项目转项的好处除了在投资上增加了国家的投入外，就项目本身来说，使它更加丰富、更加扩大、更加完善。
一是作为水利工程，隧洞的断面得到加大，由原来的2 .3立方米/秒加大为9 .2立方米/秒。
二是增加了一条旁通的隧道。这隧道可直接将星云湖的水从出水处九溪引走，不再进东风水库。本来，在星云湖的出水口九溪设计了一块湿地以处理星云湖的水，让它净化后流入东风水库。一开始环保部门不同意加一条旁通隧道，认为这是不相信湿地的环保功能。但是人们还是担心如果湿地不成功，或处理不了那么多水，或有洪水时，可以通过旁通引水流走。最终还是决定采纳了增修旁通隧洞这条双保险的万全之策。
这项工程的开工，同中国所有工程一样，它的进程都极具中国特色。后续的各种手续其实还远没有完成。项目管理程序真的太复杂了，技术程序和行政程序太多。出流改道的大事记有如下记载：
2000年4月，玉溪市环保局委托市水利电力勘测设计院、中科院南京地理与湖泊研究所和市环科所编制了《抚仙湖—星云湖出流改道工程项目建议书》。
2000年9月14日，玉溪市计委【现为市发改委】对该项目作出了立项批复。
2001年2月至4月，《抚仙湖—星云湖出流改道工程项目可行性研究》在全国范围内公开招标，国家环境保护总局华南环境科学研究所和广东省水利水电勘测设计研究院组成的投标联合体中标。
2003年1月20日，云南省计委【现为省发改委】以云计投资〔2003〕55号《关于抚仙湖—星云湖出流改道可行性研究总报告【代项目建议书】的批复》对出流改道工程可研报告作了正式批复。
2003年3月26日，出流改道工程从环保项目转为水利基本建设项目。
2003年3月31日，出流改道工程开工典礼在江川县隆重举行。这一天，出流改道工程正式宣布开工。
2003年4月2日，省水利厅召开了咨询审查意见统一会，确定了工程名称，确定了工程目标，确定了增大工程规模。
2003年4月4日，工程领导小组和指挥部成立。
2003年4月19日，再次召开初步设计咨询意见研讨会。
2003年5月19日，玉溪市委书记孔祥庚到江川调研。
2003年7月6日，省委书记白恩培调研，根据白恩培书记指示，省里确定工程概算总投资为3 .77亿元。
2003年7月12日，分管副市长李洪云与设计单位商定初步设计的进度问题。7月15日初步设计定稿。7月16日确定出流改道引水工程全长12757米，旁通泄洪道为10783米，工程总长23540米。
2003年7月22日，云南省国土局下发工程用地的预审意见。
2003年7月24日，召开专家咨询论证会。
2003年8月2日，召开工程建设协调会。
2003年8月20日，曾培炎副总理在省领导的陪同下视察工程线路。在工程线路入水口处听取了省、市领导对工程的基本介绍后，然后来到了抚仙湖。这一幅美丽的景色也许打动了他，这一次他向玉溪提出了“一流的水质，一流的生态，一流的旅游”的要求。这三句话成了玉溪人的口号和奋斗目标。
2003年11月12日，引水工程1#斜井开工，标志着抚仙湖—星云湖出流改道工程正式开工建设。
2003年12月3日，出流改道工程九溪出口隧洞开挖。
2003年12月15日至19日，受水利部委托，水利部水电规划设计总院在江川县召开了《玉溪市抚仙湖—星云湖出流改道工程可行性研究报告【代项目建议书】》审查会。
2004年6月28日，旁通泄水道工程一标段开工。
2005年8月21日，旁通泄水道工程一标段贯通。
2005年9月9日，国家发展和改革委员会以发改农经〔2005〕1721号《国家发展改革委关于云南省玉溪市抚仙湖—星云湖出流改道工程可行性研究报告的批复》，原则同意出流改道工程可研报告。
2005年11月3日，出流改道入水口挺水植物带工程开工。
2006年1月5日，九溪出口顶管施工进场开工。
2006年4月6日，九溪湿地开工建设。
2006年4月15日，旁通泄水道工程全线贯通。
2006年6月4日，出流改道隧洞工程实现了全线贯通。
接下来的两年多，曾来调研的中央和省里的领导还有：罗干、黄菊、王兆国、建设部部长汪光涛、水利部副部长陈雷、云南省领导白恩培、徐荣凯、秦光荣、丹增、杨崇勇……
出流改道工程仅全国性专家评审会就召开了十五六次，在这些评审中，工程建设指挥部指挥长李洪云副市长，工程建设管理局杨明局长等人做了大量的工作，市委书记孔祥庚、市长董诗强给予大力支持和高度重视。
为争取国家对该项目的立项，工程建设指挥部、工程建设管理局协助市委、政府领导十多次上北京协调关系。
穿插在其中的是各种招投标和各类批复的记载，以及说不清的评审会、复审会、审查会、预审会、评估会、调研会，等等，等等。
向上，还涉及到中央的4个部委。多少事儿要报批。
各种报告、设计、方案就这样反复地修改、完善、补充。据说，光这些材料足足有2吨之多！
……
此外，设计人员还要计算：气象、水文、径流、地质、选址，还要进行各种分析：陆地生态、水环境、水生生态、水质预测、污染源预测、水土保持、两湖调节调度以及投资、补偿【比如抽水站和海口电站】和风险的估算。还有防洪和地震的考虑和计算。这些枯燥的数字我不懂。但我知道这是必需的。2002年，有关方面还进行过一次公众意愿调查，这一次，对这个工程了解的人占70 .5%；觉得此工程有利的占80 .9%到84 .4%；认为对防洪不利和中立的占65 .9%到72 .8%；总取向支持占63%，中立占29 .6%，反对的占7 .4%。那时还有许多未知数连设计人员也说不清，比如水温，如果每天引入20万立方的底层水，水温到底能降多少？降温对抑制蓝藻能起多大作用？引水后抚仙湖的湖水会不会造成垂直对流，它的影响会如何？我由此想到一个有趣的问题：两湖之鱼是不是从此可以过界而自由往来了呢？那界鱼石上的碑刻是不是要改改了呢……湖水倒流给人以时光流转的奇妙感受：回到从前，回到童年，回到青春。
顶管和湿地：肾和血管
12757米的改道工程是这个项目的主体工程。它主要保证星云湖的水引流。这工程由明渠、隧道和顶管相间组成。工程的困难一言难尽，工程建设指挥部李洪云副市长、工程建设管理局杨明局长先后十多次聘请省内外知名专家来现场会诊，及时解决施工中遇到的难点、热点问题。并听取专家的意见，对地质条件不好，涌砂、涌水严重的九溪出口地段，通过多个方案的比较，市委、市政府决定采用了工艺最先进的顶管法施工。它是用油压机将管子从地下一截一截地顶进去，这种管子内径2 .5米，外径3米，长3米，重18吨。管子在地下十几米或几十米处推进，每天能进几米到10多米。因为推进的阻力大，它一次只能推进在一千米以内，超过的地段就得重新打沉井分段推进。我是第一次见这种作业，大开眼界——我爬下十几米深的沉井，只见打好的一边顶管管道直直地伸向远方，尽头处可见出口成了一个小小的光点。工人们说这是用红外线定位。果然我在油压机的前面看见一个小红灯，眼睛一样地盯着正前方。正在推进的这一段，水桶粗的4根油压机臂将粗大的顶管向前方顶进，几乎看不出前进的速度。顶管内干净清爽的，只有送水和出泥水的两根碗口粗的管子从顶管里铺出。工人说，前面有个机头，将前方的泥土打碎搅拌成泥浆抽出来。但是如果前面是整块岩石，机头会损坏，因此顶管施工法要先行在顶管线路上打超前钻孔，探明地层情况，选好施工设备和施工工艺。隧道的开挖也遇到过重重的困难，塌方和涌水涌砂让隧道无法通过，他们想了各种办法，有一种办法是冷冻法，可是成本太高，每天只能冷冻两厘米，时间上也耗不起，最后又只能改道……工程的进行一言难尽。在工程建设管理局有一个工程进度倒计时的大牌子，它不断地提醒人们工期。工作在这里的人每天小心认真地记上那些进度的数字。
星云湖的水就通过这些顶管和隧道、明渠、暗渠到了九溪。这时它的水还没得到净化，不能直接到东风水库。为了使这水质达到Ⅲ类以上，必须先进行处理。为此，在星云湖水的出口处设计了一块63亩的湿地，同时，在九溪又设计了一块更大的湿地。世界上公认湿地是地球之“肾”，可是多少年来人们并没有认识到这一点，相反，湿地都被人破坏，填了土，种了庄稼。没有了肾，就没有排毒的功能。湿地是多种功能的生态系统，可以沉淀、排除、吸收和降解有毒物质。其一，有物理作用，过滤、沉淀、吸附有害物质；其二，它有化学作用，因为有机微生物提供的酸性环境，转化和降解水中的重金属；其三，它还有生物作用，一方面是微生物对污染物的降解，同时大型的水生植物能从污水中汲取营养物质。此外，它还有助于减缓水的流速，有利毒物和杂质的沉淀和排除。
2006年，我见到了星云湖边渔村大河处已修好的一块人工湿地。正是中午，那条大河很像隔河，从10多公里外流来，雨季没到，水不多，水质很脏，两旁的房屋都住着村民，看来这条水是不能用了，人们只能怀念几十年前在河边洗菜洗衣的美好时光了。这块湿地就是为了处理这条河的水而建造的，为了不让污水直接排进星云湖。这时微风乍起，那湿地上的芦苇和水竹摇曳着，矮一些的美人蕉也一排排地挤在那里。人们说，将来九溪的湿地修好了就同这儿一样——不过那规模却很大，第一期工程是270多亩！第二期达到400多亩！据说是全国最大的人工湿地。九溪人工湿地设计一期工程处理水量为1 .16立方米/秒【10万立方米/天】，二期扩大到2 .32立方米/秒【20万立方米/天】。
人工湿地的建造是这样的：用碎石作人工基质，上面种水生植物，经过实验模拟，选定的水生植物有：野姜花、风车草、类芦苇、伞草、美人蕉、香根草等。这些植物分块分片种植，水流有秩序地回旋形绕过。
我去时，玉【溪】江【川】高速公路旁的湿地工地正在开挖，一堆堆的碎石已堆满场地，大型挖土机正日夜在开挖取土……人们介绍说，要种上水生植物，全部投入使用，可能得到明年才行。
望着那一大片湿地，幻想它的明天，一定非常壮观。它会不会又是玉溪的一大景点呢？建设管理局的小李和小邓说，他们目前考虑的还只是它实用的功能，至于它的景观和旅游功能下一步肯定会考虑的。我想，能不能在水生植物中点缀一些鲜艳夺目的花儿呢？能不能在几百亩绿海上架上人行的观赏走廊呢？我梦想这一切会实现的。
我当时担忧的是：湿地的功能最终能发挥得如何？它能把星云湖的Ⅳ、Ⅴ类水变为Ⅱ类水吗？我们有理由乐观吗？可是回答我的人都很谨慎。因为同自然的交道，还有许多的未知数和变数。
人们只能告诉我，好在还有一条旁通泄水道。如果湿地没完成净水的功能，通过旁通泄水道将水排出，不会进入水库；遇有洪水，这旁通水泄道也能泄洪呢。
前景：水城和生态之城
我国南水北调的工程正在紧锣密鼓地进行。
与此同时，世界上的哈萨克斯坦也在进行调水工程；澳大利亚也在做同样的调水工程；美国的大型调水工程也在运行；就连沙漠之国利比亚也开始了从沙漠之下的取水工程……
我们的星球缺水吗？
也许不缺。可是水资源不平衡。
然而有关专家一再警告说，开源供水的增长，往往抵消不了浪费与破坏。中国必须走节约用水的道路。
玉溪的出流改道工程，也许正符合这一开源节流的总思路。除了达到保护抚仙湖、净化星云湖的目标外，抚仙湖每年的余水2000万立方米可得到利用，加上星云湖倒流的水量，每年共6752万立方米，经过净化后进入东风水库，能解决日益发展的玉溪城区用水的需求，这对改善和优化玉溪的水资源配置有重大的意义和潜在的经济效益，可保证玉溪市的长期发展用水。这些水从北往南再往东，绕玉溪五个县区一圈再进入南盘江，充分发挥了高水高用的优势，并惠泽了沿线百万亩土地和百万城乡群众。
公元2006年，玉溪提出了建设生态城市的目标，他们要将玉溪建成水城。玉溪正在做好这个水的大文章。生态立市——这是全国的首创呀！玉溪有抚仙湖这个得天独厚的条件，现在加上这个出流改道工程，有了多余的能利用的水源。
玉溪市委书记孔祥庚高挑的个子，肤色黧黑，戴一副眼镜，这位学者型的官员听说还喜欢写诗呢。他用诗一样的语言解说这个工程：玉溪市的资源与全省相比是丰富的，与全国相比是贫乏的，与世界相比是渺小的，真正有实力的优势是抚仙湖的水质，真正的潜在优势是“三湖一海”及其河流、水库的治理和开发。当今世界，谁拥有水资源，谁就拥有竞争实力，谁就拥有美好的明天，有专家预言，上个世纪人类为石油而战，本世纪将为水而战，从这个意义上讲，抚仙湖巨大的水体是“三湖”生态城市群实现可持续发展的“核心动力”。——难得他有一颗诗人浪漫的心、学者清醒的头脑和务实的精神。
出流改道工程的实施，从长远来看，除却抢救性保护抚仙湖、建设生态城市等显性作用，更是玉溪生态城市群构建“圈域”经济的纽带。水是圈域经济不可缺失的资源，如长三角、珠三角、环渤海经济圈。出流改道的这一千古一变，使玉溪“三湖”生态城市群之间的水资源重新得到整合和利用，“三湖四片区”区域经济的联系更加紧密，客观上加快了“三湖”生态城市群建设的步伐，改变了玉溪的经济地理版图，提升了玉溪在未来区域经济竞争与合作中的地位。
2007年12月26日，随着总指挥的一声令下，云南星云湖、抚仙湖出流改道入水口闸门打开，星云湖内滚滚水流从闸门涌出，出流改道工程试通水成功。
2008年5月20日上午，抚仙湖—星云湖出流改道工程开闸仪式在云南第一闸—江川隔河船闸举行，闸门按钮由全国人大教科文卫委员会副主任徐荣凯启动。闸门提起后，抚仙湖水缓缓流向星云湖，标志着抚仙湖—星云湖出流改道工程以及扫尾工作全面完成，历史见证了这一时刻。
