民国时期的官方语言已经是半文半白了，现在的人理解起来难度并不大，所以也就不用翻译。看看这些条款中，几乎每一条都将中国的主权拱手让给了日本。比如山东的一切权益，比如中国的警察系统要由日本人插手，比如中国东北的一切采矿权都归日本等等，甚至中国各级政府都必须由日本人来当顾问。晚清以来所有外来战争加在一起，不过是将中国变成了半殖民地，而这“二十一条”却将中国完全变成了彻头彻尾的殖民地。因此消息传出，举国沸腾，民情激愤，全国爆发了反对日本的浪潮。
由于二十一条实在是太过分，袁世凯开始也不敢完全答应，但日本利用袁世凯称帝的野心，步步紧逼，甚至不惜发出最后通牒，声称再不答应就要动武。袁世凯紧急召集幕僚讨论对策，大部分人都不约而同地主张接受条款，而段祺瑞则拍案而起，怒斥这帮人简直是祸国殃民，对日本必须坚决抵抗，必要时号召全中国的军队抗战，一定要教训教训狂妄骄横的日本人。
袁世凯考虑到如果不答应，自己的称帝野心自然是竹篮打水一场空，同时他也深知，中国的国力尚不足以与日本抗衡，战争一起，中国就再也没有回旋的余地，只能是一败涂地。于是他最终拒绝了段祺瑞的建议，决定接受日本的最后通牒。1915年5月9日，袁世凯宣布中国接受除第五号条款之外的全部其他条款。
生来就不服输的段祺瑞眼看自己的意见再一次被弃之敝履，而且如此过分的条约居然都能被接受，气得他差点吐血，不用说，他那出了名的歪鼻子这次又歪了。一怒之下，他向袁世凯提交辞呈，表示自己再也不过问一切军政事务。
真是天赐良机，袁世凯马上就坡下驴，说： “你现在气色很不好，可能身体不舒服，休息休息也好！”于是下令段祺瑞去西山休养。为了不过分激怒段祺瑞，还特意颁发褒奖令，对过去段祺瑞的功劳做了一番表彰，并且拨付医药费让段祺瑞安心休养。段祺瑞一走，王士珍就被任命为陆军总长，接替他的职位。
斩草不除根，春风吹又生。赶走了段祺瑞，他的死党，现任陆军部次长的徐树铮很快就被冠以贪污军火的罪名免职，段祺瑞彻底失去了对军权的控制。
刚离职的时候，为了表示对段祺瑞的关心，袁世凯经常派人给段祺瑞送东西，像什么鸡汤、人参、鹿茸，什么高档送什么，他知道段祺瑞个人没什么钱，这些东西他是买不起的。不过，段祺瑞可从来不敢碰这些东西，一接到东西，回家就偷偷倒掉了。不是段祺瑞暴殄天物，而是怕，怕袁世凯下毒，因为赵秉钧尸骨未寒，段祺瑞不想做赵秉钧第二。 （当初宋教仁遇刺案真相败露，袁世凯大怒，便命令杀应桂馨灭口。赵秉钧得到消息，曾打电话到总统府询问谁叫人把应打死，回说是总统的意思。赵秉钧就说了一句话：“这样，今后谁还肯为总统出力？”就是这句话送掉了他的性命。几天以后，赵秉钧生病了，袁世凯推荐医生给他治疗，结果他服药以后却很快暴死。）
袁世凯复辟帝制的活动越来越公开化，社会上早已是沸沸扬扬，连身在南京的冯国璋也坐不住了，赶到了北京，当面询问袁世凯关于恢复帝制的事情。大事未成，冯国璋的态度他也不摸底，袁世凯还不敢公开，于是他回答冯国璋：“我现在的地位跟皇帝没什么两样，我个人没什么追求了。
当皇帝最大的好处是为了自己的子孙，可是你也看见了，我的大儿子身体是残疾的，那个老二根本不关心政治，整天附庸风雅，想当个名士。老三更不用说，啥都不懂，他当皇帝岂不是开玩笑？其他的儿子都还太小，不可能参与国事。而且，历史上看，帝王之家恐怕没一个有好结果的，我还能应付局面，一旦我死了，他们的下场可能会很惨，为了他们的将来，我怎么会害他们昵？”
直肠子的冯国璋信以为真，于是放心地动身回南京。临走前，特意去探望了一下段祺瑞，并且还把袁世凯的原话转告了段祺瑞，表示袁世凯不会真的当皇帝。深深了解袁世凯的段祺瑞却只是摇摇头，“老头子讲的话你觉得是真心话么？”冯国璋愣了，他知道段祺瑞的话有道理，但又不知怎么办才好，只好问段祺瑞，如果袁世凯真的称帝，他怎么办。段祺瑞态度很坚决的说： “我是绝对不赞成搞帝制的，那只能是历史的倒退。但是袁项城对我有知遇之恩，我不能跟他对着干，否则会有人骂我段芝泉忘恩负义。”
消息传到了袁世凯那里，袁世凯当然是十分恼怒，不过他暂时还不想对段祺瑞采取什么极端的手段，毕竟段祺瑞是他一手提拔起来的爱将，而且段祺瑞的能力有目共睹，如果有一天他能回心转意，必定是自己的得力干将。
再说他也深知段祺瑞的为人，这个人即使反对帝制，但也不会有什么真正的行动，不会对自己构成威胁。不过，他这么想，不一定所有人都这么想，袁克定就是个例外。他知道段祺瑞坚决反对称帝，便对他恨之入骨，甚至开始密谋采取行动，从肉体上消灭段祺瑞。
因为姻亲关系，袁克定平常是管段祺瑞叫姐夫的，但现在这个小舅子已经要对段祺瑞下手了。段祺瑞并不是闭目塞听，对这些消息还是很警觉的，但因为袁世凯对他的大恩，他只能克制自己，并且态度鲜明地表达了自己的立场：“我反对帝制，但是只能用口不能用兵。我想袁项城不至于对我个人有什么过分的行为。如果不幸真的发生，那我只有坐在家里等着！”
这话还真管用了，很快袁世凯就听说了袁克定的一些小动作，马上将他叫去骂了一顿： “你姐夫对帝制确实是有意见，不过他只是动动口而已，又没有什么实际行动。我听说你对他不满，还要对付他，你必须马上停止一切动作。怎么说他也是我们家的亲戚，现在大事还没有定，家里就闹成这样了，将来不是更乱么？”
一番话，袁克定只好放下了对付段祺瑞的行动。
洪宪元年，只此一年
段祺瑞的个人安全暂时有了保障，但全国的政治形势却越来越糟糕。
袁世凯已经公然撕下伪装，宣称要恢复帝制，各地为了逢迎他，掀起了一浪高过一浪的帝制丑剧。当时全国各地凡是有敢于反对帝制的人或言行，通通被抓住冠以“乱党”之名，不是监禁就是杀害，连废除多年的连坐法都搬了出来，一人有罪亲戚也跟着遭殃。
眼看形势越来越有利于自己，袁世凯又导演了一出“劝进”的好戏。所谓劝进，就是袁世凯自己不出面，而授意手下向他进言，劝说他继皇帝位，他自己再三推脱不掉，只好答应。当然，这个劝进，你愿意也得干，不愿意也得干，段祺瑞当时的职位是管理将军府事务，在所有人都列名的情况下，他也不得不违心在劝进书上署名。他当然知道，这时候公然反对，袁世凯可能真会杀了自己。
1915年12月12日，袁世凯在“再三推辞”后， “不得不”向全国宣示承受帝位，13日便举行“登基大典” ，改国号为洪宪，自称洪宪皇帝。并且仿效历代帝王登基惯例，封赏有功之臣，凡是对称帝出过力的大小官员一律得到了爵位和官职，唯独段祺瑞什么也没有。这是自然，因为袁世凯登基当天，段祺瑞根本就没有出席。
袁世凯复辟帝制，遭到了全国人民的普遍反对，蔡锷在云南组织护国军，举起了反袁大旗，护国战争开始。
蔡锷（1882一1916）原名艮寅，字松坡，湖南邵阳人。1898年（光绪二十四年）入长沙时务学堂， 是梁启超的得意弟子。戊戌政变后考入上海南洋公学，次年到日本，就读于东京大同高等学校及横滨东亚商业学校。1900年回国参加自立军起义，事败后返回日本学习军事。1904年回国，先后到江西、湖南、广西、河南等地军校任职。1911年（宣统三年）调云南任新军第十九镇第三十七协协统。10月与革命党人李根源等在昆明发动了“重九起义”，11月出任云南军政府都督。
在当时列名“劝进”的人当中，蔡锷也是其中之一。袁世凯非常器重他，但同时又对他防范有加，把他当作“危险人物”调到北京控制起来。为了麻痹袁世凯，蔡锷每天都在北京八大胡同醉生梦死，并且和妓女小凤仙打得火热，给人一种乐不思蜀的印象，暗地里却和他的老师梁启超积极部署倒袁。在列名劝进取得袁世凯暂时的信任后，借守卫放松之机，秘密潜逃，先到日本，再绕道回到昆明，在云南举起了反对袁世凯的旗帜。
蔡锷率滇军攻入四川之后，贵州独立，广西也独立了。袁世凯极为愤怒，在1916年1月5日设立临时军务处，分兵三路进攻云南护国军政府。袁世凯本以为饷足械良的北洋军能够镇压起义，平息全国风起云涌的反帝制斗争，岂料北洋军士气低落，很不禁打，在西南受到重创。也是，民心向背这个词虽然平时不大管用，到了必须认真的时候，还是有着巨大杀伤力的。北洋将领士兵跟着袁世凯也就是图个升官发财，现在你都要称帝了，我们又要做回奴才了，还跟你混个什么！此时，湖南、江西等长江中下游地区的一些省份也出现不稳定迹象，广东独立更是如箭在弦上，朝夕不保。
形势一团糟，袁世凯已经六神无主了。而自己最为看重的段祺瑞此时又公然提出南北停战，维持共和，另组新政府的主张。这摆明了是逼袁世凯下台，气得袁世凯大骂段祺瑞忘恩负义、落井下石。
帝国主义各国本来是支持袁世凯的帝制活动的，但看到全国上下一片反袁之声，袁世凯独裁统治危机重重，已陷入四面楚歌中，为维护自身利益，他们的态度也来了个一百八十度大转弯，日、英、德、意、美等国先后表示反对袁世凯称帝。并联合向外交部提出警告，要求缓改国体。在极端忧愤、焦急之中，袁世凯一下子病倒了，很快病情加重，卧床不起。
病倒了的袁世凯无力处理越来越复杂的局面，急需得力手下出面，但偏偏手下那些人一个比一个无能，都难独挑大梁。
袁世凯这时开始想念段祺瑞了，他把段祺瑞的亲信曾毓隽找到府里，说： “蔡松坡已离京转赴云南，芝泉知道吗？请转告芝泉，在这个时候他能忍心看我满头白发还遭人欺负吗？”接着又不满地说，“没有我，恐怕也没有你们今天的地位。即使我犯了错误，最能谅解我的应该是他段祺瑞，现在倒好，他却成了第一个不谅解我的人。”于是写信叫曾毓隽转交给段祺瑞，希望他能亲自来袁府见面商谈大事。
段祺瑞接到袁世凯的亲笔信，不禁犹豫了一番，于公他不能帮忙，但于私他却又不忍心看到袁世凯落到如今这般田地，左右为难的段祺瑞最后还是下决心不去见面。束手无策的袁世凯只好派人去请自己的老军师徐世昌出来收场。
其实徐世昌对袁世凯称帝的事情也是三心二意，他觉得称帝这事恐怕最后的结果不会太好，但又怕得罪老袁引火烧身，所以在袁世凯称帝前，他的态度一直是“不阻止，也不赞成”。
袁世凯对他的态度非常不满，徐世昌也不笨，看出了苗头，于是决定辞职。但在这个时候辞职明摆着是反对袁世凯称帝了，那还不等于跟老袁彻底闹掰了？别说，徐世昌有自己的理由，而且他知道，这个理由一旦说出来，袁世凯没办法反对。徐世昌辞职前悄悄跟袁世凯“掏心窝子”地说了一番自己的道理： “一个人做大事不能不留点余地，要是自己人全部卷进来了，万一哪天事情不顺，就没有人出来以局外人的身份周旋了。我现在离开，可不是为我自己考虑，是为了给您老人家留作后备军的，您可千万别误会我的意思！”
这番话说得简直是贴心贴肺，袁世凯张口结舌了半天，居然没想出一句话来反驳，又不能过分驳了他的面子，只好顺水推舟批准了他的辞呈。
没想到，这次还真让徐世昌说中了，当袁世凯看到称帝闹出这么大乱子来，自己已经是不好收场了。在众叛亲离的时候，终于想起了徐世昌这个老油条，赶紧派人找他商量，徐世昌建议他必须联合段祺瑞，否则他一个人可是承担不起来。
看到袁世凯闹到今天这一步，段祺瑞心里也不是个滋味，既然袁世凯要取消帝制，我姓段的不能再袖手旁观了。毕竟他反对的是帝制，而不是袁世凯本人。
1916年2月21日，袁世凯在怀仁堂举行联席会议，讨论撤销帝制，最后决定向全国通电取消帝制。段祺瑞十分高兴，当即向至亲好友们透露了这一机密消息，可是又出现了一个小小的意外，取消帝制的电稿在送达印铸局时，袁世凯突然又反悔了，派人把电稿追回来。其实袁世凯正在为难，电稿不发难平众怒，徐世昌、段祺瑞未必答应，可是真要发吧，这么多年的努力打了水漂，他实在心有不甘。
