1977年6月，卢嘉锡应邀参加了在北京召开中国科学院工作会议。祖国的科学事业迎来了一个明媚的春天，在历史转折点上的这次大会，极大地激发了全体科研人员的热情和积极性。
在新形势下，卢嘉锡根据他一贯的办所指导方针，首先重新强调了中国科学院福建物质结构研究所是以结构化学基础研究为主的综合研究机构。同时，他根据物构所10多年来的发展状况，以及未来的发展趋势和设想，重新确定了物构所科研的方向和任务。
在管理体制上，实行研究所、研究室、课题组三级管理，并于1979年6月成立了学术委员会，卢嘉锡亲自担任学术委员会主任。为补充结构化学方面的年轻人才，卢嘉锡又一次亲自着手培养研究生的工作。1978年10月，他和福州大学联合招收了8名物理化学研究生。从这以后，物构所成为我国物理化学和固体物理的硕士研究生、博士研究生的定点培养单位。每年都为国家培养了数名品学兼优的高级专门人才。
1978年12月，卢嘉锡在福州主持召开了全国第二次结构化学学术会议。全国120多个学术团体、260多位代表参加了这一盛会。吴学周、唐敖庆、吴征铠、钱人元、蔡启瑞等老一辈科学家都来到福州，参加这次全国结构化学界的大会，卢嘉锡在会上作了题为“原子簇化合物的结构化学”的专题综述报告。
1978年盛夏时，以卢嘉锡为团长的我国固氮代表团，曾到美国威斯康辛大学，参加在那里举行的第三届国际固氮学术讨论会。然而，在美丽的威斯康辛大学校园，在宽敞明亮的会议大厅里，年逾花甲的卢嘉锡神采奕奕，侃侃而谈。他用纯熟、地道的英语，向来自五大洲27个国家的400多位代表，作了题为“新中国固氮研究概况”的综合学术报告，并对他提出的两个模型作了简要介绍。
报告一结束，会场上立刻响起了经久不息的掌声。许多代表激动地向中国代表团涌来。
一位美国著名的生物有机化学家急切地走过来，跷着大拇指，对卢嘉锡说：“你们在1973年，就提出了固氮酶催化活性中心的原子簇结构模型，真是太了不起了！”
“这都是我们物构所全体科研人员共同努力的结果。”卢嘉锡谦逊地笑着说。
一位华裔美籍科学家握着卢嘉锡的手，激动地说：
“想不到祖国在固氮方面取得这么大的进展，真是让我们这些海外的炎黄子孙感到无比的自豪和莫大的鼓舞。”
这些来自世界各国的科学家、学者，都对卢嘉锡、唐敖庆、蔡启瑞等中国科学家在那样艰难的环境里，还坚持基础理论研究，“化学模拟生态固氮”这样的重大课题，并且至少比西方提前4年提出了自己的固氮酶活性中心的结构模型，感到由衷的惊奇和敬佩。
从1976年到1981年，卢嘉锡在物构所大展才华，既发挥了他卓越的组织管理才能，同时也显示出他作为一位德高望重的科学家的气度和非凡的科研能力。他放开手脚，心情舒畅地按建所初期的整套设想，以及80年代国际结构化学的最新动态，重新为物构所的壮大和发展，描绘了一幅宏伟的蓝图，并且逐步付诸实施。物构所在短短几年间已声名远播，蜚声海内外，成为世人瞩目的一个结构化学研究中心。
