早在1943年，李约瑟援华期间，他就曾受命英国政府调查日军在侵华战争中使用细菌武器的问题。日军在侵华战争中，不仅实行惨绝人寰的“杀光、抢光、烧光”的“三光”政策，而且不顾日内瓦协定禁止使用细菌武器的规定，丧心病狂地实施细菌战。1942年，在中方的呼吁和要求下，英国政府委任专门代表团进行调查。在1940年到1942年间，日本在中国至少5次投送了细菌武器，尤其是1941年，日军在常德20多处空投了带有鼠疫杆菌的米麦、纸片、棉块等物，使常德等地700多人得了鼠疫而死亡。1944年初李约瑟向英国政府递交的调查报告中指出：以往常德地区从未流行过鼠疫这样的传染病，而在中国其他地区传染病盛行的时候，也只有湖南的常德地区和中国中部没有遭到这样的烈性传染病流行。由此，调查人员经过细菌培养试验和动物注射试验。结果证明日军使用细菌战是确之凿凿的。
那时候，李约瑟就表现了一个科学家的正直和不阿。
这以后，李约瑟越来越深刻地意识到：科学不仅仅能够给人类带来繁荣昌盛，当它被法西斯、强权者们利用，便会对人类造成极大的危害。“科学）在澄清和区分人类各种重要的经验方面起了好的作用，但也给居心不良的人，提供了利用现代科学的伟大发明从事危害人类活动的机会，这却是十分糟糕和危险的。科学必须与宗教、哲学、历史及美学经验共存，把科学孤立起来可能导致大的灾难”。
1952年，李约瑟又一次在最需要的时候，克服种种阻力，站在中国一边，站在正义的一边，以他严谨的调查得出了公正的结论，以行动鼓舞了中国人民。
1950年6月，朝鲜战争爆发。27日，联合国决定武力制裁北朝鲜，要求联合国共同支援南朝鲜作战。同一天，美国总统杜鲁门下令，美国海空军支持南朝鲜，同时侵占我国领土台湾。更令人瞠目结舌的是，安理会竟于7月7日通过决议，授权美国统率英、法、澳等16国联合入侵朝鲜，朝鲜半岛就此烽烟四起。大兵压境，北朝鲜向中国求救，“唇亡齿寒”，联合国此举志不在小，不仅仅是简单地对朝战争，对朝鲜的近邻中国也图谋不轨。这是帝国主义对社会主义的一场挑战。因此，建国不久的新中国在共产党毛主席的领导下，志愿兵们“雄赴赴，气昂昂，跨过鸭绿江”出兵朝鲜，粉碎了美帝的阴谋。在朝鲜战场上，给美军以重创。美军的飞机大炮不成，便疯狂地使用了细菌武器。不仅在朝鲜领土上空投细菌携带品，而且在中国东北滥轰滥炸，并投掷大量载有细菌的昆虫，残杀中、朝人民，企图延长并扩大战争，挽回败局。
有鉴于此，中、朝政府分别于1952年2月、3月发表严正声明，抗议美国细菌战罪行。3月29日，世界和平理事会执行局特别会议，在奥斯陆举行，中心议题是揭露美国进行细菌战。中国人民保卫世界和平委员会主席郭沫若、中国科学院近代物理研究所所长兼中国人民保卫世界和平委员会委员钱三强等出席了会议。
郭沫若向执行局委员会与会代表提供了大量有关美国进行细菌战的证据和资料，并声明：中朝两国政府认为红十字国际委员会不能充分摆脱政治偏见，以进行现场的公正调查。两国政府希望邀请一个由公正而独立的科学家所组成的国际团体，到中国亲身调查控诉所依据的事实。不论他们与争取和平的机构有无关系，但他们当然是以献身于人道事业而知名的人士。这个团体的任务是证实或否定这些控诉。
然而，事情并非如此简单。在大会上，美国代表对其使用细菌武器竭力否认，许多代表情况也复杂，因此很难统一意见。在这种情况下，郭沫若在会上据理力争。除此之外，他还在会下进行了大量工作。细菌武器的毁灭性、以及由此带来的科学及人类的悲观前景、科学家的正义感，终于打动了一些代表，尤其是世界和平事理会执行局主席约里奥·居里。他（专门为中国代表）在一次会议上申明了自己的看法：“理事会支持不支持被侵略的朝鲜和中国的要求，是关系到世界和平理事会存亡的问题。若不能主持正义，还有什么理由让世界和平理事会存在下去！”在他的支持下，会议通过了组织“调查在朝鲜和中国的细菌战事实国际科学委员会”的决议。中朝人民终于取得了胜利！
在此前后，国际科学界也对这起事件颇为关注。他们纷纷谴责美国的做法，要求美国科学界、医学界对此表明态度。细菌武器已成为过街老鼠，科学界对中朝人民伸出援助之手，真所谓“得道多助，失道寡助”！
奥斯陆会议后，钱三强便留在布拉格，开始进行国际科学委员会的组织邀请事宜，他与约里奥·居里一致认为，国际科学委员会的成员一定要由有权威的著名科学家组成。世界和平理事会执行局邀请了相当数量的欧洲、南美洲和印度的科学家，在他们初步接受邀请后，钱三强即以中国科学院院长兼中国人民保卫世界和平委员会主席郭沫若的名义向他们发出请柬。
这些科学家中大部分没有接受邀请，其原因有些是因为相信美国使用细菌战的事实没有必要再去调查，有些是受到解雇的威胁怕步约里奥·居里的后尘。约里奥·居里因为在奥斯陆会议上主持正义，会后先是被法国政府撤消了原子能总署高级专员的职务，后来又在联合国中遭到许多人的攻击和污辱。
在这种情况下，作为被邀的18位英国科学家中的唯一应邀者，李约瑟克服了种种顾虑，在许多人的鼓励下来到中国。
6月下旬，国际科学委员会成员全部抵京。除李约瑟外，其他成员分别是：瑞典医学权威安德琳，法国动物生理学教授马戴尔，意大利人体解剖学教授欧利佛，巴西寄生物学教授贝索亚，苏联医学科学院副院长、曾任伯力军事法庭审讯日本细菌战犯的首席医学专家茹科夫——维勒斯尼科夫。
周恩来总理对国际科学委员会的工作十分重视，并指定廖承志负责这个委员会的一切接待工作，还包括到朝鲜和我国东北的调查，同时决定钱三强以联络员身份参加委员会的工作。
1945年7月10日晚，国际科学委员会的科学家们离开北京，到达沈阳。他们“认识到他们责任之重大，尽力摆脱先入三见，以最高度的客观态度，遵循他们所知道的最严格的科学原则，从事调查”。他们在东北进行了半个月的调查、研究，于7月26日启程赴朝鲜进行实地调查。他们受到了金日成将军的亲切接见。他们在枪林弹雨中，冒着生命危险进行多方调查。“经过了现场的调查，人证的询问，物证的科学检验，检验室中的复查，统计学上的研究”，严谨务实，细致入微！
在研究中，李约瑟惊奇地发现美国对细菌战早有预谋，他在答复关于美国细菌战各项问题的记者招待会上指出：
……日本确实在中国使用了细菌武器，在湖南常德等20多处撒布了鼠疫杆菌，有700多人患有这种传染病而死亡。现在西方某些国家又花了许多钱研究细菌战，他们研究运用喷雾的方式、空气传染的方法来撒布细菌，其中最主要的是美国，在很多文件中都可以证明这一点，除了喷雾的病菌外，美国现在所进行的细菌战与日本在第二次世界大战中使用跳蚤撒布鼠疫杆菌和其他传染病菌的方法，很有些相像。根据在伯力审讯时日本细菌战犯的口供，茹科夫——维勒斯尼科夫先生也证实美国进行细菌战的方法和日本相同，并且美国还收买了许多日本细菌战犯。
“细菌战的调查是一个很复杂的工作。我们虽然没有机会遇到一架美国飞机在我们眼前投下细菌武器，但是我们经过了现场的调查、人证的询问、物证的科学检验、检验室中的复查、统计学上的研究，便得到了充分的证据。我们会见了许多科学家以及目睹美国飞机投掷细菌武器的人们，这些科学家的论据有很高的科学性，经我们研究结果证明是正确的。人证大都是中国和朝鲜的纯朴的老百姓，他们都具有知之为知之、不知为不知的科学态度，他们提供的事实是可靠的，经过集中核对，结果也非常满意。此外，我们调查研究过程中，也弄明白了世界和平理事会从布拉格发出的文件所根据的科学材料和物质证据。这次国际科学委员会又进行了一次深入细致的调查，再一次有力地证明了美国进行了细菌战。”
科学委员会成员于8月6日由朝鲜回到沈阳。到8月下旬，李约瑟已打好了调查报告的初稿。8月底，他们终于完成了这项工作。8月31日下午，李约瑟及5位同事克服来自美国的重重阻力，在北京举行了鉴字仪式，在以法、英、俄、中四种文字精印并用火漆固封的报告书上庄严地签了名。
这份由李约瑟起草的报告书上指出：“委员会已得出下面的结论：朝鲜及中国东北的人民确已成为细菌武器的攻击目标……委员会是经过逻辑的步骤而后达到这些结论的。这种遭各国人民一致谴责的灭绝人性的手段，竟见诸施用，此为本委员会的委员们过去所不易置信；现在本委员会迫于事实，必须下这些结论……现在，全世界的人民都应加倍努力，使世界免遭战祸，并制止科学的发明被用来毁灭人类。”
李约瑟在谴责美帝国主义灭绝人性的同时，也对其打着联合国旗号欺骗世界，愚弄本国人民表示愤慨。李约瑟在询问美国空军战俘克尼斯时指出：“那些驾驶员已经对这种情况‘感到了厌倦’……我是说：我们对于自己不得不采用的方法彻头彻尾感到憎厌，但在这战事开始时就有许多关于联合国性质的宣传，关于集体安全以及诸如此类的种种宣传，西方国家只有少数的人——如果不是少数人至少绝不是每个人都识破这种宣传，认识到事情的所有其他方面。所以我们要问的是——我不知是否已经说清楚了——真的只有极少数甚至没有现役军人被那宣传所欺，真正感觉到所有联合国的宣传实在是一件侵略的外衣，非亚洲国家支配亚洲的外衣……”
在国际科学委员会公布调查报告的前后，国际民主法律工作者协会调查团在调查之后，也发表声明，向全世界宣布美国军队确实进行了细菌战。另外一些国际团体经过调查，也发表声明证明这个事实。北京举行的“美国政府细菌战罪行展览会”也使大批国际知名人士感到极端愤慨。自此，全世界掀起一场轰轰烈烈地声讨美国政府使用细菌战的罪行，引起全世界人民对科学的消极作用的注意。
这种思想，李约瑟在审讯美国空军战俘时曾清楚地表达过。战俘奥尼尔原在美国新奥尔良城士仑大学研究院研究化学，李约瑟审讯完奥尼尔后，发表谈话对战争中科学、战争、文化的相互背离表示忧虑。他说：“他原来是一个科学家，我们希望他将来还是一个科学家……最使我感兴趣的是奥尼尔先生所讲到社会上对一种新式罪行的感觉。这是因为我对于这盲目滥施屠杀的战争武器的问题想过很久。我想大家都知道，这也不是今昔作战的不同处，在昔日兵士们成群拿着枪刀一块儿作战，可是今日这些兵士只须按一下开关就放出一些东西，丝毫不知道那是什么东西，或谁会因它而受到祸害，更不知有千千万万的人会因他按一下开关而受到祸害。按开关的战争的确是新鲜的东西，它对文化确是一种打击，我们可以想到奥尼尔先生在不得不做这种事时的一种心理和情绪上的焦虑和痛苦。（我个人曾想得不少，可是从来没）……我也从未想到要我来做宣读赦罪书的事情，也许事实不是如此，因为我想在这里宣告赦罪已经由奥尼尔先生自己完成了，他已经坚决地把他所知道的事实与他的信念都向我们说出来了，用他和我们以及一切有关人士所必须作的行动是可以拯救世界的。”
我们不用说李约瑟雪中送炭给中国人民巨大的支持，不用说李约瑟在调查中所作的巨大努力及其谨严的成就，仅仅是他能够顶风破浪参加调查，就表现出一位科学家的正义感和良知。
通过这次调查，更加深了李约瑟的这样一种信念，那就是，科学、宗教、历史、哲学和艺术创造是人类认识宇宙的五种经验形式，如果谁对这个或那个方面缺乏见识，他就他一贯对有些著名科学家表示没有时间去考虑社会和政治问题，认为要求他们以科学家的身份去向同胞们发言是毫无道理的做法，十分反感。战争中细菌武器的使用，广岛、长崎蘑菇云的升起，充分证明科学并不独立，它总是和社会政治生活密不可分。李约瑟认为，科学家具有科学的世界观，因此他们对公众负有一种特殊的责任，是其他任何公民所担负不了的。因此，希望他们在研究当代世界其他方面的问题的同时，也研究由于亚洲民族复兴所引起的一系列问题。如果他们认识到，为了要实现世界和平，必须将现代科学技术普及于全人类，希望他们直言不讳，并向他的同胞们说明这个问题将产生什么样的后果。
在调查细菌战回国之后，李约瑟及其他正直的科学家们均受到不同程度的攻击，他们被斥为“不忠于使用细菌武器的集团”。英国坎特伯雷教长约翰逊博士在中国看了“美国政府细菌战罪行展览会”之后，因回国揭露美国的细菌战罪行，被政府报纸诽谤和污蔑，他被提议解除教长终身职务，甚至几乎因“叛国罪”遭审讯。李约瑟也不例外，在剑桥倍受冷遇，他甚至被列入了美国国务院的黑名单。此后许多年，他去美国讲学也困难重重，但李约瑟从未后悔过！即使成为“少数派”，他也坚持自己的主张：
科学、宗教、历史、哲学和艺术创造是人类认识宇宙的五种经验形式，如果谁对这个或那个方面缺乏见识，他就不能算作一个完美的人。同样，如果人类社会的发展不能将这五者结合起来，那也是不完美的；尤其是科学的发展如果脱离社会伦理的制约，便会对人类带来灾难，科学必须与宗教、哲学、历史与美学经验共存！
