文人从军，古已有之，但是作为后世的旷世大儒的黄宗羲，他从军的目的只有一个，即恢复祖国。他对自己一生的概括是：“初锢之为党人，继指之为游侠，终厕之于儒林，其为人也，盖三变而至今”。
在明末清初的遗民大儒中，黄宗羲可以说是唯一的有真正率军打仗经历的一个。就在各地抗清活动如火如荼展开的时候，他毅然毁家纾难，迅速组织了一支抗清武装，名曰“世忠营”，并且听命于鲁王政权的调遣。他的军队纪容严整，士气高涨，所到之处受到广大民众的强烈支持。可惜他所效忠的朝廷并没有给他太多机会，他的军事思想、策略都没能被采纳，很快他的部队便被剿灭了。
投奔福王，遭阮大铖清算
崇祯十七年（1644）四月崇祯帝自缢，明王朝终于在明末农民起义的风雨中崩溃。不久，清军又攻破北京，建立清朝。这年五月，马士英等明朝旧臣们又在南京拥立福王朱由崧，建立了南明弘光政权，企图与清廷对抗。这个时候黄宗羲正在杭州与其老师刘宗周商讨救国之策。
很快，福王“监国”的诏书就到了杭州，黄宗羲闻讯后立即急匆匆地赶赴南京，他想上书朝廷，提出心里酝酿已久的关于重整朝纲、挽救大明的政见。殊不知，南京等着他的却是一个由阮大铖蓄意策划的一网打尽复社志士的阴谋，而黄宗羲自然也在这些复社志士之列。
阮大铖为什么不顾南明小朝廷的存亡而要一意迫害这些反清复明的志士呢？这还得从复社及其发表的《南都防乱公揭》说起。
黄宗羲早年所参加的复社是明末南方规模最大、影响也最大的文人社团，这些文人集会除了讨论文章之外，更是集成了之前东林党的传统，敢于议论朝政，抨击时弊，因此，这个复社已经不是单纯的文学团体，而是一个政治色彩十分浓厚的团体。而复社最大的一次政治斗争正是声讨阉党余孽阮大铖，黄宗羲便是此次活动的牵头者之一。
崇祯十一年（1638）七月，黄宗羲、陈贞慧、吴应箕等人，组织了复社中一百四十八位文人共同签名，发表了声讨阮大铖的《南都防乱公揭》。
阮大铖本来是魏忠贤跟前的一名走卒，曾经参与阉党迫害东林党人的活动，因此遭到复社文人的痛恨。崇祯初年，阉党失势，朝廷在处理阉党逆案的时候，由于证据不足，阮大铖仅仅是被削职为民，对此东林、复社人士当然是耿耿于怀。黄宗羲就曾咬牙切齿地说过“阮大铖实杀其父”。
其实阮大铖和复社文人之间的恩怨也并不是这么简单。阮大铖在早年的时候政治态度也是倾向于东林党人的，他与东林大臣左光斗室安徽老乡，都是桐城人，关系很好。他在进士及第后也想借助东林党的名声为自己的仕途开路。不可否认，阮大铖是一个善于在官场钻营的人物，为了争得朝中的一个职位，他终于决定背叛东林，转而依附此时权势正如日中天的阉党集团。起初阮大铖对东林党还是很忌惮的，他在阉党集团里处事相当谨慎，每次去拜访魏忠贤所送的名帖，他都背地里又花重金取回，也正因如此，众人虽然都知道阮大铖和魏忠贤过从甚密，却无“片字可据”，不能将其严惩。
但是复社是不是对阮大铖也“量刑过重”了呢？
从当时实际情景来看，在阉党迫害东林文人最为肆虐的四年（天启四年至天启七年）之间，阮大铖在京任职也就短短几个月的时间，所以不可能对此事涉足很深，最多也就是口头上表态同意迫害东林党人罢了。钱秉镫就说过，天启党祸并不是阮大铖所能为之的，他最多也就扮演了替阉党兴风作浪的一个小卒的角色。但在逆案判决的时候阮大铖的罪名是“阴行赞导”之罪，阮的心里自然不肯服气。其实也有不少复社的人如王思任、夏完淳等也认为对阮大铖的过错定得太重了，所谓“阮之阿珰，原为枉案”。
后来，阮大铖为了讨得东林、复社清流的谅解，还特意创作了戏曲《春灯谜》等，虽然此时有点见风使舵之嫌，但认错态度还是很好的。他在戏曲中用心良苦地说明自己当初依附阉党纯粹是一时的糊涂之举，现在已经决定痛改前非，改邪归正了，如此云云。
既然如此，此人也并非不可争取，至少可以让他乖巧上一段日子。但黄宗羲等东林复社人士对阮采取的是完全摒弃、仇视的态度，不仅不给原谅他的机会，而且又将其往前逼了一步。当时阮大铖在南京躲了一段时间后，发现边事四起，又开始积极活动起来，常常与当地的一些社会名流来往，并且时常流露出自己的济世报国之志，想重新登上政治舞台的意图十分明显，这时，以黄宗羲、顾杲为首的东林后裔、复社人士给予其沉痛的一击，基本上就是不再给其政治上的出路，果不其然，《南都防乱公揭》一出台，阮大铖是声名狼藉，他只好偷偷跑到南京城外的牛首山躲了起来，此后五六年一直不敢公开露面。这样一来，阮大铖的心里必然就播下了仇恨的种子，最终在弘光时对复社人士进行了疯狂的报复。
其实现在回头来看，阮大铖虽然为了自己的政治目的而投靠过阉党势力，但其个人的能量毕竟有限，并且还不一定是一个不思悔改的人物。但东林、复社文人对其采取了一种比较偏激、也很决绝的态度，这也就将其完全推到了自己的反面，应该说这样做对整个朝廷大局也是不太好的，虽然他们的这种愤恨之情可以理解。近人陈寅恪也认为黄宗羲等东林少年将斗争的矛头集中于阮大铖一身，杜绝了他改过自新之路，实在是“持之过急”，似乎也有点过头了。
不管怎样，阮大铖的密友马士英最终因拥立福王有功，成了福王跟前的红人，把持着弘光政权朝政大权的马士英很快就让阮大铖当上了兵部侍郎，不久又升为兵部尚书。郁闷已久的阮大铖认为自己等待已久的时机已经来了，所以重新得势后的阮大铖首先要做的不是去抗击清兵，而是要打击报复那些把他害得犹如丧家之犬的复社文人们。很快，他拟出了一份黑名单，名曰《蝗蝻录》，名单上足有上千余人，而黄宗羲自然也在其中。
在黄宗羲从杭州来南京之前，当时的礼部官员周镖、原东林官员徐石麒、吕大器等都已经遭到阮大铖的清算，黄宗羲的老师刘宗周也被罢官回乡。黄宗羲到南京之后，和顾杲、陈贞慧等人也很快就被逮捕，幸而顾杲有一个在福王朝廷中任职的亲戚从中帮助，设法拖延了案件的审理。直到第二年，清军攻破南京，福王政权覆灭，黄宗羲等人才得以死里逃生，回到了浙江家中。
就这样，黄宗羲本来想去投奔福王为国效力，却遭到了阮大铖的清算，在大牢里关了几个月，无功而返。
弃文从兵，投身恢复大业
早在北京陷落的时候，黄宗羲随老师刘宗周去杭州，在杭州的海会寺与章正宸、朱大典、熊汝霖等人就已经筹划过“招募义旅”，准备武装抗清。后来由于听说福王政权在南京成立，师徒二人赶着去南京，这招兵买马的事情才中断了下来。
在南京福王政权灭亡，黄宗羲回到浙江后，抗清的局势又发生了很大的变化。
由于南京弘光小朝廷的覆灭，南明政权出现了权力真空，正所谓“国”不可一日无主，一些明朝的旧臣们又纷纷拥立新主，浙东有原明朝兵部尚书张国维等拥立的鲁王政权，福州有原镇江总兵官郑鸿逵、泉州总兵官郑芝龙等拥立的唐王政权。
浙东的抗清形势则更让黄宗羲感到振奋。在宁波的原明刑部员外郎钱肃乐联合驻兵定海的原明总兵王之仁共同响应、奉迎鲁王监国；在余姚的原明兵部郎中孙嘉绩、户部给事中熊汝霖率众起义，将受清命署知县事的王元如一举擒杀，投怀于鲁王政权。这些浙东旧明官兵和广大民众同仇敌忾，大有与南下的清兵决一死战的决心和气势，此时黄宗羲也深为局势鼓舞，并且再也按捺不知内心的冲动，决定以自己的实际行动投入到如火如荼的抗清斗争中去了。
于是，黄宗羲和弟弟黄宗炎、黄宗会一起，变卖掉家产作为组建抗清队伍的经费，迅速招募了当地的弟子三百余人，建立了一支抗清武装，这就是“世忠营”。在队伍组建完不久，黄宗羲就率领着他的“世忠营”投奔了鲁王政权，并听命于鲁王政权的调遣。
此时鲁王政权的实权已经落到了原明总兵方国安、王之仁等军阀的手中，而这些人手中一旦有了权力便不思进取，并没有把抗清军事斗争放在首位。作为一名军事首领，黄宗羲也不时向朝廷陈述当前应该采取的军事策略，甚至直接给总兵王之仁写信提出自己的想法，但都得不到掌权者的认同和采纳。
我们不妨看看黄宗羲的军事战略思想。
首先，黄宗羲认为面对强大的清军，抗清部队要有破釜沉舟的坚定信念。破釜沉舟可以追溯到西楚霸王项羽，可以说这是一种心理战，可以激发起士兵身上无限的潜能。试想一支没有做好必死准备的部队，又怎能同眼前的清军抗衡呢？
其次，黄宗羲认为必须要改变“放船鸣鼓，攻其有备”的军事姿态，积极寻找战机，歼灭敌人有生力量，说白了就是后来的游击战、运动战。至于游击战在以弱对强的战争中发挥的重要作用，我们后来的抗日战争、解放战争都是证明了的。
就从以上两点，就可以看出黄宗羲卓越的军事才能。若不是明朝大势已去，黄宗羲最终成为一名将领而非儒生也未可知。当然，历史是经不起假设的。
黄宗羲的策略也并非没有一个人赞同，孙嘉绩就深感黄的分析有理，甘拜黄的下风，把自己所率的“火攻营”交给了黄宗羲指挥。不久，黄宗羲又联合了王正中的兵力，加上自己本来的“世忠营”，黄宗羲手下也结集了三千余兵，于是他果断渡海西进，一举攻下了钱江西岸的潭山。
黄宗羲这支抗清队伍取得的暂时性的胜利极大地鼓舞了该地区的反清力量，许多活跃在该地区的部队与黄的部队实现了会师，而且准备积极向西发展，与太湖地区的抗清力量会合，以形成大的气候。
黄宗羲的这支“世忠营”军纪严明，士气高涨，因而所到之处受到广大民众的热烈支持，用箪食壶浆来形容也并不为过，可以说这就是黄宗羲军事生涯最辉煌的时候了。可惜好景不长，他的部队就要走下坡路了。
就在黄宗羲率领着部队向太湖地区进发时，遭遇了清军的主力，只有几千人的部队严重受挫。而稍后清军就渡过钱江，直取鲁王政权了。负责守城的方国安等人在面对清军攻击时不堪一击，虽号称有十万之众，却都不战而降，更为讽刺的是这个方国安还挟持了鲁王逃走，想把鲁王当作他投降清朝的见面礼。用人用成这样的政权就是亡十次也不为过。
幸而鲁王还是从方国安手中逃脱，转到了闽浙沿海地区继续活动。只是这钱江正面战场的全面溃败对黄宗羲的部队来说有着很消极的影响，黄宗羲再也无心恋战，当即撤兵，在四明山建立了根据地，正所谓留得青山在，不怕没柴烧。只不过这个时候黄的士兵已经由最盛时期的三千人锐减为五百多人。退守四明山后，黄宗羲将部队交给茅瀚、汪涵两位将领，自己则微服出巡，去寻访已经撤至海上的鲁王政权取得联系。
只是，中国有句古话，叫“屋漏偏逢连夜雨”，就在黄宗羲离开部队没多久，他的这支“世忠营”就出事了，而且是灭顶之灾。
其实黄宗羲在下山之前就已经交代了两位将领，要他们静静等待，不可扰乱山民。但是黄离开后不久部队的粮饷就已经告尽，无奈之下茅、汪两人便纵容不下就近取粮，实际上也就是跟附近的山民抢粮，结果与当地山民发生了不小的冲突。一天夜里，当地山民聚众数千，一把火烧了军队的大寨，士卒们也多为愤怒的村民们所杀，包括那两个将领。
就这样，倾注了黄宗羲大量心血培植的一支抗清武装，最终不是被清军，而是被民众了解了，结局颇为悲惨。
当黄宗羲返回四明山时，才发现自己的部队已经荡然无存，而自己也成为清廷通缉的反清武装的头目，为躲避追捕他只能到处躲藏，过上了风餐露宿的流亡生活。
此后，黄宗羲就再也没有亲自率兵抗清了。
黄宗羲本来就是一个不折不扣的文人，文人带兵打仗，这已经是一个国家，一个王朝的悲哀了，更何况这个肯为国卖命的文人却没有得到朝廷的重用。
迟到的“仕途”
早在故明时期，黄宗羲就想通过科举出仕来为国效力。只是和许多怀才不遇的封建士子们一样，黄宗羲虽然胸有大志且学殖深厚，但他在科举场上却是屡屡败北，一直没能取得功名。也正是这样，黄宗羲看科举制度的腐朽本质才更为透彻，更为入骨。从此以后，他便抛弃了急功近利求仕的浮躁心态，开始研究一些实用的学问，即所谓的“为学须为世用”。此间也有朋友推荐他做“中书舍人”，但被他回绝了，可见他对仕途已经失去了兴趣。
黄宗羲在率领他的世忠营拥戴鲁王之初，就提出要以布衣的身份参与军事，他对鲁王说：“陛下待以宾友，则贵于宰相矣，何必自屈其志？”只不过鲁王没有答应他的请求，最初给了他一个职方司主事的官儿，领正六品的衔。职方司是兵部四清吏司之一，一般设郎中、员外郎各一人，主事二人，主要就是负责舆图、军制、城隍、镇戍、简练、征讨等各方面的日常事务管理。后来，经过朝中其他人的推荐，鲁王又改任黄宗羲为监察御史，仍兼职方。所谓监察御史则主管纠察百官的不端言行，可以参奏弹劾大臣。
在担任监察御史一职后，黄宗羲更是死心塌地、殚精竭虑地投入到鲁王朝廷的“恢复”大业中了。首先他要着手的就是整顿朝纲，整顿朝纲的过程中他努力做到坚持原则，据理处断，当然，这也是由他耿直的性格决定的。
顺治三年（1646）二月，鲁王政权邀原来弘光政权的总兵刘泽清的手下悍将张国柱来浙东助战，共同抗清。这个张国柱是草莽出身，在还没有与清军交手之前，就先在防区内大肆抢劫，而这时软弱的鲁王朝廷却试图对其采取绥靖政策，甚至想要给他封爵。就在这时，黄宗羲明确提出反对，他认为朝廷的这种绥靖政策无异于纵虎为患，而且这样也会让那些有功之人无以立足。后来经过协商，最终只让张国柱做了个胜虏将军，没有给他张牙跋扈的机会。
