圣珀拉惹监狱的制度十分严格，在押犯除了木碟和木碗外，一无所有，发下来的肉只好用手来撕碎。严禁同外界交往，没有一份书报，不许向外请求申诉。这种滋味对于出身豪门的圣西门来说，简直连想都不敢想。为了能够获释，他不顾监狱制度，要来笔和纸，向公安委员会写信申诉：
“……我是替别人被捕的，因为逮捕证上写的是圣西门，而我自己是包诺姆。我同旧贵族没有丝毫的关系……我所进行的地产买卖，也是出于对革命的热爱、对贫民的关心……我付出的始终是自己的劳动成果。我的全部利益同对革命的支持是联系在一起的。我始终是革命最忠诚的朋友……”
尽管圣西门极力表白，革命政府根本不理睬他。4个多月后，他被转到卢森堡监狱。这个地方被称为“死亡脱衣间”。这期间，由于革命政府产生内讧，革命法庭加快了对犯人的处决。在45天里，宣判了1350起死刑。常常有人早上被捕，上午宣判，下午就被处决了。犯人们紧紧地拥挤在一起，小小的囚室里闷得人们喘不过气来，一尺见方的天窗在晴天也透不进一丝亮光，一天24小时，几乎全是黑夜。住在这里的犯人已被取消了放风，室内的便桶，散发出刺鼻的恶臭，从来也不换的草垫子，油黑光亮，有的人死在里边，几天也没有人来收尸。圣西门住进这里不久，就得病了。他浑身淌着虚汗，高烧不退，几次烧得昏迷过去。但是，他不愿意这样死去，他的耳边不时地响起先祖查理大帝的声音：“我的孩子，你要坚持，任何一个想为人类和祖国争得荣誉的人，都必须忍受种种艰难困苦的考验。坚持下去，荣誉就是你的！”
可怕的寒热病终于过去了，它没能夺去圣西门的生命。但就在他发高烧躺在病床上时，突然萌发了一种想法：“以往的社会改革家都没有取得成功，自己的改革实践也没能贯彻下去，关键是由于没有一种系统的科学理论。只有创立一种科学的理论体系，才能号召全社会各个阶层的人同心同德、尽职尽力去创造幸福的生活。这次自己被革命政府逮捕，是因为革命政府的官员不了解自己的行动计划和方针，发生了误会。圣西门决心要创造一套科学理论。
1794年10月9日，罗伯斯比尔革命政府垮台后，圣西门被热月派释放出狱。一出狱，圣西门立刻进行创立一套科学理论的活动。他大量阅读牛顿、洛克、笛卡尔、卢梭、孔狄亚克和拉美特利等人的着作，狄德罗的着作尤其令他神往，因为狄德罗提出了关于世界统一性的思想。他常常到大学里听课，同教授们结交，并把他们请到自己家里来。他对动物学、植物学、社会学都进行了深入细致的研究。为了广交人才，集聚优秀的思想，圣西门创立了一个沙龙，聘请一些着名科学家前来讲课。经过一段学习、思考，他坚决地握起笔杆子，开始书写自己的思想。
一个小小的公寓，是圣西门的写作室。白天，他什么事也干不了，因为一些不速之客前来闲聊、邻居们大声喧哗、演奏音乐，吵得他头直发涨。一到晚上，他便钻进小屋，点上灯，拉上窗帘，精心写作起来。到这时他才真正明白，写作是一件多么艰苦的事情。平时满脑子的思想，可真正要坐下来把它写出来，就怎么也写不出来了。不是结构不合理，就是措词太平淡，或者写出来的跟自己原来想的根本不是一回事。唉，写作太难了！3个多月时间，他才写了几十页，仔细看了看，全都不合心意，便把它们全都投进了火炉。
写作固然艰苦，但必须坚持下去。他想到，平时向远方的朋友们倾诉心中之苦衷或思想，都是用写信的方式。现在，自己的文章也是写给全社会的不相识的朋友们的，何不也用书信的方式？于是，他便开始了着名作品《一个日内瓦居民给当代人的信》的写作。
在这部着作中，他为社会的动乱与危机开出一付治疗的良方，那就是每一个人都应处在“一个经常能把自己的私人利益和公共利益协调一致的地位。”
圣西门把社会划分为3个等级：（1）学者和艺术家——即高举人类精神进步旗帜的创造者。（2）有产者——即害怕新秩序的人。（3）无产者——即其他一切社会成员，也就是因平等思想而团结起来的人。过去，有产者压迫其他等级，学者和艺术家便唤起民众，消灭旧制度，打倒有产者，但第三等级最后也并不听从学者和艺术家的指挥，这对整个社会都无益处。只有在平等互利的基础上，加强三个等级之间的团结，社会才能安定。为了社会的繁荣，“一切人都应该劳动，都要把自己看成是属于某一个工场的工人”，恩格斯称这是一个“极为天才的发现。”
书写出来之后，他找了几个出版商，都没人愿意给他出版。受人指点，他又把书稿转寄到巴黎，匿名出版。但是，书的印数很少，加之书的内容对“有产者”持不友好的态度，巴黎的书报监察机构立即予以查封，不得出售。圣西门辛辛苦苦的处女作就这样夭折了。
为部分贫民购置土地的愿望没有实现，创造一个理论体系也同样遭到失败，这对圣西门来说不能不是一个打击。但这个打击他可以不去过多的顾及，更重要的是他遇到更大的麻烦和困难——贫困。
贫困，对于这位伯爵来说原是根本没有考虑过的事情。贫困应该与他无缘，但是当他抛弃一切，为理想而奋斗的时候，贫困却大步向他走来，紧紧地束缚住他，使他经受了前所未有的磨难。
1797年6月，列德伦伯爵突然从国外回来，要向圣西门索回借给他的全部资金，其中包括他运用这资金赚来的全部利润。圣西门向他要求双方对半分，因为这里也有他几年来经营的成果。但是列德伦坚持不让，两人大吵大闹，最后列德伦卷走了全部资金和财产，圣西门成了一贫如洗的穷汉。
这时，圣西门正在撰写自己的着作。他需要生活，需要请教名人，需要支付房租。为了节约开支，他不得不搬到一个简陋的小房中去写作，每天喝着开水就面包，真正过上了穷人的生活。圣西门觉得，做买卖赚钱，对自己来说是得心应手的事情。过去，倒卖土地、办马车公司、烟酒商店、信托局，不都发过大财吗？但现在不能再去干这些了。为了理想和科学，就不应看重金钱。但为了生活，他开始向往日的一些朋友求援。这些人现在大都当了高官，富得流油。没想到这些朋友都不愿帮他的忙，有几个甚至见了面都不理睬他。圣西门处处碰壁，万般无奈，只好写信给赛居尔伯爵。当年圣西门曾是他的经济资助者，在雅各宾恐怖时期，圣西门曾冒着杀头的危险，把赛居尔藏在自己家中。这种救命之恩总不至于忘记吧。他向赛居尔表示，不要金钱，也不需要他的施舍，只希望他能帮自己谋一个职业，能挣上一点勉强糊口的工资。他等了一天又一天，一月又一月，终不见赛居尔回信。圣西门被迫开始出卖自己的东西。先是一些家具，接着是一些小物件，最后开始当衣服。几件丝绸衬衣和两双鞋子，都没有穿过几次，便脱下来也送进了当铺。后来，他给一家当铺当了缮写员，每天抄写19小时的单据，年收入1000法郎，这正好不致于饿死。每天工作下班回来，他首先要忙着吃力地缝补破了许多洞的唯一的一件礼服，然后就在当铺一间阴暗肮脏的小房子里书写自己的思想。后来，多亏他碰到了昔日的仆人、现在的富翁迪亚尔。这位发迹的仆人没有忘记当年主人对自己的好处，他立即把圣西门请到自己家中，管吃管喝，专门给他预备了一间大屋子。圣西门又有了温暖舒适的环境，高兴得两眼第一次含着泪花，紧紧地拥抱着这位救命恩人。
几年之后，他写出了《19世纪科学着作导论》《给经纬度测绘局的信》《新百科全书大纲》3部着作。当他把这些书稿送交给一些知名学者，请他们给予评论，帮助出版时，这些人全都对此表示冷漠，没有一个愿意帮他的忙。有些人甚至讥笑他是个以贵族的破衣烂衫为荣，而又想当学者的穷光蛋。这对圣西门刺激很大。有一次，他冲进一位粗暴地侮辱了他的天文学家的家里，指责这个天文学家是个无知的笨蛋，并告诉他：我圣西门在不久的将来要把你的天文学理论批驳得体无完肤，让全社会的人都知道你是空有其表的草包。圣西门的行为被别人知道后，大家都认为他是个“疯人院里的疯子”。圣西门针锋相对地回答说：“只有疯人院的疯子，才能登进科学的殿堂。”
圣西门继续进行他的工作。他开始撰写一篇类似于卢梭《忏悔录》的自传文章，以引起社会对他的了解。他在自传中写道：
“社会上对我抱有一定的成见，而读者也一定会有这种成见，因为我的着作已经出到第4本了，以前的3本都没有获得成就。
“简而言之，我的生活每况愈下，但是生活的下降不是没有代价的。因为我不仅没有跌倒，反而始终斗志昂扬。也就是说，生活中的每一次下降，并没有使我退回到出发点。应当把我已经开始而还没有结束的工作，看作是我需要的试验……
“我在从事发现的过程中，经常与忽高忽低的情绪做斗争。我常常消沉下去，但是向上的力量总是战胜低落的力量。我将近50岁了，已到了退休养老之年，但是我觉得，我在经过漫长而艰苦的人生旅程之后，刚刚走上奋发有为的里程。我正处在人生的起点……”
这是多么坚定的信念！所有有作为的名人不都是这样进行奋斗的吗？
不幸很快又降临到他的头上：1810年，迪亚尔去世了。圣西门又失去了生活来源。他不得不重新在街头打零工、流浪。这位昔日的豪门子弟，现在漂泊在肮脏的小酒馆、小客栈里，与小偷、妓女、乞丐为伍。这时，他又想起了列德伦——这个曾经夺去了他全部财产和心血的外国人。这个人现在已是法国的伯爵，他运用从圣西门手中得来的那笔钱，正过着帝王般豪华的生活。圣西门写信告诉他，现在自己已贫困如洗，正过着可怕的苦难的生活，请看在以往的情分上，给自己一点帮助，因为现在自己还在进行着一项对于全人类也许是十分有用的工作。列德伦回信粗暴无礼地拒绝了圣西门的请求。圣西门一气之下，便向法国官方控告列德伦是一个十足的大骗子。列德伦对此却轻蔑地一笑：这个傻瓜，真是异想天开。
原来，这个资本家凭着手中的资本，早已买通了官方。列德伦通过官方通知各有关当局：凡是圣西门的文章和书信，一律不得以任何方式发表，因为这是一个疯子，是一个极不讲道德的人，他的活动是有害于全社会的。圣西门拿着自己写的东西，走遍各地，都同样遭到了拒绝。这种严重的打击一直持续了一年半。圣西门突然感到社会对自己竟是那么的无情、冷漠。他终于病倒了，浑身发烧、昏迷不醒、胡言乱语。恰好他当年做土地买卖时认识的一个公证人发现了他，便把他交给一个公共马车站，让他们把这位病人送回患者母亲的家乡。马车站的售票员像装卸大口袋一样把这个垂危的病人扔上马车，一路颠簸地送到了他母亲原先居住的地方。
母亲早已去世了，这里只有一两个熟人。在他们的照料下，圣西门终于战胜了死神，又开始进行他神圣的写作。从此之后他不断向亲友、学者、作家、国家机关乞求支援，也不断地向人类社会推出一部部力作，如《人类科学概论》《论万有引力》《论欧洲社会的改组》《关于反对联盟的措施》等，一直到最后出版《实业文集》《政治家文集》《组织者文集》。在极度的艰难困苦中，圣西门凭着自己不懈的奋斗，终于使自己的思想得到社会承认。他终于在人类思想的圣坛上，占领了一个令人尊崇的位置。
