细读胡适的原文和李大钊的驳论，不难发现，两人其实是各说各话，谈论的并不完全是同一个问题。胡适从来没有说不谈主义，李大钊也从来没有说不研究问题。胡适是从认识论的角度去谈主义与问题的关系；而李大钊则谈如何运用主义去解决现实问题。
胡、李辩论时，陈独秀仍在狱中，无缘参与，但他出狱后，写了一篇题为《主义与努力》的短文，表明立场，一方面肯定了胡适的“一点一滴改造”论，但另一方面又把“主张办实事不要谈主义”的人，称为“妄人”，措辞相当尖刻。让人很容易联想到不久前的这场争论。陈独秀写道：
我看见有许多青年只是把主义挂在口上不去做实际的努力，因此我曾说：“我们改造社会是要在实际上把他的弊病一点一滴一桩一件一层一层渐渐的消灭去，不是用一个根本改造底方法，能够叫他立时消灭的。”又曾说：“无论在何制度之下，人类底幸福，社会底文明，都是一点一滴地努力创造出来的，不是像魔术师画符一般把制度改了，那文明和幸福就会从天上落下来。”这些话本是专为空谈主义不去努力实行的人而发的，譬如船夫只定方向不努力，船如何行得，如何达到方向所在。
但现在有一班妄人误会了我的意思，主张办实事不要谈什么主义，什么制度。主义制度好比行船底方向，行船不定方向，若一味盲目的努力，向前碰在礁石上，向后退回原路去都是不可知的。
我敢说，改造社会和行船一样，定方向与努力二者缺一不可。陈独秀《主义与努力》。《独秀文存》，安徽人民出版社，1987年版。
胡适成了风箱里的老鼠，两头受气。由胡适编的《新青年》六卷四号，开卷第一篇，是他撰写的《实验主义》一文。而李大钊编的六卷五号，则为“马克思研究专号”。这又被人解读为马克思主义与非马克思主义意识形态斗争，一场“短兵相接，尖锐交锋”。
以前赞成“不谈政治”的人，现在批评胡适谈政治是“变节”了。胡适很郁闷地说：“我的政论的‘导言’虽然出来了，我始终没有做到‘本文’的机会！我的导言引起了无数的抗议：北方的社会主义者驳我，南方的无政府主义者痛骂我。”胡适《我的歧路》。《胡适文集》（三），北京大学出版社，1998年版。甚至连和胡适同住一屋的高一涵，后来也说胡适的文章是“反动宣言，向当时反动透顶的段政府投降”。高一涵《李大钊同志护送陈独秀出险》。《文史资料选辑》第61辑，1963年。
其实，学问上互相辩难，是蔡元培时代的北大校风，亦为新文化运动题中应有之义，大家早就习以为常，胡适大谈实验主义，说明他并不排斥“主义”；而李大钊编的“马克思研究专号”，也不乏批评马克思主义的文章，头版头条，便是顾孟余所写的《马克思学说》，对伯恩斯坦主义，颇有心慕笔追之意。这算什么真正的马克思主义呢？更遑论以马克思主义，与胡适的实验主义作斗争了。
胡适与李大钊的性格，都属于温和宽容类型的，李大钊是有名的好好先生，他们的争论，并不足以影响两人的关系。尽管后来《新青年》出现分裂，胡、李二人在政治上分道扬镳，但友谊却没有受到多少影响。诚如李大钊后人回忆：“胡先生是父亲非常尊重的朋友，他们之间的情谊并没有因为这些分歧而中断。”李葆华《怀念父亲李大钊》。《我的父辈与北京大学》，北京大学出版社，2006年版。
真正把“问题与主义”的学理之争，提升到革命与反动意识形态之争的高度，成了胡适“向正在中国兴起与传播的马克思主义发起了攻击，向反动派表示他与陈（独秀）、李（大钊）并非一伙”的铁证，那是以后“革命斗争的需要”，与李大钊无干。
客观而论，说胡适在1919年就攻击马克思主义，实属莫须有。正如当初为了攻击林纾，硬把他与徐树铮捆绑一起一样，是论战时常用的战术之一，虽然不公正，但很有效。难怪胡适要叫屈：“我从未写过一篇批评马克思主义的文章！”《胡适口述自传》。华东师范大学出版社，1993年版。《新青年》编了六卷，没有被查封，《每周评论》由倾向马克思主义的陈独秀编了27期，也没有被查封，被反对马克思主义的胡适编了才10期，官方就来查封了，如果他与当局眉来眼去，何至于有这样的结果。
以前新青年同人也常有意见分歧，在双簧戏问题上，在世界语问题上，在旧戏曲问题上，每每发生争论，都没有影响他们并肩作战。但现在不同了，经过五四运动的洗礼，国家民族的救亡问题，骤然上升到第一位。文化的争论要让位于政治了。李大钊和胡适不想影响私谊，但时代要把他们拉开。
在新文化运动中风头无两的钱玄同、刘半农诸人，这时已是书剑俱老，渐渐退隐到舞台的边缘了。问题与主义之争，是新青年阵营最后一次，也是最重要的一次论战，但已听不到他们的声音了。他们的声音，已被五四青年的呐喊所淹没，不复一年前清脆响亮；他们的文章，亦不再像一年前那样，具有落笔惊风雨，诗成泣鬼神的锐气与魅力了。
胡适对“谈政治”心存戒惧，不是全无道理的。谈文化时，再怎么争论也可以做朋友，但一谈到政治，不是同志，就是仇敌；不为信徒，便为叛逆了。《每周评论》被封后，“问题与主义”的争论，不了了之。然而，这次争论最终被蒙上了浓厚的政治色彩，标志着新青年同人的合作，已到了“同行千里，终须一别”的时刻了。
在各方人士的奔走营救下，被拘禁三个多月的陈独秀，以胃病为由，经安徽同乡保释，9月16日出狱了。一班老朋友相见，悲喜交集，无限唏嘘。李大钊写了一首诗，贺陈独秀出狱：
你今出狱了，
我们很欢喜！
有许多的好青年，
已经实行了你那句言语：
出了研究室便入监狱，
出了监狱便入研究室。
他们都入了监狱，
监狱便成了研究室；
你便久住在监狱里，
也不须愁着孤寂没有伴侣。李大钊《欢迎独秀出狱》。《新青年》第6卷第6号，1919年11月1日。
当天，北大同学会召开欢迎会，欢迎陈独秀出狱。会议主席张国焘致欢迎辞：“我代表北大同学，热烈欢迎陈先生光荣出狱，并对陈先生狱中所受的迫害，表示深切的慰问。”陈独秀致答辞说：“此后无论是否在北大工作，都将和同学们一道与恶势力作斗争。”
北大评议会正式批准陈独秀辞去文科学长之职，聘为国史馆编纂。但陈独秀已不打算再回北大了。
由于五四运动，原本应该在5月出版的第六卷第五号，拖延至9月才面世。这是由李大钊负责编辑的“马克思研究专号”。10月5日，离中秋节还有三天，秋风渐紧，街上的茶馆开始撤凉棚砌火炉了；银杏树的叶子也开始片片飞扬。一班在京的新青年同人——陈独秀、胡适、钱玄同、刘半农、李大钊、沈尹默、周作人——在胡适家碰头，讨论《新青年》的编辑工作。鲁迅因为修理房子，没有出席。
他们已经很久没有这样坐在一起了。以后这样的机会，恐怕也不多了。据《陈独秀年谱》称，“由于《新青年》第六卷第五期的‘马克思主义研究号’集中刊登了一批宣传马克思主义的文章，引起胡适的恐慌和不满，胡在会前对沈尹默等人说：‘《新青年》由我一个人来编’，反对大家轮流编辑，再度想独揽编辑权。鲁迅对沈尹默说；‘你对适之讲，也不要你一人编。《新青年》是仲甫带来的，现在仍旧还给仲甫，让仲甫一人去编吧’。于是会议决定，《新青年》自第七卷第一号起，由陈独秀一人来编。”唐宝林、林茂生《陈独秀年谱》。上海人民出版社，1988年版。
据编撰者称，这项史料的来源，为沈尹默的谈话记录未刊稿。这篇谈话的背景是1950年代的中国正进行批判胡适的运动，大陆许多知识分子都忙于与胡适划清界限。沈尹默的谈话中的不实之词，则已被众多研究者的考据所证实。胡适指沈氏1950年代的批胡言论乃“通篇扯谎”。
姑勿论胡适对“马克思研究专号”，是否感到“恐慌和不满”，但他并没有提出过自己一人编《新青年》，这是可以肯定的。那天的会议最后决定，从12月1日的七卷一号起，《新青年》仍归陈独秀一人去编。很多人在写这段历史时，恒以胜利之语气宣称，这是挫败了胡适“篡夺《新青年》”的企图。其实，这恰恰是《新青年》最大的失败，最大的悲哀。当初《新青年》由陈独秀唱独角戏，几乎倒闭了，1918年1月改为轮流编辑制的同人刊物，才杀出了一条生路，现在又走回头路，改回陈独秀一人编了。这未必是一个吉兆。
这表明一度赫赫有名、战斗力甚强的新青年团队，已三衰而竭。沈尹默脱离了队伍；刘半农因为学历低，一直被其他人所轻视，已决心出国留学；胡适与陈独秀、李大钊在政治理念和办刊宗旨上的分歧，愈来愈大；钱玄同对新文学的兴趣，似乎也在渐渐消退。
作为《新青年》坚定盟友的《新潮》，因为学生们都搞学潮去了，一卷五号在5月1日出版后，二卷一号拖到10月才出版，第二号又不能按时出。傅斯年、俞平伯都在收拾行囊，准备到欧洲留学去了。
在经过五四运动这场风暴之后，各人似乎都出现了或多或少的变化，对未来也有了各自不同的期许，产生了若隐若现的隔阂。
11月10日，刘师培病逝。陈独秀主持丧事。在葬礼上，他对友人说：“校中现已形成派别，我的改组计划已经实现，我要离开北大了。”唐宝林、林茂生《陈独秀年谱》。上海人民出版社，1988年版。这是他第一次公开表示要离开北大。蔡元培希望他在北大开一门宋史课，他也拒绝了。他不仅想离开北大，而且想离开北京这个“臭虫窠”。
