在父亲身边，郑成功每天都坚持读书习武，以待将来能够实现自己的远大抱负。然而，当时的明王朝已经处于风雨飘摇之中。当时的朝政已经到了腐败透顶的程度，随时都有灭亡的可能。这些形势，郑成功都真真切切地看在眼里。
当时，朝廷中的皇室、贵族、大官僚为了满足自己的穷奢极欲的享受，全然不顾天下黎民百姓的死活，不但没有减轻税赋徭役，反而增加了名目繁多的苛捐杂税，皇族、大官僚、大地主乘机疯狂兼并土地，致使大批农民破产流亡。这些苦难，崇祯皇帝却视而不见。他还向全国派出大批宦官，充当矿监税使，横行各地，似虎如狼，肆意敲索民财，以致荼毒生灵。这些宦官的权力越来越大。他们不仅对劳动者残暴压榨，对城乡有产者也进行搜刮，在全国造成了“如沸鼎同煎，无一片安乐之地，贫富尽倾，农商交困”的局面。到处都是饿殍遍野，白骨累累的景象。这些暴政激起了大小不下数百起的政治暴动和民变。
时局是如此严峻地摆在人们面前，尤其对于矢志不渝效忠大明王室的那些留守在位的重臣来说，如果不甘心自己一派及其所代表的士民身家性命被这场席卷而来的龙卷风摧毁，就必须设法在江南这片富庶的土地上，切实有效地建立起一个能与强大的李自成的农民军相抗衡的新政权。要建立这个新政权便必须在朱姓的皇族中物色一个能掌握时局的新皇帝。
三月的时候，天气变得和煦。金色的阳光从蓝天上直射下来，桃红柳绿相互掩映。被赞誉为六朝金粉之地的南京城，总是在这个时候开始了它一年当中最为欢乐迷人的游玩季节。要是在往年，秦淮河上定然已经浮游着许多官船画舫。而冷落了一个冬天的茶馆酒楼，也定然忙着重整旗鼓，笑容可掬地迎来送往着五湖四海的游客。可是如今，因北京吃紧，李自成农民军兵临城下的骇人消息已经在民间四处流传，致使整座城市处于戒严状态；尽管市井照旧开门营业，黎民百姓也照旧在为生计奔波，可是，以往人们脸上那种悠然自适的神情消失了。一向车水马龙的繁华市井，不知怎的一下子就完全变了样，变得寂静而冷落。哪怕是碧波粼粼的秦淮河如今也失却了往日的热闹和温馨。取而代之的倒是一批又一批全副武装的士兵，不时地在街道上吆喝横行，平添了一派紧张和恐怖的气氛。
然而，即使在这样的恐怖之中，也不乏正义之士和为民请命的志士，这其中最著名的就是东林党人。东林党是江南士大夫代表中小地主阶级利益组成的政治集团，他们要求撤除祸国殃民的矿监税使，反对横征暴敛，遭到阉党的残酷迫害，很多才识卓著，深孚众望的东林党人，都死在了明末的特务组织——“东厂、锦衣卫”的手里。但是，东林党人并没有被吓倒，而是联合了更多的人来与这些阉党作斗争。
1627年，爆发了农民大起义并且很快就达到了高潮。其中以李自成、张献忠的势力和规模最大。1640年，闯王李自成的队伍已壮大到数十万人。1643年，他在西安建国号大顺，第二年，他率主力北上，兵临北京城下，明崇祯皇帝朱由检见末日已到，最终于三月十八日在煤山（即景山）自缢，明王朝灭亡。
随后，李自成杀入皇宫。然而，李自成的农民起义军未能牢牢把握浴血奋战多年得来的胜利果实，推翻明王朝刚刚取得胜利之后，就匆匆收场了。为什么会这样呢？当时的农民领袖中很多人被胜利冲昏了头脑，以为天下就此太平，丧失敌情观念，他们以为杀死了皇帝和那些大官就取得了最后的胜利，却不知道大地主阶级并不甘心失败。明王朝灭亡后，他们勾结东北以满洲贵族为中心的清朝势力，联兵向农民军反扑。明驻山海关总兵吴三桂降清，引清兵入关，杀向北京。李自成于四月十九日仓促出征应敌，二十六日大败而归，被迫离京南下。而此时的清军乘机占据了北京城，攫取了农民军起义的胜利果实，使得农民军数年来的胜利成果毁于一旦，并且在进入北京城之后，建立起了清朝。
清朝建立后，对广大的汉人实行了残酷的统治和奴役。尤其是在清初，带有浓厚的狭隘种族统治的色彩，对广大汉族人民和其他少数民族实行残酷的民族压迫。他们以征服者自居，入京后就命令将北京居民半数驱逐出城，以便驻屯八旗兵；同时命令在京城近郊开辟牧马场，饲养战马，强占了百姓的大片良田沃野。
随后，清军又强迫推行“圈地”命令，任意圈占大片汉人土地分给来京的八旗军眷属和其他满族人，连汉族人民的田产庐舍也无代价地变成满人产业，很多汉人也沦为八旗奴仆。清朝统治者还不顾汉民族的风俗习惯，强迫推行“剃发”令。清军所到之处无不烧杀抢掠，全国顿时陷入到一片混乱之中。
虽然清军占领了北京，但是明朝皇室的后裔依然占据了南方大部分地区。江南和由北京南下的大地主、官僚便策划建立明室新政权，以维护他们的阶级利益。以马士英、刘孔昭为首的大地主、宦党官僚和地方实力派主张拥立明神宗朱翊钧之孙福王朱由崧；以史可法、姜目广为首的代表中小地主阶级利益的官僚和东林党人主张拥立潞王朱常淓。尽管到了生死存亡的时刻，这两个政权还是为了各自的利益斗来斗去，最后以福王掌握兵权实力而取胜。明崇祯十七年（1644）五月，福王朱由崧在南京即位，年号弘光，成为南明的第一个政权。福王昏庸无能，终日沉湎在笙歌酒色之中，即位后大修宫殿，征歌梨园，后宫女子数以千计，过着荒淫无耻的生活。
此时的皇室后裔中，已经几乎没有什么希望了。福王虽然即位，但是毫无政绩。面临危亡之际，在朝堂之上，依然是党争激烈。马士英入阁为相后，把持朝政，起用阉党阮大铖，任用私人奸小，排斥忠良，大肆卖官鬻爵，贪赃枉法，利之所在，趋之若鹜，即使是毫无才识的白丁，只要肯出钱买官就可位至将帅，所以当时有“扫进江南钱，填塞马家口”，“官职贱如狗，都督满街走”的民谣。同时，享誉江南，深孚众望，坚决主张抗清的史可法却被马士英等人排挤出京，督师扬州。
朱由崧即位之后，见郑芝龙兵财两盛，派陈谦到福建封他为南安伯，擢升福建总兵，并调他的兵将6000人到南京来拱卫京师。郑芝龙命郑成功随兵入都，到文物昌盛龙盘虎踞的石头城来读书，以广见闻。郑成功到达南京后，就读于国子监，成为太学生。不久，郑成功参加了一年一度的贡生考试，榜上有名，并以贡生资格进夫子庙读书深造。夫子庙是南京最高学府。国子监便设在此。郑成功一走进夫子庙便叩拜大成至圣先师孔子灵位。这是当时所有读书人尊孔的一种仪式。拜了孔子就是儒家的信徒。郑成功专心致志读书，学业精进，很快成为莘莘学子中的佼佼者。郑氏家族中读书人不多，中了举人的唯独郑成功一人。
南京此时已是政治经济的中心，时局变幻莫测。读书人莫不敏感，尤其郑成功表现突出。他目睹了各种各样的人和事，经历过明清两朝的生死搏斗，亲身体验了清军的残暴，清军兵马所到之处，莫不鸡飞狗跳。
当时，郑成功最佩服的是史可法。史可法效忠明朝宁死不屈，英才忠义都是有口皆碑的。他对郑成功的成长和政治倾向都有一定影响。在民族危亡之际，东林复社所倡导的忠君爱国，坚守气节，杀身成仁的精神，“冷风热血，洗涤乾坤”的号召，对热血青年郑成功有很强的感染力。在东林师友的影响下，郑成功对明末阉党专权，迫害忠良，君臣误国的作为极为不满，并且做诗对明末的弊政和重大失误，做了尖锐的批评：“元首何昏昏兮，股肱不良；庶事之丛脞，安得黎庶之安康。”
这首诗是说，君主昏聩，臣子奸佞，时事艰难，百姓如何能安居乐业？同时抒发了自己尽忠报国的心怀：“将区区之愚忠直兮，同心同德赋同仇。”
1645年的春天，当弘光政权还在醉生梦死的时候，清军大举南下，明将许定国投降清军，淮河防线顿时崩溃。同时，驻兵武昌与东林党有旧谊的大将左良玉，以“清君侧”为东林复仇为名，起兵东下，进军南京。专擅朝政的奸党马士英、阮大铖为抵抗左良玉，急由抗清前线调回黄得功、刘良佐两部兵将进行内战，声称宁可让清兵来，也不使左良玉得志。左良玉在东下途中病死，其子率大军降清，清兵实力更为雄厚，兵锋直逼屏障南京的江北重镇扬州。督师扬州的史可法困守孤城，调受其节制的各镇兵将前来增援，却无人应命。
史可法抱着与城共存亡的决心，率亲军4000人苦守扬州。4月15日，清军环逼城下，清将多铎五次写信给史可法劝降，史可法均不启封，将信投入火中，以示抵抗到底决不屈服的决心。4月25日，扬州城破，史可法被俘。多铎再次劝降，他大义凛然地说：“我是明朝的重臣，岂肯苟且偷生，头可断，志不可屈！城亡我亡，我志已定，即使碎尸万段也心甘情愿。”他慷慨就义，表现了中华民族宁死不屈的气节。清兵入城后，对扬州进行了残酷的烧杀淫掠，血洗十日，死者十几万人。具有数百年历史、风物繁华的江北名城扬州成为一片废墟。扬州既失，江北失去依托，清军跃马挥鞭，直杀到长江边上，并趁夜色掩护，由京口渡江，直驱弘光政权的首都南京。此时，南京城中依然熙熙攘攘，毫无备战气氛，秦淮河畔，时时传来箫笛笙歌，昏庸的弘光帝尚在后宫饮宴，酒酣耳热，马士英等权臣以及百官听说扬州陷落，赶忙收拾金银细软，准备四散逃亡。
此时的郑成功思想已渐渐成熟，并且也有了自己的眼光和看法。同时他也亲眼看见了弘光政权的荒诞不稽，官吏腐败，民不聊生。这使青年郑成功痛心疾首。他愤然说：“官失苍生，如鸟失毛；鸟无毛，焉能长久乎？”又说：“掳掠无忌者，如立行之兽何异？”由此可见，青年郑成功有爱国爱民之心肠。对民族的危亡感慨系之。他在国子监读了两年半书，被乱世震撼了，再也无法读下去。是的，热血男儿，面对国难，向往的是沙场。可是，无奈他赤手空拳，有志不能报国。他很痛苦，毅然走出了夫子庙，立足留都，放眼乱世，一心等待风云际会，实现匡扶社稷的理想。这时的郑成功虽然只有18岁，却懂得了社会上许多事情，明悉了世间人际关系的复杂险恶。此后他奋发进取，努力跻身政界，与各阶层的人士有了很好的接触。
清顺治二年（1645）五月，清朝定国大将军、豫亲王多铎率领清兵打进南京，弘光政权灭亡。郑成功目睹国破民亡的悲惨景象，内心非常沉痛。于是，他决定先回到福建家乡，然后组织力量抗清。
弘光政权灭亡后，郑鸿逵、郑彩听说杭州城已经被清军占领，于是就率领全部兵马退回福建。巡抚张肯堂、巡按御史吴春枝、礼部尚书黄道周、南安伯郑芝龙等人，商议在福建拥立唐王朱聿键为监国，并于当年闰六月十五日，共奉唐王即位福州，建元为“隆武”，并设六部九卿，在福州上、下游各设四府。大量兵马集中在福州为总策应，以谋求反攻收复明朝故国。郑成功的父亲郑芝龙、叔父郑鸿逵都做了首辅。郑芝龙一家几个兄弟都受到隆武帝的封赐。当时福州一带早已是郑芝龙的势力范围，军政大权全集中在郑芝龙一人手里。明朝在江西、湖北、广东、广西、四川、云南等地的文臣武将听到隆武政权的建立，纷纷上表称臣，表示拥护。
