傅斯年有学术心，也有学术事业心。他回国后在中山大学教书，不久就在中山大学创办“语言历史研究所”。这是1927年秋天的事，当时他到中大教书才半年。1928年10月，傅斯年又在中山大学语言历史研究所的基础上，筹备建立了中央研究院历史语言研究所。成立后他即任所长，一直到1950年去世。他的社会、政治职务千变万化，名堂甚多，史语所的所长职务却是一直担任到底的。
他以史语所为基础，对中国近代学术事业作出了巨大贡献。
傅斯年为近代中国学术事业培养了一大批优秀人才。首先他拉了一大批著名学者到史语所领导研究工作。一时想到的如：陈寅恪、徐仲舒、赵元任、李方桂、罗常培、李济、董作宾、梁思永。1927～1937年是史语所的鼎盛时期，傅斯年收罗了很多人才到史语所来。其中不少人后来成为大家，如：陈盘、石璋如、丁声树、劳干、胡厚宣、夏鼐、周一良、高去寻、全汉升、邓广铭、张政烺、傅乐焕、王崇武、董同和、马学良、张琨、逯钦立、周法高、严耕望等等。这些人或多或少都受过傅斯年的培养，都或多或少继承了他严谨的重材料、重考证的学风。
傅斯年抢救和整理了明清档案。清朝内阁大库的档案，内有诏令、奏章、则例、移会、贺表、三法司案卷、实录、殿试卷及各种簿册等，是极珍贵的第一手历史资料。从1909年国库房损坏搬出存放后，几经迁徙、几易主人，潮湿腐烂、鼠吃虫蛀，损失极为严重。其中一次主管者以历史博物馆经费缺乏，曾以大洋4000元的价格将此8000麻袋总计15万斤的档案卖给造纸商拿去造纸。著名考古学家马衡大声疾呼，由傅斯年呈请中央研究院院长蔡元培做主，才以1.8万元将这批几乎要进造纸厂的档案买下，然而已由15万斤减为十二三万斤，少了两万多斤。抢救下这批十分珍贵的档案材料，傅斯年功不可没。
傅斯年还组织了科学发掘河南安阳殷墟的工作。傅斯年极重视史料和新史料的获得。他在《历史语言研究所之工作旨趣》中说：“（一）能直接研究材料，便进步；凡间接的研究前人所研究或前人所创造之系统，而不繁丰细密的参照所包含的事实，便退步。……（二）凡一种学问能扩张他研究的材料，便进步，不能的便退步。”他重视清档案的抢救整理和殷墟的发掘，目的都在取得新材料，扩张新材料。他有一句名言：“上穷碧落下黄泉，动手动脚找东西。”
在傅斯年领导史语所的同仁科学发掘河南安阳小屯殷墟之前，殷墟甲骨片的出土已有30多年的历史。19世纪末，安阳一带的农民在耕地时偶然发现了一些甲骨片，药材商人便当做龙骨来收购。金石学家王懿荣看到这种甲骨片，认识它的价值，便多方购求，此后逐渐引起学者的注意。19世纪末20世纪初，先后出版了刘鹗的《铁云藏龟》、孙贻让的《契文举例》、罗振玉的《殷墟书契》等。其后，王国维利用甲骨文研究商朝历史，写出《卜辞中所见殷先公先王考》和《殷周制度论》等名作。
这一来，小屯殷墟出土甲骨出了名。古董商、药材商蜂拥而至。他们一面搜购，一面聚众私掘。外国“代表团”、“考古家”，也都进来高价购买甲骨，殷墟现场受到严重破坏。
傅斯年对此听在耳里，看在眼里，遂呈请中央研究院院长批准，由史语所考古组正式组织人员去小屯发掘。开始困难重重，一些人的地方主义、利己主义、风头主义一时俱来，他们阻挠发掘或强制停止发掘。傅斯年亲到开封（当时河南省政府所在地），上靠南京政府的权威，下依河南开明人士的支持，也靠自身的办事才干，人事关系才得疏通，发掘工作才得顺利进行。
从1928年到1937年的10年时间，殷墟发掘大小共进行15次。傅斯年在百忙中，数次亲到小屯视察指导。规模最大的一次发掘是第13次，时在1935年夏。傅斯年偕同法国汉学家伯希和来到安阳。石璋如回忆说：“那时是殷墟第13次发掘，所用人力在三百人以上，为殷墟发掘以来规模最大的一次。也是中国的考古工作在国际间最煊赫的时期。约在五月中旬，气候已经相当的热了，他和法国的东方学者伯希和先生到达安阳……伯希和先生对着那样伟大的陵墓，那样排列整齐的小墓，那样大量并精美的灿烂的器物，在孟真所长面前，不断的惊讶和赞叹！”“九·一八”事变以后，日寇侵我形势日急，殷墟发掘被迫停止下来。
在中国近代科学考古史上，傅斯年是第一功臣。这是也他对中国学术事业的一大贡献。
傅斯年是北京大学培养出来的，对北大特别有感情，在他一生的事业中，对北大也有特别的贡献。
20世纪30年代是北大辉煌的盛世，教授阵营盛极一时，名家胡适、傅斯年、钱穆、陶希圣、孟森、汤用彤等都是北大教授，陈寅恪等都在北大讲课。当时蒋梦麟是北大校长，但推动北大盛世出现的却是胡适、傅斯年，尤其是傅斯年。蒋梦麟回忆说：“当我在1930年回北京大学时，孟真因为历史语言研究所搬到北京，也在北京办公了。‘九·一八’事变后，北平正在多事之秋，我的参谋就是适之、孟真两位，事无大小，都就商于两位。他们两位代北大请到了好多位国内著名的教授，北大在北伐成功以后之复兴，他们两位的功劳实在太大了。”
傅斯年对北大的第二次贡献，是在抗日战争胜利之后。
抗日战争胜利后，国民政府任命胡适为北大校长。当时适胡在美国，于是在他回国之前，北大校长由傅斯年代理。从敌伪手里接办北京大学，有很多棘手问题，如对日本统治下的北京大学的教职员如何处理便是一个问题。傅斯年决定一个不用。他给夫人俞大彩写信说：“大批伪教职员进来，这是暑假后北大开办的大障碍，但我决心扫荡之，决不为北大留此劣根。”把困难解除，把“天下”扫平，为胡适回校铺好道路，这是傅斯年做代理校长以报胡适的决心。他给夫人的信中又说：“实在说在这样局面下，胡先生办远不如我，我在这几个月给他打平天下，他好办下去。”
