小儿子桓昇扑在怀里抚摸着他的胸脯安慰，桓玄悲不自胜。好在思维没有乱，自己手里还有活宝。桓玄逼迫在浔阳城过退休皇帝生活的白痴司马德宗西上荆州，留下龙骧将军何澹之等将领防守湓口防线，抵挡追兵。
刘毅率领何无忌、刘道规诸军穷追不舍，兵至桑落洲。楚军主将何澹之随即率水师迎战，将主力分配在左右翼，意图围敌而歼之。
双方战舰排开，何无忌遥望何澹之平常所乘的座舰。但见其上遍插旗帜，羽仪甚盛，便对众将说：“贼帅必不在中军，想诈我，我们将计就计，攻他中军。”众将不解道：“既然何澹之不在主舰，我们攻打中军有什么用？”何无忌解释道：“我军兵少，敌军兵多，众寡不敌，战无全胜。何澹之既然不在主舰上，中军战士必弱，我用精兵攻打，肯定能打下来。得到主舰，则敌军气馁，我军气盛，定破贼兵！”
晋军战船猛攻楚军中军，拿下主舰，四下高喊：“何澹之被俘了！”楚军大乱，一败涂地。晋军攻克湓口，进占浔阳。
桓玄得知浔阳失守的消息，集合荆州兵马两万余人，以苻宏（前秦天王苻坚太子，亡国后投奔桓玄）为前锋，大发楼船，挟帝东下，意图夺回江州。刘毅、何无忌、刘道规、孟怀玉率军自浔阳西上，与桓玄相遇于峥嵘洲。
古时大江宽阔，沙洲众多。现在并不多见，大江中心的峥嵘洲如今与江岸结合而成边滩。
两支船队遭遇时，晋军不满一万人，各路楚军有数万之众，楼船高大，舟舰众多。诸将唯恐不胜，主张退回浔阳坚守。
刘道规对诸将怒吼道：“敌众我寡，强弱分明，今若畏懦不进，必被敌人抓住机会，就算回到浔阳，能守得住吗！桓玄外名雄豪，内实怯懦，加之贼军累败，军心不稳。决机两阵，将雄者胜，岂在人数多少！”
狭路相逢勇者胜。胜便胜在气势，胜在信心。刘道规率本部船队冲锋，刘毅诸将各自率队迎上去。桓玄不改老习惯，弄条轻舸漾舟大船之侧，以备逃走。楚军见主将如此胆怯，莫有斗心。刘毅乘风纵火，士兵们争先杀敌，楚军大溃。
桓玄焚烧辎重，挟持晋安帝乘小船连夜遁走，回到江陵，仍然感觉不安全，准备逃往汉中。城中人心沮丧，士兵哗变。桓玄与亲信心腹一百多人乘马出城西逃，刚到城门，部下士卒自相残杀。桓玄差点被砍死，侥幸逃得性命，到了江边，上了船，身边只剩几名随从。
随从中有屯骑校尉毛修之，他可不是真心保护桓玄，而是个卧底，是益州刺史毛璩派到桓玄身边的特工人员。
毛修之诱骗桓玄入蜀，去汉中干吗？蜀道难，难于上青天啊。去益州，不失做刘备。
桓玄听信了，改向蜀地进发，船行枚回洲，正遇益州的伏兵。蜀舰箭如雨下，侍卫丁仙期、万盖等人用身体挡蔽桓玄，全被射成刺猬。蜀将冯迁跳上船，抽刀上前，欲杀桓玄。桓玄急忙拔下头上的玉导给他看，喝道：“你是何人，敢杀天子！”冯迁没被吓住，厉声喝道：“我杀天子之贼！”说话间，手起刀落，桓玄人头落地。
晋军将桓玄首级送往建康，枭于大桁。桓玄于公元402年十二月称帝，公元404年五月被杀，仅仅做了一年零六个月皇帝，身死国灭，宗族死亡殆尽，足以警戒天下有野心而无才能的人。
刘裕主政
桓玄死后，刘毅诸将继续在荆州作战，陆续削平桓氏家族的残余势力，然后迫取晋安帝返回建康复位。
京口建义诸将得到朝廷的封赏，刘裕为车骑将军，领徐、青、兖三州刺史，镇守京口；何无忌镇江州；刘毅领豫州；诸葛长民督淮北；孟昶居中任吏部尚书。东晋名义上虽然仍是司马氏的天下，朝廷最高长官仍然是琅琊王氏的王谧。但是，王与马共天下的格局已不存在，而演变为刘裕与北府将领们的天下。
权力之争是官场的永恒主题。只要进入名利场，便会身不由己。父子兄弟，师生朋友，甚至昔日最亲密的战友也会成为争权夺利的对手。刘裕凭借刘穆之的一条妙计顺利从地方进入中央，真正成为晋帝国的主宰。
朝廷中的傀儡大臣王谧死了，尚书左丞皮沈来到京口拜见刘裕。皮沈首先拜会刘裕重要的谋士，车骑将军府主簿刘穆之，向他表达朝廷议定的两项人事安排，征询意见。
王谧死后，留下两个空缺，一个是扬州刺史，一个是录尚书事。扬州辖京都建康，录尚书事主管朝政，都是至关重要的位置。
朝议的结果形成两条意见，要么让中领军谢混接任，要么建议刘裕在京口遥领扬州刺史一职，朝廷政务交给孟昶处理。
廷议方案看似合情合理，谢混出自陈郡谢氏，谢安的孙子，谢琰的儿子，由他接任王谧的职务是很自然的事。如果刘裕想做扬州刺史的话也可以，兼职就行，刘裕是武将，那么朝廷政务交给孟昶。无论前一种还是后一种方案，有一点相同，即刘裕不必入京辅政。
刘穆之听完，没说话，借口上厕所走开，中途派人给刘裕送去张便条，上面写着一句话：“皮沈来了，他的话不能听。”
刘裕接见皮沈，听过那两条建议之后，让皮沈到外面候着，把刘穆之叫来问。刘穆之分析道：“晋朝失政日久，桓玄篡逆，天命已移。刘公兴复皇祚，勋高位重，以今日之形势，怎么能一味谦让，只做一个边将呢！刘毅、孟昶诸公，与您都起自布衣，共立大义以取富贵，定谋起事有先有后，所以推刘公为盟主，并非真心诚意拥护您，如今大家势均力敌，将来一定会互相吞噬。扬州，国家根本，不可交给别人，当年任命王谧是一时权变，如今若再让他人做刺史，必然受制于人，权柄一失，再不可得。那样一来，将来的危险实在无法想象。现在朝议已经如此，应该给他们回话，如果挑明了说‘我不同意，就该我做’，似乎显得不太谦虚，盛气凌人，让人讨厌。那就这么说，‘扬州是国家根本所在，宰相地位重要，这是兴亡所系之事，人选应该慎重仔细。既然是大事，不好隔得这么远来商量，我会尽快入朝，与大家共同商议。’只要刘公到了京都，他们一定不敢越过您另外任命他人。”
刘穆之谋深虑远，一眼看破玄机，看到刘毅的野心。刘裕拉拢琅琊王氏，刘毅便去拉拢陈郡谢氏，准备在朝廷中另立自己的派系。此次廷议目的明确，即使谢混做不了扬州刺史，也决不让刘裕入京主政。刘穆之一席话坚定了刘裕排除异己，最终成就伟业的雄心。刘裕入京，果然被任命为扬州刺史、录尚书事，从而真正控制东晋朝局。
出身庶族的刘裕踏着桓玄的尸体登上门阀帝国东晋的权臣宝座，开始扮演皇帝终结者的角色。
此时，刘裕正在考虑提高自己在国民心目中的威望，没有威信，政令、军令不会畅通。
刘裕的声威建立在内战基础上，而今卢循龟缩广州，向朝廷称臣，一时找不到借口收拾。刘裕把眼光瞄向境外，谯纵在他眼里只是一只小耗子，不值得兴师动众，胜之不武。北方有三大强国，北魏、后秦和南燕。南燕就是那个退守山东地区的后燕范阳王慕容德建立的燕国。北魏不与晋国接壤，先收拾后秦还是南燕呢？
后秦皇帝姚兴趁着东晋军阀内战的时候，把东晋的河南之地收入囊中。
刘裕试探性向后秦国提出议和，要求归还南乡等几个郡。
姚兴不顾满朝文武的反对答应下来，为他的以土地换和平的政策解释说：“天底下的善行都是一样的。刘裕从社会底层最卑贱的地位发展起来，奋发英姿，诛灭桓玄，兴复晋室，内修政治，外修疆域。我怎么能为珍惜几个郡，不成全他的好事呢？”
后秦割让南乡、顺阳、新野、舞阴等十二个郡归还东晋。姚兴够聪明，难怪后秦国在他温和而又坚决的领导下，逐渐强大起来。不过，他的温和是养虎为患，他不曾料到刘裕的志向有多高，心气有多大，刘裕想诛灭的难道仅仅是一个桓玄吗？
刘裕掂量半天，找不到收复旧都的理由，正郁闷呢。南燕换皇帝了，老皇帝慕容德去世，金刀太子慕容超继位，不但向姚兴称臣，还把南燕国的乐队当做礼物送给后秦。乐队给了别人，自己没有了，慕容超准备重新组建一支乐队，派军队劫掠东晋的边民。
慕容超和刘裕在对待音乐的态度上表现出二人的迥然不同。当官员们因为朝廷音乐设施不完备，请求重建时，刘裕说：“现在没有时间做这件事，而且我也不懂它的道理。”官员们说：“如果你喜欢它，自然就懂了。”刘裕道：
“正因为懂了就会喜爱，所以我才不去学习它。”五色令人目盲，五音令人耳聋。慕容超的贪欲掩盖了智慧，辉赫一时的慕容家族因此几近亡族。
公元409年二月，南燕骑兵大掠晋朝边境，俘虏东晋青年男女二千五百人送到燕国太乐学习音乐歌舞。
慕容超轻启边衅，给了刘裕大展拳脚的机会。他向天下宣告，一个属于刘裕的时代即将来临，他要用武力收复失地，一统河山。刘裕发动了第一次北伐，他为自己确立的目标就是干掉南燕国。桓温等东晋将领们屡次北伐常常无功而返，刘裕能够取得超越桓温的军事成就吗？慕容超又是何许人？为什么叫金刀太子？
