逼走了叶向高，魏忠贤的邪恶势力更大了，明朝的政治更加黑暗了。那些对朝廷感到失望的正直大臣，纷纷上交辞呈，以此表示抗议。到了1624年的冬天，吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙、吏部侍郎陈于廷、杨涟、御史左光斗、魏大中等几十人都先后辞职。挡着，魏忠贤又施展阴谋，迫使内阁首辅韩炉和兵部侍郎李邦华辞去官职。
魏忠贤安排他的党羽占据那些离职大臣所留下的空缺职务。朱童蒙、郭允厚当了太仆寺少卿，吕鹏云、孙杰当了大理丞，霍维华、郭兴治当了给事中，徐景濂、贾继春、杨维垣当了御史。与此同时，那些对魏忠贤俯首帖耳的政治小人，如徐兆魁、王绍徽、乔应甲、徐绍吉、阮大铖、陈尔翌、张养素、李应荐、李嵩、杨春懋等人，都得到了重用，成为魏忠贤的帮凶。不久，曾任御史的腐败分子崔呈秀被重新起用，他是因贪污受贿而被东林领袖弹劾的，这次是因为投靠阉党得到复出。崔呈秀对魏忠贤让他重回朝廷感恩戴德，他煞费苦心地搞出了两本花名册，一本名为《天鉴》，里边收录的是那些同情或倾向于东林党的官员名单；另一本名为《同志》，东林党成员都收录其中。
王绍徽也不甘落后，他根据水浒梁山一百零八将的故事，献给魏忠贤一本《点将录》，把那些不与阉党一个鼻孔出气的大臣，都划到了东林党人的阵营里，而以邹元标、顾宪成、叶向高、刘一燝等人为首。从那之后，魏忠贤罢免官员，就翻开这几本花名册就行了。于是，一些人格低下的政治小人，争抢着投靠到魏忠贤的门下，他们狼狈为奸，落井下石，不遗余力地攻击东林党人。
尽管在朝的东林党人遭到了大清洗，魏忠贤已经完全控制了朝政的大权，但魏忠贤晚上睡觉还不踏实，因为那些东林党人虽然没权了，但他们还有嘴，他们人在江湖，还在批评时政，斥责魏忠贤集团。因此魏早贤决定痛下杀手，把东林党人斩尽杀绝。他已经有足够的力量这样做，他手下的那些党羽爪牙们随时都在看他的眼色行事。魏忠贤在等待出手的时机。
当初，万历和泰昌朝宫廷内曾发生了三件大案：1615年的梃击案，太子朱常洛遭到一名闯入宫中的男子棒击；1620年的红丸案，刚当上一个多月皇帝的泰昌帝服用了官员敬献的红药丸后毙命；以及同一年发生的移宫案，大臣们要求泰昌帝的宠妃李选侍搬出乾清宫。这三大案在1623年完成的《泰昌实录》中已经有了定论。但这个时候，这些权力在握的阉党官员又旧事重提，目的是想洗刷掉自己当年扮演的不光彩角色。他们向魏忠贤寻求帮助，要魏忠贤出面帮助他们翻案，并且无中生有地说：东林党人将要陷害您。魏忠贤于是命令首辅顾秉谦把《三朝要典》进行了重新编写，极力攻击诋毁东林党人，替他的阉党成员发泄了私愤。
1625年1月，魏忠贤的党羽梁梦环在魏忠贤的指使下逮捕了汪文言，罪名是他包庇由于作战不利而被身陷牢笼的辽东经略熊廷弼。汪文言拒不承认那些无中生有的罪名，在监狱中被活活折磨死了。魏忠贤的心腹许显纯还编造了一份状词，把已经被免职的赵南星、杨涟等20余人牵连进此案。不久，杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顾大章六个人被逮捕入狱，受到严刑拷打。
十月中旬，魏忠贤下令杀害了这六个政敌。李宗延、张问达等50多位羞与魏忠贤同流合污的官员也被罢职。到了年底的时候，一份包括涉嫌同情东林党的人员名单，被印发出来并榜示天下，凡是名字在上面的都被当成东林党人，可以随意治罪。
这个时候，最忙的要属东厂魏忠贤的走狗们了，他们以清除东林党的名义，到处乱转，胡作非为，看不顺眼的人就被带走，任意折磨，根本不用经过什么司法审讯。
大臣李承恩是皇帝家亲戚，他的母亲是宁安公主，他家中收藏着皇帝赏赐的器物。魏忠贤却以盗用御物的名义将他下狱处死。中书吴怀良看到杨涟准备弹劾魏忠贤罪状的奏疏，叫了一声好，被人告发，竟然遭到了灭门之祸。武将蒋应阳为熊廷弼叫冤，立即被杀掉。平民百姓在一起谈话，只要一提起魏忠贤的名字，一旦被举报，就会被以剥皮、割舌等酷刑处死。这样一来，搞得人人自危，很多人连话都不敢说了。
1625年3月，泰昌皇帝陵墓竣工的时候，魏忠贤被朝廷赐予大都督府都督同知的世袭官职，他的族叔魏志德被授予都督佥事，他的外甥傅应星被提升为左都督，侄儿魏良卿被授予锦衣卫佥书，兼掌镇抚司。
1626年，魏忠贤又亲自部署，下令逮捕了退隐在江、浙一带聚徒讲学的东林领袖周起元、高攀龙、周宗建、缪昌期、周顺昌、黄尊素、李应升7人。因为这些人虽然不在朝廷了，但他们还经常抨击时政，他们崇高的威望和清廉的名声，在江南一带造成了很大的声势，客观上形成了一股在野的政治反对力量。魏忠贤对这一派力量又恨又怕，绝对不允许他们继续存在。结果是，高攀龙拒捕投水自杀，周顺昌等六人被捕入狱，很快就被折磨致死。
当魏忠贤的走狗们到苏州去缉拿周顺昌的时候，苏州的百姓们群起抗议，他们一哄而起，打死了两名东厂的校尉，并准备采取暴动来营救被捕入狱的东林党领袖。整个东南地区的局势变得动荡不安，一场武装起义随时有爆发的可能。但魏忠贤也不是省油的灯，他想方设法控制住了那里的局势，带头准备暴动的颜佩韦等五人被捕杀。随后阉党又派人捣毁了东林书院，并在那里立了一块东林党碑。从那之后，国内的反对力量几乎都魏忠贤摆平了。
东林党人被基本摆平之后，魏忠贤就开始关注边疆，他这样做并不是要为国家做什么贡献，他在琢磨着冒领边功来巩固地位。就是在这时，辽东的一名叫武长春的男子倒霉了，他在北京的一家妓院里寻求刺激，他在那里海阔天空地说大话，并且还讲到了辽东边境明军与满洲军队作战的情况。结果他的话被东厂的密探偷听到了，就把他送到了东厂监狱，许显纯下令严刑拷打，逼迫他说自己是奉满洲人之命来刺探军情的。也就是在这个时候，明朝军队在辽东前线打了一次小小的胜仗，捷报传到北京，许显纯就趁这个机会为魏忠贤邀起功来。
他给朝廷上书，胡说什么：“武长春是满族人的间谍，潜伏到北京刺探情报，幸亏被忠诚的东厂卫士捕获，这才使辽东前线的明军获得了胜利。”于是天启帝下诏晋封魏忠贤的侄子魏良卿为肃宁伯，并赐给他宅第和庄田。吏部尚书王绍徽进一步拍马屁，请求对魏忠贤的祖先给予追封，天启帝就追封魏忠贤的四世祖先为肃宁伯。魏忠贤还派出心腹太监刘应坤、陶文、纪用到山海关去监军。这些不男不女的人对军事一点儿也不懂，却到了那里指手画脚，边防驻军的士气受到了严重影响，军事形势一度恶化。
这时，一些奴颜媚骨的官员对魏忠贤的谄媚达到了令人作呕的地步。浙江巡抚潘汝桢提出在西湖边为魏忠贤建一座生祠。天启帝竟然批准了这个荒唐的请求，并亲自为祠堂匾额书写了“普德”二字。于是，一些趋炎附势的地方官员们撰写了一些令人肉麻的吹捧文章，为魏忠贤大唱颂歌，什么“民心依归、天心向顺”呀，“尧天舜德、至圣至神”等。生祠里还立着魏忠贤的塑像，进入祠堂的官员，必须口称九千岁下跪叩拜。不愿意叩拜的就被残忍地杀害。不久，全国各地纷纷建起了这样的生祠。被搜刮来的民脂民膏，就这样被用来祭祀这位还活着的无赖太监，实在是荒诞得可以！
