第三，也是最不利于东条英机担任着首相职务的，也许是他没有能力对武装部队本身进行全面控制。他干脆把军队中他所有不喜欢、不信任的非嫡系将领解职或赶到遥远的部队里去。在这些人中，有新加坡的征服者山下奉文将军，他在新加坡等了没有多久，就被调到中国东北的一个不太重要的部队里去了。但是，还有另外一些人，东条首相不能这样傲慢地对待，其中有东南亚战区司令官寺内元帅。因此，东条无法清除在军队内部的所有派系分歧。
第四，东条英机首相无力缓和陆军与海军之间长期的勾心斗角。海军大臣鸠田大将的确是他的亲信，但是在海军中有一种日益增长的抱怨情绪，认为在物资的分配、特别是飞机的分配方面，偏向陆军。1943年9月30日御前会议提出的任务是：“为取得决定性胜利，必须紧急加强军事实力。”据认为，增强陆、海军航空兵的战斗力对于完成这一任务具有特殊的作用。大本营认为：为了在1944年实施军事行动，日本武装力量需要45000架飞机，这已经超过日本航空工业生产能力一倍多。但是海军提出他们需要26000架飞机。这样一来，则势必打破陆海军之间的分配平衡。尽管东条首相尽力协调，但两军统帅部各不相让。最后，只得再多拨3500吨铝给航空工业部门，要求他们生产出50000架飞机，两军平分。这样比海军的26000架只少1000架。
海军中对物资分配的抱怨情绪使两个军种之间的鸿沟扩大到各自试图控制自己所需要的每一种物资的生产而不给予对方的程度。1943年11月，东条建立了一个军需省，但也没能结束这种不良情况。陆军甚至坚持要自己建造潜艇供运输需用，而不要海军建造。东条政府为了解决陆海军统帅部在船舶方面的需求矛盾，还曾求助于德国法西斯，想从希特勒那里取得50万吨船舶和100万吨钢材，但是希特勒也正如热锅上的蚂蚁，自顾不暇，结果交涉了一个月，只弄到了1万吨特殊钢材，对日本政府来说，只是杯水车薪。
危及东条政府生存的第五个方面是东条不消除内阁和统帅部之间的分歧。1944年2月，当他的地位处于危急状态时，他试图通过自己兼任陆军参谋本部总长并让鸠田海军大将兼任海军军令部总长来解决这一问题。
事情的经过是这样的：东条英机于2月18日夜拜访木户幸一内大臣，表示为了密切统帅和军政的关系，进一步加强陆海军的配合，自己想兼任陆军参谋本部总长。次日，又向鸠田海军大将谈了自己的决心。鸠田认为：海军也应采取同样的形式。但是杉山参谋总长，山田乙三教育总监反对东条陆军大臣的意见，双方进行了激烈争论。但东条英机最后说，天皇已私下答应，这样便一句话定了乾坤。总长、总监也只好以“临时特殊情况，同意兼任，下不为例”作为前提表示赞同。三长官会议在东条陆军大臣的意志控制下闭会。鸠田海军大臣也以类似的方式取得了兼任。但是，用东条英机自己对东京国际军事法庭讲的话说：“我很遗憾，已经太晚了，干不了什么事情了。甚至用这个办法我也不能插手海军统帅部的事务。”
日本最初的胜利掩盖了这些政府危机、然而，以后的失败使这些不利于政府团结和加速政府分裂的潜在势力越来越大，并且不断在挖东条政权大厦的墙脚。
仅以兼职一事为例，东条上将一人兼任首相、陆军大臣、陆军参谋本部总长。东条英机这样做是企图通过国务和统帅的首脑人物在人事上的结合，达到国务和统帅一体化之目的。但不管怎样，这与日本军队传统的、铁的法则——“统帅和政务在本质上不能混为一谈”相比，还是一种完全破例的措施，因而遭到来自军内外的诸多批判。与其说它带来了好处，不如说权力和事务过分地集中到一个人手里，还产生了使人们疑惑、不满以及政策不廉明、不彻底等弊端，随着战争形势的紧迫，这些情况逐渐表面化。当时在御殿场静养的秩父宫曾三次表示不同意。
1943年春天，一个确凿的反对东条英机的密谋开始在重臣(即担任过总理大臣的一些人)之间酿成。其中，东条英机的老对手近卫是发起者。近卫感到有失败的先兆，并且一直提心吊胆，惟恐接着会有一次共产主义革命。近卫首先物色了两个心腹：内大臣木户侯爵和另一个高级宫廷官员松手侯爵。3月底，木户和同样急于要尽快看到战争结束的天皇谈了一次。从那时起，包括若木规、平诏和冈田在内的重臣们定期召开秘密会议，在会上讨论推翻东条和停止战争的最好办法。冈田有一个女婿叫迫水久恒，是内阁企划厅的成员。迫水一直向重臣提供真实事态的情报，与东条内阁所提出的虚假的胜利喜报恰成对照。1943年4月，重光接替谷正之担任外相，这样，重臣们在东条政府里就有了一个与他们看法一致的人。
第二步是试探天皇的弟弟高松亲王，看他是否愿意领导一个旨在谋求恢复和平的新政府——这种和平意味着结束日本对大东亚的控制，因此只有具有亲王地位的人才能劝使军队接受这种和平。但是，这件事没有立即奏效，而且主和派在建议什么样的和平和实现这种和平的最好办法等问题上，实际上意见并不完全一致。木户考虑了一个解决办法，即通过日本和其对手达成的协议使日本的战前领土保持原状，并承认日本在战争中占领的领土独立。按照以上所提出的方针，即用一批新产生的弱国来代替西方列强原来的殖民地，并保证日本对这些新国家的自由经济来往，这样实现和平将使日本实际上仍是受益者。
总之，由于东条首相没有结束国内政党间的竞争；日本的财阀们对东条加强军工生产的努力，在暗中进行阻挠和破坏活动；军队内部派系林立；陆军海军之间长期勾心斗角；东条内阁与统帅部之间还存在着很多分歧，东条政府已经岌岌可危了。
最后，迫于压力，东条英机在1944年7月辞职。在最后一次内阁会议上，他用沮丧的语调对内阁说，他决定辞职，然而日本将来战败的责任不在他，而在“重臣”和迫使他辞职的人。
接替东条的是号称“朝鲜之虎”的战争贩子小矶。尽管他有与东条一样的野心，狂热地想把侵略战争进行到底，等待他的同样是失败的命运。
东条下台后，日本的战局并没有丝毫好转，特别使新首相小矶国昭惶恐不安的是菲律宾莱特湾之战，这是一场关系到日本海军命运的决战。早在11月8日，小矶在一广播讲话中，把莱特湾之战比作1582年决定由谁来统治日本的天王山之战，妄想一举扭转战局，如今却一败涂地，日本舰队几乎全军覆没，这怎能不使他伤心发愁呢！
美军占领马里亚纳主要岛屿之后，就突破了日本大本营于1943年9月规定的“绝对确保”的防御线，根本地改变了日本的战略态势。此后，盟军可以任意选择进攻目标，甚至轰炸和进攻日本本土。这时，以对外掠夺和海上运输为基础的日本战争经济的弱点，日益暴露无遗。战略物资储备已消耗殆尽，经济实力日渐衰落，加以马里亚纳陷落后，日本海军机动性能锐减，而盟军舰队和潜艇更为活跃，因此，日本海上运输船舶的损失日甚一日。早在1943年9月，日本政府就撤销了商工省和企划院，设立了军需省，集中一切人力物力资源生产飞机和船舶。但即使如此，也远远弥补不了损失。如1942年11月底，日本拥有594万吨商船，到1944年10月底只剩下290万吨。
根据新的形势，1944年7月21日，日本大本营作出决定，要加强菲律宾、台湾、琉球群岛、日本、千岛群岛这一带水域的第一道防御线，以防盟军一旦在这防御线上的任何地方发动进攻时，都能集中陆、海、空军力量阻截和消灭敌人。在这条战线上的作战，统称带有决战性质的“捷号作战”。
根据大本营的决定，各个方面军都作好进行决战的准备。规定菲律宾地区为“捷一号作战”；台湾、琉球群岛为“捷二号作战”；日本本土为“捷三号作战”；千岛、库页岛等地为“捷四号作战”。
8月4日，日本联合舰队得到大本营的指示，要在菲律宾方向作战，在决定性的海战中打垮敌人。为此，要在菲律宾的克拉克和巴洛德两机场为第一和第二航空队准备基地。水面舰艇的兵力是：第一机动舰队配置7艘航空母舰，第二舰队拥有5艘战列舰和11艘重型巡洋舰，第五舰队有3艘巡洋舰和7艘驱逐舰。空军由第四军机任菲律宾防务。陆军建立第三十五军，以保卫菲律宾群岛南部，该军属第14方面军统辖。以这些兵力准备迎击美军的进攻。
这时，美军在太平洋上已拥有海空军优势，可以任意选择进攻目标。但由于美军在太平洋战场上没有一个统一指挥的总司令，陆军上将麦克阿瑟和海军上将尼米兹意见不一，各有主张，前者要迅速占领菲律宾，以实现他在1942年春天离开菲律宾时许下的诺言——我还要回来！后者认为在棉兰老取得空军基地之后，孤立吕宋，进攻台湾和中国沿海，进而打击日本本土，这样会缩短战争的进程。而陆军总参谋长马歇尔和海军作战部长厄内斯特？金各支一派，他们都为自己的部下撑腰，僵持不下。最后，罗斯福总统只好亲自出面协调，于1944年7月底跑到珍珠港，召集这两位将军开会。希望缓和他们之间的矛盾。会上，麦克阿瑟向罗斯福力陈占领菲律宾的政治和军事意义，这位总统也表示信服。虽然这次会议没有作出具体决定，但从以后的事实来看，尼米兹显然是作了让步。
日、美双方之所以都把菲律宾作为决战的首要战场，主要是因为这里的地理位置十分重要。菲律宾群岛由7000多个岛屿组成，离亚洲大陆约500海里，距台湾以南230海里。它从棉兰老岛起向北延伸，通过比萨扬到最大、最重要的岛屿吕宋，共长1150英里。只有11个岛的面积超过1000平方英里，其中棉兰老和吕宋两岛占陆地总面积的2／3以上，莱特是菲律宾群岛的心脏，它的海湾宽广，是招引海上进攻的好地方。特别重要的是，菲律宾是防卫日本本土的最重要的屏障。
1944年8月，尼米兹命令美国第三舰队司令哈尔西从南太平洋北上，接替斯普鲁恩斯指挥中太平洋舰队，并计划参加即将到来的对菲律宾的进攻。为了给进攻菲律宾的部队准备前进基地和后方供应基地，哈尔西的部队要在1944年9月15日拿下加罗林群岛西部的帛琉群岛，以及帛琉与马里亚纳群岛之间的犹里蒂珊瑚岛。此外，哈尔西还要支援麦克阿瑟的西南太平洋部队，于9月15日攻入摩罗泰，然后再向菲律宾南部和中部进军。
9月初，美国第三舰队司令哈尔西在他的旗舰“新泽”号上与第三十八突击队会师，并开始对菲律宾中部进行空袭，以便对即将进行的进攻摩罗泰岛和佩列流岛给予战略支援。空袭结果令人振奋，美第三十八突击队以损失8架飞机和10名驾驶员的代价，击毁日机约200架，炸沉货船12艘、油船1艘。哈尔西从这次空袭中得出结论，菲律宾中部日军防御空虚，因而他急电尼米兹，建议麦克阿瑟尽可能早日进攻莱特。尼米兹把这个决议转交当时正在魁北克外会的美国参谋长们。他们在征得麦克阿瑟同意之后，就命令尼米兹和麦克阿瑟联合起来，于10月20日向莱特发动进攻。
首先，美国西南太平洋部队和中太平洋部队协同一致，于9月15日对日军控制的两个岛屿摩罗泰和佩列流发动突然袭击。西南太平洋的第七两栖作战部队越过了重兵防守的哈马里拉岛，运载部队人数28万名，一举攻下了摩罗泰岛。岛上日本守军几百人仓皇逃入山中。美军工程兵很快就在摩罗泰修建好两个轰炸机场和一条战斗机跑道。
进攻4公里长的佩列流岛的战斗打得非常艰苦，岛上日军约1万人，一半是精锐部队，并且贯彻了日本大本营的最新指示，采用纵深防御，负隅顽抗的策略。美军伤亡1万人，直到1945年2月才完全肃清了岛上的残敌。
9月间，美军还占领了附近的小岛安戈尔和东北部的犹里蒂岛。这两个小岛也作为空军基地和后勤基地，为进攻莱特提供了方便。
对菲律宾群岛的空袭是从10月份开始的。美国第三舰队的任务是打击菲律宾的北翼。10日空袭琉球群岛，11日袭击吕宋机场，12日开始，连续3天轰炸台湾。据累计，在9、10月间，第三舰队在一系列的空袭中，炸毁日机1200架以上，其中很多是新近从日本本土起飞的。
以中国为基地的第二十轰炸机队的B-29和陈纳德将军的第十四航空队的中程轰炸机，也袭击台湾和中国大陆沿海一带的日本空军基地、军舰和运输船只。
美国第三舰队的舰基飞机和其他地区空军的广泛出击，收效良好，使麦克阿瑟的进攻部队平安到达莱特地区。这支大军由700艘舰只组成。海军中将金凯德指挥的第七舰队提供海空支援，它分为南北两个突击队轰炸莱特和阻击敌军。第六集团军司令克鲁格上将指挥地面部队：第十军偕同北路突击队登陆，第二十四军随同南路突击队进攻。从10月10日到15日，他们分为几个梯队向莱特进发。
在麦克阿瑟的目标莱特岛上，日本守军只有第十六师团，不到2万人。这支部队是在1941年圣诞节前夕在吕宋东岸登陆的，在参与夺取马尼拉之役后，曾在巴丹作战。但这支部队现在的大部分成员，包括司令官牧野四郎中将都是新换的，从来没有打过仗，这个师团在日本的名声也不好。他们大都是从京都、大阪地区征集来的，“做生意还可以，打仗却不行”。
莱特像个楔子插在两个大岛之间，东北面是萨马，南面是棉兰老，形状像颗臼牙，牙根指向棉兰老。其东海岸沿莱特湾是一片长35英里的肥沃平原。海岸空旷，没有暗礁保护沙滩，是理想的登陆作战地点。但进入内陆几英里后，麦克阿瑟的部队就必须越过地形复杂的沼泽地、河流和水稻田，在雨季时除非走大路，否则几乎无法通过，而雨季已经开始。岛上其余的地方是山区，到处是茂密的森林，攻或守同样困难。岛上还有众多的小股游击队，他们经常袭击日本人，对麦克阿瑟部队的登陆起了有力的配合和支援作用。
岛上人口约100万，除了3000多名华人和少数欧洲人、美国人和日本人外，都是靠种田和打渔为生的比萨扬人。主要作物是水稻、甘蔗、玉米和椰子，是一个得天独厚的富饶的鱼米之乡。
