凉州镇守使马廷勷于1927年被任为国民军二十七师师长。国民军直接任命河西各县县长，又派教导团长刘志远赴凉州招兵，分化马部人员。1928年6月，冯玉祥调马廷勷为第二集团军司令部顾问，戴靖宇为凉州镇守使。刘郁芬即派省财政厅长张允荣等率军昼夜进发凉州。马廷勷此时张皇失措，收拾细软准备逃走。凉州军队大乱，刘志远袭击镇守署，马廷勷逃至西宁。马麒拨出一部军队，令其重返凉州，占稳地盘。马廷勷率军重返凉州，发动了“凉州事变”。
北伐战争以后，国民军四出作战，饷源不足，遂在甘宁青大力搜刮。中原大战前夕，更是为壮大实力推行苛政，新增税捐多至四十余种。甘宁青百姓承受沉重负担，不满情绪增长。这与国民军政治上的倒退有密切关系。冯玉祥部队由旧北洋军分化出来，无确定的政治目标，一度表现了进步色彩。国民军里既有国民党，也有许多共产党员，还有基督教神父、苏联军事顾问随军活动。国民军参加北伐，推动了北方革命形势的发展，甘宁青各地也因国民军的深入而开始传播各种进步思想，有力地打破了清末以来旧思想一统的沉闷局面。但徐州会议后，国民军实施清党，打击共产党人，军阀性质日益暴露，走上了背离人民利益、争夺政权的道路。在甘之刘郁芬等将领自击败张兆钾、孔繁锦后，气焰日盛，放手剥夺回军诸马的地方统治权，终于导致了西北回族军阀反抗国民军的斗争。
回族军阀反国民军斗争的具体方式比较复杂。马福祥、马鸿逵父子选择了投蒋反冯的道路；马廷勷、马廷贤、马仲英等采取挑动民族矛盾，公开武装反抗国民军的暴动；马麒集团则致力于利用和策动各种反冯活动，同时又避免与国民军公开决裂，追求坐收渔人之利的目的。
由于回族军阀表面上是与国民军合作的态度，国民军对他们采取政治方式逐渐削弱剥夺其权力。一方面，各马部军队均被编入国民军序列，马鸿逵、马鸿宾部已如前述，马麒部编为国民军第二十六师，马廷勷部编为第二十七师，且仍由他们任师长。另一方面，国民军以甘肃省政府名义向马部地盘派任县长，剥夺诸马对地方的统治权。这两方面的政策都有力地瓦解着诸马已经实现的地方统治。他们当然不甘于拱手交出几代人为之奋斗而获得的权力。反抗国民军统治的活动自1927年开始，迅速在他们控制的范围内蔓延开来。首先是西宁、河州等处土匪四起，地方治安混乱，马部的许多士兵和下级军官往往是土匪活动的参加和策动者。他们劫夺国民军车辆、物资，破坏社会秩序，甚至像周希武、朱秀这样的青海高级官员在奉命去兰州与国民军和谈的途中亦遭土匪枪杀①。这些与马部军人有密切关系的土匪显然不是因贫困铤而走险的百姓。这时，国民军在河州驻军、派款、买马，甚至有搜夺诸马埋藏在老家窖藏金银的传说。马麒这时便策动马廷勷反冯，又对周围人说：“难道就没有一个有出息的儿子娃给他们一点教训吗？”②
在这种背景下，马麒族侄马仲英于1928年4月率人奔赴河州，途中劫取循化县府所存枪支，在河州组织“黑虎吸冯军”，旬日之间聚集一万余人，围攻河州城。7月，马廷勷反攻凉州。8月，甘州兵士哗变，镇守使马璘只身前往兰州。这样，从河州到甘凉都爆发了武装反抗，并向四处蔓延，青海马麒则尽力操控这些斗争。
马仲英起事之初，严令部下不得杀害汉民百姓。但马仲英二次攻河州时，国民军赵席聘部炮轰城西大拱北，火烧八坊。这里的清真寺、上将府、将军府等均遭毁灭。这极大地刺激了民族情绪。马仲英开始报复行动，特别是马安良四子马廷贤见自己八坊公馆被毁、财物尽失，遂肆意挑动下属，滥杀抢掠现象在马仲英部队流行了起来。这种迹近土匪的行为是马仲英、马廷贤失败的重要原因。
马仲英部三围河州期间，国民军曾派遣回族人士招抚，马鸿宾、马璘、马国礼、喇世俊等均为平息事变而奔走。马麒亦致电刘郁芬，主张剿抚兼施。但和谈未取得结果。12月，国民军击败马仲英，没收马廷勷、马廷贤、马仲英、韩进禄等的土地财产。马仲英败后，曾入西宁，与马麟部战，攻入湟源县城屠城，又入河西，1929年4月攻人宁夏省城，不久被吉鸿昌部击走。1930年春，马廷贤率部入陇南，控制陇南十四县一年半之久。他大肆搜刮百姓，纵兵奸淫掳掠，陇南遭受浩劫。1931年冬，川军邓锡侯部攻陇南，马部溃散，马廷贤携抢掠所得财物及妻妾逃往天津，从此失势，1959年被人民政府依法镇压。
1928年至1931年的河湟凉州事变，由多种利益关系所促动，而回族军阀集团与国民军的政治争夺是事变的直接原因。从现象上看，以回族为主体的百姓自发起来反抗国民军统治，这次斗争具有民族性和反压迫性。但回族军阀集团掌握了斗争的领导权，把这一斗争引入了歧途。马廷勷集团基本属于权力之争，马仲英集团亦以马家军官为主干。马仲英不服马麒一家的权势，怀有自成一系的野心，起事之初还有表达民众反抗要求的动机，但受其左右马廷贤、马仲杰、马虎山、马谦等的影响，不久就走上了屠城复仇的狭隘道路。这表现了回族军阀利用民族关系维护其利益的手段。回族诸马历来以回族代表自居，在河湟一带有很深的社会基础。面对国民军的压力，看到回汉百姓的普遍不满，他们便把自己的危机渲染成民族问题，纵容部下发动事变。
当然，依政治经验的差异，各人的表现不同。马麒最具城府，一面鼓动马廷勷、马廷贤、马仲英武力反冯，借以打击国民军，一面与国民军保持和局，为自己留下进退的余地。蒋介石希望借机扰乱冯军后方，曾委任马廷勷为讨逆军第十五路军总指挥，并拨给其经费。马仲英也得到南京的支持，陕军杨虎城也派人支持他们。到后期，马仲英部中还有共产党人、土耳其人、日本特务等各色人物。①各方面的利用和支持，是这次事件持续数年之久、遍及甘宁青新四省范围的重要原因。但另一方面，马仲英、马廷勷终于失败，除其自身具有严重的军阀思想外，还由于马麒等对他们的利用和出卖。河湟凉州事变给国民军以沉重打击，从而迫使刘郁芬、孙连仲等不得不放松对马麒的排斥，甚至拉笼马麒、马鸿宾等，以平息事变。马麒等既希望马仲英等打击国民军，但又害怕他们过分壮大难以控制，甚至会威胁他的权力。所以，控制马仲英等是马麒的基本态度，如果不受控制，则不惜武力打击。1930年，马仲英乘河西空虚收集旧部，在甘州组成甘宁青联军总司令部，撤换河西十一县县长，准备长期控制河西。马麒父子看到马廷勷失败后的果实将落入马仲英之手，即于1931年4月由马步芳率军突袭甘州，并穷追马仲英至酒泉。马仲英部流行着这样的小调：“马步芳X你娘，打得老子上新疆。”①当时国民军中原大战失败，在西北已无实力，马仲英却被马步芳追击被迫进入新疆。这足以表明，他与诸马之间存在着激烈的权力争夺，早已背离了反压迫的目标。他既以部队之漫无纪律加深了民族矛盾，又脱离了回族群众，还被马麒集团所不容，只能流落新疆，走向败亡。
国民军入甘是西北回族军阀自民国以来经受的最严重的危机。形成鲜明对比的是，甘肃的汉族小军阀只做了一番小小的挣扎便被国民军扫荡殆尽，而回族军阀却能在风暴过后，不仅未被消灭，而且获得了巩固和发展。诸马用以抵抗国民军的不是自己的区区之师，而是把自己的军事与河湟民变结合起来，从而使自己具有一种其他军阀不曾有的韧性和耐力。他们有时会显得非常弱小，但却能经得住巨大的冲击。这当中自然有牺牲，数十万百姓死于战火，马廷勷、马廷贤兄弟失败，河州三马家族中最显赫的马安良系崩溃了，其政治遗产基本为马麒家族所夺取。从马麒利用马廷勷兄弟以实现其目的的角度看，这也是一种军阀兼并。在反国民军兼并的斗争中隐藏着回族军阀之间的相互侵吞。最后的胜利者不是国民军，而是马麒家族。随着国民军的瓦解，青海政权再次被马麒所控制，马廷勷、马璘所遗留的河西地区亦成为马麒集团统治范围。
二、服从国民党的统一
国民军在西北侵夺地方实力派权力的政策，激起地方势力普遍的反抗。表面上看，马福祥家族没有参与这些武装反抗，马福祥还曾发表言论，反对马仲英等引起社会战乱，马鸿逵、马鸿宾也曾设法控制马仲英，所以他们在河州的府第被马仲英付之一炬。但他们并不是真正满意自己在国民军中的地位。当时北伐战争即将结束，北洋政府已成强弩之末，马福祥取静观事态变化之姿态，在北京致力于整理出版伊斯兰典籍，提高他在全国回族中的声望。1928年，国民党不仅与共产党决裂，且与冯、阎等军阀集团的矛盾也日益突显。马福祥开始谋划新的政治出路。他显然认为只有找到更可靠的政治联盟才能与国民军决裂。这条道路充满着风险，因为马鸿逵、马鸿宾部队正为国民军所裹挟，政治分裂随时会引起国民军的打击。因此，1928年初，马福祥以回民领袖身份赴南京谒蒋介石，表示愿为民族团结努力。①这番意见显然针对国民军引起的民族矛盾，同时又婉转地表达了诸马愿服从南京的统治。处于激烈权力斗争中的蒋介石当然乐意接受马家军的投靠，因而在该年2月召开的国民党二届四中全会上，马福祥当选为国民党中央候执行委员和国民政府委员，为国民党与西北诸马的政治联盟做了重要铺垫。此后，马福祥身兼国民党数职，奔走于各大军阀之间，名噪一时。
