三藩是指清平两王吴三挂、平南王尚之信、靖南下耿精忠。三藩的建立及其势力的养成，足清廷利用明朝降将平定及镇守南方的结果。清廷入关之后，因为八旗兵力不足，为了对付义军及南明政府的反抗，不得不依靠明朝的降官降将，使之充当前驱，从事招抚工作及武力镇压。在明朝降将中，以孔有德、耿仲明、尚可喜、吴二桂4人替清朝出力最大，所以均受封为王。他们所率领的军队成为八旗以外的重要武力，在入关后替清朝效尽犬马之劳。经过20年的斗争之后，坚决抗清的农民军失败了，南明的腐朽政权也垮了台。
达时清廷把八旗基本力鼠放置在北方，以保卫京师及驻防各重要城池，而南方就暂让给吴桂三等去镇夺。吴三桂驻云南，尚可喜驻广东，耿精忠（耿仲明之孙）驻福建，这样便形成了三藩。三藩之外，还有孔有德的势力存在。孔有德同农民军李定国作战，自杀于桂林，其子也为李定国所杀，所以无人袭封，仅有一女孔四贞嫁孙延龄，清廷即以孙延龄为将军代领其众，驻守桂林。
三藩之中，吴三桂的势力最大，也最为跋扈。其藩兵定制有53个佐领，一佐领有甲士200，系五丁出一甲，计有壮丁5万馀，此外又有绿旗兵1。2万人。这些军队都是其私属，将领皆其死党。其军事实力是极其雄厚的。兵数总计不下10余万。因此，清廷对之颇存顾忌，一直不敢过问，假以专制云、贵二省的一直大权。吴三桂欲世守云南，所以从各方面培植自己的势力，以求达到这个目的。其他尚、耿二藩想法也和吴三桂一样，其藩下兵各有15佐领，绿旗兵各有六七千，并且也是经商括财，强征市税，坐地称霸。
三藩各据一方，形成独立五国，其势力已严重威胁着清政权；三藩的存在，每年要消耗兵饷2000余万两，在经济上也成为清廷沉重的负担。因此，清廷不能不考虑撤藩的问题。
康熙十二年（1673年）春，撤藩的机会来了。这时尚可喜要求归老辽东，而欲使其子尚之信继续留镇广东。康熙帝抓住这个机会，即命其父子率属下兵丁家小同撤。吴三桂、耿精忠闻之，也奏请撤藩，目的在于试探清廷的态度。当时朝中大臣畏惧吴三桂的武力，多数人部不敢主张应允。而康熙帝则毅然作出决定，吴、耿二藩也一齐全撤。
撒藩之令既下，吴三桂首先于这年十一月造反，杀云南巡抚朱国治，自称“天下都招讨兵马大元帅”，蔷发，易衣冠，发布檄文，倡言“兴明讨虏”，称清皇帝为“满酋”。吴三桂想以恢复明朝作幌子，用以收拾人心，但其背叛明朝的行为早已昭昭于天下，所以恢复明朝的旗帜并不能骗人，不但得不到广大汉族人民的同情和支持，甚至连明朝尚存的遗老也无人出来理睬他。不过，吴三桂的发难，也鼓动起一个很大的反清浪潮。吴三桂军以破竹之势，山云、贵直冲湖南，长驱至岳州，湖南全省尽为其占有。吴三桂又分军犯四川，四川提督郑蛟麟、巡抚罗森、总兵谭宏及吴之茂均降，四川全省都被占领。至此，云南。贵州、湖南、四川四省尽入吴三桂之手。
当他以锐不可当之势占领湖南全省时，却立即收住了攻势，不再渡江前进，扩大占领地区，转而在湖南采取守势，沿江布置防御工事，与清军对峙，结果不能出湖南一步。因为吴三桂骚动的目标，即趋向在西北陕甘和东南闽浙，遂遣兵一部分由长沙犯江西，企图与耿精忠会合。一部分由四川犯陕西，企图与王辅臣会合。
这样一种打法，就给予康熙帝以调兵遣将、从容布置应付的机会。他看出主要的叛变者是吴三桂，所以所采取的对策是，坚决打击吴三桂，决不给予可以进行妥协讲和的机会，而对其他的叛变者则大开招抚之门，以此来分化敌人，从而孤立吴三桂。在这个方针之下，康熙帝把湖南作为军事进攻的重点，命勒尔锦等统领大兵至荆州、武昌，正面抵住吴三桂，并进击湖南，又命岳乐由江西赴长沙，以夹攻湖南。
康熙十五年（1676年），陕西的下辅臣和福建的耿精忠先后投降清朝。次年，广东的尚之信也投降干清。吴三桂局促于湖南一隅之地，外援日削，而清岳乐之军已由江两进围长沙，其失败之势已成。康熙十七年（1678年），吴三桂已起兵6载，年已67岁，为排除胸中苦闷，乃于这年三月在衡州称帝，立国号周，建元昭武，大封诸将。但这正是吴三桂穷蹙绝望的表现，不久即忧愤成疾，是年八月病死。
吴三桂一死，其势即土崩瓦解。清军得到吴三桂水师将领林兴珠的献策，击败吴应麟，攻下岳州。以后占据四川，进攻云贵，主要也是依赖汉将赵良栋、王进室、蔡毓荣、董卫国等的力量。康熙二十年冬，清军进入云贵省城，吴三桂之孙吴世藩自杀。历时8年，波及十数省的三藩之乱，终于被削平了。
平定三藩，清廷才真正在关内完成了统一，稳定了统治权，从此之后，才建够开始从事行政和财政经济的调整改革，然后致力于解决边疆问题。
