聂小倩的角色决定下来由谁来扮演，接下来又寻找电影的主要角色燕赤霞和树妖姥姥的扮演者。燕赤霞是个虬髯大侠客，降妖除魔的义士。本是名震关东广西二十六省的辣手判官，最恨贪官污吏，因为奸臣当道，所以退出江湖隐居兰若寺。树妖姥姥雌雄同体，嗓音忽男忽女，黑寡妇般的造型冶艳诡谲可怖，紫唇含毒，盘根错节的枝蔓是它藏于兰若寺的腥秽长舌，小倩、小卓等风骚媚骨的魅姬鬼女皆是为其吮血啖肉的诱饵，如梦魇中阴阳颠倒的邪魔。这两个角色都是由谢飞导演寻找从前合作过的资深演技派演员担纲演出。
找到了演员，很快《倩女幽魂》的前期筹备就已经完成，因为之前林忆已经在金像奖颁奖典礼上曝光了将要拍摄《倩女幽魂》，再加上寻找聂小倩让媒体对这部电影十分关注，所以在开拍前举行了一场开镜仪式，广邀各大媒体前来参加。谢飞导演先是简单介绍了一下电影剧情，然后媒体就开始发问，问的最多就是为什么要拍一部古装鬼片的问题，谢飞导演他说：“这不是一个古装时装的问题，而是个心态问题，现在人们需要一种浪漫情感的东西，我觉得这部《倩女幽魂》是一个可以好好利用的故事。”剧组的人员一一回答了记者的提问以后，开镜仪式结束，《倩女幽魂》正式开拍。
十里平湖霜满天，寸寸青丝愁华年。对月形单望相护，只羡鸳鸯不羡仙。
片中有一个情节需要宁采臣抓一只果子狸，拍了很久林忆都不敢下手去抓，逼到最后没有办法，才终于压着牙拍完了这场戏。林忆超怕果子狸，电影拍完了以后，剧组的人员就忍俊不禁地爆料：“让他和果子狸、蛇演对手戏，他吓得都快哭出来了。”林忆虽然不小了，但他是真的怕这些小动物，在电影里让他淋雨、跋涉、跳冰冷的河都没有问题，只要别让他跟小动物接触，他拍宁采臣所受的苦什么苦都能接受。
《倩女幽魂》是谢飞做导演后第一次拍鬼戏，后来采访的时候谢飞导演记忆犹新，“当时拍摄环境很艰苦，而且又是在很冷的冬天，每一条NG20次是正常，多的NG会有50多次，演员都拍得不知道该怎么办好。”《倩女幽魂》的拍摄过程真的很辛苦。
除了演员的拍摄之外，《倩女幽魂》还用到了很多的特效，这也是这部电影的一大特色。
谢飞导演在采访时表示“姥姥”的舌头就是噩梦。树妖‘姥姥’的舌头，其实就是把一长条海绵染色，用手扯来扯去。当时那条舌头就是自己的噩梦，一看到就怕，因为需要把它拍得很有生命力、很震撼、很恐怖，但其实它就是一根海绵啊！
《倩女幽魂》中弥漫的烟雾、闪烁的灯光和后现代拼贴风格的凌厉快镜，更将树妖姥姥雌雄同体的魑魅形象烘托至极。最初造型以墨绿为主，谢飞导演建议使用金色后，服装指导设计出锁金缕滚边花纹的高冠黑褛。树妖姥姥雌雄同体，嗓音忽男忽女，黑寡妇般的造型冶艳诡谲可怖，紫唇含毒，盘根错节的枝蔓是它藏于兰若寺的腥秽长舌，小倩、小卓等风骚媚骨的魅姬鬼女皆是为其吮血啖肉的诱饵，如梦魇中阴阳颠倒的邪魔。
除了进行电影的拍摄，谢飞导演又为影片的配乐创作找上了林忆。因为《倩女幽魂》使他们共同的心血，林忆虽然嘴上说一切交给谢飞导演，自己只做一个演员，但这只是说说而已，一听到要为《倩女幽魂》进行配乐创作，林忆马上自动献身。因为这是自己喜欢的，他喜欢做的事情就算求人家来让自己做都行，几乎不要钱都愿意。因为原版的《倩女幽魂》已经有几首经典的主题曲和插曲，林忆也希望这些歌曲不要消失，所以就开始写，很愉快。这些经典的歌曲分别是《倩女幽魂》《道》和《黎明不要来》。《倩女幽魂》是这部电影的主题曲，表现影片的主题和思想性，为影片奠定了基调，这个基调是乐观的。虽然，这首歌曲中表现出了少年人在人生道路上的迷茫，但更主要的，它表现出了少年人虽迷茫却始终没有放弃向往和追求的乐观精神，令人感动。这首歌曲也刻画了主人公宁采臣的性格，他善良而天真，也没有心机，这与明快的音乐节奏是相似的。
插曲《道》是在兰若寺里，燕赤霞一边喝酒舞剑，一边唱着这首歌。这首歌曲，曲子很有动感，节奏明快；而词却很奇特，因为它由一些没有什么逻辑关系的词语和脏话构成。然而，就是这样的一首歌曲，正与燕赤霞喝酒舞剑的行为，以及在世人看来想必是不伦不类的装束一起很好地、有机地结合在一起，共同塑造了一个洒脱不羁、不满世俗的人物形象，这个形象与影片中的所有其他人物都是完全不同的，显得生动、形象。
插曲《黎明不要来》，这首歌曲计划由云天后演唱。影片中，宁采臣与聂小倩在小亭分别之后，宁采臣觉得小倩太无情。可当他错把燕赤霞认作杀人犯柳一刀，因而认为小倩处于危险之中时，还是义无返顾地回去告诉小倩说：“那个大胡子（指燕赤霞）是个杀人犯”。两人到小亭避雨，小倩确认宁采臣是为了救自己才回来之后，不禁深受感动。当她亲吻宁采臣的时候，《黎明不要来》就会在这时响起，歌声满溢深情、缠绵悱恻，而又百转千回，从而很好地表达了宁采臣与聂小倩两人的内心情感，那就是：对两人共处的美好的时光的珍惜和留恋，害怕黎明到来失去这美好时光。而小倩也把身体给了宁采臣。音乐也渲染了一种很悲伤的氛围，富有感染力，直达心底。另外，这首歌曲在影片快结束，也就是在一间房子里，天亮了，阳光照进房子，小倩与宁采臣匆匆告别离开之后，这首歌再次出现了。悲伤而深情的歌曲很好地刻画了宁采臣此刻内心的情感，与宁采臣脸上呆滞的表情一起表现了宁采臣对聂小倩的情之深、爱之切，令人深受感染。
