这份要求的信件抵达英国后，竟被政府发表在报纸上，这下引起了许多反对的声浪。很多人认为强国在非洲要建立的是“政治式的殖民地”，而非“农耕队的示范区”，殖民主义不容许被一个海外宣教士降低成为种棉花、甘蔗的格调。李文斯顿坚持反对殖民主义进人非洲，他始终认为“维持非洲的福祉，是建立在尊重土着的权利体制上。军事、武器能迅速地取代非洲各部落酋长的权力，但是这种结果将给非洲带来更多的混乱，因为军事强权得不到人民的信任”。
战争只能产生屈服，无法产生信任。19世纪，欧洲殖民主义盛行，政治家动辄使用武力使对方屈服，李文斯顿的观点却是：“政治家的野心，像是一只残暴有力的狗。但是，永远要有一条看不见的狗链来拴住它们。”
第二艘汽船
1861年2月，由英国抵达的第二支东非队伍，就是“殖民地式”与“农耕队”的混合型，它由麦金西（CharlesFrederickMackensie)主教领队，包括二位传道人、一位木匠、一位农艺专家与一些从好望角跟来的英国水手。这支探险队驾驶着“先锋号”(Pioneer)汽船进人赞比西河口。2月7日，李文斯顿看到第二支探险队后写道：“我本来很高兴能卸下东非与中非洲探险队的领队责任，但是我看到这一支探险队的组合，深感失望。”双方一见面就不愉快，麦金西希望李文斯顿带他们进人西瑞河，李文斯顿却要北上，由东非的露乌玛河（RovumaRiver)进人，他认为也许这条河可以接到尼亚萨湖，这样更能找到进人东非内陆的快捷方式。争执之后，麦金西终于妥协。
露乌玛河的河口是葡萄牙人的港口，探险队一抵达，就遭到当地守军的阻拦，葡萄牙政府显然也由报纸得知这支探险队带有殖民的任务。经由层层外交交涉后，终于可以进人河口。沿途又遇到许多浅滩，“先锋号”吃水太深，使得前进缓慢。沿途李文斯顿仍然仔细测量河道，记录周遭动植物与天上的星座。
4月，探险队抵达距露乌玛河60公里处，葡萄牙政府禁止他们再深入，只好折回。5月1日，进人赞比西河口。
战争的危机
“先锋号”在河水低水位时的航行速度，竟然比“气喘号”更慢，在西瑞河河口又触滩搁浅，终于沦为废船。7月初，探险队才划独木舟进人漆比萨酋长的村落。探险队员进到这里，就看到西瑞河两岸各部落的酋长皆在此开会，原来捕捉黑人的阿加瓦族已经由尼亚萨湖南下，在西瓦湖边捕捉了许多的黑人，又沿途烧了不少村落，且准备进攻位于西瓦湖南端的马格米罗族(Magomero)0西瓦湖边的酋长们正苦无对策，看到探险队宛如看到救兵，盛大欢迎。
李文斯顿与麦金西在这事上大起争执。李文斯顿坚持不介人非洲土着间的战争，他写道：“战争是一种处理纠纷的拙劣方法，麦金西却不惜一战。”李文斯顿认为探险队来此的目的，“是要建立示范区，不是前来作战的”。
7月15日，李文斯顿带着探险队员走在西瑞河边，刚好遇到一队被捕的奴隶。这支奴隶队伍有男、有女、有小孩，每个人的脖子上套着相连的木伽，手上扣着链子。队伍的前方、后方都有奴隶贩子，他们趾高气扬地走着。前一天，他们杀了一个男人，因为他的木伽脱落了，也杀了两个走不动的女人。有位母亲累得抱不动她的婴孩，奴隶贩子一刀就砍下婴孩的头颅。母亲的哭泣声，使得李文斯顿必须采取行动。他站在奴隶队伍的前方，喝令对方释放奴隶，奴隶贩子立刻拔枪瞄准李文斯顿。李客斯顿冷静地站着，后面的马可洛洛人都举起长矛。奴隶贩子队长忽然想起有个名响非洲的人物，他放下枪拔腿就跑，其他的奴隶贩子也立刻逃走。李文斯顿虽然救了80名土着，但是从这天起，他开始与奴隶贩子结下梁子。
李文斯顿写道：“当我解开他们的木枷时，他们不敢置信地瞪大眼睛，一时呆若木鸡。很快地，他们知道自己已经自由了，才欢呼着帮忙解开别人的链子，又抱在一起大哭痛声。夜里，我点起营火，煮食物给他们吃喝，并为他们疗伤。隔天上午，他们分别散去，只、留下两个魏尤族（Waiymi)的小孩邱玛（Chuma)与威克坦尼（Wikatani)。”李文斯顿收留了这两个孩子。邱玛后来成为李文斯顿最忠实的随从，更成为一位杰出的布道家，将福音传到乌干达（Uganda)与肯尼亚（Kenya)。
以后几天，李文斯顿又释放了几百名奴隶。他认为这是表明立场，要求奴隶贩子释放本来就不属于他们的人，并非对奴隶贩子开战。
谈判破裂
1861年7月22日，李文斯顿与探险队员、西瑞河酋长们在马格米罗的村落外，与阿加瓦族的酋长协商。起初颇为融洽，双方愿意以探险队员在此设立的农耕区作为保持双方和平的缓冲带。后来，积怨已深的漆比萨与阿加瓦族的酋长起了口角，阿加瓦族人射出毒箭，漆比萨族反击，战争立刻爆发，双方都有人中箭。李文斯顿与马可洛洛族的随从彼德桑没有带武器，只能俯卧在地。
子弹声与箭飞声四起，李文斯顿身旁也射来两支箭，有个阿加瓦族战士跳过来，手拿大斧，往彼德桑的颈上砍下。柯克看到，转身射击，阻止t那个持斧战士的攻击。战争持续一阵后，阿加瓦族退去。
圣战的危机
这是西瑞河酋长们首度的胜利，麦金西带来的随从更是受欢迎，他们有最新连发式的火枪，使得持传统单发枪械的阿加瓦族招架不住。麦金西成为西瑞河区百姓的救星，探险队员受到英雄般的欢迎，李文斯顿却一言不发地离开战场。李文斯顿写道：“以暴制暴，不是我们海外宣教士所该做的，容易激动是人性里的轻浮。太少的信心，太多的世俗，以致缺少单纯地依靠上帝的恩典。为短期的好处而激动，反而看不见上帝长期的福祉。”
李文斯顿北上尼亚萨湖，柯克、查理与马可洛洛族人跟他一起去。麦金西与他的队员率领西瑞河的土着乘胜追击，烧了3个阿加瓦族的营寨，杀了不少奴隶贩子。外界的报纸也给麦金西的行动一致的肯定与赞赏，农耕示范变成武器大展，探险之行成为杀戮战场。
8月4日，李文斯顿与他的队员离开马格米罗，李文斯顿向漆比萨酋长购买四艘独木舟，向尼亚萨湖前进。
1862年1月，麦金西带领土着划舟越河攻击阿加瓦族时，没有注意到大雨后河水泛滥，麦金西的船只翻覆水中。土着将他救起带回马格米罗后，1月31日病故，跟随他来的人不是被水淹死，就是病亡。
第二支探险队全军覆没。
尼亚萨湖摇险记
湖边怪声
李文斯顿最大的特点之一，是他不会被失败阻碍往前的道路，探险队继续北上西瑞河。
不久，探险队发现在河边有一个隐密的湖泊——帕马隆比湖(Pamalombe)，水边都是茂密的莎草。探险队在水边扎营，夜里平静的湖面，忽然咕噜、咕噜地冒出巨大的气泡，夹杂水底恶臭的污泥升至水面，湖面空气随之弥漫一股浓浓的臭味。同行的马可洛洛族人非常戒备地拿起长矛，准备迎战沼泽水怪。李文斯顿却面露笑容地在水边观看，他写道：“这是我第一次看到，密生的莎草沉人水中腐烂后所产生的硫化氢，这种湖泊容易产生蚊子与疟疾。”
脑浆牌的肥皂
1861年9月2日，探险队进人尼亚萨湖的南端，他们沿着湖的西侧向前行，遇到了极大的风暴，湖浪就像海浪般巨大，探险队员在狂浪中划了6个小时才达岸边，但是力气几乎用尽，湖边的土着很热忱地跃入水里，帮他们把船拉到岸边。“我们以为你们都会淹死，划船遇到这种风暴死定了。”以后几天都是这种大湖风暴，探险队只有在岸边等待。
在等待风浪平静的时候，最让李文斯顿困惑的是他没有办法洗澡。每当他在河边找到一个隐密处，正准备洗澡时，他就发现水边芦苇与莎草的后面拥挤着人群，酋长、长老、男女老少都静悄悄地躲在草丛中观看。李文斯顿换个地方，他钉又跟过去看。李文斯顿实在搞不懂，只好问他们在看什么，他们说：“你在洗澡时，用一种奇怪的东西擦你的头，怎么就把你的脑浆洗出来了？”李文斯顿把手上的肥皂拿给他们看，并示范说明头上产生的是肥皂泡沫，不是他的脑浆。
湖浪平静的时候，李文斯顿询问他们还需要划多久的船，才能抵达湖的北边。他们说道：“划到你头发白的时候。”李文斯顿与探险队员决定再度北上，趁头发还未发白以前赶快出发。
连衣服都被偷走了
9月12日，探险队到了契田达族（Chitanda)的水域，探险队员上岸扎营，隔天睡醒一看，除了身边的步枪与仪器之外，随身所带的物品几乎都被偷光了。李文斯顿是个非常机警的人，夜间有任何的风吹草动，他都会由梦中醒来，但是这一次被偷却毫无知觉。査理非常地沮丧，认为“没有衣服可以更换，倒不如回去。”
但是，探险队的整包花格布料都没被偷走，因为柯克昨夜将布料包成一捆当枕头睡。这些布料是用来与土着交换食物的。李文斯顿认为可到契田达族的村落中，用这些花格布制作新的衣服。“但是，很可能就是他们偷走我们的行李。”探险队员抱怨道。李文斯顿回答：“小偷没有留下任何的证据，不该怀疑是附近村落的人偷的。没有衣服是小事一桩，用枕头布再做衣服就行了。”一个不会小题大做的人，才能克服困难往前去。
不过李文斯顿也学习到，扎营在野地，必须避免空旷的地方，因为小偷能从不同方向轻易进出。若是只有一个进出的通道，小偷就会知难而退。
蚊蚋之云
离开契田达族的村落，探险队员看到一大片黑云从湖面升起，像股龙卷风般地迅速往不同方向窜移。这种黑云当地土着称为“拿崁古”（Nkungu)，是几千亿只蚊蚋聚集形成，人若不慎陷人其中，口、鼻都会被蚊蚋所填塞，窒息而亡。李文斯顿下令大家闭眼、闭口，鼻子围上布条，待蚊蚋之云经过后再划船前进。李文斯顿写道：“蚊蚋经过时，脸上像被细小的冰粒撞到一样。”
10月8日，探险队抵达尼亚萨湖的北端，李文斯顿发现水里面有些鱼类是外界所未知的。更重要的是，他发现湖中有一种鱼类，是中东地区加利利湖的特种鱼类。他认为在一次早期的大地震中，中东到东非产生一个很大的地壳裂缝，由加利利湖、死海、红海，直裂到尼亚萨湖。如果这个推论是正确的，李文斯顿认为，在尼亚萨湖北边的一大片未为外人所知的高原，应该还有几个巨大的湖泊，这些湖泊可能就是2000年前传说中的“巨人胯下的水道”——尼罗河的源头。地理上的谜，像舞台幕布般被逐渐地揭开了。
凶悍族类
湖的北边，有一个马志都族（Mazitu)部落。这是一个极为强杆的种族，他们的战士不仅擅用长枪，而且持有兽皮制成的大盾，在战斗前，整群战士以枪杆击打大盾，发出雷鸣大响，令对手闻之丧胆。马志都族的威名远播，不仅附近的土着畏惧三分，连奴隶贩子也不敢踏入他们的地界。李文斯顿到了此地，将探险队员留在船上，自己赤手空拳地带着一名马可洛洛族人进人。
不久就遇到一些马志都族战士。他们一看到有外族人进人，叫嚷道：“站在原地不要动。”李文斯顿回答：“你们在树阴下，我们也要到树阴下。”这些战士一听，步出树阴，举起长矛打着大盾，发出巨大的声响。李文斯顿知道这是对方攻击的前奏。他走向前几步，摊开双手，显示自己没带武器，大声道：“想想看，你们这样杀了多少人？难道你们一直都不知道羞耻吗？”这些战士一听，竟然停止击盾，转身就逃，如同小鹿跃人树林般迅速，一下子就看不到踪迹。
李文斯顿一生为非洲人谋福利，上帝给他一种权柄，愈凶焊的种族就愈怕他。李文斯顿直人马志都族村落，走到酋长的前面，
周遭响起的击盾之声更大了。李文斯顿用一样的话回应他们，声音戛然而止。酋长问道：“你带羊来进贡吗？”李文斯顿回答：“我什么都没带，但是上帝的羔羊——耶稣，却曾为你们流出血来，洗净你们杀人作恶的罪。”李文斯顿直接就讲起道来。
酋长下令招待李文斯顿，请他明天再讲。土着招待的是他们最好的食物——牛癣豆（Cow-itchbean)。隔天，李文斯顿又讲，部落的所有人都来侧耳而听，听道后又端上最好的牛癣豆招待。李文斯顿在此讲了五天，吃了五天的牛癣豆，他写道：“吃牛癣豆，吃到厌烦。”李文斯顿与马可洛洛族同伴决定离去，马志都人又送给他们更多的牛癣豆，探险队员吃了一个月。11月1日，探险队回到西瑞河。
30年以后，前来的宣教士发现，尼亚萨湖边信耶稣人数最多的土着，就是马志都族，因为李文斯顿已经播下好种。
赞比西河难民营
难民营的成立
1861年12月，西瑞河畔的战争像是沸腾的油，愈滚愈烈。在这种环境中，李文斯顿发现他所营救的奴隶，在返家的途中被捕或杀害。于是他在漆比萨酋长的村落外成立了一个难民收容所，让流离失所的土着有个暂时的居所。前来的难民愈来愈多，李文斯顿又在赞比西河边的修庞加成立了第二个难民收容所。经营收容所的经费大多由伦敦宣道会与在苏格兰的老友杨格与威尔逊募款资助。但是，照顾难民生活的工作极需人手，李文斯顿的助手在哪里呢？
1862年1月8日，赞比西河口驶进一艘美丽的汽艇逆河而上，汽艇的舷旁漆着“尼亚萨女士”号（LadyNyasa)字样。这是苏格兰的老友同乡募款_英镑所建的最新汽艇。随船而来有许多的食物、医疗用品、6只新品种的牛，还有杰出的生物学家史蒂华特牧师（Rev.JamesStewart)、医生兰西博士（Dr.Ramsey)、会计狄维瑞埃斯（W.C.Derereux)、2名水泥工、2名木匠、1名铁匠，以及李文斯顿的妻子玛丽。李文斯顿与河边的土着，向着这支及时雨般的队伍快乐欢呼！
自立救难队
1858年3月，李文斯顿夫妇搭船离开英国不久，玛丽发现怀孕，身体不适。到了好望角，玛丽就前往库鲁曼待产，生下女儿安娜·玛丽（AnnaMary)，而后就搭船回到苏格兰。玛丽在苏格兰成立了一所家政学校，以维持生计。1861年，李文斯顿需要助手的呼声，由非洲传到家乡的汉米尔顿教会，这所教会人少财缺，却长期资助非洲内陆宣道，甚至动员苏格兰独立教会（IndependentChurchofScotland)的基督徒联合资助难民营的救济工作。玛丽因此资助，才能随船前来。
