清朝在安定东北边疆、巩固内地的统治以后，开始注重西南少数民族地区的治理。
从元朝开始，朝廷就在西南地区的四川、云南、贵州、广西以及湖南、湖北等少数民族地区实行了土司制度，意思就是在少数民族生活的地区，建立土司，任命少数民族上层人物做土知府或土知州，来管理少数民族地区。这些被朝廷任命的土官有很多特权，他们不仅职位可以世袭，而且不受朝廷流官的管辖，平时管理本地区事务，朝廷也不加干涉。
这种土司制度在开始的时候起到过一些安定边疆的作用。但到后来，土司们的势力越来越大进贡图，很多土司都拥有了自己的军队和监狱，他们任意向百姓征收赋税，并且不向朝廷纳贡。有时，土司之间为了争夺财物，不断进行械斗。有些与外国邻近的土司，还勾结外国势力侵犯中国内地。
土司制度造成的隐患越来越突出，从明朝时中原统治者就想要改变一下少数民族地区的土司制度。但由于那时朝廷忙于剿灭倭寇，对抗后金，始终没有将改土归流的措施推行下去。到了清朝，土司的问题更加严重。有个叫作鄂尔泰的地方巡抚向当时的雍正皇帝上了一本奏折，建议立即实行改土归流，以稳定少数民族边疆地区。
鄂尔泰认为，现在的土司制度有这样几个问题急需解决：首先，土司管辖的区划不合理，不能及时制止土司头目的骚乱；第二，土司对民众管理不当，随意欺压百姓；第三，土司械斗没完没了，影响边疆稳定；第四，部分地区与外国接壤，便利了土司与外国势力勾结。雍正帝听了非常赞同，就批准鄂尔泰在西南地区正式实行改土归流。
鄂尔泰采取了以和平招抚为主，武力征服为辅的办法。他先是让土司主动交出土地和印信，并对积极配合的土司给予优待和赏赐，并授予新的官职和土地；如果有抗拒改革甚至发动叛乱的，就坚决出兵剿灭，没收其财产，并把土司及其家属迁到外地。
改革措施推行得非常顺利。朝廷把原来的土司地区一一改设府县，设立军事机构，并清查户口，建筑城池，兴办学校。边疆地区经济文化得到快速发展，不安定因素减少，我国多民族国家的统一得到了巩固。
