光绪接到荣禄请他去阅兵的奏折后有些犹豫。不去吧，怕慈禧不高兴；去吧，他又怀疑这里有阴谋。此时，他已经感到了巨大的危险。于是他连忙把康有为等人找来商量办法。康有为想了想说：“我们现在搞变法，没有军队，所以总是不得手。荣禄请皇上阅兵，这里肯定有阴谋。要是我们能把袁世凯拉过来，就能够对付荣禄了。”这个袁世凯是荣禄北洋陆军的重要将领，掌握着一支新式军队。维新变法初期，他曾经表示支持变法，所以康有为才提到这个人物。光绪皇帝觉得现在只能这么办了，便下令召见袁世凯。
袁世凯从天津赶到北京，拜见了光绪。光绪说了一大套赞扬他的话，还给了他一个侍郎（相当于副部长）的官衔。袁世凯也即表示：小人永远忠于皇上。如果皇上有什么事要我办，我就是去死也决不推辞。”
光绪召见袁世凯，还给他封了官。这再一次引起慈禧的疑心。荣禄为了提防袁世凯，立刻调集自己的亲信部队进驻北京和天津。光绪皇帝完全失去了行动的自由。他觉得自己的处境已经很危险了，便给康有为送去了一封密信。康有为打开信一看，眼泪都要掉下来了。在信中，光绪说他自己的皇位很可能保不住了，要康有为等人马上离开北京。康有为擦了擦眼睛，说：“现在要救皇上，只能杀死荣禄。能够杀死荣禄的只有袁世凯。趁他还在北京，我们可以去找他。”谭嗣同说：“北京现在很危险，有为兄应该马上离开。这事就交给我好了。”
当天晚上，谭嗣同连夜找到了袁世凯。两个人秘密谈了一整夜。
“皇上现在如果有危险，你打算怎么办？”谭嗣同问袁世凯。
“皇上对我的恩情象大海一样深。他有了难，我袁世凯就是掉脑袋也要去解救。”袁世凯一拍胸脯，激动地说。
谭嗣同立刻拿出光绪的密信递给袁世凯。袁世凯一看，“腾”地站了起来。他着急地问：“现在要我怎么办？”
“慈禧和荣禄想废掉皇上。你就先杀死荣禄，然后率兵包围颐和园，逼迫慈禧交出权力。”谭嗣同说完，又问：“你敢不敢？”
“当然敢！杀荣禄还不就象杀条狗那么容易吗？”袁世凯一边把密信藏进怀里，一边说：“明天我就回天津布置兵力，做好准备。”
第二天一大早，袁世凯就赶回了天津。不过他并不是去杀荣禄，而是把这一切全都向荣禄告了密。荣禄一听，吓得脸都变了颜色，当天他就火速进京。向慈禧做了汇报。慈禧顿时火冒三丈，下令将光绪囚禁到瀛台（在今中南海东南），宣布国家大事仍由她自己亲自处理。然后，她又命令人立刻捉拿维新派成员，一个也不得放走。
接到光绪的密信后，康有为已在前一天就逃离了北京。而慈禧发动政变的当天，谭嗣同正在家里和梁启超谈论袁世凯解救光绪的事。他们哪里想到，袁世凯已经把光绪出卖了。这时候，有人惊慌地跑进来说：“大事不好了！太后已经把皇上软禁起来，正下令捉拿你们呢。”
谭嗣同听到这个消息，知道变法失败了，他痛心地说：“没想到事情变得这么快。他们要抓人就抓好了。我可不是怕死鬼！”“咱们还是先躲出去，今后好有机会从头再来。”梁启超劝说他。
“你应该走，将来和康先生一定完成我们的事业。”谭嗣同激动地说，各国变法的成功都是有人流血换来的。今天我们中国不兴旺昌盛，就是因为还没有人为变法而流血。那就从我开始吧！”
梁启超无法说服谭嗣同，只好自己逃到了日本。谭嗣同在家里一连等了三天，最后被荣禄派人逮捕了。
四天后，谭嗣同和林旭、刘光第、杨锐、康广仁、杨深秀一起英勇就义了。后来人们称他们是“戊戌六君子”。临死前，谭嗣同面带笑容，大义凛然地向人们朗诵了自己的绝命诗：
有心杀贼，
无力回天；
死得其所，
快哉快哉！
光绪皇帝被慈禧太后软禁在颐和园。国家不能没有皇帝呀，慈禧就立端王的儿子亻隽傍为大阿哥（就是皇帝的继承人），来取代光绪。可谁想到各国公使拒绝入宫庆贺’表示不承认这位“大阿哥”。这下慈禧可气坏了，她想：“平时我对洋人不薄，要什么给什么，对你们百般照顾，可现在连这点面子都不给，”于是她就想报复洋人一下。这时协办大学士！：（清内阁成员，全国最高行政长官之一）刚毅早就看透了她的心思’他对慈禧说：“洋人的气焰也太嚣张了，连老佛爷他们都不放在眼里，我们不如教训他们一下，让他们也知道我大清帝国的厉害！”
慈禧听完面带难色，说道：“你又不是不知道，自从1840年中英战争以来，洋人坚船利炮，我大清的大刀长矛是无法抵挡的，用什么办法去教训他们呢？”
刚毅平日巡察各地时，亲眼见到教会任意欺压中国百姓的情况，而且教会也经常不把他这个协办大学士放在眼里。这时各地正在闹义和团，刚毅得知义和团烧教堂、杀洋人，勇猛无敌，洋人们都惧怕他们几分，于是就趁机说道：“老佛爷有所不知，如今义和团活动相当广泛，山东、直隶一带，遍地都是。义和团个个武艺高强，如果我们派兵镇压，要花费很大力量，得不偿失。不如我们利用义和团仇恨洋人的心理，去对付洋人。这样既教训了洋人，又可以消耗掉义和团的力量。”
慈禧听后大喜，当即命令刚毅主持这件事。于是刚毅向各地发布命令，承认义和团合法，禁止清军镇压义和团。
这样一来，议和团就象雨后春笋般迅速发展起来，山东、直隶的各县各村，到处是“神坛”、“拳厂”。1900年4、5月以后’义和团开始进入清朝的“心脏”——京津地区。
在北京、天津城里到处贴有义和团的告示，上面写着：“最恨和约，误国殃民，上行政效，民冤不伸。”、“练习义和神拳，保护中原，驱逐洋寇，以免生灵涂炭”等等。义和团还打起“扶清灭洋”的旗帜，吸引了许多清兵也参加了义和团。
光绪二十六年（1900年）5月17日，义和团连续在右安门内、崇文门内、宣武门内和正阳门外，烧毁外国人的教堂，火势蔓延，大火连续烧了三天，烧掉房屋几千幢。洋教堂、外国使馆吓得关了门，朱门大尸也躲在家里不敢出屋。从城外打着义和团旗号涌进城来的群众日以千计，城内的贫民也纷纷自行组成义和团队伍。他们头上包着红布，手持大刀长矛，成群结队地在内外城自由行动。他们进入王公府第。就在里面设坛住下来。满城几乎家家都贴上了表示信奉义和团的红纸条。甚至进入紫禁城也无人敢干涉。
一些信洋教的达官贵人的家被洗劫一空。清军还和义和团先后将挑衅杀人的日本使馆书记生林乡山彬和德国公使处死。闹得清廷一筹莫展，慈禧太后焦头烂额。
6月10日帝国主义列强看到清朝政府已经控制不了局势，决定出动兵力直接出面镇压中国人民的反帝斗争。他们把兵船开进大沽口，并不断向清廷施加压力，还借口“保护使馆”调兵人京，英、俄、法、美、意、日、德、奧等国军队也由天津开到北京。面对着内患外侮，慈禧太后如坐针毡。当时，在对待义和团的剿抚问题上，尤其是对外国武装干涉的战和问题上，清廷内部存在着严重的分歧。慈禧太后三次召开御前会议，最后采纳了极端守旧派的主张，对侵略中国的各国宣战。
15日，慈禧太后以皇帝的名义发出了一个诏书，一个形式上的对外宣战书，曰：“朕今涕泣以告先庙，慷慨以誓师徒，与其苟且图存，贻羞万古，孰若大张挞伐，一决雌雄。连日召见大小臣工，询谋佥同。还畿及山东等省义兵，同日不期而集者不下数十万人，下至五尺童子，亦能执干戈以卫社稷。”这里能说的“义民”，就是指的义和团。由此看来，似乎慈禧太后是要与义和团一同向外国侵略者开战了。
其实，这道诏书是很荒唐的。其一，诏书的字里行间没宣布究竟是向哪一国或哪几国宣战，其二，清廷未以任何形式将这道诏书送达各任何外国政府。实际上，这是一纸对内发布的诏书。那么，慈禧太后下此诏书目的何在呢？
一是保住皇权不落在光绪手中。八国联军在英军司令西摩的带领下在天津大沾口登陆向北京进发。
虽然经过戊戌政变，实际上已剥夺了光绪皇帝的权力，慈禧太后还想在形式上也废除光绪的皇帝地位，而帝国主义列强则支持光绪，使她不敢马上实行预谋的废立。当她听说洋人要她把权力交还给光绪的传言时，内心十分惶恐，她担心八国联军进了北京会动摇她的地位，因此“对外宣战”，其实她并不想与洋人真正决裂。
一是利用帝国主义的力量消灭义和团。
慈禧太后并不像一些朝臣那样迷信义和团的“法术”多么灵验，她后来承认了义和团，义和团也把行动口号由“反清灭洋”改为了“保清灭洋”。这样就把手持刀矛的义和团推到洋人的枪口面前，即使自己躲过了义和团的锋芒，又防止义和团打胜这场“战争”，把人民反帝斗争的情绪和精力化为乌有。最终利用帝国主义的力量消灭义和团。
显然，这道诏书是一个彻头彻尾虚伪的宣战诏书，是慈禧太后导演的一场闹剧。后来，事态的发展完全证明了这一点。
16日，八国联军侵入北京，守卫北京的清军溃败。次日凌晨，八国联军进攻东华门。慈禧太后闻讯惊骇至极，急忙带着光绪皇帝等人分乘三辆马车。仓惶离开紫禁城，从西直门出北京，逃往西安。21日，抵达宣化的慈禧太后令庆亲王奕劻火速回京，会同李鸿章与各国交涉议和之事。9月，逃亡途中的慈禧太后多次颁布剿灭义和团的上谕。1O月26日，慈禧太后到达西安，她一方面不断通过电报与在京的奕劻、李鸿章取得联系，以了解议和的进展情况，另一方面为了讨好列强，不断发布上谕，说此次中国变乱，得罪了友邦，但那不是朝廷的意愿，对于罪魁祸首（义和团）必定严加惩办，以绝祸根。
光绪二十六年十一月（1900年12月），列强各国（除了出兵的八国外，又加上比利时、荷兰、西班牙三国）向清政府提出《议和大纲》，后又订立详细条款，于第二年9月7日在北京正式签字，史称《辛丑条约》。
《辛丑条约》的主要内容为：惩办“得罪”列强的官员，派亲王、大臣到德国、日本赔罪，清政府明令禁止中国人建立和参加抵抗侵略军的各种组织，赔款4．5亿两白银，分39年付清，本息共计9．8亿两白银，在北京东交民巷一带设使馆区，各国可在使馆区驻兵，中国人不准在区内居住，平毁大沽炮台以及北京至天津海口的炮台，各国可以在北京至山海关铁路沿线驻兵。
《辛丑条约》签订后，中国完全沦为半殖民地国家。
光绪被囚禁后不久，李莲英传下主子的懿旨，撤掉了光绪的皇帝膳食标准。表面上看，每天都有一些小太监给光绪帝送来御膳提盒，可是盒里的内容却已不是“御膳”了，所装的点心和菜肴只是为了凑数而已。不管光绪吃还是不吃，每天都有人送来。有一次光绪染病口渴，想让太监送点儿茶来。看守他的太监回话说，没有皇太后恩准不敢送茶。光绪只能喝点儿白水。为了防止光绪在瀛台乱写乱画，也害怕光绪帝把被囚禁的困境通报给洋人，西太后命令李莲英把瀛台的纸砚笔墨全部撤走。
日复一日，月复一月，光绪帝在无限的孤独、惆怅、苦闷、忧郁、哀怨等各种精神折磨、肉体摧残中度过了一年又一年。长此以往，身心备受折磨的光绪终于染病在身，骨瘦如柴，30多岁的男人本正值青壮年，而这时的光绪却步履艰难，形如老态龙钟。光绪帝卧床不起时，仅有一个老太监在瀛台服侍他，隆裕皇后、瑾妃没得到慈禧的恩准也不能前来探望。慈禧太后虽然把光绪囚在孤岛，但又不想让他立刻死掉，她每天都让李莲英到这里看一看。
光绪三十四年（公元1908年），慈禧太后已经74岁了，年逾古稀的慈禧深感风烛残年之虞，年老体衰，力不从心。而这时，真正对慈禧的病患发自心底不安的是李莲英。他害怕慈禧太后死在光绪之前，一旦形成这种局面，复辟后的光绪决不会放过他。正是在这种前提之下，李莲英下狠心在他的主子归西之前，先设计毒死光绪帝。
李莲英最后下决心毒死光绪帝，这与光绪帝的一段日记有关。光绪被囚后，十分苦闷，曾有一段时间记日记，把每天的生活情况记录下来。李莲英后来知道了这件事，其中一部分日记还传了出去，里面有这样一段话：“我现在病得很重，但是我心里觉得老佛爷必定会在我以前死。若果如此，我必下令斩杀袁世凯与李莲英。”李莲英原原本本地把这件事告诉给了“老佛爷”，煽风点火地说：“若是皇上在老佛爷之前死，那么各方面的事情就容易办了。”慈禧听清了李莲英话的深层意思，遂下令李莲英去“专心致志”地“服侍”皇帝。
李莲英对主子的“良苦用心”心领神会，把光绪的饮食医药等一切大小事情统统包揽过来。自李莲英“服侍”光绪之后，光绪的病情不但没有丝毫减轻，反而一天天加重了。李莲英名义服侍皇帝，实际上是一个追命鬼，早在光绪死前很长一段时间，他就奉主子之命，为皇帝准备好了寿衣。光绪病情日渐加重，他心里明知是李莲英捣鬼却也无计可施。没有身陷囹圄，身体健康时他对李莲英尚无可奈何，而如今重病缠身，卧床不起，就更加无能为力了。李莲英十分“恪尽职守”，一天也不离开光绪，表面上是在照顾皇帝，实际上是在加速他的死亡。李莲英很快达到了目的，完成了使命，光绪帝在慈禧太后之前死去，也是在万分痛苦中走完了人生历程。
一个没有手段的帝王，是悲情的帝王。一个懦弱的帝王，是害人害已的帝王。一个人抉植的帝王，是个没有出路的帝王。
光绪帝，三者皆有。这不是他个人的悲哀，这是作为光绪帝的现象，是王朝制走向穷途末路的历史现象。
