光武帝认为他的功臣多是戎马出身，虽擅长打仗，但不熟悉典章制度，不懂得治国理政。不少人还往往自恃功高不听命令、不遵法纪、为所欲为，如果继续受到重用，让他们身居高位，对东汉政权是一大威胁。因此，刘秀决定采取稳妥方式予以解决。
一方面，刘秀依然效仿以前的君主的做法，大封功臣，他让郎中冯勤专管此事。冯勤精明能干，他规定按照功臣功劳的大小决定其封地大小、远近和土质肥瘠，并且制定了一个周密的方案。刘秀根据这个方案，一次就封了360多人为列侯，给予他们崇高的地位。这些列侯的食封数量，最大的有四个县，小的只有数百户，比西汉时少得多。
另一方面，刘秀又采取措施，抑制功臣的权利，以防止他们恃宠而骄。对于这些功臣中有较高政治才干的，刘秀仍加重用，让他们参与议论军国大事。如邓禹，才学满腹、善于谋略、器量恢宏，刘秀对其委以重任，任命他为大司徒，封丰臣侯，食邑万户。公元28年春，邓禹奉命率军南攻，收降刘嘉，击败延岑。公元37年，天下平定，邓禹又被封为高密侯。而对于那些虽屡建军功却缺少治国才干的功臣，光武帝只让他们享受荣华富贵、优游享乐以尽天年，并不授以实职实权。如马成，在刘秀征讨河北时，他弃官步行，追到满阳才赶上刘秀。他杀李宪，败隗嚣，破河池，平定武都，曾被封为平舒侯、扬武将军，最后被封为全椒侯。再如马武，他是一个文化水平不高的草莽英雄，但在每次战斗中都是身先士卒、冲锋在前、勇猛无敌、屡立战功，刘秀称帝后，拜其为侍中、骑都尉，封山都侯。
因此，功臣中除了大将李通、邓禹、贾复三人参与议论军国大事之外，其他大多数列侯成为闲员。经过削权封侯，汉光武帝有效地控制了这些将领的军事力量。
封完功臣之后，刘秀又特地下了一道诏书，希望诸位功臣不要恃宠而骄，对自己要求要严谨，节制自己的行为，这样就不会有什么危险，并能把爵位传给子孙。
后来，刘秀的继承者汉明帝刘庄请画师绘制这二十八员大将的画像，挂在南宫的云台，以应二十八星宿之数，“云台二十八将”就是因此而得名的。从此，“云台二十八将”与光武帝刘秀一起彪炳华夏史册。唐朝初年，唐太宗李世民也曾命画家阎立本将长孙无忌、魏徵、尉迟敬德等24名功臣的像画在凌烟阁上，以供后世敬仰，正是效法此举。
退功臣的同时，刘秀重用了大批文吏。光武帝认为文吏们熟悉封建典章制度，懂得治理国家且情操高尚。建武六年、七年，刘秀连续两次下诏，命令各地官吏推举贤良，到京城参加选官考试。
在诏书中，刘秀严格规定了选官的条件：第一，品德高尚，身世清白；第二，要有知识，是通经的博士；第三，熟悉各种法令，能熟练地依法办事；第四，具有魄力才干，遇事不惑，能独当一面。各地官吏在选择人才时，必须严格按照这四条标准，如有违者，必将依法治罪。
为了得到一批有高度文化修养的文吏，光武帝还多次亲自访求名贤，网罗了一大批品行端正、廉洁奉公的有用人才。
设尚书台，防止大权旁落刘秀鉴于西汉前期三公权重、权柄下移，虽设三公之位，而把一切行政大权归之于设在中朝、由皇帝直接指挥的尚书台。西汉时的常制，丞相、太尉、御史大夫统称为“三公”。刘秀借鉴西汉后期官制，将其分别改为大司徒、大司马、大司空，称为“三司”。并规定三司各有职掌，各负其责，不可逾越。公元51年，刘秀再次下诏，大司马仍称太尉，大司徒、大司空并去“大”字，且名位略低于太尉。官名的改动、“大”字的删除，绝不只是表面形式，而意味着三司权力的削弱，这与从前三公无所不统是有很大差别的。三司权力削弱了，权力被转到少府属下的尚书台，故有“虽置三公，事归台阁”之说。尚书台设尚书令一人，秩千石，尚书仆射一人，六曹尚书各一人，秩皆为六百石，分掌各项政务。以下设有丞、郎、令史等官，所有一切政令都由尚书台直接禀陈皇帝，由皇帝裁决。
这项措施，是将汉武帝以来开始参与掌权的尚书合法化、制度化。尚书台的设立是相权与皇权斗争的结果，是刘秀加强专制集权的重大措施，也是中国古代政治制度的一项大的变化，它的设立可暂时阻止朝廷大权旁落。
刘秀虽然提高了尚书的权力，把原来地位较低的事务性官员变为政务官，让他们掌管全国政事，直接对皇帝负责，但其地位无异于皇帝的机要秘书。光武帝还在宫廷内设置中常侍、黄门侍郎、小黄门、中黄门等宦官职务，由他们掌管传达皇帝的号令和诏书，阅览尚书进呈的文书。这样，尚书权高位低，三司有职无权，宦官只供驱使，大权便集于皇帝一身。但是到了东汉后期，有权势的大臣多加“录尚书事”的职衔，从而权柄再度下移，尚书台又蜕变为权臣专政的工具。特别值得注意的是，宦官虽然只供驱使，但实际上权力要大得多，这也为东汉中后期的宦官乱政埋下了祸根。
简化机构，裁减冗员公元30年，刘秀诏令司隶州牧各实所部，精简机构、裁减吏员。诏令颁布的当年，全国共并省四百多个县，吏职减省至十分之一。这不仅节省了国家财政开支，而且加强了中央对地方的控制。
另外，光武帝还改革了地方的州郡官制。即位之初，他沿袭西汉后期制度，各州设州牧。至公元42年，刘秀又下令取消州牧，恢复了汉武帝时期开始实行的“刺史”制度，除首都和京畿地区外，其他十二州，每州设一刺史，遵照皇帝的命令，代表中央巡行郡国，准他们处理地方政务，不通过三公，直接上奏给皇帝，从而强化了中央对地方的监督与控制，使地方郡县也直接置于皇帝的控制之下。
州牧总领一州军政大权，品秩为二千石；而刺史是监察官，品秩仅为六百石，二者的权力，相差甚多，刘秀的原意是防止州牧在一个比较大的范围内形成割据形势，而对郡一级主要官员，采取的却是扩大太守权限的做法。每郡原本有太守、都尉各一人，太守负责民政，品秩二千石，都尉管军事，品秩比二千石。建武六年8月，刘秀合并守、尉之权，当是因为守、尉地位相近，容易发生矛盾。军政之权归于一人，可以统一事权，消除相互掣肘的弊端。州、郡长官职权一降一升，其目的与削三公之权、增尚书之责如出一辙，都是为了维持某种关系的平衡而已。
刘秀还改革了颁俸标准。公元50年，刘秀下诏，减少上等官员的俸禄，增加中下层官员的俸禄。这一变动旨在缩小中下级官吏同上层官僚的俸禄差距。在任何时候，地方中下级官吏都占绝大多数，不从经济利益方面调动他们的积极性，任何政治经济政策都是难以推行的。因此，缩小二者的俸禄差距，是颁俸指导思想上的一个大变化，这一变化，与官制改革不无关系。
这些措施不仅强化了皇帝的权力，达到了“总揽权纲”的目的，而且在一定程度上提高了封建官僚机构的行政效率。
削弱地方兵权，强化监军制度军权问题，也是历代君主最为关注的问题。军权掌握在何人手中，与国家的命运息息相关。光武帝一方面加强中央军，削弱地方军，实行“精兵简政”政策。取消了三种地方军队——材官（步兵）、骑士（骑兵）、楼船（水兵）；撤销了郡县的专职武官——郡都尉一职；剥夺了太守的领兵权；取消地方定期举行的军事训练；让地方士兵一律退伍还乡，从事农业生产。这样，既减少了军费开支，又为农业生产提供了相当数量的劳动力。光武帝正式废除地方上的更戍役制度，大量以刑徒兵、夷兵充实边防力量。同时，不断修筑亭候烽燧，完善防御体系，加强边防建设。这一措施的目的是为了息边养民，确保国家安定。
削弱地方兵权的同时，刘秀还逐步扩大中央军队。东汉时，中央军队称南北军，由中央直接控制，重大的军事行动由京都兵担任。并在重要的沿边地区，设有边防军，为中央军队的一部分。上述措施，加强了中央对地方的控制。这样，既有利于把军权集中在中央，又能防止地方上的叛乱。
但是地方军队的取消，也使地方豪强地主田庄内部的“部曲”家兵制开始发展起来。这种部曲家兵，承担着维持地方治安的某种职能。不过后来，由于中央控制力量的逐步削弱，豪强地主的部曲家兵则迅速发展，出现了大大小小的地方势力，终于导致了东汉末年的混战局面。
另一方面，刘秀强化了监军制度。监军的起源较早，春秋即已出现，但监军之制的最终确立应在东汉初年。如设“北军中候”掌监五营；每有将帅出征，皇帝即令亲信、近臣随军监督，等等。目的是防止将帅离心，增强中央军的可靠性和保险系数。
限制外戚权力西汉二百多年间，外戚曾多次专权，对汉朝统治威胁最大的有两次：一次在开国之初的吕后专政；另一次是西汉末年，外戚王氏由公而王，继而居摄称帝。刘秀少通经史，对此非常熟悉，尤其后一次是他亲历目睹的。与对待功臣的态度相类，他对外戚也是十分谨慎的。
在建国之初，他考虑到外戚是他进行统一战争和巩固政权的依靠力量，因而对外戚也多加任用和封赏。如皇后阴丽华异母兄阴识，在刘秀即位后被任命为骑都尉，改封为阴乡侯；皇后同母弟阴兴一直追随刘秀征战，后任卫尉，赐爵关内侯。
但统治稳定之后，刘秀为了防止外戚专权的局面的重现，便开始抑制外戚势力，不许他们干预政事，也不给他们尊贵的地位。如阴乡侯阴识虽然在刘秀统一全国的战争中立下了汗马功劳，但由于是外戚，他却不得增邑。刘秀这样做，使外戚无法干政，也无法假借皇权为所欲为，从而堵塞了外戚专政这个乱源。
防止外戚结党营私，刘秀不得不采取相对严苛的手段。如卫尉阴兴和新阳侯阴就，地位显赫，又非常敬重有才能的人。冯衍能诗善文，尤擅辞赋，颇得阴氏兄弟赏识，彼此多有来往，诸王也格外敬重他。刘秀鉴于西汉外戚结交宾客、扰乱朝政的教训，下令将外戚结交的宾客，皆依法治罪，重者处死，轻者贬官。冯衍也因此获罪，罢官归家，潦倒而死。这样，宾客不敢轻易结交外戚，外戚也不敢轻易招揽宾客了。
到刘秀统治后期，对外戚的限制就更加严厉了。在太子太傅的选择上，他明确表示不用外戚阴识，而用正谏之臣张佚。在临终前四个月，刘秀甚至派司空告礼高庙，降太后吕雉尊号，宣布她不宜配食高庙。这样，外戚的参政权力被限制、削弱，威胁便得到了有效的控制，皇权便得到了有效的加强。
沿袭分封制，控制诸侯王刘秀沿袭了西汉的分封制。所分封的诸侯王国数量各个时期不尽相同，诸侯王一般都封一郡的土地，与西汉初期相比，封地显然大大缩小了，尽管如此，刘秀还是严格限制宗室诸侯王势力的增长。公元52年，刘秀下令诸郡县搜捕诸王宾客，因为此次事件，连坐被处死者有几千人。整个东汉一代，诸侯王国实际上是名存实亡。
汉光武帝刘秀，在两汉之间激烈的动乱年代，顺应历史的潮流，采用军事手段，平息群雄，使分崩离析的中华民族再度走向统一。统一之后，采取柔术治国，在政治、经济等方面进行了一系列卓有成效的改革，推进了中国封建社会的发展。到了东汉建立40年时，全国已出现了“天下安平，人无徭役，岁比登稔，百姓殷富，粟斛三十，牛羊被野”的盛景。这也是东汉王朝最富庶和最安定的时期，史称“东汉盛世”。
立德垂训，明君风范
刘秀是在两汉之际风云变幻中登上历史舞台的。在群雄蜂起的各路豪杰中，“无尺寸之柄”的刘秀何以能够翦灭群雄、重建汉室？在满目疮痍、百业待兴的东汉初年，刘秀何以能够拨乱反正、废旧立新？在身处道德沦丧十分严重的特殊时代，刘秀又何以能够与民更始、立法垂制？在63年的人生、35年的事业、33年的皇帝生涯中，他给历史留下了许多值得思考的问题，也给历史留下了许多可资总结的经验。
克勤克俭，不事浮华刘秀作为一代明君，从不恣意放纵、豪华奢侈。刘秀“身衣大练，色无重彩，耳不听郑卫之音，手不持珠玉之玩”，他曾令太官不要接受郡中奉献的珍馐美味，还把远方异国进贡的名马宝剑赐给骑士。汉朝自武帝以后，后宫嫔妃达到3000之多，除皇后以外，有爵秩品级的就分婕妤、容华、充依等14个等级。刘秀即位后，只有皇后、贵人有爵秩，贵人的待遇只有谷数十斛。此外有美人、宫人、采女3等，均无爵秩和规定的待遇。
刘秀屡次拒绝群臣“封禅泰山”的进谏，直到去世前一年，才带领百官登封泰山。针对秦始皇时开始形成并愈演愈烈的“厚葬”之风，刘秀还屡次下诏提倡薄葬。他自己也是这么躬行实践的。在为自己修造原陵的时候，刘秀对窦融说：“今所制地不过二三顷，无为山陵、陵池，才令流水而已。”就是说地面不要太大，不要起高坟，低洼处只要做到不积水就可以。刘秀还效仿汉文帝，不随葬金宝珠玉。光武帝在临终前，又下了一道遗诏说：“朕无益百姓，皆如孝文皇帝制度，务从约者。”因而《后汉书·循吏传》称颂这个时期是“勤约之风，行于上下”。
宽宏大度，平易谦和公元24年，刘秀攻破邯郸，诛灭王郎，缴获一大批秘密文件，意外地发现有大量各州郡将与王郎勾结、毁谤刘秀的书信材料，竟然多达几千份，甚至还有数十封自己部下偷偷写给王郎的效忠信函。但刘秀无意拆看，立即召集众将，让他们把全部材料抱到宫外广场上，在众目睽睽下一把大火烧个精光，化成灰烬。吴汉在旁边急得直跺脚，惋惜地说道：“留下这些信，就能找出隐藏的内奸。”
刘秀不屑一顾地答道：“烧毁效忠信，令反侧子自安，今后不会再当内奸了。”这一举措安定了人心，也让那些曾经与王郎联合的人对刘秀心悦诚服。后来的许多政治家遇到这类事件也都纷纷效仿，收到了良好的效果。比如，曹操在官渡的做法就是仿效于此。
刘秀宽宏大度的气概也表现在他对待“逸民”、“隐士”等不驯的人物的态度上。太原郡（今山西太原西南）当时还留有大量的晋国公族的后裔，他们对新的统治者常常保持一种对立情绪，或者寻机报仇，或者隐居不仕，在王侯面前不肯称臣。至汉初，太原郡被称为“难化”之地。光武帝时，太原郡广武县有个叫周党的，在地方上很有名望，朝廷几次征他去做官，他都不愿意。后来不得已，周党就穿着短布单衣，用树皮包着头去见朝廷大员。刘秀却亲自召见了他。按礼节，士人被尊贵者召见，必须自报姓名，否则便是不尊重对方。周党见了刘秀，不通报姓名，只说自己的志趣就是不愿做官，刘秀也没有强迫他。博士范升上书，说周党在皇帝面前骄悍无礼，却获得了清高的名声，应治“大不敬”罪。刘秀把范升的上书拿给公卿们传阅，并下诏书说：“自古明王圣主都有不愿为他做臣的人，伯夷、叔齐就不食周粟。太原那个周党，不接受我的俸禄，这也是各自的志愿，赐给他40匹绸子。”
