杜甫逃归凤翔，做了左拾遗的谏官没有多久，就卷入了一场朝廷的政治斗争中。他在这场政治斗争中受到打击，直接影响到了他的后半生。
安史之乱中，时任宰相的房琯因指挥不当，在陈陶、青坂两次大的战役中，几乎全军覆灭，因此引来了肃宗皇帝的震怒与问罪。况且，房琯在任期间，朝廷里的另一派官僚如贺兰进明、崔圆等，专门在个人利益上做打算，都与房琯结怨，在肃宗面前大肆说房琯的坏话。因此，房琯战败后，朝廷上下一片指责声音，都欲将宰相置之死地而后快。
杜甫认为，房琯年少即享有盛名，晚年成为一代醇儒，其道德修养是那些私心结胸的朝臣无法比拟的，况且此时正是朝廷用人之时，更应该凝聚人心。房琯战败，虽然应该承担一定的责任，但在这时要治房琯的罪，不利于当时的反攻形势。若是战败必治罪，那谁还肯为朝廷疆场卖力？为了调动辅佐之臣的积极性，不应该在这个时候惩戒堂堂一国之宰相。在这个时候惩戒战败疆场的一国之宰相，必然会使天下百姓产生忧虑，将士寒心，大大损伤国家的元气。
正是出于对国家的责任感与使命感，杜甫认为自己有责任直谏皇帝。杜甫在直谏前当然知道将所面临的巨大危险，也知道这次犯颜直谏成功的希望很渺茫。因为以杜甫这一个多月在朝廷的观察来看，唐肃宗对房琯已经产生了厌恶，而且更为重要的是，唐肃宗想把这两次战败的责任推卸给宰相，自己就不用承担任何领导责任。还有，房琯曾是唐玄宗的宠臣，一朝天子一朝臣，出于巩固自己政权的考虑，房琯也不适合再为宰相。有了这几个重要条件，杜甫明白进谏成功的希望很渺茫，弄不好会使自己陷入一场政治旋涡中而不能自拔。尽管如此，杜甫却依然打算犯颜直谏。
杜甫认为，作为一个臣子，如果不直言相谏，说出正义的声音，那么就是没有尽到对皇帝对国家的责任。因此，“宁鸣而死，不默而生”，即便是以死殉国，也是忠臣所为。杜甫要以直谏来试图改变君主的行为，来试图扭转国家的命运。这就必然使得杜甫与皇帝之间发生严重的冲突。
就在杜甫拜左拾遗的那一个月，他履行谏官职责，上疏救房琯。朝廷之上，他不顾众人的反对，站出来对唐肃宗说：
“陛下，臣以为此时不可轻言免相，若此时免相，则导致抗叛军心大乱，叛军气势会更加嚣张。助长敌军志气而灭我军之气势，此乃国家之不为也！”
“放肆！”肃宗对杜甫一声断喝，震动着朝廷上所有大臣的心。“你一个小小谏臣，知何军国大事！朕观你屡次为房琯辩护，是出于个人私心。来人，将杜甫押下去，重审，查清他是否为房琯一党？”
杜甫被两个着锦衣的卫兵拖出了朝堂。那两个卫兵夹着杜甫的胳膊，感觉这个老人好像没有身体重量似的，很轻松，朝廷里都是大腹便便的臣子。
肃宗令韦陟、崔光远、颜真卿等审讯杜甫。杜甫被关押在监狱中，一连很多天不能够与外界联系，每天只能听到狱吏的呵斥、皮鞭舞动的声音以及犯人的呻吟。没有一个人来看他！这使他感到分外的孤独。过去，他还将希望寄托在宰相房琯身上，希望他能光复国土，中兴大唐。现在由于肃宗的固执己见，宰相遭到贬谪，使他的愿望即将付之东流。
幸好审讯的都是几个忠臣，非常同情杜甫的遭遇。审讯后，韦陟向肃宗说杜甫的言辞虽然狂妄，但不失谏臣的体统，肃宗对韦陟也表示不满，要人重新审讯杜甫，并准备杀了他。这时，宰相张镐说：
“臣以为杜甫确实忠心耿耿，作为谏臣，他谏得尽管有错，但他尽到了为臣的义务，尽到了对国家的责任，况且，他当初从长安逃脱贼人之手，历尽千辛万苦来投奔凤翔，投奔于陛下，其忠心如日月可鉴。陛下不应怀疑他！”
肃宗想到杜甫曾经千辛万苦地逃脱敌人，回归自己旗下，听了宰相之言，也有些感动，便说：
“好吧，放了他吧，只是朕现在不想再见他！”
幸有张镐营救，杜甫才在这一年的六月一日宣告无罪。但肃宗没有放过杜甫，他认为杜甫是一个令人不愉快的人物，于是命令杜甫离开凤翔，回家探视妻子。杜甫这一次仅仅三个多月的政治生涯宣告失败。
君主大抵都是很自以为是的，所以要改变他们的意志比登天还难。唐太宗与魏征，堪称中国古代君臣合作的光辉典范，原因在于唐太宗有明君风范，敢于纳谏。但即使这样的千古明君，有时候对魏征在朝堂上直谏也很恼火，认为没有给君主面子，曾扬言要杀了魏征，可见其固有的帝王孤傲、自负、惟我独尊的心理也是很难以克服的。唐肃宗远远比不上英明的唐太宗，所以杜甫的命运也就再正常不过了。
本来，谏臣是封建统治集团为维护政权，保证国家长治久安的产物。谏臣的责任是对君主提出批评性或建设性的意见，使统治者的决策尽可能具有合理性。先秦时代，人们就意识到国之兴亡与君王能否纳谏有密切关系。唐代谏职最多，设有左右散骑常侍、左右谏议大夫、左右补阙、左右拾遗等职。可惜的是，谏官的设置虽有其合法性，谏官的谏诤却并没有法律效力，至高无上的君王想听则听，不想听则不听。进谏者的命运大多是可悲的，除非遇上了明君。
杜甫有些背运，碰上的是肃宗，而不是虚怀若谷的太宗，所以他遭到了惨败。尽管如此，他对君王应纳谏和谏臣的言责仍持肯定态度。“虽乏谏诤姿，恐君有遗失”。说得多么恳切，他并未因直谏受到打击而放弃责任。“九重思谏诤，八极念怀柔。”这也是他的希望。其实，杜甫从自己的遭遇中已知道肃宗等人是不大喜欢逆耳之言的，但他认为纳谏是德治的一个重要内容，谏诤和纳谏可以给国家带来福音：“刺规多谏诤，端拱自光辉。”要实现德治，作为官员，就应勇于谏诤，不怕牺牲自己。
关于杜甫为房琯辩护一案，杜甫个人亦多在诗或文中表明其心迹。他为救房琯而贬官，欲效仿屈贾的行为而不得，恨自己不能以死来表白自己的忠谏之心。上元元年（760年），杜甫在《建都十二韵》中说：“牵裾恨不死，漏网辱殊恩。永负汉庭哭，遥怜湘水魂。”
