元朝，毛南族地区属于庆远南丹溪峒军民安抚司，明朝属于庆远府。明朝对庆远府境少数民族仍用宋、元旧制，利用土酋“以统其民”，但重要的是增设了卫、所等军事机构，加强其统治力量。明初，封建王朝于要冲之地，连郡则设卫，一郡则立所，开设屯田。每卫所的官军以十分之七的人马守城，十分之三的人屯耕，每人承耕土地10亩左右。洪武二十八年（1395年），于庆远府内设置庆远、南丹两卫，各辖前后左右中五所，官兵1３６00余人，分守河池、南丹、思恩、荔坡等地。统治机构的设置也较宋、元时期严密，如毛南族聚居的思恩县，于正德年间（1506~1521年）就设置乡、里、甲制，全县共分四乡二十三里三十九甲。由于明朝直接统治的加强，毛南族社会在中原王朝政治、经济、文化和军事的强大影响下，社会经济和文化都得到进一步发展。
至明初，庆远府境内少数民族地区还是“山高地瘠，田寡人稀”，刀耕火种，为“馔粮”之地，封建王朝无丁户籍，无赋税徭役之征。但到万历年间（1573~1620年），便“开征官民田地塘税”，至清初，征的汉土官民田地塘税面积已达３６３７顷，比之前增加了14５顷，实征夏秋米粮1６4５0余石。耕地面积的扩大，反映出农业生产的发展，其中当然也包括了毛南族地区耕地面积的扩大。此外，洪武年间（1368~1398年），“开设庆远卫所，创制屯田”，屯垦的田地面积达３5顷，其中思恩一县屯田就有25顷，折色米５00余石。官军屯田，系由官府供给耕牛、农具和种子，因而不断传进先进的耕作技术和生产工具，对毛南族的农业生产无疑产生了巨大的影响。当时所种植的农作物，据《古今图书集成》转引《庆远府志》，“稻种不一，黍早晚二种，荞麦春秋二种，菽各种不一”，并能引水灌溉，史籍有“竹筒水泉，最是佳事，土人往往能之”的记载。饲养的家畜种类有牛、马、羊、猪等。此外，还出产葛布、棉花、青麻、山椒、蓝靛、茶、蒌、楮皮纸等，有些已与外来商人进行交换。精致的毛南族竹笠也在明末清初广为流行，成为人们的装饰品之一，史载“竹笠极其密，少年妇女戴之”。南丹土州盛产锡矿，民间开矿炼锡，亦有相当技术，显示出手工业也得到一定提高。
到了明朝中叶，毛南族地区的土地、山林公有制形式开始发生变化。“田户，古者耕田受之于公，毋得鬻卖，故王制曰田里不鬻，今河池田从无过割之例。”可见明以前的土地属于公共所有。但是，明时已出现“某人得业某人之田，充在田丁输赋，其行粮名字，一仍古老受田之户”的情况。某人可以占去别人之田，而田赋仍然在原来的田丁之名下，实际上是大小土酋开始掠夺和侵占公有土地的反映。清朝中叶以后，土地兼并开始盛行起来，从而使土地私有制得到迅速发展，集市活动也较以往频繁。表明毛南族社会逐步过渡到封建地主制了。
明清时期，封建王朝在毛南等民族地区相继设立书院、社学等文化机构，这些都密切了各民族间的往来和经济文化的交流，传播了汉族的先进文化和生产技术。它对于毛南族的社会经济和文化的发展，对于统一的多民族国家的巩固和发展，都有积极意义。
六、清朝中期到民国时期
清朝中叶以后，由于封建地主制的确立和发展，毛南族地区社会生产力得到进一步提高。农业、饲养业、手工业也有较快发展。交换活动较前期频繁得多，并在他们聚居区及周围逐步形成了若干个初级市场，不仅出现了较多的行商，而且出现了坐商，还设立商业公司等。尽管这些商业资本不多，规模不大，但他们销售洋纱、洋布和洋油等，同外国资本主义有一定的联系，对毛南族地区的社会经济产生了一定的影响。清末民初，随着我国社会半殖民地半封建化程度的加深，毛南族地区也逐步沦为半殖民地半封建社会了，但仍顽强地保留有原始社会残余的公有制生产资料。
近代毛南族地区农业生产的发展，主要表现在各种铁制农具的普遍使用和耕作技术的提高。这时期的农具种类很多，常用的有脚踏犁、铧犁、耙、锄头、三角钩锄、刮子、镰刀、柴刀、斧头、禾剪、谷桶等。在水田和旱地均很适用的脚踏犁，结构小巧、操作方便。新中国成立前，下南乡政府所在地附近还建造有水碾，用以加工粮食。铁制生产工具种类的增多和普遍使用，给开垦土地和精耕细作提供了有利的条件。
下南、中南、波川、仪凤等毛南族聚居区的田峒及山麓间的层层梯田，大都是在二三百年间开垦的。到新中国成立前，毛南族地区的农业生产基本上达到附近壮族、汉族地区的发展水平。
农作物的品种增多，耕作也相当精细。这时期，毛南族地区种植的粮食作物有水稻（黏稻、粳稻、糯稻等）、玉米、三角麦、红薯、黄豆、饭豆、猫豆、高粱、小米、芋头、南瓜等品种。经济作物有油菜、棉花、黄麻、苎麻、花生、芝麻、甘蔗、烟草等品种，还种植了大蒜、萝卜、生姜、青芥菜、番茄、香瓜等蔬菜。在耕作技术上，水田普遍经过一犁三耙、播种移栽、合理密植，并广泛使用厩肥、自然肥料作基肥。一般中耕锄草一二次，亩产少者一二百斤，多者三四百斤，不低于附近壮族、汉族地区的水平。在山区旱地则以种植玉米为主。在翻地、耙地之后开坑点种，一般每亩放基肥五六担，株距约二三尺，中耕锄草二三次，亩产可达100～1５0斤。只有在大石山区的个别地方，尚处在“刀耕火种”的落后状态。由于毛南族地区是大山区和半石山区，可耕地面积有限，群众对土地十分爱惜，故有“土能生黄金，寸土也要耕”的谚语。他们在有水源的山坡上垒石保土造出层层梯田和梯地，并实行间种、套种、一季多收的耕作方法，复种指数较壮族、汉族地区高。在一家之内，男女老幼有基本的分工。如男子多做犁田、耙田、挑粪、插秧、砍柴等重活，女子多做插秧、中耕锄草和从事纺织、家务劳动，老人则从事照料小孩、割草喂牛等较轻的劳动。毛南族民间有互相帮助的优良传统，如田间耕作或建造屋宇等，不仅亲戚之间相助，而且村里人都自动换工帮助，以克服困难和抢上季节。然而，在土地私有和小农经济基础上的临时互助，不可能战胜干旱等自然灾害，因此农业生产的发展仍受到很大的限制。
在这个时期，毛南族显然对自然环境有了进一步的认识，形成了自己独特的养种方法，手工业也得到了发展。如着名的“毛南菜牛”的饲养方法，也是在这个时期成熟的。打铁、纺织、染布、缝纫、竹器、银器、石工、采矿等手工业，在周围壮族、汉族地区的影响下，技术有了显着的提高，有些手工业开始和农业分离，发展成为独立的手工业。最具毛南族特色的工艺品“顶卡花”也是在这个时候名扬桂西北的。
随着手工业的发展，商业也逐步兴起。毛南族和周围壮族、汉族人民在生产、生活资料方面的交换活动，早在宋朝就开始进行了。到了近代，由于农业和手工业的发展，产品增多，外地商品及洋货的逐步输入，使毛南族地区的交换活动不断扩大和繁荣，不仅在毛南族地区形成许多初级市场，而且有毛南族集资在城镇开办的商业公司，出现了民族资本主义商业。
1926年，毛南人谭谦益、谭廉泉等人集５0多股，资金万元，于柳州开设“飞行汽车公司”，并在宜山设有分公司。他们从香港购买了4辆美国福特汽车公司出产的1.5吨四轮客车，开展运输业务，来往于柳州、宜山之间，生意兴旺。可是不久，值逢粤桂军阀开战。桂系军阀强行封车征用，赶运军需物资，不付运费，致使汽车破烂不堪而无法维修，职工工资亦无从支付，“飞行汽车公司”仅开办两年就因亏空而倒闭。
在毛南族地区的贸易活动，除大多数是怀远镇商人外，还有来自桂林、柳州、南宁、宾阳等地的商人。他们贩来食盐、火油、布匹、洋纱、针线、文具、火柴和铁具等，收购和运出毛南族地区出产的牛皮、烟叶、竹帽、竹席、青麻、桐仁、竹纸及山货等，使毛南族地区和外地的联系空前密切了。这样，作为商品交易场所的“圩”也逐渐繁荣起来。位于思恩县西南部的下南六圩（因逢六赶圩而得名），是毛南族聚居的中心，其南部和东南部接近黔桂铁路线上的金城江、怀远、宜山以及思恩县城等城镇，交通较为便利，早在清朝中叶就逐渐形成为“圩”。到清末民初，它已经发展成为毛南族地区的经济中心，不仅是毛南族人民集市贸易之地，而且是附近壮、汉、瑶、苗等族人民进行产品交换的场所。到1940年黔桂铁路通车之后，毛南族地区内的各个圩市更加繁荣。在六圩，圩日上市的大米约有万斤，黄豆千余斤，棉花数百斤，菜牛、生猪各数十头。1941年，输入思恩县的各种洋布多达4５00余匹，其中有一部分倾销于毛南族地区。据1942年《思恩年鉴》记载，下南六圩旺季圩日的贸易额多达99000元，赶圩人数约６000人，淡季圩日的交易额约３2000元，赶圩人数约３000人，旺季和淡季平均每圩交易额约为７0000元，成为思恩县的大圩场之一。
抗日战争胜利后，商品的销售额更大了，仅据一家商店的统计，每月销售的洋布为20～３0匹，火油约1５0斤。毛南族人民回忆当时下南六圩的商业盛况时说，旺季到来时，圩日赶圩者不下万人，除街道圩场外，在周围的田块中以及路旁、山边都挤满了赶圩的人群。牛行里出售的耕牛不少于百头，每圩屠宰牛三四十头、猪七八十头。到春节前夕的圩日，屠宰猪多达二三百头，均销售一空。1948年，六圩有商铺1７家，其中杂货铺８家、医药店1家、布匹店2家、纸烟店1家、米粉店2家、客栈2家。在这些商铺中，资金100～５00元者有８家，５00元以上者有2家，其中1家拥有1000元（银圆）以上的资金，开设有二三个铺面，雇请人员往返于庆远、柳州等地购销货物。据1953年统计，下南六圩经营商业者有７9户，其中６0户为毛南族。新中国成立前的商铺，多数是地主富农开设的，他们把经商所得的利润又大部分投资购买土地，进行封建剥削。具有资本主义性质的商业活动同封建剥削紧密结合在一起，因而束缚了商业的进一步发展。这正是半殖民地半封建社会经济的特点。除下南六圩外，中南三圩、隆盛（上南）八圩、堂八十圩、仪凤五圩、波川九圩等，商业也相当繁荣。
在毛南族聚居区的东南部、东部和东北部，亦有几个相当繁荣的圩市。如温平圩，“以糖、面、蔗为大宗出口货，市面可容四五千人，为通河池之孔道”；水源圩“市面可容二千余人”；牛峒圩“市面可容五六千人，此圩出精致竹簟，地为入黔孔道”；还有洛阳二圩、洛阳六圩，市面均可容纳五六百人，交易牛、马、土锦、白米等。这些圩市是毛南族、壮族、汉族人民进行商品交换之地，它和毛南族地区境内各圩场相连，形成了星罗棋布的商业网点。
民国以前，思恩县各个圩场的交易活动所使用的货币，有纹银、碎银、制钱等，毛南族地区的圩场也不例外。民国初年，在毛南族地区圩场上流通的货币，有银圆、中山银角、东毫等。这时期的物价是较低和稳定的。抗日战争以后，外地逃难至毛南族地区者增多，圩场上大量使用法币、桂币，东毫不断回笼，物价大涨，毛南族人民的生活大受冲击。由于法币、桂币的贬值，信用不高，圩场上以物易物者日益增多。在物价暴涨的情况下，国民党政府改革币制，发行的关金券、金圆券、银圆券亦在毛南族地区圩场上流通过一段时间。但毛南族人民已不相信这些纸币，在圩场上复用银圆和银毫，或完全以物易物，以大米、黄豆等换取食盐、火油等生活用品，使毛南族人民在生产和生活上受到巨大的影响。
中华人民共国成立之后，毛南族也与其他民族一样，进入了社会主义时期，经历了1949年以来的各个历史时期，并在1956年被认定为单一民族，先后成立了两个毛南族乡，之后成立环江毛南族自治县，成为全国唯一的毛南族自治县。
