吴樾刺杀五大臣的义举，令清政府胆寒，令革命党人振奋。实际上，吴樾对清末革命党反满活动的另一重大贡献，是他将革命党人的暗杀活动理论化。吴樾撰写的《暗杀时代》，是其留给革命党人最大的思想遗产。
革命党人为了暗杀，也进行过宣传。如杨笃生振臂高言：“非隆隆炸弹，不足以惊其入梦之游魂；非霍霍刀光，不足以刮其沁心之铜臭！”
《鹃声》杂志发表的《瓜分中国的原动力》一文宣称：“遇到不好的狗官，就拿一个虚无党暗杀的手段来对付他”，“所以我说只有暗杀的好，杀了一个不好的，后头来的他总不敢再不好了”，“我们到了这步田地，只有用铁血主义，并无别个法子了”。
但此时革命党人尚缺乏系统暗杀理论。
早在1905年春发生的王汉谋刺铁良未遂事件，就给吴樾以极大的刺激，促使他对暗杀问题进行深入的理论思考。他为刺杀铁良到北京安徽会馆租房住下后，便将自己的所思所想条理化，撰写了著名的《暗杀时代》。吴樾撰写好《暗杀时代》和《意见书》后，当时并没有立即发表，而是交给北方暗杀团成员张啸岑保存。
他向张啸岑郑重嘱咐，如果自己行刺五大臣失败，就请张啸岑将这些文稿，转交杨笃生、陈独秀保存，设法加以刊布。
吴越刺杀五大臣的消息传到安徽后，陈独秀立即致函在保定的张啸岑探询：“北京店事，想是吴兄主持开张。关于吴兄一切，务速详告。”其焦虑关切之心，溢于言表。张啸岑将吴樾在刺杀行动前留存下的《暗杀时代》、《意见书》等文，遵吴樾烈士嘱咐转交给了陈独秀。陈独秀收到这些遗物后，从安徽芜湖寄往上海，交给革命党人。
1907年初，同盟会机关报《民报》出版了增刊《天讨》，将吴樾的《暗杀时代》全文公开发表，为革命党人的暗杀提供了系统的理论。
伍立杨先生在《晚清暗杀史》中，对《暗杀时代》进行了比较深入的分析。他称赞说，是清末革命党人为着正义的暗杀，最为详审、精密、全面的一篇理论论著，并且具有极可操作的实践指导意义。其文之所作，又有得天下豪杰相与扶持砥砺之意。它的风格，既有磅礴雄放，豪健遒劲的阳刚之美，又郁积着激愤悲怆的深悲大痛，字字千钧，仿佛贯穿太空隐隐不息的沉雄低吼的雷霆之声。其析理明如水镜鉴物，其结论则似顺势运斤，就事物的本质原委抉明正义，而条画出抢救之道。其志可嘉，其风可慕，全篇冶议论情感于一炉，文采斐然可观。
吴樾的《暗杀时代》全篇近2万字，分14节，分别是：《序言》、《暗杀主义》、《复仇主义》、《革命主义》、《揭铁良之罪状》、《杀铁良之原因》、《杀铁良的效果》、《敬告我同志》、《敬告我同胞》、《复妻书》、《与章太炎书》、《与同志某君》。
吴樾在《自序》中，首先叙述早年的求学经历及童年生活，介绍了自己从主张改良到走向革命的思想转变历程。他读到梁启超主编的《清议报》时，“作者之主义即化为我之主义矣”，但他很快阅得《中国白话报》、《警钟报》、《自由血》、《新广东》、《新湖南》、《广长舌》、《攘书》、《警世钟》、《近世中国秘史》、《黄帝魂》等书，思想为之一变，而主义随之，“乃知前此梁氏之说，几误我矣”，遂放弃了改良思想，转向反清排满革命，要振起瘫痪的中国，须“清其源而绝其流”。
如何进行反满革命？吴樾认为只有两条道路可选：革命与暗杀。他提出了著名的“暗杀为因，革命为果”命题，断言今日为暗杀时代，是以暗杀为手段引起革命的时代。他说：“夫排满之道有二，一曰暗杀，一曰革命。暗杀为因，革命为果。暗杀虽个人而可为，革命非群力即不效。今日之时代，非革命之时代，实暗杀之时代也。”
他公开声明，自己经过精心谋划，枪弹俱已购获，近期即为发轫之始，为使暗杀成为实事而非虚文，他就要行动了，“予愿予死后，化一我为千万我”，目标直指铁良。他声明：刺杀铁良不是为了个人恩怨，而是为了除去奴役人民的那拉氏之助动力。
其魄力之雄伟，真足以推倒一世豪杰，开拓万古心胸。
第二篇《暗杀时代》，痛陈停留口头上革命之无益，而清廷的封报馆、禁新书、杀学生、拿党人等迫害方式却越发出格了。如仍不见兴问罪之师，则所失不可估量。他又比较西洋、东洋之革命方式，觉得由暗杀始，并过渡到革命时代，正当其时。
第三篇《暗杀主义》，讨论谭嗣同的观点，认为大军未起之时，任侠这种方式，确可获得伸民气、倡勇敢的奇壮大效，而“国族之民气，其涣散不伸，至于斯极”，“若满酋之于生死安危，自较他人视之为尤重，亦以彼等向居长林丰草之间，毛衣肉食，射猎为生，一旦闯入中原，夺其子女玉帛而有之，于是欲生恶死、弃危就安之态，自往来于腹中”。而暗杀之震慑力也即在此，使其恐怖而收敛其所欲为，杀一儆百，效果自可推想。
第四篇《复仇主义》，开头讨论军事辩证法及用兵之道，孤军深入敌人腹部，为兵家大忌，故善用兵者，于先遣及后备力量考虑周详。以此譬暗杀，则“暗杀者，吾党之战兵也。复仇者，吾党之援兵也”。他又深忧暗杀之战士多不能全身而退，故须援兵“转败为胜”。然后，他通过数学的逻辑推演，证明此二者之间相互依托的辩证关系及重要性。
第五篇《革命主义》，指陈清廷的狡猾贪婪，说明革命对于国人正常人权恢复的重要性所在，特别提到清廷早先的滥杀无辜到今日的赔款割地是一脉贯之的。
第六、七、八篇罗列了铁良五条大罪：“敛民财、练旗兵、剿民党、侦疆吏、强警察”，认为这些均为深文周纳的亡国奴民政策，杀铁良因为他是当时国人的心腹大患。他这样念念不忘杀铁良者，“岂逆贼铁良一人于予有私怨乎？曰否，否”。真正的目的是在国族的前途。至于暗杀的效果，“天下未有无原动力，而有反动力者。盖反动力为果，原动力为因”。
外力越大，则反弹越大，作者从物理学原理详加探讨，“每以外界之风潮，醒大汉之酣梦，遂使清政府之制我之毒手段，一一揭于我同志之心目中，而反对之心，遂萌于内”。专制达于极点，反弹亦将达于极点，这是社会生理的规律。
第九篇《敬告我同志》，赞扬俄国早期虚无党的激烈暗杀，援以说明建设来自破坏，平和来自激烈，并举中医看病的原因，如热病，先以苦寒祛邪，然后补以参芩。却决不能先施补剂，以防热邪不出矣。中国久处专制，有如热病重且大，如不破坏（苦寒之方剂）而先建设（补剂），必将失利而得害。因此希望同志不把建设平和拿来作一己畏死怕痛的美饰名词。
第十篇《敬告我同胞》，对民众致以深切的关注，哀其不幸，亦怒其不争，希望人们能够尽快醒来，“此固我同志诸君所日夜呼号，牺牲性命，以求遂此区区之希望者”。又说：“吾最亲之同胞，吾最爱之同胞，其甘为人詈而自居贱种乎？”民众懂得了雪耻的必要及意义，则“吾虽为吾同胞百死而亦甘心矣”。
烈士的一片苦心，读之催人泪下难禁。
第十一篇《复妻书》，再次强调一己之牺牲，目的在为同胞请命。尤其“益恨专制之流毒，而使我同胞几无一人能自由矣”。他严正指出，自己的暗杀绝非为自我报私仇，希望他妻子亦有这种爱国精神，如果“子若志不在此，则人间之富贵安乐，自可操券而得之，亦以子之年华才貌足以相当矣”。
第十二篇《与妻书》，为平生最后一封家书，详细讨论生与死的哲学意义。他指出，贪生怕死之辈不管活得多长久，与秋蝉朝菌无甚区分，且吃且睡的人生“多寿有何所用？虽如彭祖，亦不过饮食之较多于人”。就生死问题多侧面比较权衡，他认为“生必有胜于死，然后可生；死必有胜于生，然后可死”，深信作为体质的小我消失之后，精灵的大我必将播于千秋。
第十三篇《与章太炎书》，以观先生行、读先生言而生发“顶礼膜拜”之大敬畏心。章太炎是近代中国有大思想、大学问、大气魄的革命家，在知识分子及革命阵营中影响艰巨。吴樾冀盼太炎在潜意识中能知道四万万人还有他这一个崇拜者。虽从前无缘谒见，但尚期望国族独立之日相聚，现在我决死之心已定，期望化为泡影。这是非常苍凉的感伤。
吴樾撰写《暗杀时代》时，离章太炎出狱还有一年，故其写道：“危哉！先生。计先生出狱之期在迩，饮食起居，不可不防他人之隐害。”
第十四篇《与同志某君书》，实际上是写给赵声的书信。赵声与吴越志同道合，系刎颈之交。火车一发，彼此天涯，而对方“犹竟在想象之中”。无情未必真豪杰，多情亦正是革命青年的本色啊！作为同辈人，他亦不忘告诫朋友，强调他自己暗杀而殉国较容易，而对方南下组织起义还要克服诸多困难，因为清廷的走卒大臣中，确有狡狯深心、长于阴狠之计者在，这些人为防革命党的倾覆，而有卧薪尝胆的行藏。他认为，这些人从这方面说“不愧自居贵族”。
为了证明这种看法，他特别函送了几张《京话日报》，上面刊有清廷贵族包藏祸心的文章，目的在使革命的同道防备！在这篇行文酣畅淋漓的文章里，他坦白地披露了作为一名“刺客”的心迹：“体质为小我，精灵为大我……奴隶以生，何如不奴隶而死。”
他断言：“今日为我同志诸君之暗杀时代，他年则为我汉族之革命时代！欲得他年之果，必种今日之因。我同志诸君，勿趋前，勿步后，勿涉猎，勿趔趄。时哉不可失，时乎不再来。手提三尺剑，割尽满人头！此日，正其时也！……欲思排外（洋人），则不得不先排满。欲先排满，则不得不出以革命！革命！革命！我同胞今日之事业，孰有大于此乎！”他说，愿他死后，化一我而为千万我，前者仆后者起，不杀不休，不尽不止。
吴樾的《暗杀时代》，尽管带上了一些偏激的种族情绪，却充分地揭露了清王朝的专制与腐败，洋溢着一种正气浩然的革命气氛，具有极大的煽动力量。《暗杀时代》是革命党人对暗杀主义阐述最为详细深刻的文献，其威力不亚于另一颗更大的炸弹，它鼓励革命党人把暴力直接诉诸专制独裁者的肉体。
这篇文章，宣告了清末暗杀时代渐入高潮。
在他之前，蔡元培、陈独秀、章士钊等人开始组织了暗杀团，进行有计划的暗杀活动；在他之后，刘思复、汪精卫、林冠慈、蒋翊武、李燮和、温生才等人发起了更多的暗杀团，谋划了更多的暗杀活动。在此之前，史坚如行刺德寿，万福华行刺王之春，易本羲谋刺铁良，王汉刺杀铁良；在此之后，徐锡麟击毙恩铭，汪精卫谋刺载沣，林冠慈刺杀凤山，彭家珍刺杀良弼。
同盟会骨干孙毓筠在刺杀端方失败后的一段话，将吴樾刺杀五大臣带来的暗杀之风盛行情况，作了生动的描述：
自吴樾死后，年少之士钦慕吴之大名，欲步后尘者日多一日，此种人较空谈革命者更为激烈，愈杀愈多。俄国虚无党之风，行将大盛于中国，此亦专制政体所养成者。宪政一日不实行，此事即一日不绝，况铁宝臣辈实行排斥汉人政策，官制改革新案出现以后，行迹昭著，有目皆知。年少之士，见满汉终无平等之望，激烈之气更加十倍，其心但求能去满洲一二当大位者，至于其人如何，果与铁帅同志与否，不暇问也。
吴樾刺杀五大臣之义举，不啻为一声惊天动地的狮子吼，宣告了暗杀时代的到来。
短短几年时间，暗杀事件和暗杀预谋此起彼伏，次数频繁。
一个暗杀主义风行的时代到来了。
