魏晋南北朝时期，佛教的进一步发展壮大和道教的逐渐成熟作为两种不同的思想文化和信仰体系，为传统文化增添了新的、丰富的内容。与佛道的发展相比较，东汉末年以来，儒家名教伦理观念趋向衰微，传统经学逐渐失势。在佛教的空前发展和道教日趋成熟的挑战面前，儒术独尊的局面也难以继续维持了，因此思想界内也像分裂的社会局势一样，产生了儒、释、道三教并立、互相排斥而又逐渐融合的复杂局面。
魏晋南北朝时期儒、释、道的碰撞是这三种思想文化的初次交锋，略显稚嫩的佛、道二教，因为儒学暂趋式微，而在某种程度上显示出了各自的活力和思想文化影响力，它们相互排斥，又相互渗透和吸收，以传统的、曾被封为独尊的儒学文化为轴心，在冲突中力图保持自己的独特性，却又无法违背文化发展的规律，因而逐渐地相互吸收而走向了谐调发展，从而也奠定了以后一千多年封建文化以儒为主，释、道为辅的基本格局。
■冲突
魏晋儒、释、道三教的相互排斥中，佛教作为一种相对陌生的外来宗教文化，它与儒、道两种中国本土发展起来的文化之间的冲突是首当其冲的；而佛、道作为两种不同的宗教，也免不了为赢得统治者的支持和争夺思想文化阵地而互相攻击；曾经根深蒂固的儒学虽然处于式微状态，但它也绝不容佛、道二教对其作为统治思想的独特地位构成威胁。因此三者的冲突从一开始就是比较复杂的，而其中，佛教与儒家的冲突尤为激烈。
作为儒、释、道三教的初次交锋，因为佛教作为外来文化而引起的夷夏之争、因佛教徒出家修行而引起的宗法伦理之争、因佛道等宗教发展而引起的危国论等，是此时三教争论的主要问题。南朝刘宋道士顾欢专门写了《夷夏论》、南齐道士作《三破论》。前者认为华夷之俗有别，道教适用于中原华夏地区，而佛教则是夷邦宗教，以此反对佛教的发展；后者攻击佛教入国破国、入家破家、入身破身，从而使争论达到高潮。对此，佛教徒又纷纷出来进行辩护，以慧远为代表的佛教高僧也从佛教教义教理的角度出发，认为佛教“内乖天属之重而不违其孝，外阙奉主之恭而不失其敬”，使这种争论有所缓和。
与夷夏之争相联系，由于佛教主张出家，放弃尘缘而追逐来世，放弃人伦而弃绝婚姻，因此引起了儒家以“忠孝礼仪”为内容的批评，认为佛教离弃亲人，不讲孝道；剃发绝嗣，违背人伦。对此，佛教徒也进行了各种辩解，认为佛教也讲求“父慈子孝，兄爱弟敬，夫和妻柔，备有六睦之美”，出家修行是“弃小孝而尽大孝”，并不是无情无义、不忠不孝。
关于宗教发展是对国家有利还是有害的争论，主要是针对佛教，但也旁及道教，对魏晋南北朝时期的分裂政权也产生了很大的影响。南朝梁时的荀济甚至认为佛教是三百年动乱的祸根。与此相反，佛教徒则竭力证明佛教有助王化、劝佐礼教。
总体上，儒、释、道三教之间的争论也颇受统治者关注，北魏太武帝指责佛教是胡教，有碍礼义；北周武帝则认为“佛经外国之法，此国不须”，因此有北魏太武帝、北周武帝等的大规模灭佛事件。但是南朝宋文帝、梁武帝等则极力尊崇佛教，为佛教做辩护，大力支持佛教的发展。
■融合
魏晋南北朝时期，虽然儒学式微，佛道并盛，但是儒家思想作为统治思想的影响力依然不可轻视，士大夫们的宗法伦理观念依然非常强烈，因此儒、释、道三教之间的交锋非常突出，而儒学伦理与佛教的冲突尤为激烈。这一方面说明佛道教已经成为了社会思想文化中的重要组成部分，另一方面则说明，儒家伦理及其夷夏观念依然是社会思想文化的核心。佛、道教的迅速发展和传播对儒家纲常伦理的地位提出了挑战，而佛、道二教为了发展，也不得不顺应作为本位的儒学伦理而作适当的改变，因而冲突也便促进了三种思想文化之间的融合。
在相互斗争的过程中，文人学者和各教信徒都对对方的思想做了一定的分析研究。佛教和道教作为一种外来的和新兴的宗教，首先面临着在社会上求得生存和发展的问题，如果不依靠统治者，得不到统治集团的支持，佛、道二教是很难获得发展的。而为了能引起统治者的兴趣，得到他们的支持，他们又不得不对教义教理做一些符合统治者要求的解释。因而佛、道二教在很大程度上吸收附会了儒学伦理纲常的一些内容，三教之间因而由对立而逐渐趋于融合。
东晋时期著名僧人慧远认为，佛教为内在修养，儒学为外在王治。北周武帝灭佛前，在统治政策上奉行“以儒教为先，道教为次，佛教为后”的原则，推行的是一种多种思想并行政策。谢灵运著《辩宗论》，用以折中佛与儒，沈约著《均圣论》阐述“内圣外圣，义均理一”的道理。佛道为了赢得统治者的信任和支持，普遍采取了一种佛、道教理与儒家学说“殊途同归”的附会方式，用以说明佛教和道教也是有利于维护统治的。
事实上，作为三种不同的思想文化，新起的道教和佛教对当时的王公大臣、名士学者都产生了不同程度的影响，不少人三教或二教兼修，并无教门严格界限。梁武帝三教皆精，其佛、儒论著，洋洋大观。陈代大儒张讥的学说，同时为儒、佛、道信徒所传承。总之，虽然有的皇帝宠信道教，而有的皇帝则偏爱佛教，还有的皇帝大力排佛灭道，但从总体上看，在保持儒学正统地位的条件下兼容佛、道的做法是魏晋南北朝时期思想文化的主流。
