儒学在北宋时代发生的最大变化，就是新理学的提出。新理学经过周、张、邵、程等人的努力，至二程后学已基本成型，思想体系基本构成，主要概念已基本提出。然而真正将理学构成一个庞大的思想体系，并真正使儒学发生重大转折的，还要数南宋时期朱熹思想体系的建成。从这个意义上说，朱熹对儒学的突出贡献不在于创造，而在于总结和综合；正是由于他的总结与综合，才使得儒学真正完成从经学到理学的转变，理学的思想体系也才真正建立起来。
朱熹的思想是真正意义上的理学思想体系的集大成。就思想资源的继承性而言，朱熹可谓是无所不包，无所不受。他自幼熟读经史，宋高宗十八年(1148)中进士。其父朱松也为进士，且与李侗同学于罗从彦之门。中进士之后，朱熹被授予左迪功郎，泉州同安主簿。其间治绩卓着，公余究心于释老之学。年二十四徒步数百里往受学于延平李侗，后正式拜李为师，承继洛学传统，为二程四传弟子。
自以为受学李侗后，始知昔日泛滥佛老之非，遂专心于圣贤之学。师徒二人往来论学之书信，后编为《延平答问》一卷，流传于世。年二十八，罢官归里。此后数年曾多次因朝廷之石上书应对，提出一些变革的积极主张。后以讲学为业，与吕祖谦合编《近思录》，共辑周敦颐、张载、二程等人关于大体而切于日用之言，分类编排，分为道体、为学、致知、存养、克治、家道、出处、治体、治法、政事、教学、警戒、辨异端、观圣贤十四门，共六百二十二条，极便学者使用，实为性理诸书之祖，阅读《五经》之必要的阶梯，对后世儒学影响极大。清代学者江水等人曾专门作注，有《近思录集注》传世。淳熙二年(1175)，应吕祖谦之约，与陆九渊、陆九龄兄弟会于鹅湖，讲论治学之方。此会不仅是朱熹思想进程中的一个重大事件，而且是理学史，乃至整个儒学史上的一个重大事件。在此之前，朱陆的思想分歧已相当明显。
吕祖谦的本意是要调合朱陆，不料在此会上双方依然各持已见。二陆攻击朱熹为学失之支离破碎，坚信简易功夫终究大，而朱熹钟情的以传注为基本特色的支离事业必然“陆沉”。对此朱熹当然表示不满，他素来主张先博览然后归之于约，以为二陆之教人失之太简。此次争论的结果不了了之。三年后，年四十九且辞官已达二十余年的朱熹知南康军(今江西星子县)，便中修复白鹿洞书院，并亲定书院学规。淳熙九年(1182)，朱熹与浙东事功学派的主要代表人物陈亮相互拜访，并于此后五年通过书信往来展开义利、王霸之辨。陈亮为学主致用，极不满于当时学术界的主流思想，即所谓性理之说，以为‘盈天地之间无非物，日用之间无非事。’自然物及人事日常活动是字宙的实际内容，因此“道”只能存在于人事与万物之中，而不可能脱离万事万物独立存在。“道非出于形气之表，而常行于事物之间。”故而“舍天地则无以为道，天地常运而人道不息。”对此，朱熹多有批评，然因出于理学家的偏见，其理论并未使陈亮折服。几乎与陈亮辩论的同时，朱熹又与陆九渊展开了一次关于太极无极问题的争论。争论的导火线是周敦颐的《太极图说》，陆九渊与陆九韶认为，《太极图说》似乎不是周氏所为，无极二字出于老子，为圣贤之书所未有，因此，“无极而太极”乃道家的思想，似与先儒无涉。而朱熹认为，只要合乎义理，先儒末言者后贤未必不可言，关键是看这种思想是否合理。他认为，“极”即“至极”、“标准”，“无极而太极”就是“无形而有理”。而二陆认为；“极即中”，太极即心，指责朱熹对无极而太极的解释是“架屋下之屋，叠床上之床”，“是头上安头，过为虚无好高之论也。”由此，又引发阴阳通器之辨。当是时，朱熹之名渐重，其学说亦影响日着，故而遭到一些人的忌恨，一度被指为的学、逆党之罪首，诏落职罢祠。后卒于家，年七十一，时在宋庆元六年，即公元1200年。
通观朱熹的学术经历，也不难明了其学术的基本特色。陆九渊、陈亮等人对其学术的批评，不论是否有足够的理由，但他们的观察无疑是正确的。据此再看朱熹的学术特征，一个最明显的事实是他格外重视儒家经典的文本整理和义理化的解释。其基本方法是将义理之学与章句训话之学相结合。在文本的整理方面，朱熹涉及的范围极为广泛，着作极多，大凡儒家的基本经典差不多都经过他的整理，《诗》有《诗集传》，《易》有《周易本义》、《易学启蒙》、《周易参同契考异》，《礼》有《仪礼经传通解》，于《春秋》，有《资治通鉴纲目》；《论语》、《孟子》、《大学》、《中庸》则有《四书集注》、《四书或问》等。他如宋代理学的基本史料，似乎也由朱熹最先整理，如《伊洛渊源录》、《近思录》《程氏遗书》、《程氏外书》、《上蔡语录》、《太极图说解》、《通书解》、《西铭解义》等，均应视为理学史着作的最初形态。尤其是他的《四书集注》，体大思精，影响深远，为此后人百年的官亨定本，成为中国知识分子科举考试的必读之书，并上升到五经之先的地位，八百年来的中国儒学，除了专门家以外，似乎只知《四书》，而不知《五经》。在西汉以后，唐朝之前，中国历代统治者从来都是以《五经》作为官方教科书，《汉书·艺文志》也只将《论语》等附于《六艺略》之后，视为幼学之书，其地位虽不能因此而判断高低，但其学术定位据此可见一斑。至于《孟子》一书更退而后之。孟子本是战国儒家之一派，东汉赵歧的《孟子题辞》虽然提到西汉文帝时曾立孟子学博士，但其说由于缺乏直接的证据，似不可靠。《汉书·艺文志》
以来，历代书目似都将其列于子部儒家类，与《苟子》并称《孟》、《苟》。只是到了北宋之后，始有以《四书》并重以教学者之风。但是《四书》之正式结集成书，并给予很高的地位，实始于朱熹。他认为，《四书》为学者入圣贤之门的必要阶梯，其《论孟集义序》称：“若读得此《四书》，何书不可读，何理不可究，何事不可处？”在他看来，《四书》实为“学者求道之至要。古今为之说者，盖已百余家，然自秦汉以来，儒者类皆不足以与闻期道之传”；“宋兴百年，阿洛之间，有二程先生者出，然后斯道之传有继。”他不仅如是说，而且如是做。毕生于《四书》用力最勤，“一生用功”，“四十余年理会”，着有相关着作达八种之多。在这些着作中，朱熹以儒家道统的传承者自居，再三强调训释《四书》是为了继承孔孟的真精神，是为了发扬光大二程业已开辟的事业。
对于《大学》，朱熹给予极高的评价。《大学》原本是《札记》中的一篇，成书年代大约在秦汉之际。似乎唐代之前，并无单行之本。
从北宋开始，儒者门将其从《札记》中抽出来单独成篇，着意表彰，以为与《论语》、《孟子》具有相当的地位。朱熹继承了北宋的这一学术传统，对《大学》的价值也格外重视。其《大学章句序》指出：“《大学》之书，古之大学所以教人之法也。教之以穷理、正心、修己、治人之道也。他还对他的弟子谆谆告诫：“《大学》是为学纲目，先通《大学》，立定纲领，其他经皆杂说在里许。通得《大学》了，去看他经，方见得此是格物、致知事；此是正心、诚意事；此是修身事；此是齐家、治国、平天下事。”据此，他把《大学》看成是一个无所不包、无所不容的百科全书，是中国传统社会修身、齐家、治国、平天下的纲领性文件。其实，《大学》“致知”这两个基本概念的最初发现应是程颐的功劳，只是朱熹的解释较程颐又有新的意思。朱熹认为，格物的基本意思是要穷理，然而穷理必须要到具体事物上去穷，且必须穷到至极。至于致知，并不是与格物不同的另一种功大或方法，并不是指人们去努力发挥自已固有的知识或用已知的东西去推知未知的东西，而是指认识主体通过考究物理在主观上得到的知识扩充的结果。
对于《中庸》，朱熹也给予很高的评价。《中庸》也本是《札记》中的一篇，相传为战国时期的子思所作。《汉书·艺文志》有《中庸说》二篇，《隋书·经籍志》有《中庸传》二卷、梁武帝有《中庸讲疏》一卷，似《中庸》别行，古已如此。此作以中庸作为最高的道德准则，以诚作为世界的本原，提？“唯天下至诚为能经纶天下之大经，立天下之大本，知天下之化育”，认为“至诚”则达到人生之最高境界。
在宋代之前，《中庸》的地位也与《大学》基本相似，并未引起人们怎样的重视，也是到了末代，一些学者才把它列为《四书》之一。
朱熹以为《中庸》之作的根本原因是子思“忧道学之失其传”的发奋之作，“盖自上古圣神继天立极，而道统之传有自来矣。”为此，他把《古文尚书》中的“人心惟后，道心惟微，惟精椎一，允执厥中”十六个字奉为孔门心传。
对于《论语》，朱熹也给予很高的评价。他的《论语集注》收录二程等宋儒治《论语》的十一家学说，比较其义，择善而从，成为元、明以降最有影响的《论语》注释本。至于《孟子》，如前所说，原本并无多少学者重视。只是到了北宋，因为性理之学兴起，方有一个“孟子的升格运动”，遂将《孟子》配《论语》。据周予同说，将《孟子》与《论语》同列于经部的最早记载是宋陈振孙的《直斋书录解题》。陈氏以为，自韩愈称孔子传孟子，孟子死不得其传以来，天下咸称孔孟。孟子之书故非苟、扬以降所可同日而语也？今国家设科，《语》、《孟》并列于经；而程氏诸儒询解六书，常相表里，故合为一类。可见孟子的升格运动主要是在北宋时期。到了朱熹，集宋儒十二家解说于一书，并不以己意，于是朱注《孟子》遂成为元明以来《孟子》学的标准文本。
据此反观朱熹的《四书》学，一方面应该承认其成就是巨大的，影响是深远的，然而另一方面，其义理化的解释方法和训话学的方法相结合而产生的后果，也并不是毫无间题。即一是当微言大义之际，托经学以言哲学，实自有其宋代理学家无法克服的主观立场，故而很难说他的那些解释完全合乎经典的原初本义；一是从经学史的立场看，朱熹治经的最大问题在于好政经文，其方法绝不可为训。比如《大学》一书，不仅强分经传，以经一章为曾子述孔子之言，传十章为门人记曾子之意，而且颠倒其旧次，以为流传下来的《大学》文本缺失了原有对“格物”的解释，于是据二程的格物论在他的《大学章句》中作了丁个《补格物致知传》，此种作法理所当然地受到后人的责难。
朱熹的经学成就是巨大的，其方法也固有可取之处，但上述的两个缺点则是其致命伤。只是如果考虑其学术的出发点并不在于经学，而在于思想理论体系的建构，那么对于上述缺点也就不是不可以理解了。就其思想体系的建构来说，朱熹的思想体系是中国思想史上公认的最庞大的思想体系。它包罗万象，无所不容，大体可从以下几个方面言说：
(一)关于理气、太极
朱熹的理气、太极思想基本上是承袭二程，特别是程颐的理气说，同时又充分吸收了周敦颐的太极说、张载的太虚之气说、邵雍的先天说等。理气、太极等在他的思想体系中占有格外重要的地位，其思想体系的核心便是天理论，而天理论的核心又是理气说。
一是他认为理或天理是字宙的本原或根本，天地、人物都是因天理而存在，都是由最根本的理所产生、所该载。”未有天理之先，毕竟也只是理。有此理，便有此天地；若无此理，便亦无天地，无人物，都无该载了！有理，便有气流行，发育万物。“至于太极，朱熹认为，太极只是一个理字。”太极只是天地万物之理，在天地言，则天地中有太极；在万物言，则万物中各有太极。未有天地之先，毕竟是先有此理。动而生阳，亦只是此理；静而生阴，亦只是此理。“故此，在他看来，太极就是理，其为宇宙本体非属气，也不是理气之外而别有一物。
二是在理气的关系问题上，朱熹认为理为根本，气是依附于理的。气为形而下，理为形而上。天下没有无理之气，也没有无气之理。然而，理也不是能够脱离气而独立存在的东西，因此必须强调的另一点是理只能存在于气之中？无是气，则是理亦无挂搭处。”
至此，他使比较好地解决了北宋儒者一直想解决而未能解决的问题。三是在谈到宇宙的统一性与多样性问题时，朱熹着意发挥理一分殊的思想，以为“万物各具一理，万理同出一源。”理是宇宙万物的唯一本原和共同本质，是多样性之所以统一的根据，故谓之“理一”。与此同时，由于统一之理又表现为多样性的万物，故而又谓之“分殊”。“理一分殊，合天地万物而言，只是一个理。及在人，则又各自有一个理。”为了更好地说明理一分殊的道理，朱熹还借用佛教的“月印山川”说来解释：“本只是一太极，而万物各有享受，又各自全具一太极耳。如月在天，只一而已，及散在江湖，则随处可见，不可谓月已分也。”
(二)关于心性问题
理气太极的探讨虽然重要，但决不是朱熹思想的全部，而且他的那些探讨的真正目的依然是为了当时学术界的思想主题，即心性问题。在这个问题上，朱熹依然是继承了张载、程颐等人的思想，而又有新的发挥。其要点大致有二。
1.天命之性与气质之性
天命之性与气质之性的提法最初见于张载与程颐。应该说，这种说法远较先前的一些说法如性三品、性恶、性善等说法更有说服力。《朱子语类》卷四载有朱熹的看法？某以为(天命之性与气质之性的说法)极有功于圣门，有补于后学，读之使人深有感于张、程，前此末曾有人说道此。如韩退之《原性》中说性三品，说得也是，但不曾分明说是气质之性耳。性哪里有三品来！孟子说性善，但说得本原处，下面却不曾说得气质之性，所以也费分疏。诸子说性恶与善恶混。使张、程之说早出，则这许多说话自不用纷争。故张、程之说立，则诸子之说泯矣。“于是朱熹在张、程理论的基础上作了进一步的论述和发挥，并进一步区分了天命之性与气质之性的不同和联系。”
他在《孟子集注·告子章句上》的按语中指出：性是天理的体现，是形而上的本然状态；人禀气而生，是形而下的有形存在。大是天理的体现，万物也是天理的体现；人是禀气而生的，万物也是由气而构造的。据此，人与物是相同的。然而从另一方面看，人与物又有着根本的不同，因为只有人才具备仁义礼智信之全，而任何物则是不可能的。而人的这种本性就是天理，天理从来就不可能有不善的状态。
故而天命之性与气质之性分别的意义在于强调人的根本使命就是要认识人自身，就是要克服人类的那些本然的劣根性，即要在气质之性的改变上下功夫。《朱子语类》卷四记载朱熹的原话是，人“须知气禀之害，要为去用功克治，裁其胜而归于中乃可。”这便是朱意所强调的变化气质的功夫。
