从科学的观点来看，为了使移植手术成功，从器官摘出到器官移植的速度越快越好。新鲜而有活力的供体器官移植不仅可以提高器官移植的成功率，而且有利于病人术后的生存和存活期。如果按照传统的观念，以心肺功能丧失即心跳、呼吸停止作为死亡的判定标准，由于呼吸循环停止往往导致体内各个器官的热缺血损害，用这些器官进行心、肺和其他重要器官的移植比较困难。而脑死亡标准尚未被接受时，摘取一个尚有心跳的脑死亡人的器官是法律不允许的。但是，按照传统标准确定病人死亡时，即使病人生前有遗愿或家属同意捐献器官，也难以保证器官新鲜。因为病人死后，家属处于万分悲痛之中，医务人员往往难以开口和动手立即摘取器官。
从公众的观点来看，由于脑死亡与传统的死亡判断标准有很大的差别，一般人难以很快接受，况且，如果脑死亡没有明确的界线和标准，可能会成为谋杀的一种最有效的掩护。即使承认脑死亡，也不应当由一个或几个医生说了算，还必须有其他的人员一起组成一个死亡鉴定委员会来决定，不能给谋杀以可乘之机。尽管目前还没有出现过以脑死亡为借口引起的犯罪，但为了获得器官而进行的犯罪已经出现了。正是出于这种担心，许多国家的公众难以接受脑死亡，脑死亡立法在许多国家难以通过。
②胎儿器官
利用引产死胎或严重畸形儿作为器官供体在近年有迅速发展之趋势，因其在器官移植上有着特殊的优点：胎儿组织抗原弱、排斥反应小，成功的可能性大，并且能扩大器官来源。医学研究者希望能将人工流产胎儿的某些组织或器官移植到一些病人身上治疗某些疾病，如帕金森病、糖尿病、再生障碍性贫血等。目前，在这一领域的某些方面已取得了很大进展。但是，胎儿供体的情况非常复杂。如果利用已发生脑死亡的无脑儿作供体一般是不存在争议的，无论从胎儿的双亲、医学需要，还是从社会的心理、国家的法律及伦理学角度，都可得到相应的认可。但无脑儿供体是极有限的。而大量的是用有脑并有严重缺陷的胎儿及引产、流产产生的淘汰性胎儿作为器官移植的供体。这就是一个相当复杂的生命伦理难题了。且不说“胎儿是不是人”在伦理学界尚争论不休，晚期妊娠引产本身在国际上就是比较普遍地受到禁止的。
人们担心医学上应用胎儿作为供体器官会不会成为人工流产的新理由。10多年前，美国曾报道，有一名妇女在怀孕5个多月后作了流产，以用胎儿肾脏为其丈夫提供可移植的肾脏。
《纽约时报》也曾报道过一个老年痴呆患者的女儿用其父的精液怀孕，想为其父提供用于移植治疗的胎儿神经组织。
胎儿组织器官移植治疗的伦理问题主要在于怎样做才合乎道德。一些妇女可能会出于经济原因而有意流产出卖胎儿，因此怀孕的目的就是为了流产胎儿。其次，如果一些妇女怀孕后对流产举棋不定时，知道流产会带来经济好处，也会选择流产。这些可能造成流产泛滥，危及妇女和胎儿。为了防止这种现象，有必要制定出专门的伦理规范和法律，保证来自选择性流产的胎儿组织器官以道德上可接受的方式使用。1986年，瑞典提出了胎儿组织用于移植的使用道德准则。1987年，北京市神经外科研究所在进行胎儿黑质组织尾状核内移植治疗帕金森病时，制定出了获取胎儿脑组织的原则，其中包括不违背现行法律；得到有关部门的批准；进行流产孕妇因特殊困难必须终止妊娠；孕妇自愿贡献胎儿；胎龄小于16周、现代技术无法保证其存活；流产胎儿胎心停跳30分钟后取得组织。1990年，美国科学事务委员会制订出的道德准则主要是尽可能使产妇决定流产与她同意将死后胎儿组织供移植用分开，其中包括遵守有关临床研究和器官移植的准则，供给胎儿所得经济价值不超过合理费用，胎儿组织器官受体不应由供者指定，流产的最后决定是在讨论将胎儿组织器官供移植用之前，根据孕妇安全的考虑来决定人工流产的技术和时间，参与终止妊娠者不参加移植，也不应收取任何利益，应得到受者和供者双方同意。
除了以上这些原则，对供体胎儿及孕妇健康状况也应该有相应的标准，以保证受体的安全。因为孕妇的传染性疾病、流产的胎儿可能存在的遗传性缺损都有可能对受体的健康造成损害。此外，还应当立法禁止买卖胎儿组织器官，这能从根本上杜绝胎儿组织器官黑市交易，防止流产泛滥，维护社会道德。使用流产的胎儿组织取得夫妇双方同意，可以避免以后的法律和道德争论。供者、受体和医疗三方应协商理解，达成一致意见。公布胎儿组织器官移植的过程、批准、实施等，以便在公开监督下防止不道德行为的产生。
③活体器官
从医学的角度看，人体供体器官可来源于尸体器官、胎儿器官、活体器官。就我国的器官供体的形式来看，至今仍以尸体供体器官为主。自20世纪80年代中期，我国就把目光投向了胎儿供体器官。由此引发了胎儿的本体论和胎儿的道德地位、道德权利的讨论。与此同时，我国也开展了活体器官移植。活体器官移植多见于肾脏、皮肤、骨髓等，供体可以是亲属，也可以是非家属，而前者主要是父母子女之间和兄弟姐妹之间。目前，人们对活体器官移植，尤其是未成年人作供体有不同的意见。以肾移植为例：一种观点认为，活体器官不仅弥补了尸体器官的不足，更重要的是成功率和存活率相对提高，而且可以弹性安排手术时间，选择对病人最方便和最有利的时机实施移植手术，并且省去了保存和运输器官的困难和麻烦。多数人还认为，切除一侧肾对供体是安全的，对于供体来说，在不危害自己的生命及不降低自己的生活质量的前提下，自愿把自己的器官捐献给一个生命垂危的病人，并能使其生命得以拯救，会感到莫大欣慰，同时这种利他行为也有利于社会上的利他精神和相互义务感的发扬。另一种观点认为，目前尸体移植的成功率和存活率已相当高，不必要再用活体器官移植。一般人切除一侧肾可能是安全的，但并不能排除对供者会造成心理和健康的创伤，如对手术的恐惧、对前途的担心和来自家庭、社会和内心的压力，发生并发症等。至于以未成年人作供体，大多数国家法律虽然允许，但规定了比成年人更严格的条件，如仅限于供给同胞兄弟姐妹或同一直系家属，父母要同意且应有足够的智力等等，也有少数国家如加拿大完全禁止未成年人作供体。
一般认为，活体器官移植无论对受体还是供体都存在着一定的风险性，如何使其风险降低到最小限度，在该项手术实施的过程中，恪守伦理原则是至关重要的。为增加活体器官来源，可以采取如下措施：鼓励有遗传关系的亲属之间相互移植；鼓励双胞胎中的一个为另一个做器官供体；鼓励利他主义的陌生人群；给自愿者以较大的自由决定权。但是，要原则上禁止未成年人捐献器官，只有在极特殊的情况下才予以考虑。
④异种器官
随着器官移植的成功开展，供体器官短缺的问题越发突出。
由于捐献的器官不足，大多数需要的病人不能得到及时治疗，此外，因接受不合格器官及患者自身免疫系统的排斥反应，患者不得不终身服用免疫抑制剂。人体器官的来源总是不能满足需求这一状况迫使科学家们把目光转向另一类器官来源——向动物要器官。其实，把不同物种的部分器官结合在一起的想法早已有之。中西方的古代神话都有过类似的描述。但是只有在医学科学高度发展的今天，将动物器官移植给人才有希望成为拯救生命的奇迹。
20世纪60年代异种器官的研究对象以黑猩猩为主，因为这种灵长类动物与人在进化上有密切的关系。由于黑猩猩目前是一种濒临灭绝的动物，后来研究者转向了另一种近似人的动物——狒狒。但是，一些研究者认为，狒狒不是供体器官的良好来源，饲养这种动物不仅需要花费相当长的时间，而且其器官大小不适合人类使用，特别是来源于狒狒的器官可能隐藏着感染因素，并对人类造成威胁。于是很多研究者把异种器官移植寄希望于人们熟悉的猪。猪饲养容易，繁殖快，一胎可以生好多小猪仔，猪的器官在大小和结构上都适合人体的器官移植，而且猪又容易在无菌的条件下饲养。另外，猪是广泛饲养的食用动物，任人宰割已有数千年，因而为了异种移植的目的使用它们的器官比使用灵长类动物的器官较少引起伦理争端。但猪作为人类所需器官的供体，仍会遇到排异反应的老问题。于是，在基因工程蓬勃发展的今天，科学家们改变了思路：防止排异反应过去是在人体方面下功夫，现在是否应改变方向，在改良提供器官的动物方面下功夫？如在猪的受精卵里加进人类的基因，猪的脏器表层就会产生化学成分与人类脏器相同的蛋白质，然后猪的心脏便会吸收这种蛋白质。这时候，猪的经过改造的心脏被移植到人体里之后，就会像人类的心脏一样，不会引起人的免疫系统的排斥。早在1985年，这方面的研究就在英国剑桥生化公司启动了。研究者从母猪的子宫里取出一个受精卵，将它放进装有人类基因的试管里，等它们结合并融为一体之后，再把这个融合体送回母猪的子宫里。1992年圣诞节，世界上第一头带有人类基因的猪在伦敦降生了。这头转基因猪就是为了实现跨物种器官移植而被培育出来的。有些科学家设想，这项技术一旦进一步成熟和成本下降，每个人都可以出资饲养一头“自己的”转基因猪，以它作为“器官库”，如果本人发生意外伤病需要移植器官，那么这头转基因猪就派上用场了。
异种器官移植虽然已攻克许多难题，但也还有一些问题有待于进一步探究。例如，有些对动物无害但对人体有害的病毒（如艾滋病病毒），是否可能通过异种移植传播给人类？虽然在进行异种移植前要经过极为严格的检查，但是否能保证万无一失？又如，人类基因和动物基因结合之后，会不会产生变异，甚至导致意想不到的严重后果呢？
异种器官移植对人类是否安全，既是一个技术问题，又是一个伦理难题，它使科学技术和人类伦理观念发生了碰撞，社会公众对实施动物和人之间的异种器官移植，可能产生反感、抵触。当第一只转基因猪诞生时，英国舆论大哗。有人提出质疑：带上人类基因的猪究竟算人还是算猪？为进行移植手术而对它开膛破肚、挖心掏肺，算不算犯谋杀罪？还有人发问：将来还会有多少人类基因植入猪体？如此下去，人与其他动物的区别到底在哪里？如果食用含人类基因的猪肉，是否算“吃人”？一些动物保护主义者更是猛烈抨击异种器官移植。他们说，即使是猪，也应有它的尊严和权利，它的遗传特性不容人类随意破坏。很多国家有专门法律禁止虐待动物，即使是作动物实验也受到很多限制，特别是黑猩猩等与人类有亲缘关系的灵长目类动物，出于心理和伦理因素而受到特殊保护。试想，如果杀死一个这样的动物又没有把握救活病人时，反对的呼声是可想而知的。其他一些经常提到的有关议论有：不同物种间生物物质的混杂是否违背了自然法则；异种器官接受者会不会面临巨大的心理和社会压力等。美国《时代》周刊进行过抽样调查，发现有58％的人认为，使人类基因和动物“杂交”，是“违反上帝意志”的；欧美国家的一些保守派政党、团体和教会人士抨击异种器官移植，说这样下去“，人将不人”。一位社会学家认为，这样的病人，即使是医治好了疾病，也将受到来自社会的压力和排斥，甚至可能被人类社会看成“异类”而难以像正常人一样生活。
异种器官移植的伦理道德将比同种器官移植更为敏感和复杂。至少有三个问题特别引起人们的注意：第一，移植器官的种类应受到限制，部分腺体（如睾丸、卵巢）不能异种移植，否则将严重违背伦理。有些器官（如脑）也是不能移植的。其他器官能否移植，要以该器官移植后能否引起人的特性的改变为伦理准则。第二，动物保护是应该遵守的道德，黑猩猩和狒狒属于珍稀动物，受到国家保护，但是为了减少排斥反应和考虑器官功能，灵长类异种器官成为首选。动物保护法是国家法律，必须遵守，这就给异种器官移植增加了难度。所以，应该将动物试验和临床试验的重点放在不受法律保护的容易得到的动物身上。第三，许多人担心动物器官供体可能带有未知病毒或“疯牛病”这样的病原，这些病原可以通过感染被移植的患者而扩散到整个人群，引起流行病。这种担心并不是没有原因的。例如，现在大多数科学家认为，艾滋病病毒起源于猩猩，由于某种原因跨越了物种障碍而感染了人类。1997年，英国科学家已经发现，猪的器官中至少有两种可能传染给人的病毒，他们首次报告了猪有遗传病毒的迹象。英国政府已明令，暂禁转基因猪器官在人体内的应用研究。动物器官蕴藏的疾病可否传染给人是必须考虑的伦理问题。目前尚未见到报道，但这个问题不容忽视。
2000年，美国政府特别制订了《异种器官移植的准则草案》，主要内容包括：对异种器官移植的临床计划，要求移植工作者应包括例如外科医生、传染病医生、兽医、移植免疫学家、感染控制专家以及临床微生物学家等。对于动物来源，要求动物应该取自经过筛查的、封闭的、特性良好的牧群或群落，尽可能没有传染因子。对于临床问题，要求应该通过临床和实验室检查监测异种器官移植接受者的健康状况。对于公共卫生需要，建议进行全国性登记以提供评估长期安全性以及有助于流行病学的调查。
总之，异种器官移植作为一项新的技术正在蓬勃发展，它是解决器官来源不足、缓解供求矛盾的有效手段，尤其是它可以作为过渡性手段，为患者等合适的器官争取到更多的时间，从而使患者生命得以延续。据预测，21世纪异种器官移植将获突破性进展。尽管目前还存在着许多悬而未决的矛盾，但是随着人类基因组计划的实施以及克隆动物的成功，随着现时代伦理观念的更新，异种器官安全有效地用于人类一定会成为现实。
（3）大脑移植的伦理问题
