后被捕的是空军高级将领什穆什凯维奇（Y.V.Smushkevich）中将。这两人被捕后，清洗运动迅速扩大。贝利亚亲自审问这些将军。被捕的还有波罗的海军区司令罗克季奥诺夫①［①罗克季奥诺夫（A.D.Loktionovk）：1893～1941年。1937～1939年任红军空军主任，1940年升任空军上将，1939～1940年历任国防副人民委员、军区司令——译注］上将。刑讯逼供一直持续到6月16日，但罗克季奥诺夫仍不承认自己是间谍。他给政府写了一封信，要求允许他“体面地死去”，信的署名是“前上将罗克季奥诺夫”。但不是所有的人都有这种意志。6月18日，海军少将、海军军校校长康斯坦丁·萨莫伊洛夫（Konstantin Samoilov）被捕。他承认，早在1922年，伊朗驻巴库的领事就吸收他为间谍，为法国情报部门工作。
6月的清洗是斯大林一系列最不明智的行动之一。正值战备时期，却大肆逮捕高级军官，这种行为就更显得愚蠢。大约300人被捕，其中有20人是苏联最高军事奖章——苏联英雄金星奖章的获得者。
深受多疑症折磨的斯大林，怀疑他的军事将领正在把军事机密出卖给德国人，还怀疑有人要阴谋发动军事政变。斯大林非常关注这场清洗运动。雷恰戈夫（Rychagov）声称克里姆林宫逼迫他的飞行员“驾驶飞行棺材”，正是由于这些“蠢话”引发了这场清洗。先是空军司令和飞机制造企业的负责人，其中就有航空工业部副人民委员瓦西里·巴兰金（Vassily Balandin）。这些人中，许多都像雷恰戈夫一样，曾作为“志愿者”参加过西班牙内战。在那里，他们可能被托洛茨基或外国情报机构收买。和雷恰戈夫一样，他们蔑视斯大林和他属下的权威。
蔑视斯大林权威的人就有装备部的人民委员万尼科夫（Vannikov）。当对坦克装甲问题发生争执时，他竟然叫嚣要在战争爆发前夕解散军队。为此，斯大林根本不会原谅他。然而，6月15日，斯大林竟意外地宣布，万尼科夫的主要反对者、红军炮兵总局局长库利克元帅也应当让位。库利克是斯大林的宠儿，虽然没有逮捕他，但所有官员都吓破了胆。看来另一场大清洗又要开始了。
