哲学的方法是从疑开始，以疑为主。否定了的否定才是肯定，肯定了的否定才是否定，因为要“凭空”建立自己的理论营地，要“进攻”对手，以动致静，所以这种“真的才信”的方法总是难的。宗教的方法则以信为主，对信的东西信，对不信的东西不信，信则有，不信则无。“以信为真”的方法很容易建立一个封闭而完整的结构，自得其乐，易守难攻，他们一般并不首先证明自己，而只在受到攻击时进行防守，所以是消极的。这两种方法本身并没有优劣之分，问题在于，在佛教哲学研究中，哪种方法更接近其学科性质和研究者的要求。
佛教哲学研究因为是自为和自足的，所以其思考应该从没有任何规定、限制和假设的地方开始。笛卡儿就宣称：“凡是我没有明确的认识到的东西，我决不把它当成真的接受。”[6]这一点，佛教哲学和哲学具有同样的学科性质。而佛教的哲学研究选择宗教的研究方法，这决定了它的研究起点是从自我肯定处立论。信仰不能证明自己。对佛教的哲学的攻击集中于这一点：他们从那儿出发的那个命题只是被信仰承认的，而绝对不能被逻辑证明。
坚持哲学的理性立场的人认为，只有逻辑上自明的、必然为真的命题，如“所有活着的人都还没有死”，“没有人比他自己更高”等才是无需证明的，其他任何命题都不能不证明，否则，它总会面对层出不穷的怀疑，这怀疑乃是来自人求知的本能和天性。
给信仰留出地盘的人则认为，“灵不灭”、“佛性真如存在”这样的信仰类命题也属于自明的、必真的和自足的命题，既无须证明的，也无法证明。只要反观内心，我们自然会知道这些命题为真。保证这些命题为真的不是别的，是个人的心———为什么它是真的？因为我相方法 积极的（哲学的）消极的（宗教的）立场 怀疑 相信
命题
肯定命题
方法 可以证明 不能证伪暗含前提 否定的 肯定的
否定命题
方法 可以证伪 不能证明暗含前提 肯定的 否定的途径 证而后信 信而后论态度 进攻 防守信它是真的。
以心为证在理论上要面对的难题很多。但凡一个人说他“相信”某事，其实说明他并不“知道”此事。“确实相信某事（灵不灭）为真”跟“确切知道某事（英国和法国之间发生过玫瑰战争）为真”显然不同，我们也不必“相信”太平洋是地球上最大的洋，因为它“就是”四大洋之最。当然，佛教的哲学研究者并非完全不能为自己辩护。所有进行哲学思考的人在理解分析世界万物时，无论他如何宣称从完全的虚空、“怀疑一切”、没有预设的地方开始，事实上都基于某种哲学观念，那么，基于佛教观念和基于唯物主义的原子论观念有什么本质的区别呢？另外，他们认为信仰类命题不是不能证明，而是无需证明。
但不管怎么说，这些辩护是无力的，虽然哲学家本人在著述之前也许已经有所确立或预设，但他的证明却是从常识和公认的自明命题开始的，没有一个哲学体系是从“我相信”开始建立的，而佛教不行。我们也有理由只承认逻辑上自明的命题是无须证明的，而把信仰类命题排除在无需证明的命题范围之外。而且佛教的哲学研究确实面临很多问题，主要是在某些时候要牺牲理性，比如佛教显然不能很圆满地解释其教义中大量的自相矛盾之处，有些描述（如中阴和涅槃）也以因为理性的缺席而显得含糊。
最糟糕的是，佛教的哲学研究以佛教为本的立场决定了它是停滞的和没有生命力的。
在佛教哲学研究中，我们首先必须预先设定，在佛教和哲学的结合地带是有真理的，其次，我们从事佛教哲学研究，是试图发现这些客观真理，佛教哲学被认为是寻求真理的活动。
对于真理，人们有三种态度：一种认为真理不可知，所以他们可以干任何事情，只是不能寻求真理。一种认为真理可知，而且自己已经知道。他们可以干任何他们认为是真理允许他们干的事。一种觉得真理应该是可知的，所以他们寻找真理，在他们找到之前（也许他们永远都找不到），什么也不能说，他们对真理是最没有发言权的，而真理恰恰因为他们才具有真正的生命力，获得生生不息的活力和发展的动力。佛教的哲学研究属于第二种情况，佛教已经穷尽了真理，佛教的哲学研究只是加深对真理的理解。它不是发现真理的活动，这与佛教哲学研究的基本精神相违背。
总的来说，佛教的哲学不能为其合法地位提供充分的论据和论证。
需要说明的是，我们说佛教的哲学不具有合法地位，只是指佛教的哲学研究不是我们所说的佛教哲学研究，并不表示它在佛教和佛教研究中没有合法地位，佛教的哲学是对佛教教义的一种研究，是佛教教内事物，从事佛教的哲学研究（如慧远的“神不灭”论）和鸠摩罗什入住逍遥园西明阁大举译经、玄奘偷越国境西行求法、道信改变头陀行而“择地开居”一样，都是为了佛教事业的发展，这些活动自有其意义和价值，只是与我们所说的佛教哲学研究无关。
另外，我们说佛教的哲学不具有合法地位，也并不是说教中人士就不能进行佛教哲学的研究，或者他们的研究都没有价值，无论研究者是谁，无论其个人对佛教的情感如何，只要这种情感没有影响到立论的逻辑严密性和论证的科学性，其研究成果都是可以被接受的，如僧肇的“解空”和池田大拙的禅学研究。只不过在这种情况下，他们研究的不再是佛教的哲学，而是后面将说到的“佛教的哲学”。
最后，佛教的哲学作为佛教思想的一部分，虽然在佛教哲学研究中没有合法地位，但并不表示它对佛教哲学研究完全没有价值。佛教的哲学研究本身是佛教的哲学的研究对象，其对佛教哲学的意义即在于此。
二、佛教的哲学
佛教的哲学研究坚持哲学的立场，对佛教进行哲学的探索和研究，用哲学的思维和表达方式来理解研究佛法，其研究成果是哲学的有机组成部分，哲学是目的，佛教只是哲学的研究对象，对佛教教义的态度是为我所用，删繁就简。这种佛教的研究行为和研究者是否有佛教信仰关系不大，没有信仰的人可以旁若无人，一路直下，甚或从自己的哲学主张出发，批评最基本的佛教教义（比如以唯物论批判神不灭论），他们自然能够接受“佛教的哲学”；有信仰的人可以在一定范围内进行哲学探讨，遇到与信仰冲突处，调整哲学主张与其信仰和谐贯通，或者止步搁置便是，所以他们并非完全不能接受“佛教的哲学”。
佛教的哲学研究既被目前多数宗教哲学理论所认同，而且也是不少学者事实上正在从事的工作，其合法性基本上没有受到过怀疑。可以列举几条有代表性的对宗教哲学的定性：“宗教哲学是为了试图明白宗教信仰中的概念（存在、命运、创世、罪、公正、上帝、复活等）所作的努力”[7]，“由哲学的立场，以理性的论证，研究宗教信仰的问题”[8]；“宗教哲学就是哲学地思考宗教”[9]，“哲学应该使宗教成为其考察对象，而且这种考察似乎出于其本身不同于其对象的地位……在采取这种考察态度时，我们就应该走出那虔诚心和欢畅之领域，即宗教，而且对象应该不同于作为思想运动的考察”[10]。
当然，说佛教的哲学没有受到过怀疑，并不表示它已经被论证，更不表示具有合法性。
细分起来，所谓“佛教的哲学”又分为两种：在佛教外部进行的“哲学地研究佛教”和进入佛教内部的“研究佛教的哲学”。前者是对佛教进行哲学的思考、探索和研究，用哲学来理解和研究整个儿的佛教：为什么会有佛教信仰，佛教在哲学和哲学史上是否有意义，有什么意义等。比如黑格尔用他的哲学研究佛教的结论是，佛教只是有限宗教，不属于哲学的范围。后者是用哲学的思维框架和表达方式理解和研究佛法，比如从宇宙论角度（宇宙的基本构成）理解佛教的“极微”概念，从本体论角度（存在之为存在本身）理解“空”和“有、无”，从形而上学角度（决定论和自由意志）理解因果，从伦理学角度（人生的意义、价值和终极目的）理解八苦和涅槃等。
在外部进行的哲学地研究佛教在佛教哲学中不具有合法性。哲学是对世界总的认识，当然也可以对佛教进行总的认识，这是没什么问题的，从外部进行佛教研究能够获得一个超越的位置，于哲学是深刻的，但是于佛教则是隔膜的，从实际效果来说，往往有助于哲学，无助于（甚至有损于）佛教。这样的研究（比如黑格尔的工作）不在佛教哲学的范围内，就像佛教的哲学研究完全是佛教内部事务一样，从外部进行的“哲学地研究佛教”完全是哲学内部事务，同样与佛教哲学这门学科无关。
从内部进行的研究佛教的哲学要复杂一些，用哲学的方法进入佛教内部进行研究，既保证了哲学的独立地位，又对佛教怀着理解和同情，既有利于哲学的发展，也有利于佛教的进步，无有偏废，而且深入。但是“佛教的哲学”本身有个巨大的内在悖论，事实上，佛教和哲学的差别不言而喻，佛教是虔诚地相信，哲学是深刻的怀疑，一个被广泛谈论的宗教和哲学的根本区别是信仰和理性的不同。在基督教哲学中，信仰和理性的关系问题是基本问题之一，在佛教哲学中，这个问题同样不能绕过，佛教诉诸信仰，哲学诉诸理性，佛教的哲学就是信仰的理性。所谓“信仰的理性”，既不是只对理性进行信仰式的推崇，也不能被理解为对信仰进行理性分析（如果这样的话，就是从外部研究佛教了），而是指信仰中的理性。信仰中有理性成分吗？佛教中有哲学吗？从内部研究佛教的哲学，是否可能或成立？
以上讨论“佛教的哲学”和“哲学地研究佛教”，都是使佛教和哲学保持彼此分离的状态，以保证两者的独立性质和品格，注重的是两者的对立。如果更多地从佛教和哲学的统一性方面考虑，就会认识到，信仰和理性的矛盾只是相对的。信仰中并非完全没有理性。
说信仰并非完全非理性，因为一个人相信什么和不相信什么必然有他自己的道理，而信仰作为相信的深化，分析起来，必有逻辑可循。退一步说，即使某些“相信”不合乎思维规律，比如一个有心理疾病的人可能坚持相信自己犯了罪或者有人迫害他，但那只能是个人的相信，绝对无法公众化，他不可能让别人也产生同样的幻觉。要使别人也相信自己所相信的事情，讲道理是必不可少的。宗教要传播，这个过程更需要逻辑和理性作为交流的基本保障，没有理性作为前提，信仰本身根本就不可能存在。所以理性和信仰在多数时候并不矛盾，宗教和哲学只在某些问题上（如上述的信仰类命题的真假）有分歧，宗教只在宗教之为宗教的时候才与哲学有矛盾。
黑格尔有一个观点是宗教即哲学，他说：“哲学……与宗教，皆共同具有完全普遍的对象作为内容。”[11]“宗教的对象和哲学的对象一样，乃是在其客观性中的永恒真理本身，也就是神，而且不外乎神及其对神的说明。”“当哲学说明宗教时，它仅仅是说明自己；当它说明自己时，它就是说明宗教。”[12]他认为真理是唯一的，但有两种形态，一种保持在（天启）宗教形式里，一种通过思想保持在哲学里，不过，他所谓的“宗教”特指绝对宗教（又称完全宗教、天启宗教）。本文在此无意争论佛教和基督教（路德宗）的优劣，只试图证明佛教和哲学的同质关系，佛教中有没有哲学？
在对宗教众说纷纭的定义中，其中的一种方式是以最高存在（即无限者、上帝、真如）为中心来规定宗教的本质。用的词不是God，而是theeSared（神圣事物）或者therinfinity（无限），如马克斯·谬勒说，所谓宗教就是对某种无限存在物的信仰。爱德华·泰勒认为，宗教是对于精灵实体的信仰。詹姆斯·弗雷泽在《金枝》中说：“我说的宗教，指的是对被认为能够指导和控制自然与人生进程的超人力量的迎合和抚慰。”[13]具体到佛教，这个神圣事物，或者无限存在物，或者最高实体就是真如佛性，《三藏法数》对真如的解释是“离妄曰真，不异曰如。即诸佛所证真实无妄之德，以其无灭无生，不迁不变，是为常住果。”“真名不伪，如名不异。”一般认为真如就是永恒不变的真理或本体，是最高和全部的真理，是一切现象的本质。在不同的派别中，这个最高存在有不同的名称，《楞伽师资记》收录道信的《入道安心要方便》解释“一行三昧”时说：“此等心即是如来真实法行之身，亦名正法，亦名佛心，亦名诸法实性、实际，亦名净土；亦名菩提、金刚三昧、本觉等，亦名涅槃界、般若等。名虽无量，皆同一体。”所有这些概念，指的都是同一个超验的、无条件的、没有任何限制的、作为万物本质的终极实在。而佛教存在的全部意义即在于证得真如，觉悟成佛。
这个最高存在也正是哲学所追求的，而且恰恰是哲学中最哲学化的那一部分———“科学的女王”形而上学———所追寻的：是之为是的那个是。仅仅是存在的存在，除了存在没有其他任何规定性的那个纯粹的和终极的存在。佛教和哲学都是对世界和人作普遍性的思考，是抽象的和超验的。
