第二天没有朝会，徐阶在皇城门交上腰牌。这腰牌系铜质，右起竖写，刻有文字：“朝廷官员悬带此牌，无牌者依律论罪，借者及得与者同罪。”左为：嘉靖二年给徐阶。”验明正身，徐阶径往翰林院，翰林“院在紫禁城外朝。大明朝的皇宫分外朝和内廷，都在由南向北一条主轴线上。外朝由南往北是皇极殿、中极殿、建极殿，俗称三大殿，统称金銮殿。皇极殿是大朝会用殿，新皇即位、颁发诏书、接受百官朝贺、祭天仪式，均在此殿。皇极殿东厢有文楼，西厢有武楼，是皇帝与亲信大臣谈古论今、商议政务的地方。往北依次是中极殿、建极殿。在会极门东有文华殿，是东宫太子出阁读书之处。左近是文渊阁，皇家藏书楼。文华殿对面紧靠紫禁城城墙有一座楼阁，是内阁首辅的办事用房，各种政令都由此处签发。三大殿之西，是武英殿。紫禁城建极殿之北是内廷，简称大内。没有皇命，徐阶不能进入。大内乾清宫是皇帝的寝宫，向北六丈是坤宁宫，皇后寝宫。乾清、坤宁两宫之间，是交泰殿，取意“天（皇帝）地（皇后）交泰”之义。大明皇宫一般的称呼是“三殿（外朝三大殿）两宫（乾清、坤宁）”。大内乾清、坤宁宫的东西两厢，各有六宫。两宫之北，就是御花园。
翰林院就在千步廊，与皇极殿隔一道红墙，五府六部都在红墙之外，东公生门、西公生门是进入皇宫的便门，有内堂五楹，堂西是读讲厅，堂东编检厅，还有状元厅、典簿厅、后堂。后堂之东是藏书库。后堂之内，还设有皇帝宝座，供皇帝驾临时专用。
这里既是储才之地，同时又是读书的好去处。在这里上任第一天起，徐阶就依可久的嘱咐，不多走一步，不多讲一句，只要没有旨令下达，就埋头读书，了解前朝掌故、诏书的格式，研究大明的律令，包括前朝的非常事件的发生过程、处理手段。这一切为他日后的发展打下了扎实的基础。
但是，树欲静而风不止，上任不到三个月，也就在嘉靖二年（公元1523年）十二月，大礼议风波又起。
话说嘉靖元年（公元1522年）春，大礼议以嘉靖帝的暂时让步而告一段落。当时的谕旨是：称孝宗为“皇考”，孝宗的皇后慈寿皇太后为“圣母”，也就是接受了继统同时继嗣的主张，至于自己的父母亲，则尊为兴献帝、后，再加上“本生”两字，不用“考”。
这年的十二月，南京有个刑部主事叫桂萼，与同样是南京刑部主事的张璁，还有南京兵部侍郎席书，共谋揣测称孝宗为“皇考”，称自己父母为“本生父母”并非嘉靖皇帝的本意，是朝中大臣竭力主张的结果。他们看准了机会，就由桂萼再次上书，推翻前议，坚决主张称孝宗为“皇伯父”，兴献帝为“皇考”，时仍健在的兴献王后为“圣母”。在大内为兴献帝立庙。史书称“上得疏，为之心动”，说明这主张，正中嘉靖下怀。于是嘉靖三年（公元1524年），发生了一场浩劫。
嘉靖三年（公元1524年）正月，桂萼的奏疏发下，令群臣“详议”。大学士杨廷和见群奸误导，嘉靖胡为，朝事已不可为，再次请求致仕并获准。杨廷和立马打道回乡。力主尊奉孝宗为“皇考”的杨廷和这棵大树一倒，张璁、桂萼精神大振，大礼议的巨浪又迎面扑来。礼部尚书汪俊召集大臣七十三员上疏反对桂萼之见。见廷臣反对的势力强大，嘉靖急传圣旨，命在南京供职的张璁、桂萼、霍韬来京。此时，徐阶的同僚修撰舒芬按捺不住，开了几炮，被“夺俸三月”；御史朱制、马明衡开了几炮，被杖八十，削职为民。相继论救朱、马两人的御史季本、陈逅、户部员外郎林应聪被下诏狱，后都被贬官。紧接着，徐阶的同僚修撰唐臬、编修邹守益据理力争，结果是“守益出位妄言，姑置不问，余皆夺俸（停发工资）三月”。
此年五月，接杨廷和位的首辅、大学士蒋冕在首辅的位置上屁股还没有坐热，就要求退休回乡，接着尚书乔宇致仕回乡。六月，张璁、桂萼从南京赶到，被破格提为翰林学士，成了翰林院的主管，徐阶的顶头上司。“考”兴献帝的势力大增，于是翰林院反了天。修撰杨慎纠集三十六位同僚，反对张、桂进翰林院，耻与张璁、桂萼为伍，“愿贬罢归”，也就是集体辞职。接着伏门事件便爆发。
大礼议朝廷布腥风血雨留种子忠良择作壁上观
在这未满一年的时间里，徐阶冷静地观察着朝中发生的一切。他对这位自己将来效犬马之劳的主子嘉靖皇帝究竟想什么心中没底，这位比自己还略小几岁的皇帝哥儿，继位大统，应该励精图治，泽被天下，怎么一坐上龙庭，就为自己的父母争正统？而且闹得庄严的朝廷变成互殴的战场。同样，徐阶对朝中议礼大臣也颇不理解。孝宗也罢，兴献王也罢，难道不都是太祖皇帝的子孙？嘉靖继武宗的皇位，尊孝宗为“——此时已皇考”最顺理成章；一定要尊自己的父亲兴献王——尊兴献王为帝，朝臣应该是能争则争，不能争则罢，毕竟是朱家的家事，力争不休，继之以死，忠则忠矣，但也不免于迂，这是受程朱理学的影响太深了，思想僵化，从而置天下苍生于不顾，虽行为可嘉，却不免舍本求末。对竭力推尊兴献帝的张璁、桂萼、方献夫等人，徐阶是鄙视的。就拿张璁为例，二十四岁中举，直到四十七岁才中进士，前后七次应进士试都名落孙山。中了进士以后，也只是在南京当一个刑部主事的闲官，张璁自然心怀不满。朝中大臣养尊处优，张璁在二十四年里七次应试落马，这是不满之一。闲置在南京，不得参与大政，这是不满之二。所以张璁要想出头，大礼议就是个机会。
大礼议中，与朝中大臣们对抗的为什么以南京的官员为多？这是因为，他们不被礼遇，不被重用之故。须知大明永乐帝夺位以后，首都从南京迁往北京，所以政治、经济、文化的中心在北京。但南京是太祖皇帝建的都城，为免万世骂名，永乐帝仍保持着南京的首都模样，设置机构、官员与北京同，看上去仍是首都，但只称南都，南京已经被边缘化了。同样是吏部尚书，北京的吏部尚书掌实权，南京的吏部尚书，权力只能覆盖南京及其周边城市。张璁、桂萼、席书他们能甘心吗？他们怒火的爆发，就是大礼议。朝中大臣与当今皇帝对抗，他们就站在当今皇帝的一边，与朝中大臣狠斗。谁要是以为张璁他们是出于公心，那太善良了！
旁观者清，对此形势，徐阶还是看得明白的。一边是几百位朝臣，他们忠心耿耿，但也不免有些迂；一面是张璁等几个投机者，他们的后面是嘉靖。阵线非常清晰。徐阶面临着艰难的抉择——站队。刚上任时可借口不熟悉议礼情况，不表态，上任已经九个月，再以不熟悉为托辞就难以服人了。再说，嘉靖帝把张璁、桂萼这两位“功臣”提拔为翰林学士，摇身一变，他们变成了自己的顶头上司，徐阶心里也委实不服！加上翰林院的同仁们已经联合起来，表示羞与张、桂为伍，请求集体辞职，事情已闹得大了，不表态行吗？
可久说不可多走一步路，但形势逼着徐阶走一步，非走不可！可久说不可多说一句话，但形势逼着徐阶说一句话，非说不可！
这时候徐阶猛忆起杨家渡口那只摔碎的酒杯，这时候徐阶想起了杨琬“行不得也，哥哥”的呼喊。
思来想去，还是难以抉择。
最后，徐阶决定走一步，决定说一句。他起草疏文，文不加点，奋笔疾书。徐阶的疏文很不一般，他不表态支持哪一方，只是集中火力，猛攻张璁等人，分析他们的动机，斥责他们的投机邀宠。既然大礼议已有定论，皇上已有圣裁，还想推翻已成共识，再掀大礼议风波……这是一种釜底抽薪的战术，攻击张璁等人的人品，从而否定他们的主张。
正疾书间，来了一个人，脸色凝重，与徐阶耳语了几句，便迅即离开。徐阶掷笔而叹，然后，把已写成的疏文卷起来，收藏起来，陷入了沉思。
来者何人？邹守益。说了什么？所为何事？
原来杨廷和致仕，与乔宇话别。言谈之间乔宇也表白了自己的去意，两位老臣不免唏嘘。两人辅佐武宗，尽心竭力，但武宗执意游乐，还是死于非命。武宗驾崩，社稷无主，有道是国不可一日无君，两人会合朝中元老，遴选朱厚熜继承大位，满心以为能一改前朝的颓废，重整江山，挽回颓势，却不料朱厚熜置国事不顾，在继统继嗣的问题上纠缠不休，闹得大臣们动辄获咎，开启了小人幸进的大门。他们预料朝廷上将会发生一场腥风血雨的争斗，唯恐正直忠良之士被一网打尽，所以商议出一个不是办法的办法，劝阻年轻的新进的正直的官员不要参加大礼议的混斗，为国家忠良之士留几颗种子。徐阶正是被认定为种子之一。邹守益耳语的正是这个意思。
徐阶深感杨廷和、乔宇这两位首辅大学士忧心之重、关爱之深、期望之殷。于是，徐阶决计把才想迈出的一步收回，将才想多讲的一句咽下，对议礼风波，以局外人的姿态作壁上观。
作壁上观，看到的是一场伏门事件、一桩议礼大案。
嘉靖三年（公元1524年）七月，是一个值得大书特书的月份。嘉靖帝采纳张璁、桂萼的建议，在已定的“本生父兴献皇帝”的尊号上，删去“本生”两字，又尊兴献皇帝为“皇考”。那么你嘉靖承继的是谁的大位？是父亲兴献皇帝传给你的吗？孝宗算什么？本来这“统”是很明白的，宪宗-孝宗-武宗-世宗（嘉靖）。难道要改成宪宗-兴献皇帝-世宗？于理不合啊！此时的大学士已经换了毛纪，毛纪感到不可思议，“力言不可”。嘉靖斥责说：“尔辈无君，欲使朕亦无父乎！”毛纪不知计将安出，只得把朝中大臣都召集到左顺门，宣谕兴献皇帝为“皇考”，“删去本生，并预定在四天后，恭上宝册”。
这宣谕不啻点着了导火索，众大臣爆发了。翰林院、御史台、谏臣们连续呈上十三道奏章，竭力反对张璁、桂萼的迎合，嘉靖帝一概不理。张璁则火上浇油，也上了道奏章，诬蔑朝中大臣是一群反对皇上尊崇父亲的朋党。当年的朋党，如今叫集团。言下之意十分明白，朝中大臣是反对皇上的集团。这一来，廷臣们群情汹汹，一片忠心，竟被指斥成朋党，反对的声势更大了。
这些廷臣是忠于大明皇统的，其耿耿忠心日月可鉴！也是耿直的，为了忠于皇统，刀山敢上，火海敢下！更有可敬可佩的，至少有四不怕——不怕廷杖、不怕丢官、不怕妻子离婚、不怕死！他们认定一个死理：张璁、桂萼，是工于迎合，心怀鬼胎的佞臣！程朱理学不是说“存天理，灭人欲”吗？“皇统”就是“天理”，“私心”就是“人欲”。在此种理念驱使下，大臣孟春高呼：“宪宗时慈懿皇太后葬礼规格过低，不合礼仪，满朝文武伏文华门痛哭，才使宪宗皇帝收回成命。今天，我们应该效法了！”
紧接着，修撰杨慎激动地挥舞双袖说：“国家养育士大夫已有一百五十年，仗节死义就在今天了！”他们辗转呼吁，在皇极殿广场左顺门外把正欲散去的廷臣们留住，从九卿到翰林，从给事中到御史，从诸司郎到户部、礼部、兵部、刑部、工部、大理寺，共一百九十余位官员，齐刷刷跪在左顺门前。宣示决心，呼吁皇上收回成命。见此情状，嘉靖帝也无可奈何，法不治众啊。这一次嘉靖又一次温旨宣谕，劝群臣散了。廷臣们仍是跪伏不起。于是，这位年仅十七岁的少年皇帝勃然大怒，下旨逮捕为首者。旨命刚下，杨慎、王元正等大臣放声大哭，哭声震得紧闭着的左顺门都微微颤动。嘉靖被吓着了露出了狰狞面目，命锦衣卫出手，将一百九十余位朝臣拉的拉，揪的揪，推的推，统统拿下送往大狱！
徐阶已经走出广场听得人声鼎沸，哭声大震，三步并作两步奔回但见左顺门外广场黑压压跪了一片磕头痛哭！徐阶也被吓着了。涉世未深的他这才明白，这官确实不好当，他有些后悔冒冒失失来上任了。
这就是明代历史上著名的伏门事件！紧接着的是明代历史上著名的议礼大狱，抓一百九十余臣，施行大明朝特有的对付廷臣的刑罚——揪到午门前施行廷杖，死于廷杖的大臣有三十三位。削职的削职，贬官的贬官，流放的流放，真是人神共愤，惨不忍睹。张璁、桂萼等却笑着：“你们不是老压制我们吗？今日报应了吧！”尤其是张璁暗笑这些熟读孔孟之书、恪守程朱理学的书呆子，心想，我那朋党论就是火上浇油，让你们闹，让你们跳，让你们往虎口伸脑袋。老子动动手指头，你们就翻跟斗。今后，这朝廷就是老子的天下了。
一边是廷杖，廷臣们屁股皮开肉绽，贬职、流放，一个个灰溜溜滚出京城，一边是嘉靖为自己的生父上尊号曰“皇考恭穆献皇帝”，为父亲的未亡人上尊号曰“章圣慈仁皇太后”，张璁、桂萼们眉开眼笑，弹冠相庆。
八月，大同兵变。
九月，霍韬又挑起大礼议，既称兴献皇帝为“皇考”，怎么孝宗也还称“皇考”呢？一个人能有两个生父吗？大礼两考有失！于是，九月改尊孝宗为“皇伯考”，大礼议才尘埃落定。
