秦王朝建立伊始，秦始皇自称皇帝，处在政权金字塔的顶端，拥有至高无上的权力。国家的行政、财政、立法、司法、军事大权，都由他来掌握；所有官员的任免赏惩、生杀予夺的大权，都由他来操持。当然，为了行使这些权力，秦始皇承受着繁重的负担。各级官府处理各种事务，都要层层上报，最后报告给秦始皇，“上至以衡石量书，日夜有呈，不中呈不得休息”《史记-秦始皇本纪》……秦始皇每天批阅的奏章，至少有120斤的简牍，连正常的作息时间都得不到保证。
在治理国家方面，秦始皇非常重视中央行政建制，设立丞相、御史大夫等高级职位，协助处理国家事务。丞相作为百官的首长，具体负责行政事务，包括参与朝政、主持朝议、封驳诏令、选用官吏、审计地方治绩等。御史大夫作为丞相的副手，主要负责监察百官，管理公文图册。秦朝未设太尉一职，秦始皇本人独揽军权。丞相、御史大夫之下设立诸卿，其中郎中令掌管宫殿门户，卫尉掌管宫门卫屯兵，中尉掌管京畿警卫，廷尉掌管司法事务，治粟内史掌管财政事务，少府掌管山海池泽之税和官府手工业制造以供应皇室的需要，将作少府掌管修建宫室，典客掌管民族和外交事务，奉常掌管宗庙礼仪，宗正掌管皇室属籍，博士负责图书收藏。秦朝廷遇有重大问题，召集丞相、御史大夫与诸卿共同商议，由秦始皇亲自裁决。
在地方行政建制上，秦始皇采纳李斯的建议，彻底废除分封制，全面实行郡县制。起初全国共有36个郡，随着对周边地区的拓展，后来增加到48个郡。每个郡设立郡守，负责管理本郡事务，另有郡尉掌管军事，郡监（监御史）掌管监察。郡下辖若干县，有万户以上者设令，万户以下者设长，令、长管理本县事务，另有县尉掌管军事，县丞掌管司法。郡、县长吏都由朝廷任免，由此加强了中央集权。
秦朝地方行政机构，以县为基层单位，县以下是乡里组织。一县之内分若干乡，乡下设里，里有什伍。乡设三老、啬夫、游徼等职位。“三老掌教化，啬夫职听讼，收赋税，游徼徼循，禁贼盗”《汉书-百官公卿表》……里设里正，什有什长，伍有伍长，实行什伍连坐制度。此外还有亭，设在城市和地处要冲的乡里，直属于县尉，是乡的同级单位。亭设亭长，协助县尉管理治安。秦王朝依靠这些组织，管理和控制基层社会，以稳定整个国家。
秦始皇三十一年（前216年），即秦统一天下六年之后，秦始皇下令“使黔首自实田”《史记-秦始皇本纪》注引徐广语。，即命令土地私有者向官府呈报占有土地的数额，官府根据呈报的数额征收租税。这意味着在全国范围内承认土地私有权，从而正式确立了土地私有制。
为了统一征收租税，秦王朝采取统一货币、度量衡的政策。废除以往的各种货币，统一货币为两等：黄金为上币，以镒（折合20两）为单位；铜钱为下币，以半两为单位，制作圆形方孔。金币供皇帝赏赐之用，铜币主要作为流通媒介。废除以往的各种度量衡器具，以商鞅变法时确定的度量衡制度为标准，制作统一的标准器具，推行到全国各地，并且定期进行检测，以保证度量衡器具符合法定标准。这些措施的实行，对于建立新的经济秩序，促进社会经济的发展，起到了积极的作用。
秦始皇统一中国，除兼并山东六国之外，还包括对周边地区的拓展。当时，匈奴作为一个强悍的游牧民族，威胁着秦王朝北部边疆的安全。秦始皇二十九年（前218年），派蒙恬率领30万大军，准备反击匈奴。秦始皇三十二年（前215年），蒙恬集中优势兵力，穷追猛打，迅速收复了河南地（今河套地区），接着乘胜进军，又攻取了高阙、北假（在今内蒙古乌加河以北），在这里设置了九原郡（今内蒙古包头）。同时，秦朝廷迁移大批罪犯，来新设诸县屯戍。秦始皇三十六年（前211年），又下令迁移内地民众3万户，到北河、榆中地区定居。这一地区称作“新秦”。秦王朝大规模的移民实边，不仅有力地遏制了匈奴的侵扰，而且促进了西北边疆的开发。为了加强对匈奴的抵御，秦始皇三十四年（前213年），从全国征调大批民众和罪犯，配合戍边的军队，把以往秦、赵、燕三国的长城连接起来，筑成一条西起临洮、东至辽东的万里长城。
与匈奴相比较，当时东南和岭南地区散居着古老的越族，包括东瓯、闽越、南越、西瓯，合称“百越”。王翦灭掉楚国之后，率军挺进到东南地区，迅速平定了东瓯和闽越，在那里设置了会稽、闽中两郡。秦始皇三十三年（前214年），秦朝廷调集50万大军，派尉屠睢、任嚣、赵佗等人，分兵五路，征伐岭南地区。秦军进入南越之后，遭到越人顽强的抵抗，加上后勤补给困难，战事处于胶着状态。为了解决物资运输问题，秦始皇派监御史禄开凿灵渠（在今广西兴安），沟通了湘江和漓江之间的水道。秦军继续苦战，深入到西瓯地区。秦始皇三十三年（前214年），又征发尝逋亡人、赘婿和商人，投入到战争中去，终于平定了岭南地区，设立了南海、桂林、象三郡。后来，秦朝廷不断迁徙内地民众和罪犯，来到岭南地区驻守，从而加强了这里与内地的联系。
通过长期的开疆拓土，秦王朝的疆域空前辽阔，“东至海暨朝鲜，西至临洮、羌中，南至北向户，北据河为塞，并阴山至辽东”《史记-秦始皇本纪》。，成为当时世界上最大的国家。这种统一的政治格局，奠定了中国历代的基本疆域，推动了社会经济和文化的发展，促进了汉民族的形成及与周边少数民族的联系，具有划时代的伟大意义。
秦始皇在位时期，根据秦王朝的实际需要，从以水德主运出发，把商鞅变法以来的各种律令加以补充、修订，构成一部比较完整的《秦律》，颁行于全国。1975年2月，在湖北云梦睡虎地出土的秦简，包括一大批法律条文，其名目有《田律》、《仓律》、《工律》、《徭律》、《效律》、《藏律》、《傅律》、《戍律》、《捕盗律》、《厩苑律》、《金布律》、《关市律》、《司空律》、《军爵律》、《置吏律》、《传食律》、《游士律》等等。这些法律条文，构成秦王朝法律的基本体系。
《秦律》的制定，主要是为了保护土地私有制，防止和镇压反秦势力，稳定秦王朝的统治秩序。因此，《秦律》规定的刑法，非常繁杂和严酷，仅仅是刑罚的种类，就有笞、迁、髡、黥、劓、宫、戮、磔、绞、烹、坑、弃市、车裂、腰斩、枭首、从死、三族等名称，其中不少律文是针对“盗贼”、“臣妾”来制定，这表明《秦律》的阶级属性。因为刑法严酷，特别是实行什伍连坐，株连三族，秦朝人民深受其害，以至于“赭衣塞路，囹圄成市”《汉书-刑法志》。，形成悲惨的社会景象。
秦始皇在位时期，适应统一国家的需要，实行了新的文化政策：
一是统一文字，即废除六国原有的文字，把整齐的小篆作为标准文字，把简化的隶书作为通用文字，在全国范围内使用。小篆是李斯以秦国通用的大篆作基础而制定的一种形体匀圆、笔画简略的规范文字，隶书是程邈根据当时字体的演变特点而制定的一种形体飘逸、书写简便的新型字体。秦王朝统一文字，作为一次全国性的文字改革活动，有助于汉字系统的全面推广，促进了中华文明的发展。
二是“以法为教”，“以吏为师”。秦统一天下以后，适应历史发展的惯性，选择法家思想作为统治思想。法家思想主要是商鞅、韩非的政治思想。商鞅认为，治理国家的目标，是实现国家的富强；治理国家的手段，是推行“农战”方略。国家要想富强，就必须发展农业生产；发展农业生产，就能增加国家收入；增加国家收入，就能搞好军队建设；搞好军队建设，就能提高军事力量；提高军事力量，就能打赢对外战争；打赢对外战争，就能夺取更多的土地和人口；夺取更多的土地和人口，就能进一步发展农业生产。农业生产和战争相互促进，使国家走向富强。韩非认为，“法”是君主治理国家的成文法令，“术”是君主驾驭群臣的政治手段，“势”是君主生杀予夺的权势，只有把这三者结合起来使用，君主才能确保自己的统治地位，才能使国家长治久安。秦王朝的统治思想糅合了这两种政治理论，同时吸收了阴阳、儒、道诸家思想。从另一方面看，秦始皇因为推崇法家思想，特别重视法制建设，制定出各种国家法令，在秦王朝的政治生活中，各级官府必须贯彻执行法令，一般民众要跟官吏学习法令，最终把国家法令落到实处。
三是焚书坑儒。秦始皇三十四年（前213年），秦始皇在咸阳宫设宴，一群博士为他做寿。仆射周青臣称颂秦始皇的功德，说天下平定之后，实行郡县制，使每个人都得到安乐，远离战争的祸害，而博士淳于越主张分封制，趁机劝秦始皇分封宗室子弟和功臣，作为朝廷的辅助，保障国家的长久安定。秦始皇让群臣讨论，丞相李斯认为：“今天下已定，法令出一，百姓当家则力农工，士则学习法令辟禁。今诸生不师今而师古，以非当世，惑乱黔首。”《史记-秦始皇本纪》。因此，建议除《秦纪》、有关医药、卜筮、农桑的书籍和博士收藏的《诗》、《书》、诸子着述外，销毁所有私人藏书；私人谈论《诗》、《书》者，一律处以死刑。秦始皇赞同李斯的建议，立即下令执行。三十五年（前212年），秦始皇重用方士炼造仙丹，寻找奇药，始终得不到回报，一些方士、儒生私下散布不满言论，批评秦始皇的做法，加上侯生、卢生两人擅自逃跑，秦始皇闻讯大怒，就派御史严加查办。这些人相互告发，牵连出一大批方士、儒生。秦始皇亲自划定460人，以妖言惑众的罪名，把他们坑杀于咸阳。这就是“焚书坑儒”事件。
秦始皇统一六国后，为了改善全国的交通状况，开始大规模地修筑驰道。其中有两条主干线：包括上郡道、临晋道、东方道、武关道和西方道。上郡道起自高陵，通往上郡；临晋道越过黄河，通往河东、上党等地；东方道经由函谷关，通往三川、河内等地；武关道经由武关（在今陕西商州），通往南阳、南郡等地；西方道经由今陇县，通往陇西。此外，有栈道越过秦岭，通往汉中地区；直道起自云阳（今陕西淳化），通往九原（今内蒙古包头）。据记载，秦朝“为驰道于天下，东穷齐燕，南极吴楚，江湖之上，濒海之观毕至。道广五十步，三丈而树，厚筑其外，隐以金椎，树以青松，为驰道之丽至于此”《汉书-贾邹枚路传》……秦制50步约合69米，3丈约合7米，说明驰道的路况很好，堪比现代的高速公路。这些驰道、栈道和直道，构成了一个以咸阳为中心的四通八达的交通网，把全国各地紧紧地联系在一起。
值得一提的是，秦始皇二十年（前219年），在开发岭南地区的过程中，为了方便运送军队和物资，秦始皇派监御史禄负责开凿灵渠，把湘江和漓江连接起来。灵渠作为一个古老的运河，沟通了长江、珠江两大水系，成为中原与岭南地区之间的水路交通要道。在开发西南夷地区时，秦始皇派常頞调动民力，利用原有的僰道，修筑成通往滇地的“五尺道”。这样一来，秦朝廷颁布政令，就可以经过栈道、金牛道和五尺道，迅速送达西南夷地区，从而拉近了西南夷与内地的联系。
总起来说，秦始皇的政治作为，连同秦王朝的诸多建树，实现了春秋战国以来的历史转折，开启了秦汉以降的文明进程，成为中国历史上的一座丰碑。
