清末同治年间，乘兵戎之乱，陇南藏族同胞也相继举事，乃至形成震撼甘川的起义事件。
同治元年（1862）三月，四川藏族人民起义，攻文县野猪关，总督沈兆霖遣副将李玉珍等围剿。文县白马峪藏族银子等率众响应。文县知县常毓坤单骑往抚，被围困两天，遇救得出，回县后协同营兵率民团堵“阴平桥”，县城未被起义军攻破。起义军进攻西园寨，把总阎文科战死。官府调派副将李玉珍等会同固原、洮岷各军，攻剿一年多，藏族受抚，事平。
同治七年十二月，西固（今舟曲）藏族起义，由溪岭山攻至立水沟，都司刘福升前往防御。
同治十年，西固有藏族起义，西固都司派兵镇压。
最著名的是光绪五年发生在阶州所辖西固（今舟曲）瓜子沟起义事件。藏族同胞不满恶劣的生存条件，对土司横征暴敛心存怨恨，加之汉族歧视，藏汉隔阂较深，于是，瓜子藏族同胞起义。这次起义因陷入狭隘的民族主义泥坑，注定了最后以惨败告终。
光绪五年（1878）五月十二日，四川、甘肃等地发生强烈地震。瓜子沟藏族同胞古旦巴之妻羊子满在地震时生一子，神汉喇嘛点纣跳神起名，妄称孩子乃活佛真人，供奉寺宇。古旦巴素业巫师，与喇嘛点纣僧哄动方圆藏族人朝拜，敛钱与众，头裹红巾，执刀跳舞作神语，宣称“活佛当有天下”，将来定可坐朝，口称天摇地动，劫运将至，惟跳神造反方可幸免。有活佛保佑，打仗刀枪不入，摇头城墙即倒。受蛊惑的藏族民众如醉如痴，互相传播，煽众日多。又称活佛生下就会说话，活佛有言，刀枪作祟，应将起义军所有刀枪带来瓜子沟缴验。旋传鸡毛竹令，命各藏族聚会，煽动起事，不从者有灾，从者无事。古旦巴已约四千余人。哈力纠串西岔、东岔各处藏族1000余人。巩秦阶署正派土千总李抚西随同委员发放受灾起义军赈粮银钱时，有探子报告瓜子沟事。说古旦巴跳神弄鬼，四处串联，加紧备战，胁令弓坝、铁坝河、阴山、阳山、陵家山等处藏族，每户派精壮男丁一二名，并确定了联络头目。西岔哈力在西岔、东岔跳神煽动，口出狂言，两名同庄起义军拒不信服，哈力即砍杀之。哈力有命案在身，又因屡遭土千总部属鲍长限讹诈，心怀仇恨，首先起来造反。烧毁千总房屋，烧死千总父亲，偷窃了鲍长限两头骡马，到瓜子沟会合，与古旦巴约定于光绪六年（1880）三月初三起事，由西固、阶州入川，大事可成。煽动聚集40多个番庄，裹胁起义军五六千人。前巩秦阶道龙锡庆出示晓谕祸福，又派洮州土司杨作霖、宕昌土司马承烈先行开导，令其迅速解散，如执迷不悟，立即调兵剿捕。古旦巴不听劝阻，执意起来造反。劝谕不成，遂用武力征剿。
清廷调用强大兵力，迅速平定这次起义。陕甘总督左宗棠正在集中兵力收复新疆，奉命坐镇哈密指挥。命前巩秦阶道龙锡庆、阶州同知肖逢元和游击陈再益火速设兵布防，又调秦州游击田连考驻扎巩昌，防营提督张祐庭、程文胜，各带步队速往“番地”会剿；又命河州镇总兵沈玉遂及副将沈福田、马占鳌带马队四旗及总理关内营务署兰州道刘璈，带步队一营，前往会督剿办。古旦巴起义的目标是“入川坐朝”，而起义军地境与四川松潘等处藏族聚居区相连，一旦松潘等地藏族响应，其势很难处置。于是又命四川督宪丁宝祯设兵堵截。丁宝祯令提督莫组促率长胜全军、李培荣提督率寿字、泰安等营迅速在松潘等处沿疆扼守提防。又令民团、藏团等协同作战。平定藏族起义的天罗地网已经撒开。龙锡庆等于阶州、西固城守护，同知肖逢元等，督团众严扼杀贼桥。务期迅速平定起义，防止事态漫延，造成后患。
《光绪朝东华录》对平定瓜子沟起义的经过有着详细的记载：
三月初五，古旦巴同哈力番族两千余人，攻哈河坝民堡，次日将民堡攻破，杀贼桥团勇突至，武坪良番团练旁出攻击，遂被番团擒获。
初八日，阶州游击提督陈再益带所部亲兵及阶州制兵防勇，进驻杀贼桥。初九日夜，南峪寨汉民请兵救援，称番众攻堡甚急。官兵于初十日天明抵达南峪寨，番众畏战已退踞离寨10余里的黑松坪，侦察得知，有大小头目十数，番众七八百人。陈再益潜师急进，派左哨绕道由山脊从其后，自带中哨及亲兵防勇，由猫儿寨直捣其巢，团勇继之。五鼓抵黑松坪，叛番惊慌拒战。陈再益指挥列队冲杀，前后夹击，枪炮齐施，刀矛并举，叛番不能支持，弃巢败逃。官军整队追击，一名陈亡，十余名受伤。陈再益部驻扎南峪寨。
十七日，杀贼桥飞报，西岔叛番二三千人，逼近杀贼桥，围攻大寨子，烧毁房屋。陈再益潜师夜行，十八日黎明抵杀贼桥，官军潜伏大寨子前后村庄，命团勇出庄搦战，叛众见系团勇，蜂涌向前迎战，陈再益挥队猛扑，立毙数十，惊骇而逃，追至冷水泉，日暮收队。同时，同知肖逢元率团勇攻毁峰崖叛番村庄。叛番被逼，四路逃窜。
十八日，陈再益率兵团分三路进攻西岔，命哨长游击易恒盛等由小真庄，游击李玉荃由东岔，自率亲兵向八楞寺进击，叛番凭险抗拒，官军以劈山炮测准轰击，抛掷火蛋火箭纷如雨注，叛番不支，弃巢纷向西岔、阴山遁去。恒盛队伍早至山麓，遇树林中突出股番数百，即奋威截杀。李玉荃进剿东岔阴山，亦获胜，合队踏毁叛巢十余处，傍晚收队。洮岷协副王仁和抵西固扼扎梁家坝地方，探悉相距15里之通花头庄，为进兵要道，三更出队，街枚疾走，二十五日天刚亮，号鼓齐鸣，拒守通头庄叛番惶惧失措，斩十余名，坠崖落涧死者十数名，其余逃遁。
二十二日，王仁和、陈再益会剿青山叛番，夜半叛番一二千来扑，官军不动，伺稍懈怠，急起攻之，大溃，追至大草坡。提督张祐庭、程文胜，秦州营游击田连考各率所部步队，陆续抵阶，择要驻扎。二十二日，提督张祐庭、程文胜等，分三路直捣三角坪。二十三日由阶州攻击大真庄。田连考二十三日由阶州进剿重山子攻克头岭，二十四日攻克二岭、三岭。二十五日黎明，叛番蜂涌来扑，田连考挥兵猛击，跟踪穷追，官兵阵亡2名，带石伤者10余名。连捷之后，各番族见妖言无灵验，去逆效顺者颇多。
四月初八日，洮岷协副将王仁和、副将马占鳌、沈福田、土司杨作霖各率马步，分三路攻上骡驼、下骡驼各庄，杨作霖率蕃兵压住山梁要路，放炮为号，各营勇躬冒矢石，一鼓并进，攻破卡隘，追杀数里，夺获军械100余件。利族、公坝、铁坝等叛番，缴械投诚30余庄。风凹、立子庄之上面，大草坡叛番扎木垒2座，纠集下猴子等处叛众，蜂屯二垒前左右。左旗陈再益、虎威营田连考、左路后营李志刚等于初八日分三路进攻，火箭喷筒齐发，士卒奋勇而登，立破两垒，夺获军帜50余件。师抵下猴子庄，叛众迎战，各营会合奋击，直从山梁压下，连攻两卡，破叛巢三处，其余乞降。上猴子、下猴子、上达凹、下达凹等十余庄，亦相率呈缴军械，望风归附。官军阵亡8名，受伤20余名。
初九、初十、初十一等日，杨作霖及团练擒献小头目10名。王仁和于初十日选勇10名，派杨作霖、眼线马希融带蕃兵枪手50名，降番20名，授以机宜，潜伏瓜子沟要道。十一日黎明，该降番袭夺古旦巴之子急奔以出。古旦巴党闻活佛既失，解散颇多。
十六日，沈玉遂约陈再益、田连考、李志刚等率队由三洞沟进，王仁和、马占鳌、沈福田率马步队由铁坝进，自率前右两营由瓜子沟进。叛番于沟口设卡，滚石乱掷，师不能前，各勇用劈山炮轰击，叛众弃卡窜入老林山顶。晓以利害，众旋来降，开造户口，计男妇200余人。点名查验，内有古旦巴兄屈五、叔那勒喜、弟增周及侍奉伪活佛之和尚老核四犯，拟与伪活佛一并解省审办。
十八日，瓜子沟东南卜尔河、洋淌等庄番目悉来，领良民白旗乞抚。至此，黑番四旗一律归顺，唯古旦巴先已潜逃，各军赴山搜索未获。二十日，前署兰州道刘璈抵瓜子沟，与沈玉遂会商，一面召集逃番，谕令捕获者可将功补过并于重赏。二十三日，即据缴献助叛之喇嘛点周、双剑二犯，讯悉古旦巴党羽分逃不久，当令该番根协仁武等跟踪追捕。陈再益亦派兵丁李仓等搜缉，遂于二十四日傍晚，在离瓜子沟60里之粗武扎罕山崖，擒获首犯古旦巴及其妇羊子满并落带山首匪五斤半，同日拿获到营。
这次起义自三月初五日到四月二十四日古旦巴被官军擒获，历时50天，分别良莠，宽严互用，以军威征剿，以仁义分化，速战速决，很快平定起义。涉及范围，东起瓜子沟，西到南峪寨，北至白龙江沿线的上猴子、下猴子等地。古旦巴、五斤半、喇嘛点周、双剑就地正法。藏汉人民生命财产均遭受巨大损失。
起义平定后，清廷对藏族恩威并举，剿抚兼施，妥善安置了善后事宜。左宗棠呈报朝廷曰：
臣等查番地自上年地震之后，继以水灾，情形本属困苦，今复遭古旦巴之乱，藏汉人民转徙流离，尤堪怜悯。幸仰仗皇威，迅就扑灭，且分别良莠，剿抚兼施，岂能让普通百姓受此浩劫。应将兵勇次第撤退，使逃难男妇及早复出。此时春耕已过，极须等办赈齐，一面酌给籽种，赶种杂粮，庶秋收有望。陕甘总督府两次解赈捐银一万两，火速赈济番寨，以解民苦。
六年，夏秋均称丰稔，粮价平减，民生基本好转。十月，左宗棠奏请酌减穷苦藏族贡马。
在这场战乱中，番地三千里，既遭逢藏族起义战火，又遭兵扰，百姓纷纷逃跑，家中的粮食、牲畜，大半焚掠一空，残酷的战乱，给当地藏汉人民带来严重破坏。
今沙湾镇沟门前村的全家庄，山上有一仙人洞，洞口大石上有古诗一首，诗曰：
四月清明景最新，闲游古洞访仙人。干戈未定欲逃避，穷谷无如此地真。
——光绪六年孟月二十日作，湘亭申式南携亲友董会德因避番逆来游此地，拙录七言绝句以垂不朽云。
这首诗是对这次战乱的真实记载。
瓜子沟藏族人民抗清起义，是一次大规模的武装起义，震动了清朝政府，清廷不惜调集大军进行镇压。这次起义，是对清朝统治的沉重打击，其影响是深远的，也动摇了土司制度的统治基础。据载，宕昌马土司奉命带领藏兵100多人参与镇压。巩秦阶道台龙锡庆还收马土司为干儿子，并赠“永荷龙光”匾额一面。废除土司制度后，改土归流。但是起义地区的经济、文化状况，始终未能得到大的改观。
