卢循这时正修整舰只，制造一些攻城的器械。刘裕想从长计议。于是驻军雷池。起义军扬言不进攻雷池，顺水而下。刘裕知道起义军想进攻，但考虑到起义军战败后，可能从京江进入东海，派王仲德带二百艘舰船在吉阳。断绝起义军的去路。十二月，卢循、徐道覆率兵几万人，乘船而下，前后相连，不见边际。晋军出动全部轻便小船，刘裕亲自摇旗擂鼓，命令三军合力出击。又在西岸派出一些步兵骑兵。三军奋勇争先。晋军中有很多威力大的神弩，所到之处无坚不摧。刘裕在江中间督军。起义军的船只顺着风和水流的去向，全部停泊在西岸上。岸上的士兵首先预备了火攻的材料，于是点火烧起义军的舰只，烟雾满天，起义军大败，卢循等人退回寻阳。当初派步兵驻西岸，没有人不感到奇怪的，等到烧了敌军船只，大家才信服。召回王仲德，让他还担当先锋。留下辅国将军孟怀玉驻守雷池。卢循听说晋朝大军沿江上溯，想逃往豫章，于是全力在左里设置栅栏隔断江面。晋军到左里，准备决战，刘裕手中拿的令旗旗竿断了，折断的旗帜沉入水中，大家都感到很奇怪。刘裕笑着说：“从前在覆舟的一战，旗杆也折断了，现在又是，一定能够打败敌人。”立即攻克栅栏前进。卢循的军队虽然也拼命迎战，但无能为力。各路晋军乘胜追击，卢循乘小船逃走。被晋军杀的以及投水自杀的起义军，总共有万余人。收纳投降的士兵，赦免那些被逼走上叛逆之路的人。派刘藩、孟怀玉轻装追击残兵，卢循收集残兵剩将，还有几千人，从小路逃回广州。徐道覆退守始兴。刘裕在左里凯旋搬师。
十四年(公元411年)六月，接受皇上所赐相国、宋公、九锡的任命。十二月，天子崩驾，大司马琅邪王即皇帝位。
元熙元年(公元419年)正月，晋升公爵为王爵，以十郡增封给宋国。
二年(公元420年)六月，到京师。晋帝禅位于宋王刘裕。
永初三年(公元422年)五月，宋高祖刘裕病危，告诫太子说：“檀道济是有才略，但无大志，比其兄檀韶好驾御。徐羡之、傅亮也无异志，谢晦多次随我东征西战，谙悉机变，若有人图谋篡位，必是此人。以后让他远离京城，到会稽、江州去。”二十一日，高祖在西殿驾崩，时年60岁。
高祖节俭简约寡欲，严肃认真讲究法度，不看重珍珠宝玉华车骏马，不爱奢靡丝竹之音。宁州曾进献虎魄枕，色泽艳丽。当时正准备北征，需用虎魄治疗刀枪伤。高祖非常高兴，下令捣碎虎魄枕，将虎魄分给众将。平定关中后，得姚兴侄女，美妙绝伦，高祖十分宠爱，以至荒废政事，谢晦进谏，高祖醒悟，马上打发她走了。钱财都收入国库，不藏于私家。宋宫建成后，有人上奏请东西厅堂使用局脚床、涂银钉，高祖不许；用直脚床，铁钉。诸公主出嫁，陪嫁赠送不过二十万，没有锦绣金玉相送。内外尊奉禁令，莫不节俭，高祖生性简朴，常着连齿木屐，喜欢出神虎门散步，左右随从不过十余人，当时徐羡之住在西州，高祖很思念他。步行出西掖门，侍卫连忙追随，高祖已出了西明门。诸子早晨向高祖请安，高祖回家就脱去皇袍穿上便服，如同普通百姓。孝武帝大明年间，拆高祖居室建玉烛殿，武帝与群臣一起观看高祖居室。大臣们看到床头上有土，壁上挂的葛灯笼用的是麻绳。侍中袁头盛赞高祖俭朴素之德，孝武帝没回答，只是说：“一个田舍郎能得到这些，就很过分了。”由于这些高贵品质。高祖能一统天下。终成大业。
辅世之贤才——刘穆之
刘穆之，字道和，小字道民，年青时喜好《书》、《传》，博览而精通群书，济阳江觊对它非常了解。江觊当时作建武将军、琅琊内史，他让刘穆之作了府主簿。
待高祖攻克京城，问何无忌：“我急需一名府主簿，你认为谁合适呢?”无忌答：“没有比刘道民更合适的人了。”高祖说：“我也听说过这个人。”马上派人叫穆之。当时刘穆之听到京城有叫闹声，早晨起来准备去看看，刚到路口，正好碰到了送信人。穆之看着信，久久不语，然后回到自己的屋里，换下粗布衣服去见高祖。高祖对他说：“我的事业刚刚开始，正感到艰难，急需一名军吏，您看谁可担当此任?”穆之说：“贵府刚建，军吏实在需要一个有才之士，仓猝之际，或许我更合适。”高祖笑着说；“你能委屈自己，我的大事可以成功了。”于是当场任命穆之为府主簿。收复了京邑，高祖刚到，各类大的决定，都是仓猝间和穆之商定的。高祖把穆之当作心腹，大小事情都向穆之请教。穆之也尽忠竭力，无丝毫隐瞒遗漏。当时晋朝朝纲松弛，禁令无人遵守，权豪贵族，仗势横行，百姓穷困，无地存身。更甚者是司马元显政令腐败，桓玄束缚百姓的科条繁密。穆之勘酌时机，加以改正，仅十几天，风气顿改。于是穆之被提升为尚书祠部郎兼府主簿，记室录事参军，并出任堂邑太守。因为平桓玄有功，封为西华县五等子爵。
东晋义熙三年(公元407年)，扬州刺史王谧去世，按理高祖接任，但刘毅等人从中作梗，商量着让中领军谢混作扬州刺史，有人想让高祖在丹徒州为官，把朝内事托付给尚书仆射孟昶，并派尚书右丞相皮沈以这两种意见征询高祖。皮沈先见刘穆之，向他转述了朝中大臣的意见。穆之起来假装上厕所，秘密对高祖说：“皮沈初到，不能听他的意见。”高祖见到皮沈后，叫他到外面等候，叫来穆之问道：“你说皮沈的话不可听从，这是什么意思呢?”穆之说：“晋朝政权已失，并非一时之事，加上发生桓玄篡位之事，天命皇权已不属晋朝。您复兴了晋朝皇室，功高万世。既然立了大功，理应获得大位。您现今的形势，怎么能够处于谦逊退让之地而削弱自己的力量，仅作个驻守边地的将领呢?刘毅、孟昶等人，与你都是从平民而起，共举大义，本来都是想扶助晋主建功立业，事情有先有后，所以一时间推举您建首功，并不是命中永远注定你们有臣主之分。势均力敌，最后还是要火并。扬州是根本，不可以让位于他人。以前让王谧作扬州刺史，是出于权变之道，根本不是长久之计。现在若再把扬州交给别人，你一定会受制于人。一旦失去权柄，就再也没有办法得到它。而您功高勋重，他人又不能控制领导您，对您怀疑耽心与害怕畏惧相交织，各种不测之事就都会发生。将来会出现的问题，现在不能不考虑到。现在朝中大臣的建议已是这样，只能委婉回答。一定要说扬州刺史非我莫属，如此又难以直言，只有回答说：‘国家政治之本，宰辅重要，国家兴盛衰亡均在于宰辅，应好好考虑和挑选。这件事十分重要，不能空谈，我暂时回朝中，与大家商量。’你一回京，他们一定不敢弃您而授位给别人。”高祖听从了穆之的话，于是作了宰辅。
穆之跟随高祖征伐广固，抵抗卢循，常住在营帐中出谋划策，决定各种事情。刘毅等人害怕刘穆之被高祖重用亲近，常常谈说穆之手中权力太大，高祖反而越发信任倚仗他。穆之在外听到的看到的，不分事情大小，均告诉高祖，即使是街谈巷语、笑话等小事，也都告诉高祖一些。高祖常得到民间的各种信息以显示他的敏锐，都是由于穆之告诉的。穆之又喜欢宾客，家中坐客常满，安插耳目观察打听。所以朝廷内外各种观点，穆之没有不知道的。即使是亲近的人的行为，穆之也都陈奏给高祖而毫不隐瞒。有人谗毁他，他却说：“以公的明察秋毫，将来自己也会知道，我受公之恩，理应不加隐讳，这正如张辽之告发关羽想叛逃一样的道理。”高祖的行为举止。穆之都加以规范。高祖书法一向不甚高明，穆之说：“这虽是件小事，但字迹会被四处传开，愿您稍加留意。”高祖既不能达到穆之希望写好字，又十分想改变这种状况。穆之于是说：“你只管挥笔写很大的字，一字一尺大，字大可以包容一些东西，有气势也是一种美。”高祖听从了他，一张纸只六七个字就写满了。穆之常说：“我虽然比不上荀令君推举好的，但我不推举不好的。”穆之与朱龄石一起处理书信，曾给高祖写回信，从天亮到中午，穆之写了一百函，龄石写了八十函，并且穆之写的都没有废弃。穆之转为中军太尉司马。义熙八年，加封为丹阳尹。
高祖西征讨伐刘毅，派诸葛长民留守府中，总管后方一切，高祖担心长民难以独当此任，把穆之留下帮助长民。加穆之为建威将军，设置佐吏，配给穆之实力。长民果真有背叛高祖之野心，只是犹豫没敢发动，于是私下偷偷对穆之说：“外面谣传，都说太尉与我不和，什么原因才闹成这样?”穆之说：“公逆流远征，而把老母幼子委托于你，如果不信任你，怎么会这样做呢?”长民思想才稍稍稳定。高祖回来后，杀了长民。义熙十年，推举穆之为前将军。供给前军府一年一万匹布，钱三百万。义熙十一年(公元416年)，高祖西征司马休之，中军将军道怜留守，但事无大小，都由穆之决定。提升穆之为尚书右仆射，仍如昔日一样兼任前将军和丹阳尹。义熙十二年(公元417年)，高祖北伐，把儿子留下作中军将军，管理太尉留守府内，调穆之为左仆射，率领监军、中军二府军司，前将军、丹阳尹仍兼任。可带仪仗护卫队五十人，出入朝廷殿堂，并迁居到东城。
刘穆之在内总理朝政，在外管理军旅事务，解决问题有条不紊，常常宾客盈门，求办名类事项，朝事军事里里外外来询问禀告的人满阶满室。刘穆之眼睛看公文，手写回信；耳听别人的汇报，口中同时作答，同时处理数事不妨碍，每一件都处理得很妥当。又与不少很熟悉的客人在一起畅谈说笑长达一日或数时辰，并不觉得困倦疲累。只要有空闲时间，穆之就写写画画，翻阅文章，校定典籍。穆之喜欢宾客，从未一个人单独吃饭，每到吃饭之时，都会有十多位客人，营帐中按常规安排伙食，以此为平常之事。他曾对高祖说：“穆之的家中本来贫贱，生活必需品都很缺乏。自从我跟随您以来，虽然常常想节约省俭，但每天所需的，仍稍微多了一些，除此之外，我没有一丝一毫对不起您的地方。”
义熙十三年(公元418年)，穆之病转沉重，皇上降诏让正直黄门郎探问穆之病情。十一月穆之去世，时年五十八岁。
高祖此时在长安，听到此消息大吃一惊，悲痛异常，哀伤惋叹数日。高祖本想暂驻关中，穆之已去世，京都缺人，于是赶回彭城，让司马徐羡之代为留守管理。而朝廷中以前由穆之处理的事，一起汇报到北方高祖驻地，由高祖定夺。
高祖受禅称帝之后，回想起昔日助他的功臣，下诏书说：“已故侍中、司徒、南昌侯刘穆之，深谋远虑，为王业打下基础，功劳卓著，诚实勤劳，现在国运更新，国家安定发达，感事怀人，深感凄凉哀痛。可以加封他为南康郡公，食邑三千户。”
忠心辅佐受猜忌——檀道济
檀道济，高平金乡人，左将军檀韶的小弟。从小父母双亡，在居丧期间十分重礼。事奉兄姊以和蔼谨慎闻名。
宋武帝刘裕创业之初，成为刘裕的建武将军参军事、转官征西将军参军事。后讨平鲁山。擒获桓振，授官为辅国参军、南阳太守。因为有帮助刘裕扩大势力建有功勋，封为吴兴县五等侯。卢循造反之后，群盗纷纷起事，郭寄生等聚集在作唐，任命道济为扬武将军、天门太守讨伐平定了他。其后随从刘道规讨伐桓廉、荀林等，率领督厉文武官员，身先士卒，所到处敌人多被打败。后徐道覆来攻，刘道规亲自出来抗战，檀道济的战功居多。升迁为安远护军、武陵内史。又任太尉参军。拜为中书侍郎，转官宁朔将军，参太尉军事。因前后的功劳封爵为作唐县男，食邑四百户。补官太尉主簿、咨议参军。豫章公刘裕长子刘义符为征虏将军镇守京口，檀道济为他的司马、临淮太守，又任他的西中郎司马、梁国内史，后又任他的征虏将军司马，加号冠军将军。
东晋安帝义熙十二年，刘裕北伐，檀道济担任先锋从淮河、肥水出发，所到各城戍都纷纷投降。进而攻克许昌，俘获后秦宁朔将军、颍川主守姚坦，以及大将杨业。到成皋，南燕兖州刺史韦华投降。直进洛阳，南燕平南将军陈留公姚洸归顺。拔城破垒，共俘获四千余人，有人建议应该都处死后把尸体堆在一起成为京观。檀道济说：“讨伐罪人，哀愍百姓，正在今日。”全部释放遣散回家。於是各少数民族感激和欢悦。相聚前来投奔的人很多。接着占据潼关，与其他军队一起攻破姚绍。长安平定后，檀道济被任为征虏将军、琅琊内史。刘义符将去镇守江陵，又任檀道济为他的西中郎司马、持节、南蛮校尉。又加号征虏将军。升迁为宋国侍中，兼任世子中庶子，兖州大中正。
刘裕称皇帝，檀道济转官护军，加散骑常侍，兼领石头戍事。准许他直入殿省。因辅佐创业的功劳，改封永修县公，食邑二千户，徙官为丹阳尹、护军不变。
出任为监南徐、兖之江北、淮南诸郡军事、镇北将军、南兖州剌史。宋文帝景平元年，北魏鲜卑军队在东阳城包围了青州剌史竺夔，竺夔告急。朝廷下诏加官檀道济为使持节、监征讨诸军事，与王仲德一起去救东阳。未到东阳时，鲜卑军队已烧掉营房、攻具逃走。擅道济正要出追，因城内无粮，於是开粮窖取陈年之谷，窖深数丈，出谷作米，经过一夜，鲜卑兵逃去已远，不再可追，於是只得作罢。回军后仍镇守广陵。
徐羡之将废庐陵王刘义真为平民，以此先告知檀道济，檀道济不同意，多次陈说不可，但不见采纳。徐羡之等人打算废少帝刘义符，立蚶义隆，托辞让檀道济入朝，到建康后，把这计谋告诉他。将实行废立的前夜，檀道济到领军府谢晦处住宿。这一夜谢晦转辗不能入睡，而檀道济则上床便睡着，谢晦十分佩服他。废刘义符后，太祖刘义隆还未到，檀道济入内守朝堂。宋文帝即位，进号征北将军、加散骑常侍，给鼓吹乐队一部。进封为武陵郡公，食邑四千户，檀道济坚决辞去。又增加督青州、徐州的淮阳下邳琅玡东莞五郡诸军事。
在讨伐谢晦时，檀道济率领军队继到彦之部队之后，到彦之战败，退保隐圻，刚好道济来到。谢晦本来以为檀道济与徐羡之一起被杀，忽然听到他上来，人心动荡害怕，不战自溃。谢晦事平定后，升为都督江州、荆州的江夏、豫州的西阳、新蔡、晋熙四郡诸军事、征南大将军、开府仪同之司、江州刺史，持节、常侍不变。
宋文帝元嘉八年。到彦之北伐鲜卑，已平定黄河以南，不久重新失去，洛阳金墉、虎牢都被敌人占领，北魏军逼近滑台。朝廷加檀道济都督征讨诸军事，率军北讨。军队到达东平寿张县，遇到鲜卑的将领安平公乙旃眷。檀道济统率宁朔将军王仲德、骁骑将军段宏奋起进击，大败北魏军。转战到高梁亭，鲜卑宁南将军、济州刺史寿昌公悉颊库结前后迎战，檀道济分别派遣段宏及台队主沈虔之等设奇兵出击，当即斩杀悉颊库结。檀道济进军到济水上，连战二十余日，前后数十次交战，鲜卑军队人数众多，结果滑台被北魏占领。檀道济在历城保全军队而返回。
