2006年，正当深圳马不停蹄地在自主创新的道路上大步前进之时，深圳的自主创新的成果也引起了国家的重视。国家调研组、中央各大媒体先后抵达深圳，了解深圳自主创新的经验，分析深圳自主创新的原因，其目的就是希望深圳能成为国家第一个自主创新示范城市，继续为建立创新型国家探索经验。
深圳，作为中国改革开放的窗口，制度创新成了时代赋予的重大使命。
深圳要学习国外先进管理，既要与国际通行规则接轨，又要有所选择因地制宜，既要兼收并蓄，又要创新发展，可谓是任务艰巨。
一、政策创新
深圳的创新是从政策创新开始，中央决定特区建立，就是给政策，给特殊政策，中央财力并没给多少钱，许多优惠政策发挥了巨大威力，没有人才，政策引来人才、没有资金，政策引来资金、没有资源，政策组合资源。一句话，政策对头，人气大增，财源滚滚。
1.应用政策创新灵活
应用政策就是使用中央给深圳的特殊政策。在这方面深圳人真正做到灵活、变通、到位。深圳的优惠政策是具体内容是什么呢？
一是赋予特区以一定的自主权，建立新的适合经济新体制。
二是对在特区投资办厂的外商减免税费。
具体的优惠政策主要有四个方面：
（1）税收优惠。特区内企业一律按15%的税率征收所得税；外商从企业分得的利润允许汇出境外并一律免收所得税。
（2）土地使用方面。可以获得土地使用权，并在使用期限和收费标准上给予优惠待遇。
（3）产品销售方面。特区内外商企业产品出口，免征海关出口税和工商统一税，并允许一定比例的产品内销。
（4）外汇管理方面。外商的合法外汇收入可汇出境外，外商企业可互相调剂外汇余缺等。
这些政策在30年后的今天，感觉不出怎么优惠，人们也无法体会到这些政策的优惠程度，所以，将其中的一些主要内容同内地以及十四个沿海开放城市的政策作一个比较，其优惠程度就一目了然。
在所得税发面的优惠：
（1）特区合资、合作、独资企业所得税率为15%。
内地的合资企业所得税率为33%。合作、独资企业的所得税30%—50%。十四城市按内地税率打八折计算征收。投资在3000万美元以上的技术密集、知识密集企业等回收投资时间长的项目，经财政部批准可按15%征税。
（2）特区三资企业分得的利润汇出国外时，免征所得税。
内地和十四个城市都是按汇出额征收10%所得税。
（3）特区对属于产品出口70%的企业和技术先进企业按10%征收所得税。
内地原税率按33%征税的产品出口企业和技术先进企业，减半征收所得税。十四城市原打八折计算的按24%征税，原减半计算的按12%征税。
（4）特区内的国营企业和内联企业所得税率与三资企业一样。按15%征收（厦门对内联企业按15%税率，对当地的国营企业仍按55%税率征收）。
内地和十四城市均无此项优惠。
特区内其他优惠政策，都比十四个沿海城市与内地优惠。有了这些对比，特区的政策优势不言而语了。
尽管政策很优惠，在应用方面，还要用创新的精神将中央的政策用足、用活、用好。有句顺口溜概括深圳应用中央政策的经验：“遇到绿灯跑步走，遇到黄灯快点走，遇到红灯绕着走。”“绕着走”今天看来不合时宜，但在当时思想僵化、墨守成规的年代里作为经验推广，具有一定的积极意义。
这就是深圳应用政策上的创新，实际上，深圳的这种创新就是用“足”了政策，用“好”了政策。
2.政策创新步履维艰
特区刚刚建立时，每前进一步都要冲破禁区，因为在计划经济政策禁锢的时代下，每跨越一步都相当的艰难。政策的创新是特区政府的首要任务。无论是奖金政策的制定，还是工程的招投标，土地的招拍挂，还是政府采购的公开化，都是深圳乃至全国政策创新的典范。
1984年，深圳要建国贸大厦，争论一直没停，从要不要盖这么高？到究竟要盖多高？
在国贸开始招标设计38层时，很多人叫喊起来，深圳盖这么高的楼没必要。当时附近最高的建筑是门诊部一侧的深圳宾馆，只有4层楼高。当时的深圳市领导高瞻远瞩，一开始就要求，要把国贸大厦建成深圳的标志性建筑，要至少30年不落后。楼层数量也从最初的38层，修改为40层、43层、45层、48层到地下3层、地面50层，楼层高度是160米。在地下建停车场全国首例，楼顶第一个建直升机场，第一个建旋转餐厅。
实际上，当时深圳每一个创新都备受争议，都要顶着各方面的压力，都要与传统思想较量，现在已经是深圳瓶颈路段的深南中路统建楼路段，在建设之初就饱受争议，当时有人嫌路修得太宽，说“深圳是败家子，修条马路还要搞这么宽”。
尽管深圳每走一步都阻力重重，但是，深圳人凭着坚毅的性格、拼搏精神都闯过来了。而且在每个重大历史时期，总是与时俱进，政策先行，政策创新，引导社会重大进步。当深圳经济转型，结构调整时期，新的政策及时解决经济结构调整中的问题，特别是深圳发展高科技产业，企业走自主创新之路，深圳政府出台了“22条”等一系列扶植科技创新的政策与法规，极大推动了一大批深圳自主创新的企业快速发展，深圳发展高科技、自主创新的大环境初步形成。
2006年1月5日深圳市委市政府出台的“一号文件”枟关于实施自主创新战略建设国家创新型城市的决定枠，是深圳市政策创新的一个标志性文件，具有深远的历史意义。
这个标志性文件，给深圳高新技术企业创造了一个很好的历史机遇，各企业不仅要享受已有的政策，更要积极主动地“善用政府资源”，捕捉发展机遇，迎来深圳高科技的发展、自主创新的黄金时代。
随着特区的最后一项经济优惠政策——企业所得税优惠宣告结束，深圳政策优势画上了休止符。往昔的优势没有了，怎么办？深圳人不沮丧，不气馁，不等不靠，自我调整，凭自己的“绝技”，自创优势，积极应对，参与竞争。深圳人的“绝技”是什么呢？就是在改革开放浪潮中的练就的创新本领。深圳人就是凭着这种创新本领，又开始了深圳新的政策创新。新的政策创新就是调整产业结构，政策创新发展高科技，政策创新发展高端服务业，政策创新发展文化产业。在产业政策、税收政策、金融政策、人才政策和政府采购政策等方面与时俱进，不断创新，推动了以高科技为主线经济高速发展，才创造了深圳今天的辉煌。特别是在发展推动自主创新、发展高新技术产业方面，切实做到放手不撒手，放手不越位、放权不放责，放责不缺位，创造了宽松和谐自由的创新，使政策发挥了最大效应。
3.政策环境优化配套
面对深圳的资源紧缺，深圳重新审视自己的资源理念，将无形资源视为以后经济增长中更为重要的生产力要素，把主要精力放到无形资源的开发和利用上。同时，“政府放手不放责，政府的责就是服务和维护场地”，出台政策，营造环境，“清理场地障碍物”。深圳每年不仅要出台新政策，而且“每年必须要做的一件事情，就是梳理、筛选所有文件，凡是与自主创新政策相抵触的，阻碍企业创新的条条框框，均一律调整或清除。”
2006年初，深圳市政府的一号文件发布后，20个配套文件也相应诞生。这1+20的政策体系，不仅形成了促进深圳自主创新的政策框架结构，而且，使深圳的创新环境有完整的政策保障。深圳的自主创新实现了从产业发展战略到城市主导战略的历史性转变。
2006年7月1日，我国首部改革创新保障法规——枟深圳经济特区改革创新促进条例枠正式施行，使改革创新制度化、规范化，实现了创新从观念到创新机制建立的实质性跨越。
二、管理创新
第一，雪中送炭，解决输血问题——实施“创新型企业成长路线图计划”。
该计划是深圳市科技创新扶持资金的操作指南，操作性很强，有11项资金计划与拨款制度程序，与创新链匹配，基本覆盖了自主创新的各个领域和环节，大大提高了资金计划的针对性和政策引导功能。每个计划都根据其自身规律，确定创新的“关键点”，而政府的投入也与其一一对应。
各类创新的团队或个人，可以按图索骥，根据自己所处状态，寻求政府相关支持。让你心中有数，知道遇到困难找谁，怎么找，能得到什么帮助。
在制度创新上，深圳市政府不仅研究企业创新的规律，研究资金使用方向，哪个环节资金链最容易断裂？什么时候最需要支持？而且做到雪中送炭，让政府的这把火，加在创新最关键的环节。
管理制度创新后，拨款制度真正成为影响市场创新行为的杠杆，企业只要拿来证明，政府就给“报销”。据统计，2007年到深圳市科技和信息局申请“报销”研发费用的企业有500家，2008年提出申请的企业到目前为止已经有900家。过去很多没申报过项目，“不玩了”的企业现在来了。创新火起来了，风险投资等机构也陆续跟进。
据统计，“十五”期间，深圳市财政性科技投入达82亿元，带动企业投入研发经费400多亿元。2006年深圳市全社会研发投入占GDP的比例达到了3.28%，大大高于全国1.44%的平均水平。
第二，锦上添花、解决造血问题。
为重奖那些在科技创新做出重大贡献的企业与个人，2006年，将全市科学技术奖励资金从过去的800万元提高到2000万元，建立了长效激励机制。
为使奖金落到实处，真正奖励那些突出贡献的企业与个人，深圳市科技局改革计划经济体制下，科研经费一直以“资助项目”的形式，先由政府列出申报目录，企业申报项目，再由公务员评判选择的做法，现在采取全新的模式，“广泛受理、分类评价、量化指标、选评结合、政府主导、民间参与、以人为本、突出创新”，让奖金落实到那些真正该奖的人身上。
深圳重奖科技勇夫的做法，意义深远，领先全国，深圳在点燃创新圣火之后，又着力优化科技创新的政策环境，激活创新的细胞，让创新企业、个人、团队一起参与竞争，多轨道赛跑。
作为营造优化创新环境的两个重要杠杆，政府拨款和奖励制度的改革首当其冲。深圳要做的就是在市场机制下，有利于企业创新的拨款和奖励制度，让政府的钱真正发挥“四两拨千斤”的作用，杜绝有些政府对企业的“层层扒皮”的现象，使资本向创新型企业集中，并覆盖到创新链条的各个环节。
把创新资源的配置权交给市场，把创新投入的话语权交给企业家。这是深圳的做法。
深圳拨款制度也实行了重大改革，最大的变化有两点：
一是从原来单纯支持项目变为支持整个产业创新链，让各个环节都能享受到政府支持。
二是研发资金对企业的资助从事前拨付变成事后“报销”，企业科研投入越多，拿到的资助就越多。
管理办法上的创新，让深圳有限的投入发挥到了最大的效应。
第三，培土生金，促进血液循环——让奖励匹配“创新链”。
为了突出创新，深圳把经营模式、资金运作等管理方面的因素也加入了考量指标，将原来单一奖励创新项目改为奖励创新项目、创新团队和创新人才三者合一的全方位奖励，对创新链的各环节设奖，力求覆盖从理论研究到成果转化、产业化，从高等院校、科研院所到企业、个人的各类主要创新活动。与资金链相连，着力建设一条与创新链相匹配的“奖励链”运行机制。由于奖励制度的改革，激发了创新人才的积极性，科技创新奖的申报非常踊跃，说明了人们创新的积极性空前高涨，仅2007年的科技创新奖申报数量达到560项，是前两年的总和。
奖励政策的改革，建立了“以市场为导向”创新的评价体系，以往成果鉴定验收后无人问津的尴尬局面根本改变。同时，也改变人们为奖励而奖励，杜绝为成果而成果，废除过去的“立项—研发—评奖”终结的模式，建立市场评价模式，鼓励人们从市场寻找科技项目，在市场中实践并检验的技术项目，再得到奖励，真正彰显奖励的意义，真正达到了培土生金的效果。
三、法制创新
1992年，全国人大授予深圳经济特区地方立法权，对深圳来说犹如猛虎添翼。它可以运用特区立法权，在遵循宪法和法律法规基本原则下的立法，能够在制度上、在体制上大胆进行创新，加快特区建设的步伐。
1.立法的原则
“急用先立，先行先试”，始终是深圳立法的重要原则。特区立法权，深圳不辱使命，立法16载，创新16年，许多都是在全国没有先例的，创造了国内几十个立法史上的“第一”。
（1）立法立足经济，促进循环经济发展
2006年3月14日，国内首部以改革创新为主题的法规枟深圳经济特区改革创新促进条例枠出台，在深圳的立法史上具有里程碑意义，为深圳新时期的发展奠定了基石。
枟条例枠的内容就是一个创新，对“无腐败”改革创新失败免责。这在全国尚属首例，标志着深圳的行政开始从人治到法制。
条例首次明确政府与改革的法定关系，对未徇私舞弊的改革失败者可“网开一面”。内容共七章44条，内容涵盖经济、行政管理、文化、司法等现行体制改革创新的多个方面。
同时，条例作出三项特例，对符合规定的改革失败者可免责。
区别于以往的经济体制改革，深圳此次为改革创新立法，旨在以政府机构为主体，鼓励改革创新，为行政体制改革“保驾护航”，并希望建设成为国内重要的国家创新型城市，再做改革试验田。
为配合创新条例的实施，2007年深圳人大完成枟深圳经济特区知识产权保护工作若干规定枠、枟深圳经济特区金融发展促进条例枠、枟科技创新促进条例枠、枟文化产业促进条例枠、枟最低生活保障条例枠等8个新制定立法项目，还分别修改了枟欠薪保障条例枠、枟职业技能鉴定条例枠等5个法规。
其中出台枟构建和发展和谐劳动关系的若干规定枠受到广泛关注。这是一个很有创新的法规典型，正当许多地方对新劳动法实施存在的问题怨天尤人时，深圳早已对新劳动法实施后出现的诸多问题，深入研究，利用法律形式将其细化，更符合实际，用建立和谐的劳动关系的定位，来解决出现的问题，这是一个大胆的创新。
2008年5月，市四届人大常委会第19次会议进行分组审议，热议的焦点都集中在枟深圳经济特区构建和发展和谐劳动关系的若干规定（草案）枠上，一些常委会成员准备也很充分，甚至请单位法律顾问帮助提出疑问和建议。会上，发言精彩，建议不断，会场气氛热烈。起草有突破，有创新，使劳动合同法更加细化，也更加公平。
这个法规有很多创新，即使在对劳动法和劳动合同法进行的细化、补充中，也大有新意，值得肯定。许多代表发表了很好的意见：
