首先，叶适回顾了几年前郑丙，陈贾请禁道学的做法，开了一个很坏的先例，就是以某种学术为罪名来打击学者。叶适说，以往“小人残害忠良”，往往用“好名”，“立异”，“植党”为罪名，从郑丙，陈贾开始，用“道学”为罪名，“以为善为玷阙，以好学为过愆，相为钩距，使不能进，从旁窥伺，使不获安”，搞得人心惶惶，“贤士惴栗，中材解体，销声灭影，秽德垢行，以避此祸”，产生了很坏的效果。第二，叶适指出，这种以“道学”为罪名来打击学者的行为，在手法上也不正当，是“居要津者密相付授”的方法，行动诡秘，不是光明正大的，“往日王淮表里台谏，阴废正人，盖用此术。”第三，林栗“袭用郑丙，陈贾密相付授之说，以道学为大罪”，如果仅仅是为了罢黜一个朱熹，害处还不大；叶适所担忧的是，这个口子一开，“自此游辞无实，谗口横生，善良受祸”，那危害就大了。以“道学”为罪，势必殃及学人，受害的绝不是朱熹一人，叶适为朱熹同时代的学者，对这个问题特别敏感。叶适有此担忧，绝不是杞人之忧，作为事功学派的代表，他看问题要比别人更切合实际一些，更深入一些。他不能不看到，郑丙，陈贾禁道学的上疏公布之后，朝廷上下掀起一股反道学的潮流，这种潮流显然与他自己及陈亮对道学的批评有本质的不同，而是一种学术界以外的政治力量。以政治手段对道学学者的打击和排斥，而实际受害者却不限于道学学者，连他的挚友陈亮也受株连，惨遭冤狱。有此历史教训，所以当林栗以“道学”为罪而弹劾朱熹时，叶适就警觉起来，预感到这样做的后果的严重性，“利害所系，不独朱熹”，而是对着所有在学术上有所建树，能提出新观点，建《宋史纪事本末道学崇黜》中引叶适此疏，在此之下有“固未甚害，第恐”之语，连接上下文，更加顺畅，也更合叶适此文的本意，似应补上。立新体系并聚徒讲学的学者而来的。在这个问题上，叶适同朱熹在利害上有了共同性，因此，他要挺身而出，为朱熹辩护。他在这时为朱熹辩护，并不是只为朱熹一人辩护，而且是为当时所有具有新观点，建立新体系并授徒讲学的学者辩护，是抵制政治上的强权对学术界的横加干涉，是要保护学者自身探讨学术，学者之间互相论辩得以正常进行，而不受外来的干预。如果说，那些道学家们往往空谈义理，空谈性命，而讳言利害，表现得比较迂阔的话，那末象叶适这样的事功学派的学者却不是这样。而是注重事情本身的来龙去脉的分析，从中认清事理之所在，他不回避利害的问题，而是特别注意事物的利害，注重事情的后果。由此看来，叶适此时挺身而出为朱熹辩护，并没有违背他作为事功学派学者的根本观点，却上表明了事功学派注重实际，切中事理，顾及后果，明辨利害之所系的本色。我们可以看到，“庆元党禁”
的出现，证实了叶适在这篇辩护状中所做的预测，叶适在这里所担忧的事，在“庆元党禁”中都成了严酷的事实。
对叶适的《辩兵部郎官朱元晦状》，当代学者在关于叶适的着作和论文中，或避而不谈，或涉及到而不置可否，个别着作中有所评论却颇有微词。如《宋明理学史》论及此事时，有这样的评论：“到淳熙十五年，当朱熹遭到林栗攻击时，他(指叶适)却出来为朱开脱，辩解。林栗出于排斥理学家参加政权的需要，自然不免于不实之词。而叶适在《辩兵部郎官朱元晦状》中，却激烈攻击林栗，袒护朱熹反映了叶适当时对道学的认识，在思想上还不完全明确。”
(该书第十四章第二节)这里有两个问题：一个是，叶适当时为朱熹辩护反驳林栗，做得到底对不对一个是，叶适为朱熹辩护，是因为“当时对道学的认识，在思想上还不完全明确”，还是有别的原因以叶适这样一个朱熹在学术上的反对派出来为朱熹辩护，似乎是不可理解，但只要稍加分析，就可明白个中之道理。林栗对朱熹的弹劾，并未批评到道学的内容，林栗本人也没有在学术上提出什么观点来同朱熹的道学思想相对立。因此，林栗同朱熹之争，根本不是学术之争。林栗弹劾朱熹，也不仅仅是出于排斥理学家参加政权的需要，否则也难以理解林栗贬斥朱熹“本无学术”，以“道学”为罪，要求禁止朱熹聚徒讲学这样一些不属参加政权的学术活动。林栗本人曾着有《易解》一书，也可算是个学者，但他弹劾朱熹并非以学者身份，而是以兵部侍郎的身份，从他弹劾的内容来看，他代表的是一种政治力量，代表了强权。他对朱熹的弹劾，实际上是代表强权对一种学术的压制，而这种压制如果得以实行，那末受压制的就不是一种学术(如道学)，而是一切学术。因此，叶适为朱熹辩护。不独为朱熹一人，而是为整个学术界辩护，是代表学术界与林栗所代表的强权相对抗。
因此可见叶适为朱熹辩护的正义性。我们还可以进一步看到，正因为朱熹同叶适在理论上是论敌的关系，叶适为朱熹辩护表明他同朱熹并无门户之见，更可见叶适品质的高尚。由于林栗并未批判朱熹的道学观点，而叶适也并未对朱熹的道学观点本身进行辩护，因此也不能说叶适袒护了朱熹。
叶适对道学的认识是有一个过程的，他对道学进行系统的批评，是在被罢职后退居永嘉水心村时的事，在他为朱熹辩护之前，尚未同朱熹发生过正面的辩论，如陈亮同朱熹辩论那样。但是，这并不意味着叶适为朱熹辩护时，对道学的认识还不够明确。事实上，在此之前，叶适同朱熹在观点上的分歧是清楚的。淳熙十二年，叶适在致朱熹的信(此信不见于《叶适集》，已侠)中曾阐述过自己的观点，朱熹致陈亮的信中说到叶适：“观其议论，亦多与鄙意不同，此事尽当商量。”这年叶适在为应皇帝的召对而准备的稿子中，有“虽有精微深博之论，务使天下之义理不可逾越，然亦空言也”(《水心别集》卷十之论；到淳熙十四年，在《上殿札子》中，有“高谈者远述性命，而以功业为可略”(同上，卷十五)的批评，这些显然是针对朱熹等道学家把“义理”同“事功”对立起来，空谈“义理”而不切实事的观点而发的。
这里所论及的，是永嘉之学同道学的主要分歧，带有根本对立的性质。为什么到了淳熙十五年，叶适反而站出来为朱熹辩护呢是叶适在原有的观点上后退了呢还是原来对道学的认识就不清楚，因而同道学划不清界限反过来说，如果叶适对道学的认识更加深刻，更加清楚了，是不是就不再出来为朱熹辩护了呢不是的。这里的问题在于，叶适同朱熹在学术观点上的分歧，同林栗弹劾朱熹，完全是两个性质不同的问题。如前所述，叶适同朱熹在学术观点上的分歧，是学者之间的学术之争，而林栗弹劾朱熹是以政治权力来压制一种学术。
叶适同朱熹在学术观点上的分歧，并不妨碍他在朱熹受到政治迫害时站到朱熹一边；叶适为朱熹辩护，并不意味着他在学术上放弃自己的观点，混淆了他同朱熹在思想上的界限，并不妨碍他在以后的学术生涯中进一步批评道学的观点。因此，可以这样说，即使他在以后的研究中对道学的认识更深刻，更清楚了，他也不会容忍来自外面的以政治权力来压制一种学术(如道学)的做法，因为以后的事实越来越证明，这种做法对学术界来说是一场灾难。
叶适的《辩兵部郎官朱元晦状》的结果是“疏上，不报”。其后，林栗被劾出知泉州，而朱熹亦“请祠”，回武夷山着书去了。(《续资治通鉴》卷一百五十一此后，叶适在临安并不顺心。主要是他在淳熙十四年《上殿礼子》论恢复没有结果，原因是孝宗“此志已泯”。丞相周必大也没有支持叶适。因此，叶适觉得在朝中无事可做，不如出外做个地方官。
陈亮说：“正则闻欲求外，周丈(即周必大)独当政柄，何以使贤者至此乎！”(《与尤延之侍郎》，《陈亮集》卷二十九3.试郡治民，办事务实淳熙十六年(公元1189年)二月孝宗内禅，太子赵敦即位，是为光宗。叶适作为太常博士，在新君“祗见祖宗之初，颇预讨论，尝叨奉引。获缀末班”(《蕲州到任谢表》，《水心文集》卷之二)。新君即位，引起了叶适的新希望，在召对之机，上《应诏条奏六事》，再论恢复之策。他首先阐明“治国之要”：“当微弱之时，则必思强大；当分裂之时，则必思混并；当仇耻之时，则必思报复；当弊坏之时，则必思振起；”然后，分别分析了当时在政治，经济，军事等方面的六大问题，称为“未善者六事”，即“国势未善”，“士未善”，“民未善”，“兵未善”，“财未善”，“纪纲法度未善”。最后，叶适总结说，首先还是要“明治国之意”，“不先明治国之意，使此六者本伤而末坏，臣之议论无所复用矣”。他恳切地说：“臣伏观寿皇圣帝在位二十八年，英武刚健，勤劳恭俭，整厉臣工，变移风俗，大志未酬，亲授陛下。陛下严祗寅畏，足以膺受付讬；仁恕温厚，足以慰答徯望；虚心无我，足以容受正直；于此而先明所以治国之意，又何难哉！”
(《应诏条奏六事》，《水心别集》卷十五上书之后，叶适又“自求外补”，由秘书郎出知蕲州。蕲州(今湖北省蕲春县)在淮西路，当时属边郡。新君派遣叶适，“远役忽栖于故楚，浮家几遍于长川(指长江)”，“遂令试郡，课以治民”(《蕲州到任谢表》，《水心文集》卷之二)。叶适离永嘉时，携眷登舟，其岳母高夫人翁氏送叶妻高氏至江(当为瓯江)滨，“有诀别语，盖知其不再见也”(《高夫人墓志铭》，《水心文集》卷十四)。挚友陈亮亦相送，并作词《祝英台近》一首相赠：
驾扁舟，冲剧暑，千里江上去。
夜宿晨兴，一一旧时路。
百年忘了旬头，被人馋破；故纸里，是争雄处。
怎生诉欲待细与分疏，其如有凭据！
包裹生鱼，活底怎遭遇相逢樽酒何时征衫容易，君去也，自家须住。
时在淳熙十六年六月十一日。
(见《陈亮集》卷三十九)
叶适溯江而上，到湖口，改道北上，经黄梅到达蕲州。这蕲州虽为“山泽之聚，淮之名城也”，“然而州无城堞，市无廛肆。屋无楼观，佳卉良木不殖，公私一切简陋。”(《烟霏楼记》。《水心文集》
卷之九)叶适到蕲州，除知州一般职务所应办之事外，还对本地区铁钱之事多有留意。到任之初。即对公私铁钱相混，官府禁绝铁钱而不得要领，致使“畏两文销折之多，市井至于昼闭；取十年工本之数，军库为之顿空”的严重状况，作了上报。(见《蕲州到任谢表》，《水心文集》卷之二)不久，朝廷又委任叶适以提举淮西铁冶司的兼职。
淮西铁冶司始设于孝宗乾道初年，是因为铜钱渗漏到敌国，朝廷命两淮，京西等地用铁钱而设立的。淮西铁冶司管辖舒，蕲，黄三州的三监，冶铸铁钱。(见《宋史食货志》下二)因铸铁钱有利可图，私铸较多，币制混乱，“私铸铁钱散漫江淮，公私受弊”，朝廷为稳定币制并使百姓利益不受报害，“不惜厚费，特与收换”(《淮西论铁钱五事状》，《水心文集》卷之二)。叶适兼领淮西铁冶司，就负责这项工作。他在执行时发现，要使公铸铁钱流通，使私钱禁止，是一件相当复杂的事。为此，他从实际情况出发，建议采取五项措施来解决这个问题。
第一项叫“开民间行使之路”。原来铁钱不分官私，民间不辨真伪，得钱便使。自禁私钱后，百姓在买卖时，文文拣择，有时将官钱也当私钱拣出，不肯收受，这样官钱的流通也受到阻碍，使货物交易也受到影响。叶适在淮西路采取的办法是，将“新旧诸样官钱，钉板印榜，晓谕民间，令其从便行使；亦立私钱样，令拣选不用”，做到家喻户晓，都能分辨官钱，私钱，用官钱不疑。“须待官钱流通，物价复旧，方见禁断私钱之利”。第二项叫“责州县关防之要”。自禁私钱以来，“号令纷纷，争为严峻”，如果一一严格执行，则“诬告罗织，狱讼繁兴”；如果放松了，“奸究仍在”。这都是因为“不得关防之要”。
叶适在淮西路下令各属官，“专一禁止行使私钱之家，旬具委无行使私钱结罪”，申报本司。“只此一令，不必繁多，但要行之坚久，私钱无用，私铸自息”。叶适认为，“盖必无私铸，其说难信；欲必不使私钱，其事易遵。”只抓住一条，可谓得其要领了。第三项叫“审朝廷称提之政”。当时铜钱过江北，可以兑换铁钱；但铁钱过江南，不能兑换铜钱。“故江北自行铁钱之后，金银官会(一种纸币)，无不高贵，富商大贾，财本隔碍。”长此以往，“流转不行”，货物流通受到阻碍。
因此，叶适建议，“若要称提得所，义理均平，当使铁钱之过江南，亦如铜钱之过江北，皆有兑换之处，两无废弃之虞。”第四项叫“谨诸监铸造之法”。原来铁冶司为了对付私铸者，就翻新花佯，铁钱字文四季一样，每贯钱重从四斤十二两增至五斤八两。这样铸钱，连铸工都记忆不清，百姓更无法辨认。叶适认为，钱文应该统一，轻重大小应一致，这样才能使“民听不疑，行用不惑”。为此，他已下令淮西诸监，以蕲春监淳熙七，八，九年所铸钱为标准，不要增加分量和翻新花样。第五项叫“详冶司废置之宜”。叶适建议，冶司应与各路监司分别职责，“为冶司者，但当督察稽考，总其大柄而已”。(同上)以上措施，在叶适职权范围内的，已经施行；在他管辖范围外的，建议朝廷采纳施行。
4.在“绍熙内禅”中参与策划
宋光宗绍熙三年(公元1192年)，叶适被召到临安，任尚书左选郎官。这是吏部属官，掌管文职京朝官的考核和升降。在此任内，叶适参与了南宋历史上的一起重大政治事件，即“绍熙内禅”。
所谓“绍熙内禅”，不同于高宗和孝宗内禅，前二者是高宗和孝宗主动传位给太子，自己退位做太上皇，而“绍熙内禅”则并非出于光宗本人的主动，它实际上是由宫廷内外官员密谋进行的一次宫廷政变。
这场宫廷政变的起因，源于光宗和孝宗关系不好。而光宗与孝宗关系不好，光宗的皇后李氏起了很坏的作用。在叶适问京之前，就已经发生过李后乘光宗祭祀圜丘之机，杀害了光宗的宠妃黄氏的事件，加之因大风雨祭祀不成，光宗“忧惧不宁，遂得心疾”。因为孝宗在位时对太上皇有一月四朝的先例，当时一般社会舆论都把这事看作是政治稳定的标志。在光宗即位之初，还能做到一月四朝重华宫(孝宗做太上皇时居住之宫)：但由于李后的挟制和光宗自身有病，便越来越不按一定节序到重华宫去谒见孝宗了。对这种背离封建礼教的行为，南宋朝野议论纷纷：上自宰执，下至布衣，有人面谏，有人疏陈，都劝光宗按时朝重华宫。叶适从蕲州回临安后，也加入这个行列。绍熙三年十一月，他与兵部尚书罗点，给事中尤袤，中书舍人黄裳，御史黄度，都上疏请光宗朝重华宫，不从。(《续资治通鉴》卷一百五十二)
当然，对此事也有不同意见。绍熙四年(公元1193年)五月，朝廷开科考进士，陈亮应试。在对答皇帝的策问时，有如下一段文字：
臣窃叹陛下之于寿皇，莅政二十有八年之间，宁有一政一事之不在圣怀！而问安视寝之余，所以察词而观色，因此而得彼者，甚端甚众，亦既得其机要而见诸施行矣。岂徒一月四朝而以为京邑之美观也哉！
(《陈亮集》卷十一)
此说与众不同。意谓只要继承孝宗遗志，力事恢复，就是善处父子关系，而不在乎是否一月四朝。光宗看后，颇为赏识，亲自取为第一名。
然而，当时的舆论还是把是否朝重华宫看作政治稳定的标志。
