当时，武昌守城清军只有3000多人，加上援军和勇丁，守城兵勇已经达到一万多人。为了防止太平军挖地道攻城，还下令把城外民房全部毁掉。
太平军船队到达武汉江面后不久，就在汉阳鹦鹉洲登岸，在第二天便攻占了汉阳。陆师也在同一天到达武昌城外，占领城东的钵盂山、洪山、小龟山、紫荆山等处，在城南挖沟筑墙，阻击清军的援兵，并进围文昌、望山、保安、中和、宾阳、忠孝、武胜诸门。接着，太平军从汉阳渡过汉水，占领汉口。
尾随太平军的清军向荣部万余人到达武昌城南的白木岭，被长虹桥太平军阻击。太平军一面分兵堵拒向荣部清军，使城内外清军无法联结，同时以主力合围武昌，在文昌、平湖各门开挖地道，准备轰城。在文昌门附近，轰塌城墙20多丈，太平军先头部队冲入缺口，其余方向的太平军则攀援云梯而上，太平军终于攻克了武昌，清军向荣部看着丢失的城池，也毫无办法。
此战，太平军先占汉阳、汉口，横江架设数道浮桥，集中兵力，合围武昌，并成功地运用了穴地攻城战法，因而能迅速攻克坚城。
太平军在武昌待了大约一个月，此时的太平军已经有五十万人（包括老弱妇孺），不仅军械精全，更有数千艘船只。清朝在江苏、安徽、江西的统治已呈现土崩瓦解的势头。
清廷做梦也想不到这群衣衫褴褛的穷苦人怎么会有这么大的能量。在得知武昌失守后，清廷大怒，把时任钦差大臣的湖广总督徐广缙逮捕入狱，以湖南巡抚张亮基为湖广总督，提升湖北提督向荣为钦差大臣，专门负责两湖军务。清廷还任两江总督陆建瀛为钦差大臣，率军入防江苏、安徽；以河南巡抚琦善为钦差大臣，驻守湖北、河南；以云贵总督罗绕典专守荆、襄之地。
用三个钦差大臣来攻防太平军，说明太平军已经成为清廷的心腹大患了。
太平军占领武昌后，只对在武昌迎降的守将稍显仁慈，留下几个当“参谋”，其他的满清官兵则是格杀勿论。可见，太平军对待俘虏方面做得就差一些，如果他们能够优待俘虏，也许清政府就离垮台不远了；太平军没准还真能打进北京城，坐坐满清皇帝老儿的龙椅。
还有一点欠妥之处：太平军对于武昌城内各处监狱中关押的犯人也不问情由，全部放出。有不少地痞、流氓趁机与犯人们一起，头裹红帕，冒充太平军，造成军纪不严。这是大忌，为太平军注定要失败埋下了隐患。
但是，太平军也力争严明军纪。太平军对强奸罪处罚最严，只要查出有奸淫妇女者，就会被立刻斩首。数天内，有数百颗血淋淋的人头悬挂于汉阳门外，大多数为犯奸污妇女罪的兵士。
太平军在武昌城内大规模地刻印宣传品，号召居民加入拜上帝会，每二十五人为一馆，青壮年（包括妇女）都穿着短衣，持“圣兵”牌号，到城外军营参加训练。同时，太平军严令武昌居民向上缴纳一切财物，除金银珠宝、钱、米、鸡、鸭、茶叶外，连咸菜也要上缴，称为“进贡”。如果有人藏匿物品不交，被查出后就会被按住打屁股，一般会打数十下，以致鲜血淋漓，以示警告。由于逼索严苛，致使不少民众都逃亡了。
在武昌的阅马场，太平军天天派宣传“大师”在那里“讲道理”，场面宏大，每次都敲锣来呼唤地方居民以及新入会的人员临听，宣讲“天父”的“功德”、“天王”的“勤苦”等等，希望大家一心一意跟随“天王”打江山。
在“讲道理”大会期间，也经常发生惨剧。据亲身经历过“讲道理”的文人陈徽言撰写的《武昌纪事》上讲，他曾看见一位身材魁梧的人推开众人，高声抗辩，驳斥太平军宣传“大师”所讲的内容是摧毁儒学道统。在恼羞成怒之下，“大师”立即命令太平军士把此人分绑四肢，准备五马分尸。可那五匹马从来没做过这种酷刑，不知道应该分头跑，拖拉了半天也没把人撕成五块。最后，宣讲“大师”把“讲道理”变成了不讲道理,亲自砍死了这位“封建卫道士”。
太平军并不想在武昌久留，天王洪秀全还有更大的图谋。
咸丰三年（1853年2月9日）正月二日，由于向荣、张国梁的兵马从东部大举进攻，太平军把从全城抢掠来的财物装载到船上，然后从武昌沿江东下，直逼南京。大军东进的情景实在壮观，只见帆幔蔽空，首尾绵延数十里，乘风破浪而来。清军之中，只有向荣一部远远跟随，但也不敢追上去硬拼。
更可笑的是，当时的清廷并不知道太平军的目的地，有人猜是荆州，有的猜是长沙，就是没人猜南京。他们太小看太平军了，做梦也想不到太平军的胃口会这么大。
创办湘军
受命不受命，是个问题
太平军已经如日中天，所向披靡了，大清的根基在慢慢被动摇。此刻的曾国藩却还在为是否出山徘徊不定。
张亮基的来信，对曾国藩来说是个不小的诱惑。如果他下定决心来办团练，也很有可能像当年戚继光创建戚家军那样，练就一支曾家军。古人能做到的事，自己难道就做不到？虽然这是一个为朝廷立功、展示自己才华的大好机会，但再三考虑后，曾国藩还是婉言拒绝了张亮基的请求。
其实曾国藩心里很清楚，他不愿意背个不孝的骂名，再说，没有金刚钻，不揽瓷器活，办团练是要上前线的，自己只是一介书生，舞刀弄枪，总算是个门外汉。况且，办团练只是皇帝老儿的命令而已，他既不给钱，也不给人，要靠自己的红口白牙去拉起一支队伍，而且是能和太平军作战的响当当的队伍，这种事情比登天还难。自己吃饱了撑的，何苦要蹚这个浑水呢。
曾国藩好不容易说服了自己，坚持丁忧，对外面的事情权当没有发生过，可紧接着又一封信搅得他心神不安。这封信是他的大恩人唐鉴从京城寄来的。
在京城的十几年，唐鉴对自己的帮助和提携真是没的说。面对大恩人的来信，曾国藩再也等不及了，他迫不及待地拆开了来信。
信中内容也是鼓励曾国藩抓住时机，出山组建团练，为国效力。唐鉴还以他一生的名望向皇上担保，曾国藩必可成大事。
看着面前长长的信，曾国藩感动得手都有些发抖了。他反复看了好几遍，一时心潮澎湃，想想自己要入阁拜相，干一番轰轰烈烈的事业的决心，再看看如今前怕狼后怕虎的自己，真是愧对恩师，无脸见人啊。
曾国藩就这样捧着唐鉴的来信，一直坐到天黑，对自己提出了严厉的责问。清军和太平军已经是打得不可开交了，一向以救天下苍生为己任的他会错过这样的机会吗？
曾国藩暂时把母亲安置在居室后山，准备另外寻找一块风水宝地重新安葬母亲，以尽孝心。他回到乡下老家后，也过了三个多月的乡村生活了。
当曾国藩过着安逸的乡村生活时，清军和太平军正在鏖战。清军根本不是太平军的对手，清政府派往前线的统帅非死即逃，再也找不到合适的人领导抗敌了。当赛尚阿被降级处分，向荣、乌兰泰革职留用，太平军围长沙、下岳州、克武昌、攻湖南之时，曾国藩突然接到了命他留籍帮办团练的谕令。
咸丰二年十二月十三日，咸丰帝的寄谕由巡抚张亮基转来：“前任丁忧侍郎曾国藩籍隶湘乡，闻其在籍，其于湖南地方人情自必熟悉，着该抚传旨，令其帮同办理本省团练乡民、搜查土匪诸事务，伊必尽力，不负委任。钦此。”
