元顺帝应该是元朝最不顺的皇帝，先是被徐达、常遇春从大都赶到上都，又被常遇春从上都赶到应昌。元顺帝从上都到应昌后，听说常遇春在回去的路上病死了，终于松了口气，以为以后可以安定下来了，他没想到，朱元璋正盘算着再让他搬一次家。
洪武三年（1370），王保保趁明朝大军回去的时候围困兰州。这时候常遇春已经病逝，朱元璋命徐达为征虏大将军，李文忠为征虏左副将军，率领冯胜、邓愈、汤和等人分道北伐，其中徐达、邓愈等人去救兰州，李文忠直接从居庸关北上大漠，去打元顺帝刚搬的新家应昌。
王保保攻打兰州并不太顺利，他原以为兰州应该可以一鼓拿下，没想到不但没有一鼓拿下，而且守卫兰州的明将还给了他个惊喜。守卫兰州的是张温，得到王保保大军来攻的消息后，张温手下将领都觉得应该坚守城池，等朝廷的大军救援，一般将领面临这种情况，也都会这么做的，但是张温不是一般将领，他觉得应该趁王保保大军刚来，不知道兰州虚实的时候，突然袭击，必然可以挫其锐气，然后再守就比较好守了。
当晚，张温趁着夜色，率领城里的军队对王保保大军发起了突然袭击，王保保大军自以为兰州的明军肯定只会吓得缩在城里，万没料到居然有人会突然袭击，被打了个措手不及。张温突袭成功，退回兰州城，率领部下坚守城池，王保保攻了多日，硬是没攻下来。这时候徐达的大军已经北上，王保保决定不再攻兰州，而是去定西等着阻击徐达。
定西是兰州的门户，若想去兰州，必经定西。徐达大军到定西时，王保保的大军屯驻在定西的沈儿峪（今甘肃定西西北），想要过去必须先击败王保保。徐达在王保保大军对面安营扎寨，双方交战多次，都没分出胜负。他们已经是多年的老对手了，对彼此的用兵方式也颇为了解，所以打了好多次双方也没占到便宜。王保保不想这样僵持下去了，他让大军继续和徐达对峙，自己率领一支精锐，从小路悄悄接近徐达的左军，他要像两年前徐达在山西突袭自己那样，也给徐达来个突然袭击。
明军左军的将领是胡德济，是胡大海的养子。胡大海为朱元璋手下大将，在攻打江西、浙江的时候，为朱元璋立下汗马功劳。胡大海军纪严明，每打下一个地方，不乱杀人，不抢妇女，不放火烧毁民宅。胡大海这个人虽然没读过什么书，但是对读书人非常敬重，朱元璋手下的刘基、宋濂、叶琛、章溢等人都是胡大海举荐的。后来胡大海被部将杀害，朱元璋非常悲痛，因为胡大海的亲儿子犯法被杀，所以朱元璋对他的养子胡德济非常照顾，让他跟着大将军徐达北伐。当晚，王保保的精锐突然出现在明军的左军，胡德济一下就慌了，举止失措，明军大乱。同样是突袭，两年前，徐达、常遇春突袭王保保，王保保立马丢下十万大军自己逃走，而徐达比王保保强的地方在于他面临突发事件能做到从容镇定。徐达听说左军被劫，士卒大乱，第一时间命令明军将士不要惊慌，然后亲自率领大军抵抗，终于击退王保保的精锐。
晚上被劫了营，第二天徐达决定回击王保保，不过回击不是去劫营，而是直接率军同王保保进行大决战。决战的地方在沈儿峪，明军、元军数十万大军在这个地方混战，杀得天昏地暗，最后元军大败，这次王保保比在山西的时候更惨，在山西的时候，败逃还能带走十八个骑兵，现在只带了老婆孩子逃出去，剩下元朝的郯王、文济王以及国公、平章以下文武僚属一共一千八百六十多人都投降了明军，元军士兵投降的人数更为恐怖，一共有八万四千五百多人，另外还有上万的马匹骆驼以及其他牲畜（这些估计都是元军的军粮）。徐达下令继续追击王保保，王保保只好没命地逃跑，逃到黄河边，望着滔滔河水发傻，恰好河上漂过来一根木头，王保保和老婆孩子抱着木头才得以游过黄河，逃回和林（今蒙古国境内）。王保保败走后，徐达派邓愈去招降吐蕃，吐蕃就是西藏地区的政权，唐朝时非常兴盛，后来衰落，不过明朝还是按照以前的习惯称呼其为吐蕃。吐蕃的首领何锁南普本来就持观望态度，见明军大胜，也就投降了。
明朝另一路北伐大军是征虏左副将军李文忠率领的十万明军，这路大军的目的是直捣元顺帝刚搬的新家应昌。李文忠不仅是朱元璋的外甥，还是朱元璋的养子，很长时间他的名字不叫李文忠，而叫朱文忠。虽然李文忠的身份特殊，但他却从来没有胡作非为，反而谦虚低调，很有器量。不上战场的李文忠恭谨温顺，像个读书人一样，非常爱好学问，经常跟着当时著名的文人范祖干、胡翰学习，对诗词歌赋都很有研究；上了战场的李文忠，立马变得像常遇春一样骁勇善战。
两年前，李文忠跟着常遇春像一阵狂风一样，连战连胜，一直打到上都，把元顺帝赶跑。这次出征，李文忠继承了常遇春的作战风格，先是突然攻下兴和，接着进兵察罕脑儿，活捉元将竹真，又在骆驼山大败元朝平章沙不丁，接着马不停蹄地继续北进，再次击败元将上都罕，迫使上都罕投降。五月，李文忠的大军到了应昌，元顺帝实在搬不动家了，他已经在李文忠到来之前去世了，太子孛儿只斤·爱猷识理答腊继位，即为元昭宗。值得一提的是，元顺帝的庙号其实是元惠宗，元顺帝这一称呼是明朝给他起的，带有嘲笑的意思，因为明军攻打大都时，他不战而逃，把大都拱手让给了明军。
元顺帝去世，没法再逃了，搬家的任务交给了他的儿子元昭宗，元昭宗知道应昌守不住了，只好继续北逃，元昭宗的儿子买的里八剌以及后宫几百人都成了李文忠的俘虏。李文忠还不肯罢休，率领精锐骑兵穷追不舍，但是元昭宗跑太快，已经跑到遥远的和林（今蒙古国境内）和王保保会合去了，李文忠追赶不上，只好引军返回。回来的路上，李文忠也没闲着，到处清理元军残留势力，譬如在兴州（今河北滦平），大败元将江文清，元军三万七千人投降，在红罗山（今辽宁锦州境内）又大败元将杨思祖，又有一万六千人投降。
这次北伐，明军取得全面胜利，不但再一次全歼王保保军，而且再一次攻破北元首都，迫使北元继续往北逃走。两路北伐大军凯旋回来后，朱元璋大封功臣，一共封了六个公爵，李善长封韩国公，徐达封魏国公，李文忠封曹国公，冯胜封宋国公，邓愈封卫国公，因为常遇春已经去世，封常遇春的儿子常茂郑国公，其他众将也都有封爵，譬如汤和封中山侯，傅友德封颍川侯，周德兴封江夏侯，廖永忠封德庆侯，刘基封诚意伯等。刘基的爵位不怎么高，只是伯爵，连侯爵都不是，这倒不是因为刘基的功劳不大，论功劳刘基在朱元璋军中的地位类似于刘邦手下的张良，多次给朱元璋出谋划策，而且每次都算得非常准，功劳是非常大的。真正的原因是刘基看出来朱元璋这人只能同苦不能共甘，现在天下已定，若不像范蠡、张良那样功成身退，以后恐怕会遭不测，所以朱元璋称帝后，刘基多次请求回家养老。朱元璋想封刘基高一点的爵位，刘基也死活不肯，朱元璋只好把刘基的父亲、祖父都追封永嘉郡公。
除了封爵，朱元璋还赐给这些功臣们一样东西，那就是世券，也就是所谓的丹书铁券，这种东西像瓦片一样，上边刻着这些功臣某年某月于某地立了什么功劳，因为这些功劳，皇帝赐予他免死的特权。这可是个好东西，平常没事的时候可以用来炫耀，万一犯了什么事，还可以拿出来当免死金牌用。有了丹书铁券的保护，这些功臣们中的有些人开始肆无忌惮起来，觉得自己已经有两条命甚至像猫一样有九条命，但是他们忘了，丹书铁券虽然能当免死金牌用，但是有一种罪不能免，那就是谋逆，而谋逆这种罪又比较含糊，比“莫须有”好不到哪儿去。藏个刀枪、和皇帝用一样的东西，都有可能成为谋逆罪，所以，在不久将来的数场腥风血雨中，纵然有着丹书铁券，也和普通瓦片差不多。
