西夏占领祁连山东西两侧后，一直将其牢固地掌握在手中。这里的牧场、寺院、佛塔、壁画等都有西夏的信息。西夏的官员、商人、僧侣、农民、牧民都在这里留下了无数生活痕迹。蒙古军队占领祁连山后，这里的西夏臣民沿祁连山南北逃亡，向北的一支来到了天山脚下。
成吉思汗在攻打甘州和凉州这两个祁连山下的西夏重要城市时，没有实行屠城，而是将这里的西夏人保留了下来，那些西夏人就自然走进了元朝的统治之下。
蒙古军队最后一次攻打西夏时，屠城沙州后，大军围攻肃州，遭到顽强抵抗后，蒙古军采取了诱降策略。虽然有西夏守将举立沙带人献城投降，但成吉思汗还是因为久攻未能取下而怒气未解，依然下令屠城。先前就投降成吉思汗的昔里钤部是举立沙的兄长，害怕屠城时自己的家人遭到杀戮，提前向攻城的蒙古军首领求情。因此，得到成吉思汗屠城旨意的蒙古军队在屠城时，昔里钤部的亲族106户被赦免，这是肃州留下的西夏后裔的主要部分。刻于元代至正二十一（1361年）年的《大元肃州路也可达鲁花赤世袭之碑》上明确记载了这个党项家族在西夏灭亡到元朝末年的134年间，历6代13人职官世袭及其活动。
西夏占领甘州后，以“镇夷郡（州）”和“宣化府”取代了唐宋时期叫张掖为“甘州”的称谓，使之成为其民族宣抚机构，主要职责是处理回鹘、吐蕃事务，以强化对当地各民族的统治。从政治的角度看，西夏以府、州、县、乡、社5级行政级别构成了这里的政权系统。目前的西夏文献里没有关于这里设置县的记载，但在《多桑蒙古史》里记载：1226年，成吉思汗率兵“取西凉府搠罗、河罗等县”。《元史·太祖本纪》同样这样记载。可见，西夏时的西凉府辖有这两县。从元昊时期占据甘州后，这里一直是西夏稳固的后方基地，从西夏中期开始，也逐渐变成了西夏的佛教重地。
西夏占据了甘州和肃州两个重镇，取甘州、肃州两个州的首字命名为“甘肃军司”（这是今甘肃省名称的最早由来）。随着西夏的灭亡，“甘肃军司”烟消云散。元代由于中央政府管辖的范围极其广大，给管理上带来了极大的难度，划省而治是一种必然。元初，在全国共设立了10个行省，今甘肃省境内的行省最早被称为“西夏中兴省”，省治设在今宁夏回族自治区银川市，主要管理西夏故地。甘肃、宁夏境内的西夏归顺兵民自然就成了西夏遗民，只是随着元朝民族政策的实施，而逐渐改变了他们的族群身份。后来，西夏中兴省的名称和管理范围多次发生变化。1281年，正式成立了“甘肃等处行中书省”，简称“甘肃省”。这样，才正式有了“甘肃省”的名称，那里的西夏民众自然也就成了元朝臣民，而且不少被迁移出当地，流向不同地区。
和西域各国的阿拉伯人、波斯人、花剌子模人等走进蒙古人的军帐并为其服务一样，投顺蒙古政权的西夏人同样得到不同程度的任用。他们的骁勇善战使他们更多地被成吉思汗或他的继承者派在战争最前列，为蒙元王朝统一中国作出了贡献。在元朝“上马是军，下马为民”的政策下，征战到中国内陆的党项后裔随着战争的结束，就地耕种，将自己的那一脉党项基因，悄然融进一片片遥远而陌生的地域中。同时，那些优秀的西夏文人，也走进了元帝国的官员序列；那些修为高深的西夏高僧大德，成了元朝宗教界的领袖人物；那些杰出的西夏高级将领，最远者将自己替元朝征战的足迹送往今越南一带。
西夏时期，西夏政权和今新疆地区的少数民族政权有着正常的经济贸易、文化、宗教往来。西夏政权灭亡后，生活在河西地区的西夏后裔，尤其是黑城被攻破前，大批的西夏后裔选择向今新疆地区逃亡，给那里的绿洲文明注入了新鲜的血液。
西夏政权虽然没有对今新疆地区进行过直接、有效的军事、政治控制，但这部分地区属于生活在那里的草原民族政权拉锯式争夺的地区，西夏和西域诸国在今新疆地区进行经贸交易、使节往来甚至军队渗入是很正常的。从吐鲁番等地出土的回鹘文文献看，宋元时代，新疆地区就有一定数量的西夏人入居。西夏不仅和甘州回鹘常年交战并灭亡了这个一度称雄河西地区的王朝，在占领了甘州回鹘统治地区后，自然和高昌回鹘一度发生关系。如俄国探险家科洛特克夫于乌鲁木齐获得的一份回鹘文土地买卖契约文书（编号为3Kr。39）即称，买主巴萨·托赫利尔所买土地的四至，“西边是Tangut的土地”。Tangut，就是汉语所谓之唐古、唐兀，又译“唐古特”“唐忽特”等，有时指党项人，有时特指西夏国。这就证明巴萨·托赫利尔买的土地和西夏的疆域或西夏人拥有的土地相连。1953年，西北文物考察队在吐鲁番发现的回鹘文买卖奴隶字据，末尾有证人名Tangut buqa。这就证明，这位叫布恰的西夏人（Tangut）地位和经济实力都很高，是买卖奴隶的主人。从侧面证实，西夏人在这里的经济地位之高。芬兰探险家马汉达搜集到的一件家庭矛盾调解协议书称：“以前汉地的人在Tangut无论欠债多少，都由当地人负责。”说明高昌回鹘与西夏之间的民间交往还是频繁的。至元十六年（1273年），忽必烈曾调河西军（即归降的河西西夏军）1000人戍斡端城（今新疆维吾尔自治区和田市），这是西夏投降军队中整体被安置最西北的地方。
西夏人在高昌回鹘的活动，从吐鲁番出土的西夏文残卷中也可得到印证。美国印刷史专家卡特早就提到，在吐鲁番发现的古代印刷品中，除汉、回鹘、梵、藏和蒙古文外，还有西夏文印本遗物。
柏孜克里克石窟是位于今新疆境内、佛教沿丝绸之路传入中国境内后修凿的第一个佛教洞窟，这里藏有的西夏佛经就是西夏僧人带去的。这些西夏僧人沿着当年的西夏佛教中心，逆着丝绸之路的方向，从西夏故地进入哈密盆地传教。西夏文献记载，曾有一个来自龟兹的高僧白智光，不远万里，横穿天山南麓和哈密盆地，经过古老的丝绸之路河西走廊段，然后翻越腾格里沙漠和贺兰山，走进西夏国的心脏，被王朝的最高统治者称为“安全国师”。目前国家图书馆所藏西夏文文献《金光明最胜王经》的序言中记载有：“次始奉白上大夏国明盛皇帝（即惠宗秉常）、母梁氏皇太后敕，渡解三藏安全国师沙门白智光，译汉为番。”不难看出，白智光是西夏第三代皇帝惠宗秉常迎请到西夏的，在“安全国师”的荣誉和身份下，进行的是将汉文佛经翻译成西夏文或者其他少数民族文字。《金光明最胜王经》的序言里称赞他的翻译水平是文字优美，表达准确，如“星月闪闪”，光华耀眼，故而在西夏文佛经翻译史上占有重要地位。这些事迹说明，西夏和今新疆地区的文化交流同样频繁。
西夏亡国后，驻守在今甘肃省玉门关、内蒙古黑城以及新疆哈密一带的军队和忠于王朝的民众，在强悍、残杀的蒙古军队前，在战败的事实前，选择了一条经过巴里坤草原东缘的逃亡线路，逃往新疆的东北部和今蒙古人民共和国境内，也有人逃向天山南麓。2010年12月初，我前往新疆昌吉回族自治州考察，在昌吉博物馆里还看到当地出土的西夏首领印。
早在西夏亡国前，就有一部分西夏人迁居中亚。《长春真人西游记》中记载，长春真人丘处机奉命去见成吉思汗，在原花剌子模国都邪米思干城中见到过不少西夏人。他们和汉人、契丹人一样，社会地位很高，成为回鹘人所依附的对象。在蒙古人西征中，被调集或俘虏的西夏人就随军西征北亚、中亚一带。元虞集《道园类稿》中记载了一个叫曲也且祖的人，他曾经是西夏的进士，他的儿子阿波古跟随察合台的孙子阿鲁忽远征中亚，一直到撒马尔罕，在那里“领番直，主弓矢鹰隼之事”，成为那里的一个领导。
