现在安省待援甚急，若必偏执己见，则太觉迟缓。朕知汝尚能激发天良，故特命汝赴援，以济燃眉。今观汝奏，直以数省军务，一身克当，试问汝之才力，能乎？否乎？平时漫自矜诩，以为无出己之右者。及至临事，果能尽符其言甚好。若稍涉张皇，岂不贻笑于天下？着设法赶紧赴援，能早一步，即得早一步之益。汝能自担重任，迥非畏葸者比，言既出诸汝口，必须尽如所言，办与朕看。
现在安徽待援十分紧急，如果你一定要偏执己见，未免太过迟缓。朕知道你还能够激发天良，所以特命你前去救援，以解燃眉之急。现在看了你的奏折，竟一直以为几个省的军务由你一人就能担当，试问你的才力能还是不能？平时漫无边际地自夸，以为没人能超过你，及至临事，果真能与你说的相符最好，倘若有一点炫耀、轻狂，岂不贻笑于天下？命你想办法赶紧赴援，能早一步，即可收得早一步的益处。能自担重任，显然不是畏缩者所能比的，话既然出自你口，所行必须尽如所说，办给朕看。
所谓“以数省军务，一身克当”之说，出于曾国藩同吴文镕、骆秉章、江忠源等人商定的“四省合防，以剿为堵”
战略，由湖南、湖北、江西及安徽四省负责本省防务，由他筹建水陆之师作为机动兵力负责进剿。这本是汲取清廷原来“以堵为剿”战略屡遭失败的教训而及时做出的调整，无疑是十分正确的选择，可是当咸丰皇帝在曾国藩的奏折中读到时，不仅未予认可，反而痛加奚落。这不禁让人想到曾国藩两年前的那道《敬陈圣德三端预防流弊疏》，咸丰皇帝当初强忍下来的羞恼，如今终于有了发泄的机会。
客观地说，皇帝远在大后方，不知前敌情形瞬息万变，却不能不知道偌大一个水师岂是三朝两夕就能成就了的？一定是事态严峻搞晕了他的头。但是作为具体的责任人，曾国藩深知水师在未来剿灭太平军中的作用，他此时的抉择关系到水师的生死存亡，也关系到未来的战局，身为当事人于重要关头能否持得住则是事情成败的关键。须知在君要臣死臣不得不死的帝制年代，圣谕之下，几乎无人敢于抗命，甚至连想都不敢想。然而曾国藩既敢于犯颜直谏于前，就敢于抗命申辩于后，于是在所上《沥陈现办情形折》中固陈己见，以貌似委婉的语气，将绝不匆促出兵的主张表达得坚毅如山，而且理由充足、不容置疑。其后说道：
与其将来毫无功绩，受大言欺君之罪，不如此时据实奏明，受畏葸不前之罪。
与其将来毫无功绩，承受大言欺君的罪责，不如此时据实奏明，因而承担畏缩不前的罪名。最后又说：
臣不娴武事，既不能在籍终制，贻讥于士林，又复以大言偾事，贻笑于天下，臣亦何颜自立于天地之间乎！中夜焦思，但有痛哭而已。惟乞圣慈垂鉴，怜臣之进退两难，诫臣以敬慎，不遽责臣以成效。臣自当殚竭血诚，断不敢妄自矜诩，亦不敢稍涉退缩。
臣不懂军事，既不能在老家按规定的时间守孝，以致在士林中留下被讥讽的把柄，又以说大话而坏大事，因而成为天下的笑料，臣有何面目自立于天地之间？夜半难眠，思虑焦灼，只有痛哭而已。惟乞皇上慈悯俯察，可怜为臣进退两难的窘境，以敬慎警诫为臣，不以立出成效来要求为臣。臣自当竭尽血诚，断不敢妄自夸耀，也不敢稍有退缩。
也许由强臣的咄咄逼人，转为弱臣的楚楚可怜，卸下了咸丰皇帝心中的怒火；也许是陈破了利害，让咸丰皇帝无言以对；也许毕竟还需倚重曾国藩，反正咸丰皇帝做出了这样的朱批：
知道了，成败利钝，固不可逆睹。然汝之心可质天日，非朕独知。若甘受畏葸之罪，殊属非是。
知道了，成败优劣，本来就不可预知。不过你的心则天日可鉴，不仅朕一个人知道。如果甘受畏缩之罪，就大错特错了。
咸丰四年（1854）正月二十八日，曾国藩终于从衡州起程，此时距去年墨绖出山，刚好一年零一个月；距去年八月移驻衡州仅五个多月，曾国藩竟神奇般地打造出水陆两军二十营一万人马，加上夫役等足有一万七千多人，拥有大小战船二百多艘、新式火炮五百七十多座。而起程之日，恰是安徽巡抚江忠源于庐州城破自杀的第四十三天、湖广总督吴文镕于黄州堵城兵败自杀的第十四天。二人一位是他的学生，一位是他的座师，这不仅是清廷的重大损失，也让曾国藩痛失膀臂与靠山，压力骤增。曾国藩强抑内心的悲愤，昼夜兼做，而且不待广州所购之炮到位，即决定启行。三天后，曾国藩向咸丰皇帝上了《报东征起程日期折》，折的末尾，曾国藩向皇上表明自己的心迹：
臣才智浅薄，素乏阅历，本不足统此大众。然当此时事艰难，人心涣散之秋，若非广为号召，大振声威，则未与贼遇之先，而士卒已消沮不前矣。是以与抚臣往返函商，竭力经营，图此一举。事之成败，不暇深思；饷之有无，亦不暇熟计。但期稍振人心而作士气，即臣区区效命之微诚也。
其间所说的“广为号召，大振声威”，即起程前在誓师大会上发布《讨粤匪檄》。这是针对太平军的《奉天讨胡檄》而作。《奉天讨胡檄》立意在民族大义，“慨自满洲肆毒，混乱中国，而中国以六合之大，九州之众，一任其胡行，而恬不为怪”，“而中国之人，反低首下心，甘为臣仆。甚矣哉，中国之无人也！”而且还拨动当年令华夏尤其是江南士人最感屈辱的那根神经：“夫中国有中国之形象，今满洲悉令削发，拖一长尾于后，是使中国之人变为禽兽也。”曾国藩清楚地知道，太平军着眼华夷之辩，立论不为不堂皇，只是清朝入关已历二百多年，尽管华夏知识分子不甘臣服之心早已泯灭，但异族江山却是铁定的事实。作为讨伐檄文，本应针锋相对，这就必须为清廷辩护，而且清廷最想看到的也必定在此。但是这对于号召广大华夏士人却无论如何都会是苍白无力的。于是曾国藩别出心裁，刻意避开华夷之辩，抓住太平军信西方上帝、反中华文化这一软肋而大做文章：
农不能自耕以纳赋，而谓田皆天王之田；商不能自贾以取息，而谓货皆天王之货；士不能诵孔子之经，而别有所谓耶稣之说、《新约》之书。举中国数千年礼义人伦、诗书典则，一旦扫地荡尽。此岂我大清之变，乃开辟以来名教之奇变，我孔子、孟子所痛哭于九原！凡读书识字者，又乌可袖手安坐，不思一为之所也！
毋庸置疑，曾国藩站在了中华道义的制高点上，这就使得他所统率的湘军不仅具备了相当的实力，而且成了极具号召力与凝聚力的正义之师。曾国藩将这篇檄文誊抄了数百份，通衢码头、市井馆舍广为张贴，引起极大的反响。
不想，清朝以及忠于清朝的人们正在一旁冷眼观瞧、悉心玩味，曾国藩貌似缜密的心机早被他们看个透彻，以致湘军到底是勤王之师还是卫道之师在京城竟成一时之议。
其实，早在曾国藩筹建水师之始，咸丰皇帝就睁开了那只疑忌的眼睛。像这种由汉人建军在清朝二百多年的历史上绝无先例，只是形势所迫，不得不首开其禁。但是咸丰皇帝绝不会不加防范，据王闿运《湘军志》所载：“文宗以国藩一人兼统水陆军，心忧之，特诏贵州提督布克慎自黄州还，赴其水营，诏总督台涌会其师。”布克慎身为从一品的提督，命他进入湘军水营，即便不能取曾国藩而代之，至少是于内部施以监控。而且同为满人的台涌，时任湖广总督，命他同湘军会师，更有从旁牵制之意。只是因太平军由鄂入湘，曾国藩不能及时赴鄂，致使这一计划暂且搁置，但是咸丰皇帝心有不甘，终于抓住曾国藩的一个小把柄予以惩戒。
为了筹集军饷，曾国藩在衡州时曾接受原任湖北巡抚杨健之孙杨江两万两银的捐助，并应其所请，特上折奏请杨健入祀乡贤祠。前叙曾国藩在奏报东征起程日期折中，曾说及“饷之有无，亦不暇熟计”，这话听起来很有些悲壮的味道，至少说明湘军东征，正为军饷筹集所困，故此曾国藩才对杨健于道光年间受过处分的事未曾在意。不想咸丰皇帝览奏，居然大发雷霆，一说曾国藩“袒护同乡，以私废公，明显与圣衷相悖谬，可恶至极”；二说“各省题请乡贤，例由各省督抚学政核办其事，曾国藩以在籍侍郎，竟敢专擅入奏，并特旨批准，饷词巧辩，所奏极不成话”
。于是便将曾国藩“交部议处”，却对杨江的捐输予以奖励。至咸丰四年（1854）三月中旬，即曾国藩从衡州起兵四十几天后，吏、礼二部遵照咸丰皇帝的旨意，对曾国藩作出如下处分：
该侍郎袒护同乡，专擅入奏，理应革职，只因该侍郎现在督带炮船，剿办贼匪，连获胜仗，尚知奋勉，故加恩改为降二级调用，仍行督带湘勇，速灭贼匪，不得有误。
平心而论，这事说大即大，说小即小，只是正值咸丰皇帝对曾国藩满腹猜忌之时，小题大做自然难以幸免。
（第四节）巡抚任复免，满君忌汉臣
曾国藩终于以统兵大帅的身份驰骋疆场了。这既为他始料不及，又属得偿所愿。然而等待他的则是千般困苦、万种酸辛。这些不仅来自敌人，更来自内部，来自他竭诚尽力所效忠的朝廷，来自那位满腹心机而恩、威、忌并用的咸丰皇帝。
又好像出于刻意安排，石达开已经奉调入京，主持天京城防事宜，西征主帅更为燕王秦日纲。但秦日纲远逊于石达开，一切听凭东王杨秀清于京城遥控。由于庐州的胜利，杨秀清有些头脑发涨，分兵三路，深入两湖腹地，却因战线过长，兵力有限，后来不得不实施战略收缩，由此成全了初涉疆场的曾国藩。这样说并非是对曾国藩的辱没，因为客观地讲，曾国藩区区一万人的部队，与数倍于己的太平军相比实在是寡众悬殊。但曾国藩竟能不失时机地乘势而起，到底非同凡响。
当然，经历挫折也在所难免，毕竟未经实战之军，很难抵御太平军挟庐州之胜而重回两湖的锋锐。
的确，两军初遇不久，曾国藩便遭遇了靖港之耻。当曾国藩率湘军离开衡州抵达湖南省城长沙时，太平军已经从湖北进入湖南，占领了紧邻湖北的岳州，随后一路南下，拿下了湘阴以及省城长沙以北的靖港和以西的宁乡。湘军首先在宁乡同太平军打了一个遭遇战，虽牺牲十八湘勇，却毙敌三百多人。同时也驱走了湘阴的太平军，并尾随至岳州。湘军水师于洞庭湖也小胜太平军。太平军见湘军来势凶猛，只好弃岳州而走，退回湖北。可是，当两路太平军会和后，便转败为胜，不仅复夺了岳州，还折损湘军兵将千余人。与此同时，湘军水师在洞庭湖进抵岳州之际，突遇北风大作，漂沉战船及辎重船二十四艘，撞破几十艘。曾国藩不得不率水师及岳州败军退回长沙。太平军则于岳州卷土重来，复夺湘阴、宁乡、靖港，而且前锋直抵湘潭，从北、西、南三面对长沙形成钳形攻势。此时的曾国藩头脑还十分清醒，他看准了湘潭之敌孤军深入的弱点，及时派出重兵攻打。不料却误听绅民提供的情报，曾国藩督军进攻靖港，本意是亲自指挥一场靖港大捷来挽回声誉，谁知竟是雪上加霜。也许是上天不佑，曾于洞庭湖漂沉湘军水师战船的北风，此时竟然转为西南风，致使船队无法停泊，径直闯入太平军营，惨遭炮攻。而陆师方面，不该让团丁在前，结果敌军一出，团丁掉头就跑，带动湘军跟着溃逃。曾国藩大怒，手提宝剑，在地立一小旗，传令：
“过旗者斩！”然而溃退的士兵居然绕旗而逃。曾国藩曾一再讥笑绿营兵望风溃逃，如今居然出现在自己的军中，不禁又羞又愤，当即跳了湘江，而且连跳了两次。当然是被人救起了，不久又传来了湘潭大捷的喜讯。
但是，长沙的官场却十分热衷于曾国藩的失败。岳州之败时，就已谤声一片，不仅大骂曾国藩无用，还主张解散湘军。湖南巡抚骆秉章虽不同意解散湘军，却也对曾国藩极其冷淡。如今又遭靖港之耻，不知是出于长沙方面拒入，还是曾国藩自感无颜，反正曾国藩这次回来连城都没进，只住在南门外的妙高峰寺。城里则已人声鼎沸，纷纷要求骆秉章参劾曾国藩，解散湘军，一时间风雨满城。曾国藩悲观到极点，依然准备自杀，以谢兵败之罪。以致十天后在给咸丰皇帝上《会奏湘潭靖港水陆胜负情形折》和《靖港败溃自请治罪折》的同时，还拟了一道未发的遗折，向皇上申明死志：“为臣力已竭，谨以身殉，恭具遗折，仰祈圣鉴。”
咸丰皇帝却更看重湘潭大捷。因为自兵兴以来，对太平军的围剿，几乎全是败绩，如今由曾国藩练出的湘军竟然取得了如此胜利，不亚于一片汪洋之中突然冒出一座孤岛，在咸丰皇帝的眼中格外醒目。也许早在三月初五曾国藩曾上《贼踪退出南省现驻岳州折》，就已经让咸丰皇帝受到了鼓舞，及至三月二十日曾国藩再上《岳州战败自请治罪折》，咸丰皇帝竟在朱批中十分惋惜却又不无体谅地说：“何事机不顺若是”。而此时，看到曾国藩因靖港之败而自请处分，他不能理解曾国藩败不讳败、功不矜功的诚实、谦抑之德，反笑曾国藩愚腐，批道：“此奏太不明白！岂已昏聩耶？汝罪固大，总须听朕处分。岂有自定一拿问之罪？殊觉可笑！想汝是时心操如悬旌，漫无定见也。”如此尖刻的挖苦出自咸丰皇帝，在曾国藩大抵已经习惯，尤其在此刻，更为一种受宠若惊所遮掩，因为，咸丰皇帝对曾国藩只处以“加恩免其治罪，即行革职，仍趱紧督勇剿贼，戴罪自效”，并没有剥夺他的军权，尽管仍属恩威并施，但毕竟恩大于威，尤其让他没有想到的是，他的对头即湖南提督鲍起豹竟被革职，并由自己一再予以举荐的塔齐布最终接替。不过，一个多月前，对曾国藩“专擅入奏”的处罚，“理应革职”却“加恩改降二级调用”，如今终于被处以革职了。致使曾国藩连专折奏事的资格都没有了，为了沟通便捷，不得不重新申请，好在获得恩准。
在曾国藩一心求死的日子里，他的父亲曾经来信，说了一句话很有分量的话：我儿此出，杀敌报国，不只为保家，出湖南战死，死得其所，若死在湖南，我不哭你！也许，父命加上君命，最终让曾国藩放弃了求死之念。曾国藩重新振作起来，开启了意义重大的长沙整军，他认真汲取湘潭大捷与靖港以及岳州惨败这正反两方面的经验与教训，明赏罚、严军纪，对溃逃的营伍坚决予以裁撤，连自己的亲弟弟曾国葆也不予姑息。经过这次长沙整军，湘军的战斗力空前提高。加上湘潭之战的胜利，迫使太平军不得不由战略进攻转入防御与退却，于是湘军于六月十三再次出征，一路斩关夺隘，于湖南北部逼迫太平军放弃岳州，退守城陵矶，双方在这里打了一场恶仗，先是湘军四员将官殒命，其后是太平军骁将曾天养战死，太平军再退至湖北省城武昌，但是进入湖北仅四十天，武昌及汉阳这一长江上游的军政重镇便易手湘军。
