岳阳沦陷与长沙大火仅相隔一天，日军并没有趁乱向南进攻打长沙，蒋介石由此判定日军已是强弩之末。他认为，从卢沟桥事变到武汉退军岳州沦陷为止，是抗战第一时期，从今以后是第二时期，也就是转守为攻、转败为胜的时期。6个月前在毛泽东发表的《论持久战》一文对此就有高瞻远瞩的论述。蒋介石的观点为会议所接受，从而统一了国共对抗战时期的划分。在此基础上，蒋介石阐明了第一、二期抗战的战略上的区别，提出抗战必胜的信念。
对于第一期抗战的成果，蒋介石是比较满意的。想想日本人“三个月灭亡中国”的狂妄叫嚣，蒋介石感到一阵欣慰。他赞扬了广大爱国官兵的英勇顽强，特别提到佟麟阁、王铭章、郝梦龄等烈士，以他们的事迹激励与会的将领。当然，他并没有忘记像韩复榘之流的败类。
想起那批人，一股怒火突地涌上蒋介石心头，并越烧越旺，在自己的属下里同样的败类分子不知还有多少！怒火终于爆发出来：“可是，某些将领指挥无能，各行其是，保存实力，完全不顾民族利益和抗战大局；有的部队军纪涣散，匪气十足，军行所至，百姓如避瘟神；有的高级将领想方设法躲避命令，推卸责任……这对得起党国的栽培，对得起民族的厚望吗？”蒋介石越说越激动，忍不住站起身来。他要警告那些无能和只知逃命的将领，“如有再犯，严惩不贷。”台下的听众，大都流露出惶恐的表情，有过类似行为表现的人甚至冷汗如雨。这一切当然都没逃过蒋介石敏锐的眼光，见自己的怒言发挥了如此效力，他心中方感觉到稍稍一点宽松。
（蒋介石检阅青年团夏令营受训团员）
第一天的会议进行得很顺利，但第二天却突起风波，如果不是蒋介石及时发现并加以补救，一定会酿成大祸。白天的检讨会上，军委会军事参议院院长陈调元指责川军王瓒绪第二十九集团军、王陵基第三十集团军作战不力，影响了武汉会战。原本因为刘湘逝世川军化整为零而有情绪的川军官兵因此更加不满。晚上，蒋介石上厕所时突然发现墙壁上到处都写着小字标语：“川军回川保卫大四川！”他的心突地一沉，这可是个危险的信号！他立刻找来军委会政治部部长、九战区司令长官、武汉会战主要负责人之一的陈诚，狠狠地训斥了一通。
后来的大会上，陈诚主动为武汉会战时南战场出现的一些失利承担了责任，而把功劳归于全部参战部队。蒋介石也即兴讲话，表扬了王陵基指挥第三十集团军在万家岭等战斗中的骁勇善战。晚上，陈诚还专门宴请了川军将领。一场风波终于在波澜未兴之际得以平息，维护了统一战线的团结。
军事会议继续进行。蒋介石对从淞沪抗战到武汉会战的历史作了回顾，对于一些大的失误作了自我批评，如日军在杭州湾登陆、南京失败、马当要塞失守及日军的大亚湾登陆等，“我统帅职责所在，实在不能辞其责”。总结经验是为了更好开创未来，蒋介石提出了“要坚忍持久以济远人”；“要忠诚朴拙，和衷共济”；“要提高道德之修养，改造军队与社会”三项转败为胜的要道。
全面整训军队是这次会议的重要议题。根据各师的战斗总结发言，蒋介石指出了国民党军队存在的12大缺点。除了前面提出过的外，还包括部队不能机动使用，往往被动挨打；部队与友军不能协调行动；保密性差；侦察工作不完备；监视封锁不严密，敌探和汉奸深入我军阵地刺探军情等。他强调这是导致初期抗战中失败的原因，也是国民党军队的耻辱，不仅影响官兵的精神和士气，而且影响民众的精神和斗志，影响着国军兵役的前途。蒋介石要求也会将领本着“要雪耻必先知耻，知耻必须负责的原则，效法先哲前贤的精神，将自己失败致耻的缺点彻底改革，力图转弱为强，转败为胜”。
针对抗战以来中国军队各种战斗减员、装备损失、编制残缺、补给不足等严重问题，会议强调了整训全国军队的必要性，决定分三批轮流整训全国军队。三分之一配备在敌后担任游击，三分之一部署在正面前线作战，剩下的三分之一到后方整训，每期整训4个月，整训的内容为加强教育和调整编制及指挥机构。关于编制，撤消了兵团和军团建制，基本战略单位由师级变更为军级，废旅级改行一师三团制。为了统一指挥南北西战场各战区，蒋介石取消广州、西安、重庆各行营，改设在桂林和天水。这些调整增强了战略战术操作的灵活性。
基于前几天的分析总结，国民政府军事委员会制订了第二期作战指导方针：“国军应以一部增强被敌占领地区内力量，积极展开广大游击战，以牵制消耗敌人。主力应配置于浙赣、湘赣、湘西、粤汉、平汉、陇海、豫西、鄂西各要线，极力保持现在态势，不得已时，亦应在现地线附近，尽量牵制敌人，获取时间之余裕，俟新战力培养完成，再行策动大规模攻势。但第四战区应尽先集中有力部队，转移攻势。”关于具体作战原则，蒋介石指示：正面第一线战场连续发动有限度的攻势和反击，牵制消耗敌人，策应敌后游击部队，化敌人后方为前方，粉碎日军以华制华、以战养战的企图。后按理蒋介石又提出了“游击战重于正规战”的口号。
这一方针的主要特点在于注意到游击战争的作用，重视了对敌控制权的掌握，对正面战场的主力部队，则侧重于整训部队，恢复和培养战斗力。可以说这一方针的调整是有着一定的客观依据的，注意到了当时中国的客观情况，使得国共两党在坚持持久战略方针的认识上开始趋于一致，从而使得国共两党在相持阶段的抗战中在南北两个不同的战场互相配合、协同作战提供了可能，从这种意义上说，相持阶段的持久，不是单方面造成的，而是国共两党两军共同努力的结果。
共产党人开展敌后游击战的成就使得蒋介石也认识到唤起民众比单纯的作战要更重要，他在私下里常对下属说，不要谩骂共产党，要学习他们领导群众的方法。为此，会议设立了战地党政委员会，直属军委会，负责沦陷区的工作，发动群众，一致抗日。
会议还接受了中共代表周恩来、叶剑英等的建议，决定设立南岳游击干部训练班，聘请共产党人担任教官。1939年2月，在国共共同努力下，南岳游击干部训练班正式成立，由蒋介石、陈诚、白崇禧分任正副团长，李默庵、叶剑英任正副教育长，聘请中共党人边章五、薛子正等人担任教官。参加南岳游干班训练的成员除了国民党官外，还有大批进步知识青年，他们结业后，深入敌后，积极开展游击战争，给日寇以沉重打击。
（1939年4月10日，八路军参加南岳干部训练班全体工作人员合影）
在适应变化了的战场形势和新的战略方针，会议对重新划分了全国的战区：第一战区，负责防守河南和安徽一部，司令长官卫立煌；第二战区，负责山西和陕西一部，司令长官阎锡山；第三战区，负责苏南、皖南和闽浙两省开展游击战，司令长官顾祝同；第四战区，防地为两广，司令长官张发奎；第五战区，皖西、鄂北、豫南为其防地，司令长官李宗仁；第八战区，辖甘、青、宁及馁远方面，司令长官朱绍良；第九战区，辖江西一部、鄂南及湖南，司令长官陈诚（薛岳代理）；第十战区，以陕西为防地，司令长官蒋鼎文。并且在敌后新设立两个战区：鲁苏战区，司令长官于学忠，辖区为苏北及山东；冀察战区，司令长官鹿钟麟，辖区为冀察方面。这两个战区的设立是重视游击战的表现，但在实际作战中，并未表现出其应有的战斗力，因为脱离群众、没有根据地的游击战是不可能取得胜利的。
南岳军事会议是在抗战主题下进行战略机制大调整的会议，蒋介石即使抓住了抗战形势的转化，分析了新阶段中敌人的不利形势和我方的有利条件，极大鼓舞了全国军民的斗志。会议把游击战提高到战略的高度，也进一步完善了既定的“持久消耗战”战略，国民政府在敌后的游击战争发展到高潮，敌占区又多了一支重要的牵制和打击日军的力量。部队的分批整训，恢复和强化了战斗力，正面战场的抗战也进入了一个新阶段。这样发展下去，南岳的会议的确会成为国民党军队振兴的起点。蒋介石也感觉到了美好的希望在冉冉升起。
然而，随着国际国内形势的变化，两个月后的五届五中全会反共倾向日益加剧，这样，派往敌后执行游击作战任务的部队逐渐成为与中共抗日武装摩擦的主力，整训部队则成为了保证实力消极避战的借口。
3.与汪精卫决裂
国都南京的失陷是让蒋介石的心灰暗了一阵，但他并没有做出日本人希望的举动。日本人得寸进尺的谈判要求，加上日军在南京惨绝人寰的暴行，激发了蒋介石满腔义愤，陶德曼调停以蒋介石的不妥协而失败。黔驴技穷的日本政府在1938年1月16日发表，“不以国民政府为对手”的声明，一面期望出现一个亲日的政权取代蒋介石和国民政府，一面又叫嚣武力灭亡中国。然而，日军侵占武汉后，损兵折将，已成强弩之末，击溃重庆的国民政府只是一个美丽的幻想而已。不得已，侵略者只好改变对华策略。11月3日，日本政府发表第二次近卫声明，改变了不以国民政府为对手的对华政策，转而对重庆政府采取政治诱降，试图从国民政府内部寻找代理人。
其实，日本人这一年来为组织伪中央政权、构建其政治核心费尽了心机，多方物色和拉拢“有影响的人物”。在北方，以土肥原为首的“竹”机关（又称土肥原机关），积极策动北洋军阀旧官僚靳云鹏、唐绍仪、吴佩孚等人出山，但是固有的民族情感和蒋介石与国民政府坚决的抗战态度，使这些人不得不有所顾虑。事关民族大义，靳云鹏、吴佩孚即使有东山再起的心思，也不愿仰日本人鼻息，他们坚决地拒绝了日本人的邀请。态度暧昧的唐绍仪又被人行刺，土肥原的计划终于破产了。
（吴佩孚拒绝与日本人合作，保持晚节）
不过南方以影佐祯昭为首的“梅机关”，开展“渡边工作”，争取国民政府内部的汪精卫集团却获得巨大成功。日本最终选定由汪精卫来主持伪中央政权，并在南京“重建”国民政府。日本企图利用汪精卫原来在国民政府中的地位和影响，取代以蒋介石为首的重庆国民政府作为中央政权的正统地位。
汪精卫是“恐日病”患者，他看不到国民党及中国人民蕴藏的巨大潜力。七七事变后，鉴于全国人民及各党各派群情激愤，深知民意可畏的汪精卫为时势所驱，不敢公开反对抗战。不过汪精卫在私下里倒是网罗了一批悲观分子，形成主张对日妥协的集团，成员包括实业部长陈公博、代理宣传部长兼委员长侍从室二处副主任周佛海及各自的班底。
日本在战场上的胜利使得他们对形势做出了悲观的判断，认为“战必大败，和未必大乱”，只有对日“和平”才有生存希望，继续抗战会使共产党坐收渔人之利。因为他们散布抗战是玩火自焚前途渺茫，攻击坚持抗战争取胜利是唱高调，胡适因此把这个小团体命名为“低凋俱乐部”。
陶德曼调停期间，汪精卫十分活跃，穿插其间，推波助澜，极力劝说蒋介石、孔祥熙接受日本条件停战议和。为了说服蒋介石，他们甚至于把自己的悲观论调发展成为民族悲观主义，说什么中国人生来就不如日本大和民族，抗战注定就是要失败的。
日本人就这样看中了汪精卫，“汪兆铭在中国国民党和国民政府中，属于重要地位，但却自抗战开始以来，不断力倡和议，反对全面抗战。”他们认为争取汪精卫的合作是十分可能的。占领南京不久，日本人便派唐绍仪的女儿专程从香港抵达武汉做汪精卫的工作。陶德曼调停彻底失败后，日本当局把诱降的重点转向汪精卫。近卫首相1月的声明，有许多话实际上是对汪精卫说的，鼓励他抛开蒋介石，重组政权，亲自主持和谈。日本人显然高估了汪精卫的能力，在蒋介石牢牢控制着军权的条件下，汪精卫的确可以给他制造麻烦，但永远不可能从内部取蒋介石而代之。
不过，汪精卫的合作态度还是蛮讨日本人欢心的。他渐渐地越过蒋介石，另辟蹊径，开始与日本直接交涉。时任外交部亚洲司司长的高宗武是汪派骨干分子，在周佛海的安排下，他以收集情报为名常驻香港，经常秘密去上海与日本人谈判，还曾单枪匹马密赴东京向日本政府摸底。立法委员梅思平是汪派又一骨干成员，他和高宗武是汪日密谈中汪方的主要代表。据梅思平说，由汪精卫领导的所谓“和平运动”还曾联络过一些地方实力派人物，像云南的龙云、广东的张发奎及一些川军将领。
日军相继攻占广州、武汉后，日本政府更加狂傲放肆，俨然以东亚霸主的姿态于11月3日发表第二次近卫声明，否认重庆的国民政府为全国性政权，提出在华建立“新秩序”的方针，按时欢迎汪精卫的合作。汪派的投降活动也随之进入高潮。据日本大本营陆军部《调整日华新关系方针》这一文件所记载，“10月下旬，影作祯昭大佐、今井武夫中佐一行，在上海与高宗武、梅思平等，根据调整日华新关系的原则，对和平条件试行方案共同进行协商。11月20日意见达成一致，分别向日本政府和汪兆铭进言，如双方同意，汪兆铭即由重庆出来，并相互发表声明。高、梅等期望，汪兆铭一旦出马，国内外当相继响应。”由此可知，汪精卫的叛逃在11月就已经定下来了。
（汪精卫与陈公博、侵华日军头目板垣等在一起）
手握数百万大军的蒋介石并不惧怕日本武力亡华，他知道，只要稳住现在的战线，中国就亡不了，总有反攻的那一天。他最担心的是日本改变了的策略，以华制华、以战养战对退居西南的国民政府来说还真构成强大的威胁。迄今失陷的国土都是中国的经济重心区，值得庆幸的是，日本人在那里靠一些封建遗老末流政客拼凑的临时和维新两个伪政权，在群众中并没有什么影响，成不了多大气候。令蒋介石头痛的还是党内有一批以汪精卫为首力主求和的人。
对于党内这个力主求和的副总裁，蒋介石总是有一种异样的感觉。他俩也曾以兄弟相称，同得孙中山的赏识，一文一武，一柔一刚，似乎应该成为绝好的搭档。但是各人都有不甘人后、雄霸天下的心志，一个欲当三代的圣王却得不到武将诚服，一个想做战国的霸主也总有元老文臣的忌妒，尽管表面上依然和和气气，暗地里却不知争斗了多少回合，两个人内心早已积满了芥蒂。蒋介石牢牢地抓着军权，在政治风波场中纵横捭阖游刃有余，他对中国政治的特性显然参悟得更加透彻。
