按照明穆宗的布置，高拱是外廷的顾命大臣中排名最前的；在宫中，小皇帝自然还得依靠冯保。但是，冯保与高拱的关系非常恶劣。此前，司礼监几次掌印太监职位空缺，高拱先后推荐了陈洪、孟冲，就是不愿让冯保做掌印太监。冯保此人知书达礼，又喜爱琴棋书画，很有涵养，所以很受明穆宗的喜爱。冯保利用皇权更迭之间的权力真空，轻松地通过一道遗诏，就驱走了孟冲，自己做了掌印太监。但是，就高拱来说，对冯保自然是必欲除之而后快。在高拱的授意下，工科都给事中程文、吏科都给事中雒遵、礼科都给事中陆树德都开始弹劾冯保。由此，一场政治斗争势必不免。斗争中，冲突双方是冯保和高拱，而张居正表面上是帮助高拱的。但是，实际上，张居正与冯保关系非常密切，早就预谋赶走高拱了。据高拱后来回忆说，张居正每次看护小皇帝读书，总是和冯保到文华殿东小房里密谈，直到小皇帝讲学完毕才结束。高拱与张居正本同属明穆宗裕邸的旧臣，关系甚睦，“两人欢相得，不啻兄弟”。但是，张居正显然是一个典型的两面派，一方面赞同高拱驱逐冯保的建议，一方面与冯保密谋如何驱逐高拱。高拱则自视甚高，把事情的复杂性估计过低，加上性格粗直，容易被人揪住辫子。冯保想起明穆宗刚死的时候，高拱在内阁对同僚们说的一句话——“十岁太子如何治天下？”冯保深知，这句话足以扳倒高拱。于是，冯保到皇太后和皇太贵妃那边说：“高拱斥太子十岁孩子如何作人主。”皇太后和皇太贵妃听后都大惊，万历小皇帝听了面色立即大变。第二天早朝，宫中传出话来：“有旨，召内阁、五府、六部众至。”高拱兴高采烈，以为将颁布驱逐冯保的诏旨。张居正则面色如水，心中有数。到会极门时，太监王榛已捧圣旨出，说“张老先生接旨！”接下来宣读：“今有大学士高拱专权擅政，把朝廷威福都强夺自专，通不许皇帝主专。不知他要何为？我母子三人惊惧不宁。高拱著回籍闲住，不许停留。”这一段话，可惊得高拱面如死灰，汗下如雨，浑身瘫软，伏地不能起。第二天，高拱坐着一辆骡车离开京城，由于仆婢都逃逸了，身上没多少钱，只能到一些小店里吃饭。一直到了良乡，才得到张居正为他请来的驿传勘合，可以坐着政府的驿传还乡。高拱一走，高仪也坐不住了，惊得呕血三日而亡。至此，三位内阁顾命大臣中只剩下张居正一人，担当辅弼小皇帝的重任。从此以后，万历朝的前10年，小皇帝的生活基本上是受三个人的规范：一个是自己的母亲慈圣李太后，一个是司礼监掌印太监冯保，一个是内阁大学士张居正。
慈圣皇太后与太监冯保都喜欢书法。所以，神宗很小的时候书法就极为工整。冯保在宫中，被皇帝称作“伴伴”、“大伴”。万历小皇帝对于冯保非常畏惧。每次万历小皇帝与小太监玩的时候，看到冯保来了，就正襟危坐，说：“大伴来了。”冯保的职责不但是对皇帝实行一般的教育，有时还要代皇帝朱批。因此，冯保与张居正之间的联系要紧密一些。实际上，正因为内有冯保，外有张居正，明神宗万历初年的新政才能顺利地推行。大臣与宦官勾结，本来是一件极让人痛心的事情。但是，对于一心为国的张居正来说，对于整个国家来说，未尝不是一件好事。
张居正（公元1525年~公元1582年），字叔大，号太岳，湖广荆州府江陵人。张居正比较喜欢禅学，又曾自号太和居士。张居正对于佛教华严宗的《华严经》很感兴趣。明神宗万历元年（公元1573年），张居正在写给一位朋友李中溪的信中说：“前年冬，偶阅《华严》悲智偈，忽觉有省。即时发一弘愿：‘愿以深心奉尘刹，不于自身求利益。’”其实，明神宗万历元年（公元1573年）至明神宗万历十年（公元1582年）的10年中，辅弼小皇帝的张居正倒确实是全心地为朝廷办事。应当说，佛教华严宗的献身精神，造就了后来“工于谋国，拙于谋身”的张居正。
对于小皇帝，张居正是无比忠心，有时忠心得有点肉麻。例如，张居正有一次在奏疏中对皇帝说：“今伏荷皇上天语谆谆，恩若父子。”40岁的张居正将10岁的皇帝比作父亲，倒也有趣。但是，实际上张居正对于小皇帝朱翊钧的辅导和关怀，也是无微不至的。张居正为皇帝安排了详尽的视朝和讲读的日程表。大至朝廷用人之道，小至宫中的一些小节，张居正都要细细地与皇帝说。有一次，小皇帝朱翊钧想搞一次元宵灯火，张居正就说：“将灯挂一些在殿上，就可以尽兴了。不需要再搞什么灯棚。接下来的几年还要有许多大事，例如皇上的大婚、潞王的出阁，每件事都要花很多钱，天下民力有限，还是节省一点好。“小皇帝朱翊钧倒也知趣，说：“朕极知民穷，按先生的话办吧。”小皇帝朱翊钧对于张居正，也是非常的尊敬，从来不称名道姓，而是称“先生“，所下的诏令，凡提及张居正时，都写“元辅”。万历二年（1574）五月八日，皇帝在讲读完毕之后，听说张居正腹痛，就亲手调制了一碗辣面，并要次辅吕调阳陪着张居正一块吃，其意图是要以辣热攻治腹痛。小皇帝朱翊钧对于张居正，有充满人情味的一面。明神宗朱翊钧听说张居正的父母都还健在，非常高兴，赐给两位老人很多的东西。
万历朝的前10年，明朝政府在张居正的领导下，面貌焕然一新。张居正在政治上推行考成法：内阁稽查六科，六科稽查六部、都察院，六部与都察院稽查巡抚、巡按，巡抚、巡按考察地方官员。这样一来，内阁成为政治运转的中轴，而吏治也得到了很大的改观。在经济上，张居正实行清丈田粮，推广一条鞭法，结果清查出了大量的隐匿、遗漏田地。在税收上则将一切徭役折银，按丁、粮加以摊派，简化了税收的条目，也改变了过去赋役不均的状况。这一切举措，又都是在小皇帝朱翊钧的支持下进行的，对于明王朝的经济状况，有非常大的成效。户部管辖的太仓库的收入，从明穆宗隆庆时期的每年200万两白银左右升至明神宗万历初年平均每年三四百万两白银，京师粮食的贮量也往往是明穆宗隆庆年间的三倍左右。这一切，都是张居正的功劳。只不过，张居正也许忘了，10年间，除了国家财富的激增之外，小皇帝朱翊钧已经不再是昔日的小皇帝了，而是一个成长为近20岁的青年。在明神宗朱翊钧年轻的心中，除了有对张居正的感激之外，是否也有无法施展自己身手的遗憾呢？如果真是这样想，那么要成为大权独揽的真正皇帝，万历小皇帝朱翊钧就必须摆脱张居正的影响。这样的契机直到明神宗万历十年（公元1582年）才姗姗来迟。当初的万历小皇帝朱翊钧，此时已经是大婚4年的青年。
明神宗朱翊钧亲政之后做的第一件大事，就是清算已死的张居正。明神宗万历九年（公元1581年）七月张居正患病。患病的原因，据说是“积热伏于肠胃，流为下部热症。又多服凉药，反令脾胃受伤”。当时一些学者像王世贞、沈德符，都推断张居正喜欢服用春药，以致热气向下或向上发散。张居正在冬天的时候，头上不敢戴貂皮帽，就是因为热气上冲于头。所以说，张居正的病情，实在是因为他的个人生活的奢侈靡烂所致。当然，张居正操劳国事、过度疲劳，亦是病因之一。从明神宗万历九年（公元1581年）到万历十（公元1582年）年间，张居正一直没有请假，坚持办公。次年二月，张居正旧病复发，虽然屡经名医医治，但是张居正自己也知道，自己“精力已竭”，“不过行尸走肉耳”！明神宗万历十年（公元1582年）六月二十日，一代名臣张居正终于病逝。明神宗朱翊钧为之辍朝一天，给予张居正崇高的待遇：谥文忠，赠上柱国衔，荫一子为尚宝司丞，赏丧银500两。
在张居正死后，一些变法期间失势的守旧派大臣乘机反扑，纷纷上奏明神宗朱翊钧，要求弹劾张居正和他的支持者冯保。也许是随着年龄的增长，明神宗朱翊钧对昔日威柄震主的张居正日益不满，也许是在张居正的严格管理下有些厌倦了，当守旧派大臣仍提出这些要求时，明神宗朱翊钧觉得自己真的应该这样做。
明神宗朱翊钧也深知，要想树立自己作为皇帝的权威，就必须摆脱张居正的影响，而要彻底摆脱张居正的影响，就必须清算张居正，推倒张居正。只有这样，才能为自己开始亲政、独揽朝中大权打下牢固的基础。因而，清算已死的张居正成为明神宗朱翊钧亲政之后所做的第一件大事。但明神宗朱翊钧心里明白，张居正在世时，自己曾重用张居正，并许下了多少诺言。而今要实现这个转变，必须寻找时机，找到借口，而且要有计划，有步骤。可从哪里下手呢？经过权衡利害得失，明神宗朱翊钧决定先拿冯保开刀。
明神宗万历十年（公元1582年）十二月，明神宗朱翊钧以欺君蠹国之罪，免去冯保东厂提督之职，抄没其家产。张居正在世时，与冯保互为依存，谁也离不开谁。冯保垮台，张居正必在劫难逃。果然不出所料，明神宗朱翊钧随后将张居正重用的人统统罢免，同时为从前反对张居正的人一一恢复名誉或官职。
明神宗万历十二年（公元1584年）八月，明神宗朱翊钧神宗在都察院参劾张居正的奏疏中批示道：“张居正诬蔑亲藩，侵夺王坟府第，箝制言官，蔽塞朕聪。……专权乱政，罔上负恩，谋国不忠。本当断棺戮尸，念效劳有年，姑免尽法追论。”不久，明神宗朱翊钧又诏夺了张居正所封官职、谥号，其家产被查抄，家人被谪戍。
这时候的张居正一家，已经被抄家。张府人口，一些老弱妇孺因为来不及退出被封闭的张府，饿死十余口；张居正的长子张敬修留下了一份“丘侍郎（哮）、任巡按，活阎王！你也有父母妻子之念……何忍陷人如此酷烈”的遗书，自缢身亡；张居正80岁的老母还是在首辅大学士申时行的请求下才留有一所空宅和10顷田地。张居正恐怕生前绝对不能想到，他死后竟然会遭到一手扶持的明神宗朱翊钧如此无情的惩处！明神宗朱翊钧这种一百八十度的态度转变，显然是他长久地处于张居正的约束之下的心理变态后的大发泄。而张居正的政治悲剧，原因有很多方面。首先，张居正过度自信，没有给皇帝明神宗朱翊钧足够的自信，威权震主，最后才引来了皇帝的报复。其次，张居正执政的时期过于专权，得罪的官员太多。被张敬修骂作活阎王的丘哮即其一。丘哮，诸城人，性格刚直，好争论。明穆宗隆庆年间罢官在家。明神宗万历初年，很多言官向朝廷推荐丘哮。但张居正很厌恶丘哮，没让他重新出来做官。明神宗朱翊钧深知这层关系，等张居正死后，特派丘哮跟太监张诚去抄张家。丘哮用法酷烈，不免有公报私仇的嫌疑。张居正夺情一事，也开罪了许多正直的士大夫。禁讲学一事，又开罪了许多知识分子。最后，张居正对于慈圣皇太后的父亲李伟等人，没有给予充分的方便，以致明神宗朱翊钧清算张居正时，慈圣皇太后并没有为张居正说话。如此看来，张居正是一个极自信的人，所以不能虚己待人，而是过于刻毒专制。所以，张居正招来报复，从某种层面上来说是咎由自取。但是，对于明神宗朱翊钧来说，清算张居正是自己开始亲政的基础，推倒张居正，也就树立了皇帝自己的权威。明神宗朱翊钧称张居正“罔上负恩”，其实他自己何尝不是忘恩负义？
生平最痛心之事
没有立三子为皇太子
按照中国君主专制时代的规矩，皇帝与皇后生的儿子是嫡子，与其他妃子生的是庶子。嫡长子是当然的皇位继承人，如果没有嫡子，则以庶子中最年长者为皇太子。所谓“有嫡立嫡，无嫡立长”就是这个意思。
明神宗万历十年（公元1582年），明神宗朱翊钧嫡子没有出生，而一位由宫女生的皇长子出生了。这位皇长子就是朱常洛，即后来被人们称为“一月天子”的泰昌帝。明神宗万历十四年（公元1586年）正月，明神宗朱翊钧一向宠爱的妃子郑氏也生了一子，取名朱常洵。这位妃子一跃而升为皇贵妃。
群臣们都能看出万历皇帝明神宗背后的意思。没有先封朱常洛的母亲，反而先封朱常洵的母亲。同年的二月，内阁大臣申时行等请册立太子。明神宗朱翊钧说道：“长子年少体弱，况且才四岁，过一段时间再说。”
申时行不答应，并举例说：“四岁还小吗？看看我们的祖宗，英宗在两岁时就被立为太子，武宗被立为太子时才一岁。”
明神宗朱翊钧还是一味地装糊涂。这些大臣认为，明神宗朱翊钧就是想立郑贵妃的儿子为太子。
不久，户科给事中姜应麟、吏部员外沈璟联合上疏道：“郑贵妃虽然贤德，但她所生的孩子是次子，而恭妃（那个宫女）生的是长子，应该主持社稷，为什么反令居下呢？请收回成命，首先进封恭妃，然后再封贵妃。”然后，两位士大夫话题一转，转到了国本问题上来，“皇上应该早立长子为皇太子，以定天下之本”。
明神宗朱翊钧坐不住了，下旨贬姜应麟为广昌典史，沈璟调任地方官。然后，明神宗朱翊钧就跟内阁大臣解释说：“我惩罚这二厮，不是因为他们要我册立恭妃，而是，他们居然推己及人地把我想得如此龌龊，天下人都知道，我朝立太子，自有祖宗成法，我怎么敢随便破坏？”
但明神宗朱翊钧这种解释显然说服不了士大夫们的猜测，刑部主事孙如法上疏，直指郑贵妃。奏疏内容几乎变成了质问：请问，恭妃生长子，已快五年了，您说您按照祖宗成法办事，可为什么不给她们封地？贵妃郑氏一生子，您就加封为皇贵妃，而且又得到了进封，请问，事情在这里明摆着，天下人想不怀疑会遭到天打雷劈的。
明神宗朱翊钧贬孙如法去了潮阳，朝堂之上的士大夫们更加起劲了。御史孙维城、杨绍程又上疏请定太子，明神宗朱翊钧的对策是，谁的上疏只要和国本与郑贵妃有关，谁就被免职。
群臣们前仆后继，都拿自己的前途开玩笑，接二连三地责问。明神宗朱翊钧是兵来将挡、水来土掩。大臣们越是让明神宗朱翊钧立长子为太子，他越是不立。到了明神宗万历十八年（公元1590年），明神宗朱翊钧已经把大明帝国大臣的脑袋砍掉一半了，廷臣们依旧对着深宫中的他大声叫喊：立太子。
明神宗万历十八年（公元1590年）正月初一，明神宗朱翊钧召见大学士申时行等人，申时行乘机再提立长子为皇太子之事，明神宗朱翊钧还是说：太小，等一等。
同年的十月，廷臣以储位未定，交章请册立。明神宗朱翊钧真的是被逼得没有办法了，只好跟群臣们约定：如果在明年春夏之前，没有人再提此事，我就于冬间议行。否则，明神宗朱翊钧只能等到长子十五岁时才立太子。
大臣们见明神宗朱翊钧终于定出了时间，好不高兴。这阵高兴没有过多久，明神宗朱翊钧在第二年的春天又说，明年春天再举行。大臣们觉得不过一年时间，那就再等一下吧。
