在嘉靖三十年（1551）林兆恩相继收黄州、黄大本等人为弟子之后，到嘉靖嘉靖四十五年（1566），林兆恩主要是以其三教合一理论教导弟子，其活动范围主要是在莆田、仙游两地。这个时候，林氏的团体与当时很多受王门思潮影响而产生的讲学团体一样，没有太多的区别，在本质上还是知识分子的学术团体，以求学问道为主要任务，没有太多的宗教色彩。但是这个时期，特殊的社会状况促使了林兆恩的团体逐渐发生改变，成为一个宗教性的团体。
这个背景就是当时盛行于东南沿海的倭患。明代倭患自洪武二年（1369）开始，当时日本处于南北朝分裂时期，在内战中失败的武士以及一部分浪人和商人得到西南部一些封建诸侯和大寺院主的资助，经常驾驭海盗船只到中国沿海武装掠夺骚扰，史称“倭寇”。明初国力强盛重视海防设置，倭寇未能酿成大患。嘉庆年间，政治腐败，边防松弛，加上东南沿海工商业发展，一些富商和海盗商人如王直、徐海等与倭寇勾结劫掠，致使倭患愈演愈烈，祸殃沿海，危及漕运。到嘉靖二十八年（1549）浙江巡抚朱纨因抗倭反遭诬陷革职，倭寇之患愈演愈烈。从嘉靖三十一年（1552）起，倭寇连年掠劫东南沿海，生灵涂炭。明政府腐败无能，军备不修，对倭患束手无策，而倭患也因此愈演愈烈。嘉靖后期，倭寇最为猖獗，福建莆田、仙游、福清一带深受其害。根据《年谱》和《实录》，从嘉靖三十七年（1558）开始到嘉靖四十三年（1564）七年间，倭寇屡犯莆田，嘉靖三十七年（1558）四月，倭寇数千“功围福清，乘胜薄莆城”；嘉靖三十九年（1560）五月，“时倭迫城弥甚”；嘉靖四十年（1561）冬，“倭夷迫城”；嘉靖四十一年（1562），“十一月廿九夜分，莆城陷”；嘉靖四十二年（1563），“倭薄仙游县城，被害者多”。倭患频繁，加上瘟疫流行，莆田、仙游一带死者相枕，这样的情形，给当地的人民带来了深深的灾难，许多无辜的生命在灾祸中丧生，人祸和瘟疫的双重威胁，使得莆仙地区哀鸿遍野。再加上当时明政府的腐败腐朽，当地统治者对此不能够采取有效的措施，甚至是采取了逃避的方式，“郡守易公道谭，除兴化，闻积尸盈城，遂停车福清，不敢莅任”。
这个时候，林兆恩挺身而出，与弟子们一起救贫济困，毁家纾难。
勘得原莆田县儒学生员林兆恩，性资英迈，德器渊宏，早录泮宫，而文学屡腾于场屋。旋弃举业，而志趣高尚乎山林。讲学授徒，发明心性之旨，黜奢崇礼，挽回淳朴之风。孝友笃于家庭，仁义孚于中外。诵太祖喻民之数语，以匾于堂，刻圣训冬至之祝文而教乎俗。恤民还券，志实继乎先人，举义建田，德丕沾乎族党。贷谷立社仓之规，而不取其息。发粟倡平粜之价，而不逐于时。乡村穷民之避寇城内者，人施以钱以米，至于再而至于三。贫穷孤寡之不能自存者，日分以粥以蔬，及于老及于幼。惠施棺木，约有一千三百之丧。
礼助葬埋，计有三百四十之柩。凡兹十余年之举，费有千余两之金。戌午岁倭寇迫城，订广兵千金之券，而城池赖以得全。庚申岁兵荒荐臻，赠学校三十之金，而贫士借以举火。体分守翁公之建议，则募兵百余人。倡总戎公之生祠，则捐田三十亩，仍刻像以报功，分与民而共祀。念乡夫守城之苦，而酒食迭赐于中宵。激垛夫了望之勤，而铜钱亲颁于外向。经历辛酉、壬戌之岁，民多兵疫死亡之灾，率门徒黄仕钦等三十余人，收埋全尸者三千余身，积薪火化者二万余数，穴别男女而葬之以礼，奠设酒肉而慰之以文。迨客岁春，倭寇离莆之时，复入省田，为城中掩骼之举。率门徒姚秉德等二十余人，凡南洋、北洋处所，荒野无宿露之冤。暨崎头、仙游地方，遗骸有安厝之感。此其清贞出世，既有凤翔鹄举之标，而操行超群，又存民胞物与之量。前蒙按院樊公、郡守陆公，俱行奖励。郡守董公、贰守文公、通判来公、推官孙公、大尹贺公，咸造其庐，是诚振古之人豪，非直一乡之善士者也。
这段引文是前文所述的“闻积尸盈城”而不敢进城的兴化府郡守易道谭在林氏带领门徒“收尸洒道”之后，听闻林氏义行，遂令县学查勘林氏所行诸事，县学教授刘仕锐经过详查而报覆。根据刘仕锐的归纳，在这段时间里，林兆恩所行义事大致有如下13条：（1）恤民还券；（2）建义田；（3）立社仓；（4）倡平粜之价；（5）乡村穷民之避寇城内者，施以钱米；（6）贫穷孤寡之不能自存者，分以粥蔬；（7）惠施棺材1300部；（8）礼助葬埋340柩；（9）与广兵订千金之券，城池以得全；（10）募兵百余人协助守城；（11）捐田30亩倡建戚继光生祠；（12）念乡夫守城之苦，而酒食迭赐于中宵；（13）率门徒数十人收埋全尸者三千余身，积薪火化者二万余数。在倭寇和瘟疫面前，林兆恩变卖田产，毁家纾难。这在于林兆恩而言，与他自小一贯接受儒家伦理熏陶所形成的性格有关。
在前文我们曾经提到，在林兆恩幼年时期，每出必袖金以给穷人，母责以妄费，对曰：“损有余以补不足，天之道也，非妄费也。”慷慨乐助，及人所难，这无疑是林兆恩的秉性所在，也正是因为如此，在面对地方上出现这样的变故的时候，林兆恩可以毫不犹豫地变卖自己的家产来救助他人，至家产变卖殆尽，亦无止于行。林兆恩毁家纾难的种种义行，为林兆恩赢得了世人的尊重和褒奖，时任福建督学的耿定向亦曾因此将林兆恩作为山林隐逸疏荐于朝廷，林润亦时有提拔之意，但朝廷以无隐逸之科，不准其请。对于林兆恩的这些义行，当时以及后来的学者，即便是对其思想有非议，但对其义行，都予以褒扬，表现出钦佩，“独其行谊高洁，不类今之影良知以走利途者，可谓闽中巨擘”，“兆恩本名家子，其人重意气，能文章，博极群书。倭奴陷莆后，骸骨如麻，兆恩捐千金，葬无主尸以万计，名遂大噪。”
除了上述义行之外，还需要指出的是，在倭患为灾，瘟疫盛行的时刻，林兆恩亦以其得之于“明师”的艮背之法来为民众治病，嘉靖四十一年（1562）三月，莆田城内瘟疫大作，染病者来求救于林氏，“教主但书曰：‘道高龙虎伏，德重鬼神钦’，病者咸不药而起，教主之写正气自此始。”《实录》中的这段记载，其神化的成分是显而易见的，但是，结合其他的相关记载和叙说，林兆恩在当时为瘟疫患者治病，并且甚有效果却是事实，如黄宗羲即曾曰：“兆恩以艮背法为人却病，行之多验。”林兆恩是一介布衣，之所以能够演变成为受人尊重，甚至神化的人物，从而真正创立三一教，以上的这些行为是相当关键的。它不仅表明了林兆恩本人有着高尚的道德风格，而且也为林兆恩赢得了社会的承认和接受。“明师”即对林兆恩说过，要取信于民是需要有方法的，并教之以艮背心法。林兆恩以艮背治病，赢得了民众的信任。其毁家纾难的行为，则让整个社会都为他的这种人格魅力所征服。既有民众的信任和支持，又有自身的人格魅力，林兆恩由普通的士子演变成宗教主，也是非常自然的事情了。
故准确地说，真正创立三一教的时间应该是在嘉靖四十三年（1564），而非嘉靖三十年（1551）。理由大致有两条：首先，这是林兆恩个人形象转型的完成；其次，也是其宗教理论的真正确立。个人形象的转型，源于当时特定时代背景的特定事件，使得林兆恩由一个普通的讲学之士成为了受人尊崇的宗教主。就理论而言，林兆恩在嘉靖三十年（1551）讲学授徒的时候已经就得到了“明师”指点，理论上已经基本完成转型。
“明师”对于林兆恩的指点主要是“直指此心是圣”，而在嘉靖四十三年（1564），林兆恩著《心圣直指》，其核心思想即是道释归儒，儒归孔子，而孔子之学即为心学，论及艮背、行庭、虚空本体等内容，这些则是其得自于“明师”的。林兆恩是因“明师”而实现其思想转型的，从这个意义上说，《心圣直指》的写作完成，标志着其宗教理论的确立。而且根据《年谱》和《实录》的描述，林兆恩本人对这本书的态度多少有点神秘化的感觉，“此书先生不轻示人，刘经邦问曰：‘此书发明微旨独详他集，而不以示人何与？’先生曰：‘汝独不闻仲尼之所罕言者非命与仁与？而门弟子所不可得而闻者非性与天道与？’至万历戌寅年始文定付梓。”从林兆恩的这段描述中，我们很清楚可以看出林兆恩本来对于此书的重视，因此，结合前述理由，将其视为林兆恩真正确立三一教的时间应该是经得起推敲的。
嘉靖四十三年（1564）林兆恩创立三一教，万历十五年（1587）开始，门人开始称其为“三一教教主”。
第三节 林兆恩的传教活动
从嘉靖三十年（1551）讲学授徒开始，到嘉靖四十三年（1564）真正创立三一教，这个阶段，林兆恩活动的基本范围是在莆仙一带收徒传道。自真正创立三一教之后，林兆恩开始向外地进行传教，嘉靖四十五年（1566），到福州倡道。而从隆庆元年（1567）开始，林兆恩的传教足迹开始向整个福建省及周边地区，足迹曾经到了江西、浙江、广东、江苏等地，积极在各处讲学传教，直至万历十三年（1585），林兆恩由武夷返回莆田，此后因年已古稀，不再外出传教，而是在一直在莆田整理生平著述，直至逝世。
从嘉靖四十五年（1566）到万历十三年（1585）整整20年，林兆恩积极不懈的传教活动，使得三一教在当时广为社会所接受，称弟子者遍朝野，其著名人物，如明宗室益王朱仙源、浦阳王朱璇源、安仁王朱清源、德化王朱灵源等；社会名流徐光启、袁了凡、王世懋、袁宗道、肖云举、王图、吴应宾、郭子章等；地方人士卢文辉、林至敬、张洪都、朱逢时、林兆居、林兆珂、林兆诰等。更多的是诸生、农民、商人、手工业者、渔民、仆人等成分的人。三一教的影响逐渐扩大，信徒则“人人肖像以祀”，至万历十五年（1585）被门人奉为“三一教教主”。三一教的迅速发展与林兆恩亲自到各地传教的行为是不开的。
这些传教活动都是林兆恩亲自参与的，其主要作用有两个方面：一是扩大了三一教的影响，使三一教被越来越多的人所接受；二是促使三一教的宗教色彩不断加强，隆庆六年（1572）门人“人人肖像以祀”，万历十二年（1584）门人黄芳等首建祠，至万历十五年（1585）林兆恩被门人奉为“三一教教主”。
第四节 林兆恩的著述
林兆恩在其授徒传教过程之间，勤于著述，自嘉靖三十二年（1553）开始至万历二十六年（1598）的45年间，几乎每年都有好几种著作问世。后来由门人汇编成集，主要有《圣学统宗》、《林子圣学统宗三教归儒集》、《三教分内集》、《圣学统宗非非三教心圣集》、《林子全集》、《林子三教正宗统论》、《林子会编》、《夏午经》等等，而这些也成为研究林兆恩和三一教思想的基本依据，其中以《林子三教正宗统论》最为重要。林兆恩的再传弟子陈衷瑜在《林子三教正宗统论》的《目录纪因》一文中，对于林兆恩著作集结过程有一个比较详细的概括：龙江林夫子倡道四十八载，著书数十万言，凡合一之旨，心性之微，经济之大，无不毕具，皆自孔、老、释以来二千年所未尝道者。其随在与门人讲解论答之言，即为门人录而梓之。著作不一时，编校不一人，或以各见编摘成集，故有曰《圣学统宗》者，有曰《分内集》者，有曰《夏一集》者，曰《夏三集》者，又有曰《分摘》，曰《标摘》，曰《约摘》，曰《复初》，曰《拾余》者。种种诸集，标名各别，卷帙浩繁，往往重叠混淆，散乱无纪，观者病之。至七十九岁乙未，始命嫡传卢子结集《夏午经》，又命编校、更定是书全集，标曰《林子三教正宗统论》，以应礼部征取。
林兆恩全集现存有不同的版本，根据林国平教授考证，国内外现存不同版本的林兆恩全集有十六种，其中有代表性的如下：（1）《林子圣学统宗三教归儒集》四册，日本尊经阁文库藏，成书时间不早于万历三年（1575）；（2）《林子分内集·三教分摘便览》十册六十二卷，日本学者间野潜龙藏，成书于万历十六年（1586）；（3）《林子全集》二十册四十卷，日本内阁文库藏，成书时间不早于万历三十四年（1606）；（4）《林子全集》三十二册一百一十二卷，日本学习院藏；（5）《林子全集》四十八卷，美国普林斯顿大学藏，明崇祯四年（1631）刻本；（6）《林子全集》四十一册，北京图书馆藏明崇祯四年（1631）刻本；（7）《林子会编》三十册一百一十八卷，北京图书馆、南京大学图书馆藏；（8）《林子三教正宗统论》三十六册，福建师大图书馆，莆田、仙游、台湾民间均有收藏。
