章和元年（公元87年），北匈奴在鲜卑人的攻掠下，内部纷争加剧，势力进一步衰落，其中有不少部众把归降东汉朝廷作为保存自己的出路。“屈兰、储卑、胡都须等五十八部，口二十万，胜兵八千人，诣云中，五原、朔方、北地降”。第二年，“北虏大乱，加以饥蝗，降者前后而至”。至此，北匈奴不仅没有继续制造边患的能力，连独立自保也困难重重。南匈奴单于认为这正是它并灭北匈奴的天赐良机，于是上书东汉朝廷，极力鼓吹“宜及北虏分争，出兵讨伐，破北成南，并为一国，令汉家长无北念”。东汉将军耿秉等人也主张“以夷制夷”，乘机剿灭北匈奴。恰在此时，窦宪又想通过讨伐北匈奴立功自赎，于是征伐北匈奴的战争也就付诸实际行动了。
这个战争一共进行了三次，历时三年。永元元年，窦宪与征西将军耿秉率骑兵八千，合度辽将军及南匈奴单于所统兵共三万骑，出朔方（今内蒙古磴口北）郡北进，大破北匈奴，俘敌20余万。第二年春天，南匈奴左谷蠡王师小将八千骑出鸡鹿塞（今内蒙古临河西），中郎将耿谭遣一仆事监护，前进至涿邪山（今蒙古人民共和国境），兵分二路，后会合于甘微河（今蒙古扎布汗河）之南，夜袭北单于，大获全胜，斩首八千级，生俘阏氏等数千口。永元三年（公元91年），右校尉耿夔再次袭击北匈奴余部。其单于明白昔日的家园已不是存身之地，只得率众西遁，“逃亡不知所在”，从此在中国历史学家的视野中消失了。
不难看出，窦宪指挥汉军与南匈奴联合对北匈奴的征伐，既非反侵略反掠夺的正义战争，亦非拓疆辟地的英雄壮举，而是以大欺小，以强凌弱，以众暴寡的非正义的军事征伐。参战最积极的南匈奴是为了吞灭北匈奴而称雄中国北疆，自动请缨的窦宪是为了立功赎罪，猎取高官厚禄，而征伐的对手北匈奴又是一个日益削弱，招架乏力的敌人。三次战役，汉军与南匈奴除第一次投入三万兵马外，其余两次，所动用兵力皆不足万人，也没有遇到北匈奴强有力的抵抗，战果更谈不上辉煌，较之汉武帝当年对匈奴的用兵，实在不可同日而语。可是，亲身参与此次征伐，对实际情况了若指掌的班固，却在数篇记述此次战争的大文中，极力夸大其规模、意义与作用，尤其对窦宪，更是极尽阿谀之能事。在他写《窦车骑北征颂》中的一段文字，对窦固的功勋大加赞美：“车骑将军应昭明之上德，该文武之妙姿，蹈左历，握辅，翼肱圣上，作主光辉，资天心，谟神明，规卓远，图幽冥。亲率戎士，巡抚疆域。勒边御之永设，奋橹之远径，闵遐黎之骚狄，念荒服之不庭。乃总三选，简虎校，勒部队，明誓号，援谋夫于未言，察武毅于俎豆，取可杖于品象，拔所用于仄陋。料资器使，采用先务。民仪向慕，群英影附，差戎相率，东胡争骛。不召而集，未令而谕。于是雷震九原，电曜高阙，金光镜野，武日……名王交手，稽额清服。……粮不赋而师赡，役不重而备军，行戎丑以礼教，鸿校而服仁。文武炳其并隆，威德兼而两信，清乾钧之攸冒，拓畿略之所顺……将军，克广德心，光光神武，弘昭德音。超兮首天潜，眇兮与神参。”
在班固笔下，骄横不法，才德俱乏的窦宪竟被颂扬为神明英武，勇毅非凡，以威德仁勇震慑夷狄的伟大统帅。而在《封燕然山铭并序》一文中，窦宪又成为高瞻远瞩的统兵驭将战必胜，攻必取的超级大英雄“惟永元元年秋七月，有汉元舅曰车骑将军窦宪，寅亮圣明，登翼王室，纳于大麓，惟清辑熙。乃与执金吾耿秉述职巡御，理兵于朔方。鹰扬之校，螭虎之士，爰该六师，及南匈奴、东乌桓、西戎、氐、羌侯王君长之群，骁骑三万。元戎轻武，长毂四分，云辎蔽路，万有三千余乘。勒以八阵，莅以威神，玄甲耀日，旌旗绛天。遂陵高阙，下鸡鹿，径碛卤，绝大漠，斩温禺以衅鼓，血尸逐以染锷。然后四校横徂，星流慧帚，肖条万里，野无遗寇。于是域灭区单，反而旋，传考验图，穷览其山川。遂涿邪，跨安侯，乘燕然，蹑冒顿之区落，焚老上之龙庭。上以摅高，文之宿愤，光祖宗之亥灵；下以安固后嗣，恢拓境宇，振大汉之先声。兹所谓一劳而永逸，暂费而永宁者也。乃遂封山刊石，昭铭威德。其辞曰：铄王师兮征荒，凶虐兮截海外，其邈兮地界，封神丘兮建隆，熙帝载兮振万古。”
一次规模并不大，战斗远谈不上激烈的军事行动，一次对几乎失去抵抗能力的敌人取得的很不光彩的胜利，被描绘成“恢拓境宇”的大战，渲染成震古铄今的伟业，班固就这样将他绚丽的才华，生花的妙笔，熔铸成远离真实的阿谀献媚的文字，不仅是用错了地方，更显示了他对权贵竭诚讨好的心态。对此，明代学者于慎行有一个十分中肯的评论：“汉吏记卫、霍出塞之功，耀简册，后汉窦宪，出塞三千余里，降至二十万人，可与卫、霍相当矣。然卫、霍当匈奴强盛，度漠出师，虏势遂衰，至于百年不振；即一时穷黩之费，有伤根本，而汉之国势，由此日强，其功诚不为少。至于和帝之初，匈奴分而为二，南单于居塞下，为中国所卵翼；北单于迫于鲜卑，举国来降，所余无几。南单于欲倚中国之威，破而有之，汉可毋出兵也，直以宪刺杀宗室，求击匈奴以赎罪，故遣之耳。今观燕然之捷，与天山翰海，难易大小，何啻拔山折枝，而班生固献谀，为之勒石，徒可笑也。”
尽管窦宪北征匈奴是在荒谬的动机驱使下，在错误的时机对奄奄待毙的对手进行的一场非正义的战争，但它的虚假的胜利却把窦氏外戚集团进一步推向权力的极峰，也使该集团的专横和腐败达于极点：“宪既平匈奴，威名大盛，以耿夔、任尚等为爪牙，邓叠、郭璜为心腹。班固、傅毅之徒，皆置幕府，以典文章。刺史、守令多出其门。尚书仆射郅寿，乐恢并以忤意，相继自杀。由是朝廷震慑，望风承旨。”他的三个弟弟，窦笃位特进，窦景为执金吾，窦怀为光禄勋，“权贵显赫，倾动京都”。其中窦景最为骄纵，“奴客缇骑依倚刑势，侵陵小人，强夺财货，篡取罪人，妻略妇女。商贾闭塞，如避寇仇。有司畏懦，莫敢举奏”。此时身在窦宪幕中的班固，虽然官位不高，但因依附者权倾内外，其身价也急剧升值，他自己也有点飘飘然，昏昏然了。他的儿子，家奴更是依仗权势，肆意妄为，“固不教学诸子，诸子多不遵法度，吏人苦之。初，洛阳令种兢尝行，固奴干其车骑，吏椎呼之，奴醉骂，兢大怒，畏宪不敢发，心衔之。”此时的班固满以为窦宪集团正安如磐石，他自己也会富贵长保。岂不知，这时的窦宪集团已是烈日下的一座冰山，面临着倾刻瓦解的命运。因为和帝早已对他这位专擅凶残的老舅恨之入骨，正不动声色地秘密策划对他的惩罚。
永元四年（公元92年），当窦宪率军跃武扬威地凯旋入朝时，等待他的并非美酒鲜花，而是和帝与宦官郑众精心谋划的诛杀。窦宪的宗族宾客以及依附于他们的内外臣僚“皆逮考”，一一沦为阶下囚。洛阳令种兢挟嫌报复，借机将班固捕系狱中，致使这位年逾花甲的老人在惊悸与悔恨中死去。班固实际上是作为一场政治斗争的牺牲品，为自己的一生划上了一个凄惨的句号。
班固是东汉一代近200年中首屈一指的历史学家和文学家。80多万言，120卷的《汉书》确立了他在中国史学史上不可动摇的地位。虽然该书的封建正统史观，如对西汉皇朝及其帝后的近于阿谀的颂赞展示了他的局限，但是，由于他基本上忠于史实，具有驾驭复杂的政治、经济、制度、思想、文化发展变化的史才，就使《汉书》成为西汉一代230多年无可替代的信史。特别是其中所表示的对许多问题的看法，说明班固的史识也是十分卓越和高明的。比如，他深刻认识到“怀禄耽宠”往往是封建皇朝臣僚们取祸的根源。在《王贡两龚鲍传》中，他感慨系之地说：“山林之士往而不能反，朝廷之士入而不能出，二者各有所短。春秋列国卿大夫及至汉兴将相名臣，怀禄耽宠以失其世者多矣！”尤其是对那些官至宰辅而“持禄保位”的儒臣，他更是持否定态度。在《匡张孔马传》中，他借“赞曰”评论说：“自孝武兴学，公孙弘以儒相，其后蔡仪、韦贤、玄成、匡衡、张禹、翟方进、孔光、平当、马宫及当子晏咸以儒宗居宰相位，服儒衣冠，傅先王语，其藉可也，然皆持禄保位，被阿谀之讥。彼以古人之迹见绳，乌能胜其任乎！”
特别是对因女宠发迹，“穷富贵而不以功”的外戚之所以普遍难以长保富贵，班固有着更加清醒的认识。
对西汉外戚中佼佼者的霍光，他一方面肯定其在历史转折关头的重要作用，“处废置之际，临大节而不可夺，遂匡国家，安社稷。拥昭立宣，光为师保，虽周公、阿衡，何以加此！”另一方面又正确地指出霍光死后仅三年，即被“宗族诛夷”，根本原因就在于他“不学无术，于大理，阴妻邪谋，立女为后，湛溺盈溢之欲，以增颠覆之祸”。在《汉书·外戚传》中，班固对西汉一代20多家外戚的结局有一个总结式的评论，显示了他对外戚之家难以善终的冷静，深入的理性思索：“易》著吉凶，而言谦盈之效，天地鬼神至于人道靡不同之。夫女宠之兴，繇至微而体至尊，穷富贵而不以功，此固道家所畏，祸福之宗也。序自汉兴，终于孝平，外戚后庭色宠著闻者二十有余人，然其保位全家者，唯文、景、武帝太后及邛成后四人而已。至如史良娣、王悼后、许恭哀后身夭折不辜，而家依托旧恩，不敢纵恣，是以能全。其余大者夷灭，小者放流，乌呼！鉴兹行事，变亦备矣。”
按理，以班固对外戚问题的洞彻明析，又深谙窦氏集团的所作所为，他应该清醒地意识到这个集团不配有善终的命运，从而及早采取避祸的措施。然而，班固不仅没有想法保持与窦氏集团的距离，反而在年近60之岁时，投入窦氏的怀抱，死心蹋地地为之服务，并不惜以自己盖世的才华炮制歌功颂德的文章。离开兰台令史的清寂之位而就任中护军的荣耀之职，实际上是舍磐石之安而就虎尾之危，明智如班固者，为何出此下策？范晔认为他是“智及之而不能守之”。平心论之，班固的身陷大狱，与其说是“智及之而不能守之”，不如说是利令智昏更符合实际。沉潜于历史，班固不失为一个清醒的评判者，认识到官位、权势、利禄是一柄锋利的双刃剑，既能给人带来无上的荣耀和心理上的满足，也能使之暴尸鲜血淋漓的刑场。然而，当他置身于现实之中，面对自己的灼灼才华与卑微的官位形成的巨大反差，极度不平衡的心理自然无法抵御官位、权势和利禄发出的迷人微笑。当依附窦氏可以达到他向往的目标时，他大概觉得冒一点险是值得的，作为窦氏幕中人，班固不会不知道骄横奢糜的窦氏集团有一朝覆灭的危险，但揆诸当时情势，他又认为这种危险还不至于马上到来。其时，和帝不过是10多岁的孩子，窦宪的妹妹正稳稳地坐在皇太后的位子上主持朝政，窦氏父子兄弟、姻亲故旧布列朝廷内外，窃居要津，还有谁能在这一权势集团的掌心中掀起风浪呢！随着班固在窦氏集团中地位的巩固与提高，他及其家族也水涨船高地品尝到权力的甜果。陶醉在权势利禄中的班固此时已经失去了正常判断形势、权衡利害的理智，他没有想到，他搭上的窦宪集团已经是一只危机四伏的航船。事实上，窦氏集团在专擅自恣，肆无忌惮地攫取不容分割的皇权的时候，它就随时会受到来自这个权力主人的报复。和帝纵然年轻，但也不会长期容忍异己者对属于自己权力的占夺。而且，他身边的宦官们肯定会告诉他，只要运作得当，他享有的形式上至尊的地位就可以制窦氏集团于死命。当宦官与和帝策划的夺回权力的密谋突然展现在班固面前时，他发现窦氏集团、包括他自己，已经成为任人宰割的羔羊，官位、权势和利禄顿时都化作缕缕清烟随风而逝。此时的班固尽管猛然清醒，但再想回到兰台令史的位子上清贫地生活，寂寞地从事对于历史和现实的思索已经不可得了。
看来，古人宣扬的“思不出其位”的明哲保身信条并非全无道理。班固的才具不过是一个兰台令史而已，他在这个位子上也把自己的聪明才智发挥到淋漓尽致的程度。可悲的是，班固不安其位，既缺乏自知之明，也缺乏知人之明。他的超越定位的努力带来的是杀身之祸，最后，不管他愿意与否，他也必须饮下自己酿造的苦酒。联想班固对司马迁“不能以智免极刑”的讥评，真不禁使人发出“后人哀之而不能鉴之，亦使后人而复哀后人也”的浩叹了。
