除生物多样性公约外，其他有关国际环境资源公约也将综合生态系统方法作为履行公约和评价公约有关事项的工具。有关综合生态系统管理在生物多样性方面作用的讨论结果是，其他的一些国际公约例如《联合国防止土地退化公约》，也可以通过运用这些原则获益。目前，有关环境资源的国际条约大都采用综合生态系统管理方法，例如《联合国防治荒漠化公约》缔约方大会有关文件指出，综合生态系统管理是一项综合管理土地、水和生物资源的战略，以平等的方式促进养护和可持续的使用；它所依据的是运用适宜的科学技术，重点放在各级生物组织，涉及生物组织与其环境之间的基本进程、功能和交互作用。
《生物多样性公约》缔约国会议第三次会议通过了标题为“保护和持久使用农业生物多样性问题”的第III/11号决定，在此项决定第1段中，缔约国会议决定着手编制一项关于农业生物多样性问题的多年期活动方案，旨在：（a）加强农业做法对农业生态系统中生物多样性的积极影响和减轻其不利影响，并促进它们与其他生态系统进行积极的相互作用；（b）保护和持久使用具有实际或潜在粮食和农业价值的遗传资源；（c）以公平和公正的方式分享因使用遗传资源而产生的惠益”。根据该决定，1995年召开的联合国粮农组织大会通过第3/95号决议于1995年间扩大了该委员会的任务范围，以便将所有涉及粮食和农业的生物多样性的所有组成部分囊括在内。粮农组织大会认为，这“将使得粮农组织得以以更为综合的方式处理与农业生物多样性相关的事项”，强调采用一项综合的处理办法以及与《生物多样性公约》缔约国会议开展全面合作的重要性，并认识到，委员会的任务得到扩大之后，将会便利此种合作。按照为该委员会所规定的新任务，它可在得到粮农组织理事机构的核准的前提下，酌情针对《生物多样性公约》缔约国会议就与粮食和农业相关的遗传资源的具体领域提出的要求作出反应。2001年10月1日至4日，由冰岛政府与粮农组织联合主办了雷克雅维克会议，通过了《雷克雅维克海洋生态系统负责任渔业宣言》，该《宣言》主要包括以下内容：重申1982年《联合国海洋法公约》 和粮农组织《负责任渔业行为守则》原则，并提请注意《行为守则》框架内的4项国际行动计划；确认将生态系统考虑纳入渔业管理的目标是促进长期粮食安全和人的发展，确保生态系统及其资源的有效养护和可持续利用；确认考虑到生态系统问题意味着更加有效地保护生态系统及可持续利用海洋生物资源，进一步注意海洋生物资源不同种群和品种之间的相互影响，如捕食者与被捕食者关系等；确认需要了解人类活动对生态系统的影响，包括人类活动可能引起生态系统结构扭曲；采取鼓励性措施鼓励负责任渔业和机制以减少捕捞努力量，发展将生态系统考虑纳入渔业的科学基础，帮助发展中国家将这些考虑纳入其渔业管理；认识到渔业资源与包括环境在内的生态系统所有成分之间相互作用的重要性，并认识到需要保护海洋环境。接着，粮农组织的渔业委员会于2001年11月1日至4日举行第二十四届会议，会议强调的领域之一是制定生态系统渔业管理办法。根据《雷克雅维克宣言》的要求，于2002年9月16日至19日在冰岛雷克雅维克举行了以生态系统为基础的渔业管理专家磋商会。在该次磋商会上制订了侧重渔业管理的生态系统渔业办法的初步准则。2003年2月24日至28日，粮农组织的渔业委员会在意大利罗马召开第二十五届会议，会议的主题是“实施生态系统渔业管理办法”，以实现《负责任渔业行为守则》及恢复渔业资源和海洋环境。
有关可持续发展、污染综合防治的国际法律政策文件，也往往涉及综合生态系统管理方法。例如，1997 年6 月28日联合国大会第十九届特别会议第11次全体会议通过的《进一步执行21 世纪议程方案》肯定了生态系统方法的作用和意义。该方案指出，“土地退化和土壤流失对亿万人民的生计和未来粮食安全构成威胁，并对水资源和保护生物多样性造成影响，迫切需要制订办法，制止或扭转全球土壤退化加快的趋势，同时应利用生态系统方法，要考虑到生活在山区生态系统中的人口的需要和确认农业的多种职能”；“为实现经济社会和环境目标的一体化，必须按照具体国家情况，制订一套广泛的政策手段，包括规章条例、经济手段、将环境代价融入市场价格、环境和社会影响的分析及信息的散播，以确保一体化做法具有较好的效能和成本效益。为此目的，应当推行具有透明度的参与过程。这将需要国家立法议会以及民间社会所有行动者，包括青年人和土著人民及其社区的参与，以补充政府促进可持续发展的努力”；“国际社会认识到，必须如《生物多样性公约》缔约方第三次会议第III/11 号决定34 所指出的那样，综合对待土地和土壤资源的保护和可持续管理问题，包括查明土地的退化，这需要地方和国家一级各有关方面的参加，包括农民小型粮食生产者 （各）土著人民和非政府组织，尤其是在农村社区发挥关键作用的妇女。这应包括采取行动，确保安全的土地占有制和获得土地、信贷和训练以及消除阻碍农民，尤其是小农场主和农民投资和改进其土地和农场的障碍”。要求各国政府和国际社会“ （a）采取果断行动保护和维持基因物种和生态系统，以促进对生物多样性的可持续管理； （b）批准生物多样性公约，全面有效地实施该公约，并同时实施缔约方会议的各项决定，包括关于农业生物多样性的建议，关于海洋和沿岸生物多样性的雅加达任务，并参照公约通过的生态系统处理方法，尽快执行缔约方会议第三次会议关于陆地生物多样性的工作方案36 中确定的其他任务”。世界可持续发展首脑会议于2002年8月26日至9月4日在南非约翰内斯堡举行，该次会议注意到采用生态系统办法管理自然资源的重要性。欧共体理事会于1993年6月29日通过的《生态管理和审计计划》，被欧盟国家认为是从命令控制政策走向自我报告公共信息政策的开端。经济合作与发展组织理事会在其1991年提出的《关于综合污染防治的建议》，号召成员国采取措施，消除障碍，实行污染综合控制。该建议的附件《综合污染防治指南》提出了污染综合控制的5个要件：第一，“从摇篮到坟墓”的全过程控制；第二，预测物质和活动对环境的影响；第三，废物数量和有害性的最小化；第四，采用共同手段评估、比较环境问题；第五，配合采用注重环境影响和源头的措施。该建议提到的有关污染综合控制的科技方法有：可持续发展，无废少废技术，循环使用技术，更清洁的技术，更安全的物质，风险防范等。欧共体理事会于1996年9月24日通过的《污染综合防治指令》，对采用科技方法控制污染以及污染综合控制做了具体而明确的规定。这些综合污染控制方法与综合生态系统方法具有一定程度的相似性。
一些区域性、双边的或多边的国际环境资源条约，也已运用综合生态系统管理的方法。《欧洲保护野生生物和自然生境的伯尔尼公约》（1979年）较好地体现生态系统的观点，该公约强调：“野生动植物构成具有美学、科学、文化、创造性、经济和内在价值的自然遗产，必须保存它们并将之传给后代。”该公约明确规定要养育（保育）野生动植物及其自然生境，采取各种适宜的和必要的措施保护野生动植物物种。欧洲《阿尔卑斯公约》是获得法律支持的综合性跨界发展的范例。①该公约的一些机构和国家研究广泛的问题，从喜马拉雅山区的传粉媒介、药用植物到德国的有机农业发展均包括在内，在分析山区生态系统时已经成功地运用生态系统方式的12项原则，说明生态系统原则同执行《阿尔卑斯公约》相符。
