1868年12月27日，这是曾国藩一辈子都难以忘记的日子，在这一天中，他第次见到了慈禧，也就是叶赫那拉氏。天刚破晓，穿戴整齐的曾国藩就骑马进人紫禁城了，在此之前，曾国藩接到通知，赏他“在紫禁城骑马”。曾国藩知道，“赏紫禁城骑马”是朝廷对大臣一项极高的待遇，能获得这样的待遇，曾国藩感到很欣慰。曾国藩在箭亭下马，经景运门来到了乾清门广场。对于紫禁城，曾国藩并不陌生，毕竟，当年任职六部时，他曾经常出人此地。此时，紫禁城内巍峨的屋宇、萧疏的树木、漫长的甬道、飞翔的屋檐，让曾国藩恍如隔世。对于慈禧，曾国藩当然很了解，知道现在同治的很多旨意，包括当年咸丰圣旨中的很多想法，其实都是慈禧的意思。慈禧的父亲惠徵曾是安徽宁池太广道，道府所在地是长江边上的芜湖，管辖安庆府、徽州府、宁国府、池州府、太平府五府，咸丰二年到任。到任后不久，即逢太平天国攻克武汉，危及安徽，安徽的一些官员纷纷弃城躲避，惠徵也忙把家眷送至宁国府，自己则带了印信粮饷，同总兵陈胜元等先转至南京，又移至镇江，再转到丹徒。官员的临阵脱逃，让咸丰皇帝大为震怒，令安徽巡抚严行查办，惠徵也在被劾被查之列。至咸丰三年，还未待查办，惠徵即于六月初病故。
两宫皇太后以及同治皇帝是在养心殿的东间接见曾国藩的。同治皇帝坐东向西，皇帝身后的两宫皇太后并排端坐在黄幔之内，坐东向西，慈安太后在南，慈禧太后在北。这次谈话，基本上都是慈禧在主谈。让曾国藩感受最深的，就是慈禧对湘军的情况尤为关心，所问的问题，基本上全是关于湘军遣散的。问曾国藩遣散了多少，在遣散过程中有什么风波。看得出来，对于这一块！朝廷还是很不放心。然后，慈禧又跟曾国藩拉了一通家常，问了一通曾国藩修身养性的事情。对于曾国藩任直隶总督，并没有什么实质性的要求。这一点，更让曾国藩相信自己的判断，朝廷此次安排他就任直隶总督，纯粹是一种过渡。
第二天，两宫皇太后再次召见曾国藩，这一回，慈安和慈禧问的话题是制造轮船之事和曾国藩的健康情况。全部对话只有几句：
问：汝造了几个轮船？
答：造了一个，第二个现在方造未毕。
问：有洋匠不？
答：洋匠不过六七个，中国匠人甚多。
问：洋匠是哪国的？
答：法国的，英国的也有。
问：汝的病好了？
答：好了些。前年在周家口得病，去年七八月便好些。
问：汝吃药不？
答：也曾吃药。
第三天，两宫皇太后第三次召见曾国藩。皇太后如此接连三天三见一个汉臣，这在大清史上还是第一次。这一回，曾国藩是坐着跟慈禧说话的，曾国藩算是看清楚慈禧的模样了：她的个子不大，也谈不上倾国倾城，但皮肤白皙细嫩无比，尤其是一双眼睛，非常有灵性。看得出来，这个女子是聪明无比的。但治国岂是靠聪明就能办好的？在这当中，人格、底气以及操守，比聪明重要得多；还有气度、胸怀、视野、容量以及文化底蕴，也重要得多。想到这，曾国藩不禁有些失望，一个聪明的女子，带着一个少不更事的小孩，控制着朝中大权，究竟是祸还是福呢？但一一至少，一个聪明的女子，要比那些糊涂而顽固的遗老遗少们好得多吧？曾国藩就这样一直胡乱想着，忐忑不宁。这一次慈禧与曾国藩的谈话主题是有关那些曾经与曾国藩共事的大臣的，看得出来，慈禧很想听一听曾国藩对这些人的评价。曾国藩小心谨慎地逐一点评了那些将领们，慈禧听得很仔细，不断复述，示意手下人都记下来。到了后来，慈禧突然又问起湘军大将鲍超的事情来了，鲍超在哪里养病？手下的军士，到底遣散了没有？这一回，曾国藩算是看透了慈禧和朝廷的心思了，朝廷还是担心湘军，想让他尽可能地把湘军遣散，然后将那些忠心耿耿且能打仗的将领带到直隶来，在直隶练出一支精兵来拱卫京城。至于其他事情，如吏治盐政、百姓生活、洋务，甚至捻军平息后皖、豫、鲁等省的恢复等等，慈禧显得都不是很关心。归根结底，还是由于自己的虚弱吧。
从1868年12月26日起至1869年3月4日，曾国藩一共在北京住了两个月。他先是住在金鱼胡同的贤良寺，然后又移居到宣武门外的法源寺。这两处地方，都算是驻外大员的招待所。在此期间，曾国藩除了见到慈禧太后、同治帝之外，还见到了恭亲王奕口及文祥、宝鎏等高官；拜访了当年的理学老师倭仁；拜访了当年战死沙场的塔齐布的故居，并厚馈其母；也拜访了座师穆彰阿故宅，见其家境败落，曾国藩不由感叹人生的无常……跟所有在京的高官一样，曾国藩每天的行踪，几乎所有的细节都一直详详细细地为朝中掌握一一曾国藩到内阁！正式上任武英殿大学士，他先到诰敕房更衣，换上官袍顶戴、双眼花翎，到办公大案熟悉一番，然后，来到大堂！拜见众大臣：横列六张桌子！满人是东部三张！汉人是西部三张。曾国藩之办公大案桌！就是西部第一张。下属侍读中书等数十人！特地拜见曾国藩！三揖有礼。曾氏一一恭敬回礼……在这期间，曾国藩两次参加国宴！一次是正月十五，朝廷赐宴蒙古、高丽等“外藩”！曾国藩出席作陪。另一次是正月十六，这一次！是在乾清宫专门赐宴朝臣的！这是一次高规格的盛大宴会。当然，让曾国藩感到开心的不是菜肴，而是座次，在大臣们的位次排序中，曾国藩班列汉官之首！与满族大学士倭仁东西对坐于同治皇帝座前。这一点，让曾国藩感到非常荣耀。宴会的具体情况，曾国藩曾在日记中详细地加以记录！由此，也可以看出曾国藩的怡然自得：
桌高尺许，升垫叩首，旋即盘坐。每桌前有四高装碗，如五供之状。后八碗亦鸡、鸭、鱼、肉、燕菜、海参、方孛、山查糕之类。每人饭一碗，杂脍一碗，内有荷包蛋及粉条等。唱戏三出，皇上及各大臣各吃饭菜。旋将前席撤去。皇上前之菜及高装饭，太监八人轮流撤出，大臣前之菜，两人抬出，一桌抬毕，另进一桌。皇上前之碟不计其数。大臣前，每桌果碟五、菜碟十。重奏乐，倭相起，众皆起立。倭相脱外褂，拿酒送爵于皇上前，退至殿中叩首。倭相又登御座之右，跪领赐爵，退至殿中跪。太监易爵，另进杯酒，倭相小饮，叩首，众大臣毕叩首。旋各赐酒一杯。又唱戏三出。各赐奶茶一碗。每赐，皆就垫上叩首。旋将赏物抬于殿外，各起出，至殿外谢宴、谢赏，一跪三叩。
1869年3月1日，曾国藩第四次在养心殿受到慈禧太后的召见。这一回，慈禧太后主要问了曾国藩练兵和海防的打算，话语同样言简意赅。1869年3月4日，曾国藩从京城出发，去保定上任了。虽然这时南方已是春天，但在北方，还是一如既往的寒冷，尤其是北方的风，凛冽而肆虐，让曾国藩很不习惯。曾国藩一路巡视永定河水利设施的情况，对直隶的民情和农情有所了解。七天之后，曾国藩到达保定。3月28日，曾国藩在保定主持检阅了直隶六镇练军。当那些松松垮垮的禁军部队出现在曾国藩面前时，曾国藩简直是大吃一惊。他没有想到天子脚下的这些部队竟然如此没有战斗力，这哪里是一支军队啊，分明连老百姓都不如，也难怪这样的军队在洋枪洋炮面前一败涂地，咸丰皇帝在第二次鸦片战争中只能弃城逃走了。想到慈禧对于自己的嘱托，曾国藩感到责任重大，在京城周围，只有这样一支堪称“豆腐渣”的军队，太后当然不放心了。
6月30日，曾国藩细细考虑了一番后，向朝廷上了一个奏折，奏请以湘军的军制来改造直隶练军。慈禧太后在曾国藩的奏折上批阅同意。曾国藩全身心地投入到直隶新军的建设上来，他一方面奏请调湘、淮军将领前来训练直隶六镇的新兵，另一方面，核定直隶练军章程，以湘军军制全面取代绿营军制。按照曾国藩的计划，除调刘铭传一万余人做拱卫之师外，还需新添万人。曾国藩一方面在本地募勇，一方面制定《练军步队章程》、《练军马队章程》等，全力练兵。到1870年5月，曾国藩的部队建设初见成效，一万多新军经过训练之后，变得有模有样，直隶的治安得到了有效的改善。
与此同时，曾国藩亦全力投身到千头万绪的事务中去。虽然曾国藩对于直隶的生活一直不是太习惯，感觉北方的风过于干燥，风大得时常扬起沙粒，吹得人睁不开眼，厉害的时候，就好像屋瓦上跑过一群小鸡一样。但曾国藩还是经常冒着这样的大风，深人到直隶广袤而穷困的农村当中。在直隶那几年，曾国藩操心最多的一件事，就是直隶水利工程的兴修了，尤其是永定河水利工程，一直是曾国藩重点抓的一个项目。除此之外，直隶吏治一向以疲沓着称，曾国藩重点突破的一件事情就是清理积狱旧案。曾国藩精心推敲撰就了一副对联，亲题于督署大堂楹柱之上，以示与全省官员共勉：
长吏多从耕田凿井而来，视民事须如家事；
吾曹同讲补过尽忠之道，凛心箴即是官箴。
对于直隶的吏治整治，曾国藩到任后接连烧了“三把火”，亲手制定了直隶清讼事宜十条，又制定了《清讼限期功过章程》，列出一系列赏罚细则，一次就参劾了玉田知县许春田等十一人，同时表彰了大名知府李朝仪等十名贤员，以示彰贤罚劣，严格分明。直隶吏治的整饬很快见到了成效。为了阐明自己的思想，到了直隶之后，曾国藩发表了一篇着名文章《劝学篇：示直隶士子》，在文中，曾国藩开列了当时最讲中庸之道的学者们公认的四门学问，让全省上下务必学习领会：一是经过自我修养而获得的“义理”；二是考据；三是辞章；四是经世致用之学。除此之外，曾国藩颁布了很多有利于当地教育和人才培养的政策。在曾国藩看来，一个地方的教育是最重要的，如果直隶能够在教育上达到两江一带的水平，那么，无论是在经济、文化和政治上，直隶都会有相当大的提升。
由于曾国藩的直抓亲管，直隶在不长时间中，军事、吏治、民政、教育有了很大的改观。但各项工作的改进，并没有给曾国藩带来实质性的快乐，甚至还引发了他更深的消沉。他在给家人的信中说，这一段时间，因为一直忙于事务，无片刻读书时间，做官如此，真是味同嚼蜡。曾国藩这样的想法当然是由衷的，这当中一个很重要的因素是，在保定，曾国藩几乎没有什么真正谈得来的朋友，直隶总督府的那些官员们，在短时间内经历了刘长佑和官文两任总督后，对于上司的频繁调换，显然多长了一个心眼，对曾国藩，一个个都毕恭毕敬的，也谈不上跟他谈论什么肺腑之言了。在这种情况下，曾国藩难免会觉得孤单。两江总督府的那些幕僚，一开始，并没有跟他一起来，身边没有一些志同道合的人，对于曾国藩来说，无疑度日如年。除此之外，可能是由于水土不服，曾国藩感到身体越发地虚弱了，他不时头晕目眩、焦躁难耐，甚至连自己很多年养成的静坐习惯都无法坚持。多年来，曾国藩养成了一个习惯，那就是每次重大事件决策之前，曾国藩都要焚香盘坐在榻上，闭目凝神，让杂乱的心绪如尘埃一样纷纷落下，然后，努力让内心归于宁静，在冥冥中，获得一种恩赐和力量。对于这一点，曾国藩自己也有着深刻的体会，他曾经形象地自我阐明说：神明好比太阳的升起，人的身体则如同鼎一样，立地不动。这两句话应当遵循；只是心到静极时，毫无喜怒哀乐，身体寂然不动，毕竟还没体验出真正的意境，只有封闭潜藏到了极点，才曲曲折折地逗引出来一点生气，如同冬至时节的一阳初动；坚贞不移，是为了有始有终，等春雷一响再开启出土，谷类的坚实，是为了做始播的种子，不能为种子的谷，不能说是坚实的谷。此中并无满腔的生意，如果万物的循环终始都放在心中，就不可以说到了至静的境界。然而，静极生阳，似乎是生物的一点仁心吧。气息静极，天地生物之心不息，这难道不是可与天地相比的至诚吗？颜子三个月不违仁，则可以说是洗心退藏到静极的境界中真正快乐的人了。
1869年初夏，曾国藩将自己的家眷接到了保定。曾国藩调到直隶，家眷留在金陵总有些不太方便，因为欧阳夫人哮喘病严重，曾国藩唯恐她待在北方不太习惯，所以打算安排家眷们回湖南老家的。但欧阳夫人表示还是想在金陵静养一段时间之后，再北上来保定。欧阳夫人真是贤淑认真，署中养病期间，一直督促儿媳及女儿每日严格按照曾国藩所定的“功课单”作业，自己也以身作则，参与“衣、食、粗、细”四事，在署中，继续耕种曾国藩亲手开辟的一块菜地。孰料当年夏天，欧阳夫人因为吃了过多自己所种的南瓜，右眼看不清东西。在直隶的曾国藩获悉后，连忙从保定请了一个医生赶到金陵，为欧阳夫人治病。哪里知道，这医生纯粹是一个牛皮大王，欧阳夫人不仅右眼没有治好，不久，连左眼也失明了。欧阳夫人一行到了保定府之后，曾国藩稍稍有点宽心，悲喜交加的是，这一次来保定的，竟然全是病人一一欧阳夫人双目失明；曾纪泽在路途之中，因用药所误，得了胃病；孙儿孙女在路途上，也患病发烧……一家人好不容易安定下来，曾国藩独处寝室，非常郁闷。当天，曾国藩在日记中写下了“满室呻吟，殊觉愁闷”的无奈之词。
好在这一次与家眷同来的，还有曾国藩非常信任的幕僚赵烈文。也许是很长时间没有见到知音了，或者是，曾国藩正处于忧苦之中吧，曾国藩几乎是迫不及待地跟赵烈文打开了话匣子。他的言语非常坦率，听得出来，对于这个没落的政权，认识和评价：
两宫〔指慈安、慈禧两太后）才地平常，见面无一要语；皇上冲默，亦无从测之；时局尽在军机恭邸（指奕口）、文（指文祥）、宝（指宝轲）数人，权过人主。恭邸极聪明而晃荡不能立足；文柏川（即文祥）正派而规模狭隘，亦不知求人自辅；宝佩衡、即宝轲则不满人口。朝中有特立之操者尚推倭仁，然才薄识短。余更碌碌，甚可忧耳。
曾国藩的这一段话，完全是他的真实想法。如果说曾国藩两年以前在与赵烈文的谈话中，还吞吞吐吐不愿暴露自己真实想法的话，那么，现在的曾国藩因为对于时局已有了更为清醒的认识，已不再对这个朝代抱有希望了。在曾国藩看来，清王朝已经病人膏肓，难以救药。熟读《红楼梦》的曾国藩感到这个貌似堂皇的王朝就像书中的大观园一样，尽管表面上一派繁荣，红红火火，但骨子里，已腐朽坍塌，濒临死亡，颓势已远远超出自己原来的预料。根本不可能有什么人可以力挽狂澜，自己不行，别人也不行。曾国藩想不透彻的一个问题是，这个貌似强大的政权，为什么说颓败就颓败下来呢？问题究竟出在哪里？曾国藩唯一感知的就是，天地之间的变化太大了，这个腐朽的政权已踩不到步点，明显地被抛弃了。在这种情况下，唯一的希望，就是如何使屋檐下的苍生百姓少遭一点罪。《红楼梦》上反复强调“好了好了”，这个世界也一样，如何“好好地了”就变得迫在眉睫。实际上也不仅仅是这个朝代，作为这个朝代的一员，自己同样也面临这个问题。
