教学上。清统一台湾之初,教师极缺,清朝政府多从福建调派教师入台,其中也有不少闽北籍教师。据南平台办罗小平《续闽北与台湾文化习俗》书中《清代入台的闽北教职》的统计,从康熙四十三年到清末,闽北籍入台的教职有69人,其中邵武府16人,建宁、延平二府各23人,另有7人地籍不明。陆登选,欧宁(今福建建瓯)人,举人出身,他在康熙四十三年(1704年)任台湾县学教谕,是闽北入台执教的第一人。他在教学中,始终把传播程朱理学作为教学的一项重要内容。他拒绝教授奇邪文体,每天召集学子只学习程朱理学,讲学深入浅出,阐明程朱理学奥义,以及先正作文关键。他的教学内容和教学方法在台湾得到肯定和推广。清朝人王礼、陈文达在《台湾县志.艺文志》中说:“今台属四庠(指台湾、凤山、诸罗、彰化四县学)之士,绝去奇邪文体,一归于正者,夫子(陆登选)力也”、“夫子(陆登选)秉铎台邑,四稔于兹矣!风厉有方,台之人士学崇经书、行遵先民,自我夫子(陆登选)始。”清宣宗道光十五年(1835),福建顺昌岁贡游全迪赴台任淡水厅学训导(署),教以程朱理学。入台闽籍教职都是一代名儒,他们有的出身举人,有的出身副榜,至少也是贡生,学问渊博,对程朱理学造诣极深。因此,他们的教学,促使了程朱理学在台湾的迅速而广泛地传播。
藏书上。朱子学从元代开始成为官学,系科举考试的重要内容,清朝康熙皇帝力主表彰程朱,崇尚朱子学,并以“御纂”的名义下令著名理学家熊锡履、李光地主持纂修《朱子大全》、《性理精义》,作为学校的必读教材,以灌输朱子学思想。乾隆皇帝也借编纂《四库全书》的机会,全力剪除危及封建统治思想基础的“异端”学说,以保证朱子学的独尊地位。因此,台湾官办的府学、县学自然要重视收藏程朱理学著作。于是,台湾府、厅、县儒学藏书除了有《十三经注疏》、《史记》外,还有正谊堂本的44种程朱理学著作:《周濂溪集》、《二程文集》、《张横渠集》、《游豸山先生集》、《杨龟山集》、《罗豫章集》、《李延平集》、《真西山集》、《熊勿轩集》、《朱子语类》、《濂洛关闽书》等;台湾县学的藏书,除了有《十三经注疏》、《圣渝广训》、《御制训饬士子文》等儒家必备的典籍外,还有《小学纂注》、《近思录集解》、《大学衍义辑要》、《大学衍义补辑要》、《小学实义》、《豫章学约》、《人臣敬思录》、《鳌峰书院条规》等。台湾府、厅、县学的这些藏书的来源,主要的渠道有:一是从福建调运和入台官员携带大批闽版程朱理学著作到台湾。如建阳禀贡袁宏仁,雍正十二年(1734年)任台湾府学训导时,就捐书600余本,“多置书籍存学宫,以教士子”。道光六年(1826年),福建巡抚孙尔准赴台巡视时,从福州鳌峰书院的藏书中调拨45种166部理学要籍入台。二是台湾官府机构从福建购买图书。台北府试院的“台湾通志局”,有古今参考图书万余卷;唐景崧道署藏书处号称“万卷堂”;还有府、厅、县学和书院藏书,都有不少从福建购买来的,特别是从闽北建阳麻沙、书坊图书之府那里购买来的,据学者考证,台湾有善本书籍16万册,其中就有不少是建阳刻本。三是台湾学者自己撰著出版许多学术著作,以供府学、县学、书院教学藏书之需。如张星微著有《春秋四书管窥》、《先儒精义会通》,卢安椿著有《学庸讲义》等。
康熙六十年(1721年),“治台宗匠”蓝鼎元跟随堂兄南澳镇总兵蓝廷珍入台,对台湾社会、教育进行考察,著论说“台湾地数千里,其民数百万……民逸居而无教”,提出“化导整肃……设义学,兴教化,奖孝弟,力田亩”的主张。蓝鼎元任台湾道后,又提出“信赏罚,惩讼师,除草窃,治客民,禁恶俗,儆吏胥,革规例,崇节俭,正婚嫁,兴学校,修武备,严守御,教树畜,宽租赋,行垦田,复官庄,恤澎民,抚土番,招生番”的19条治台方略。于是,孔子“有教无类”的思想在台湾教育中得到全面贯彻,县学、义学、社学、蒙塾在台湾得到迅猛发展,台湾理学教育进入了崭新时期。台湾知府蒋毓英在蓝鼎元之前率先捐俸建起了3所义学,接着诸罗、凤山等县群起效仿。到蓝鼎元治台时,义学、社学发展迅猛,乾隆初年全台已有土番社学47所。乾隆年间,澎湖通判胡建伟以振兴文教为己任,在他的倡导下,“澎岛十三澳内,每社皆有蒙塾,书声相闻……虽贫民亦送其子弟入塾”。社学、义学仿照大陆教育制度,以《小学》、《四书》为教材,每个社学聘设掌教主讲正副各一人,掌教主讲都是由有声望的贤士硕儒来担任。通过社学、义学、蒙塾的教育传播,使台湾社会形成了“父老日夕所闻无非仁义之音,子弟终岁所习尽是圣贤之语”的良好社会风气。朱子理学在台湾社会得到普及宣传,并得到社会最基层民众的普遍接受。
理学除了在府县学、社学、义学传播外,还通过书院来传播。台湾书院创始于施琅统一台湾之后。康熙二十二年(1683年),施琅在台湾府治旁大天后宫内创办起第一所以书院为名、义学为实的书院——西定坊书院,其后又由郡守、台令、道宪等在府治及其近郊建起镇北坊、弥陀室、竹溪等8所同样性质的书院。康熙四十三年,台湾知府卫台揆在府治把东安坊义学改建为崇文书院,于是台湾第一所真正的书院诞生了。康熙四十九年,凤山知县宋永清建起台湾第二所真正的书院——屏山书院。康熙五十九年,巡道梁文瑄创办台湾规模最大的海东书院。到雍正时,又建起南社、正音等6所书院。乾隆朝时,清政府又屡次下令各地都要建立书院,“盖书院之制所以导进人才,广学校所不及”。因此,乾隆时期台湾书院数量大增,有白沙、南湖、凤阁、五峰、文石、明志、奎壁、龙门、新明志书院。到光绪十九年(1893年)止,台湾各地书院达53所。治台官员不仅极力创办书院,而且亲自担任书院山长,主持书院教学工作,如蒋镛等。更多的是聘请福建等地的理学名师赴台任书院山长,执教课读,如陈淑均、曾光斗、施琼芳、何云龙、林寿祺等。他们在台湾各书院里教授学生,倡导尊孔崇朱,仿《白鹿洞书院学规》制定书院学规,把程朱理学作为规范性文件规定下来,要求学生以学规为训,广泛阅读研习程朱理学著作,明人伦之理,行忠义之事,不图功名利禄,成为国家有用之才。治台官员为了满足书院教学、研究和藏书的需要,从福建购进大量的经书、理学著作。如鹿港文开书院在1824年就从福建购进各类经书和理学著作2万余部,50余万册;1826年,福建巡抚孙尔准从福州鳌峰书院的藏书中调拨45种166部理学要籍赠给台湾仰山书院,其中有游酢的《二程语录》等。海东书院、学海书院、登瀛书院藏书也是汗牛充栋。书院教育,都尊崇程朱理学,要求学子“以宋名儒为范”,因而《二程语录》、《朱子大全》、《四书集注》等成为学子必修的课程,学子要以朱熹为精神偶像,发扬游酢、杨时“程门立雪”精神,尊重承接儒家道统、学统,延续尊师重教的德统,保持和发扬道南学派的传统学风,培养了大批富有成就的台湾学者,如魏宏、邱逢甲、江春源、许南英、郑鹏云、蔡廷兰等。于是,朱子学、游酢理学在台湾得到更加全面、更加迅速而广泛地传播,被社会各界人士纷纷接受,成为全台共尊的社会思想。