敦煌学的研究方法当然是多种多样、不拘一格的，但可以归纳成以下三种应用最多、最基本的方法：（1）中国古代文献整理与研究的传统方法；（2）文物、考古学最基本的实地勘查、测绘、挖掘、临摹、复原及现代化学、物理手段及电脑技术等；（3）各文明体系及各民族文化比较研究的方法。
敦煌学的学科理论，是在对敦煌学的概念、范围、方法以及研究历史、现状、前景作科学的探索与总结的基础上逐渐形成与完善起来的。应该承认，尽管敦煌学已有一百多年的历史，由于这门学科的特殊性与复杂性，其学科理论的建构还是很不完善的，其中十分关键的、与该学科形成有特殊意义的一些问题（如藏经洞封闭的真正原因、藏经洞的历史文化背景、敦煌文物流散的一些重要细节等），至今还未给世人一个明晰的解释；至今尚未见有较权威、系统的敦煌学理论专著问世。值得学术界高兴的是，由中国众多专家、学者共同编撰的世界上第一部《敦煌学大辞典》已经正式问世，这标志着这门学科的基本成熟；但是学科理论的高度完善，还有赖于各国专家的共同努力。
必须强调指出的是，敦煌学在其研究对象、范围、方法及学科特点、学科理论等方面，还带有相当多的“模糊”色彩，也就是还有许多不确定性、不规范性，它与另外一些学科（如丝路学、简牍学、藏学等）还有一些难以理清的枝蔓交叉；在国际汉学界，对敦煌学的科学界定似乎也还处在“说不清、道不明”的状态。因此，在某种程度上，它还是一门“模糊学”。笔者始终认为，对一门新兴学科有不同的界定与解说属于学术研究中的正常现象，是促进学术发展的好事情。从“模糊”到逐渐清晰的过程，也是一门学科形成、发展的必由之路。
四、新时期敦煌学研究的展望
我国学术界一般将近百年来中国敦煌学的研究划分为三个阶段，即第一阶段：1909—1949年；第二阶段：1950—1978年；第三阶段：1979年至今。笔者认为，第一阶段可以从1900年藏经洞被发现算起，而第三阶段应该以1983年中国敦煌吐鲁番学会成立和第一次全国敦煌学术讨论会举行为标志，1978—1982年这四年为过渡时期。每一阶段又都可分为前、后两个时期，都有自己的研究成果及特点。从1988年至今为第三阶段的后期——我又称之为敦煌学研究的新时期。
1988年8月，中国敦煌吐鲁番学会在北京成功地举办了规模较大的国际性学术讨论会，季羡林会长在会议开幕式上正式提出了“敦煌在中国，敦煌学在世界”的口号，得到了与会学者的一致赞同，从此敦煌学的研究进入了一个新的时期。20年来，新时期的敦煌学研究有以下显著特色：第一，我国敦煌学界与国外相关机构及同仁之间的联系与交流大大加强，尤其是进行一些实质性合作的项目范围扩大，计划性增强，成果显著。第二，研究的总体实力大大增强，尤其表现在研究队伍渐趋年轻化并相对稳定，以往薄弱的环节（如对涉及藏外佛经、道教、体育卫生、乐舞、天文历法等方面文献及艺术形象的研究）得到重视与加强，全面系统地整理敦煌吐鲁番文献和更科学地进行深入研究的时机已基本成熟。第三，敦煌学界与出版界之间的联系与合作大大加强，为编辑出版高质量的文献图录书、高水平的学术专著及普及读物创造了良好的条件，国外的一些重要著作也相继译成中文出版。
展望未来，我们在充满信心的同时，也必须看到存在的问题与不足，这是需要进一步努力与加强之处，也正是发展敦煌学的希望所在。
第一，宏观、整体地把握文献资料的意识有待加强。对于内容特别丰富、复杂的敦煌文物、文献来讲，过去开展的整理、研究侧重“分而治之”，也取得了很好的成绩；然而我们始终不应忘记敦煌学是一门综合性的学问，目前对各类、各专题、各分支学科进行综合性的研究还相当薄弱，即使是对某一分支学科内材料的研究，也往往是化整为零，对其作宏观、整体的把握也很不够。如敦煌文献中文学类资料，过去研究者主要的注意力放在各种体裁作品的辑佚、整理、考释方面，进入90年代后，一些研究者合作编写了《敦煌文学概论》，使得研究工作开始了质的飞跃。
第二，研究信息（尤其是国外信息与新发现文物资料的信息）的调查与掌握有待加强。应该说，20年来这方面的情形有了很大的改善，但严格地看尚未真正摆脱不及时、不准确、不全面的状态。关于国外信息，由于我们大多数研究者外语阅读水平及购买外版书能力的限制，主要应借助于翻译工作者的译介。近些年来我们已先后翻译出版了国外的一些重要的敦煌学论著，但从数量与时效性来看还远远不够。由于敦煌学著作的翻译难度都相当大，目前存在的一个严重问题是缺乏一批勤勉刻苦、知难而进的好翻译家。诚然，同时也必须努力提高中青年学者的外语水平与运用电脑的能力。关心国内信息，当前最突出的问题在于新发现的文物资料往往不能及时刊布，这里有学术著作和出版困难的问题，也有文物发现者及收藏单位保守资料的问题，对于后者，许多研究者仍不免要感叹看国内资料比到国外去考察还要难。
第三，一些中、青年学者撰写论文的水平及学术规范有待加强。近二十年来，在我国敦煌学界涌现出了一大批有志于敦煌学研究的中、青年学者，这是极可喜的现象。我们在肯定他们的研究成果的同时，也必须看到在论文写作上存在的问题，这主要表现为：（1）在对敦煌文献的认读、考释与理解上暴露出他们的传统文化的知识与功力还不够深厚与扎实，不善于做文字训诂、考据、校读的工作，而表现出较多的主观随意性；（2）对传统典籍了解与掌握较少，往往认识不到把握第一手原始资料的重要性，因较多地转引二、三手资料而常造成讹误；（3）组织文字的能力与水平有待提高，一些论文缺乏学术规范，有的作者缺乏撰写短文章的锻炼，一上手便是长篇大论或专著，不免气力不足；（4）缺乏开展正常的学术批评的精神、习惯与正确方法。中国敦煌吐鲁番学会在1996年倡导创办了《敦煌吐鲁番研究》大型学术刊物，编委均系在京的中、青年学者，目前已出版10辑，在提高论文撰写水平、提倡学术规范、开展学术批评上作出了初步的努力。后来又出版了《敦煌学国际联络委员会通讯》，为及时刊布学术信息起了积极的作用。
第四，研究手段与方法的改进有待加强。中外学术文化交流的日趋频繁，获取信息资料的日渐便利，电脑的不断开发与普及运用，为敦煌学研究手段与方法的改进创造了条件。相对于国外学者，我们在这一方面起步晚、步子小，还需要作艰苦的探索与努力。有些国外研究者长期运用且行之有效的手段与方法（如物理、化学测定的手段，如比较研究的方法），我们运用得还很不够。又如在研究敦煌非汉文文献方面，我们虽然也开始涌现出不怕虎之“初生牛犊”，但毕竟势单力薄，在如何利用先进手段尽快培养相应人才与多出成果方面，也是大有文章可做的。
五、关于敦煌文物的回归问题
在2000年藏经洞发现一百周年时，“流失海外的敦煌文物何时回归”也成为热门话题。学术界也曾作了许多努力。但遗憾的是，海内外一些新闻媒介对此所作的报道大多只是简单地强调中国学者要诉诸法律索回文物，而基本未提学者们许多客观、公正、科学的分析，这样就会造成一些错觉，不利于学术文化交流。
第一，回首往事，我们要实事求是地认识历史。本文第一部分已分析了敦煌文物流失的历史背景、原因与正负面效应，此不再赘述。事过一百多年，中外人士都应实事求是地看待历史，应该起码明确这样两点：（一）中国人民痛心于本国珍贵文物大量流失海外，盼望它们有朝一日能回归故里，这种可贵的爱国主义感情无可非议，也应当得到各国有识之士的同情、理解与支持。（二）认识历史是为了还历史以本来面目，并非去追究旧账，更不是要将祖辈之过记到子孙们身上。我们有必要打开尘封的档案与记忆，争取弄清文物流失的细节，这对于学术研究本身也具有重要意义。推而广之，文物流散是一种国际现象，对于大量收藏有别国文物的国家来说，尤其应该正确对待历史，千万不能把先人的掠夺行径当作功德来炫耀。
第二，立足当前，大家来积极推进文化学术交流。一百多年来，流失到海外的敦煌及西北其他地区的文物，主要收藏在各国的博物馆、图书馆、科研机构之中，为使它们得到较好的保护、修复与利用，各国数代学者专家在本国政府的支持下，花费了大量的财力与精力，这是值得我们肯定与赞许的。中国改革开放以来，能去海外直接调阅敦煌及吐鲁番写卷及考察其他文物的中国学者日渐增多，而且都得到了海外收藏单位与科研人员的热情接待与积极协助。我们认为中外学者与文物收藏单位应立足当前，进一步加强合作，携手做好以下三件事：（一）共同调查、鉴定敦煌文物，摸清家底，这既是过去中外合作上的薄弱环节，也是新世纪亟待完成的一项刻不容缓的任务。比如藏经洞所出写卷的总数，几十年来众说不一，一直缺乏准确的统计。对敦煌文物作全面普查，是进一步开展保护与研究工作的基础。（二）共同谴责与制止新的破坏与盗卖文物等违法行为。近些年来，我国西北地区文物（包括敦煌壁画）遭人为破坏、盗卖的现象仍屡有发生，有些盗卖行为又与境外不法分子有关，因此，也需要加强国际的合作来制止与追查这种罪恶行为。我们不能一面希望文物回归，一面又坐视文物的新流失。至于收藏在国外私人手中的敦煌文物，也应该遵照有关法律与公约，防止因转卖行为造成散失或因非法仿制作伪造成混乱。（三）通过共同举办敦煌文物展览、学术研讨会、编辑有关文物图录等活动来普及敦煌学知识，扩大信息传播，推进文化学术交流。
第三，放眼未来，坚信历史难题必将圆满解决。新中国成立后，外国政府机构或个人将所收藏的中国文物归还给我国的也不乏其例。前者，如1958年4月，苏联对外文化联络委员会将柯兹洛夫探险队在内蒙黑城遗址挖走的《刘知远诸宫调》残本归还我国；后者，如日本已故书法家青山杉雨先生的家人在1997年10月9日将家藏的8件敦煌写卷送还给敦煌研究院。我们高度赞赏这些机构与友人的善举，也衷心感谢为协助中国文物回归作出了不懈努力的各国友人。但是，总体说来，和全世界许多国家都存在着的文物流失与回归的问题一样，敦煌文物的回归是一个十分敏感而复杂的问题，尤其是从国家收藏文物的角度讲，回归涉及一系列法律、公约，应是政府间的行为，同时也关联微妙复杂的道义、心理、情感等因素。因此，“敦煌文物何时归？”这是历史留给我们的一道难题。为解决这个难题，中外学者及收藏单位之间没有任何理由相互抵触或戒备，而应互相理解，求同存异，放眼未来向前看。向前看，珍贵的文化遗产需要全人类共同保护、继承与发扬；向前看，如果我们这一代未能解决这道回归难题，也应坚信后人会比今人更聪明，会用更加睿智的办法来圆满地解决它。更重要的，只有向前看，我们才能把现实的文物保护与研究工作做得更加扎实、深入，更卓有成效，这样才能为敦煌学的发展作出更大的贡献，才能无愧于我们的前辈与后代，无愧于这个时代！
