罗斯福任期内的主要工作方向，就是主张建立强大的海军。虽然部长丹尼尔斯也赞成扩大海军，但是行事低调，热情比不上罗斯福。美国海军同盟是美国扩建海军的最大阻碍，其领导人是钢铁界、海运界和金融界的巨头。为了防止引起战争，影响对外贸易，这些企业家们联合起来反对海军扩建计划。罗斯福决定正面出击，在美国海军同盟全国大会上发表“关于建立强大海军”的演讲，说明只有用力量强大的海军做后盾，他们才能够维持自己想要的和平贸易环境。丹尼尔斯部长和罗斯福的观念不同，他拒绝批准总务委员会关于增加2万人编制的提案，建议大量增加舰只。
丹尼尔斯1862年出生于北卡罗来纳州，比罗斯福大20岁。在具有绅士风范的罗斯福眼中，这位上司给他的最初印象是“不仅打扮过时，而且衣服皱巴巴的，就像个滑稽可笑的乡巴佬”。
丹尼尔斯是著名的和平主义者，是农业改革的积极拥护者，与新国务卿威廉·詹宁斯·布赖恩一起被认为是威尔逊内阁中最激进的两名成员。多年的政治生涯，并没有改变丹尼尔斯温和的性格。丹尼尔斯被威尔逊任命为海军部部长是出人意料的，因为他对海军事务完全外行。海军部各司局长暗暗窃喜，以为能够不受束缚放手行事，但是没过多久他们就知道这个想法是错误的。丹尼尔斯其貌不扬的外表下，隐藏着政治家的睿智和机敏，能够熟练地掌握局势。丹尼尔斯知道怎么制约这些海军上将，不让他们影响到自己的决策权。另外他还能利用物资供应商的贪婪，为海军部节约更多经费。罗斯福见识到丹尼尔斯的出色能力，虚心地从他这里学习联邦政府运作的知识，了解总统和各部部长、国会领袖之间彼此牵制的关系。
起初，罗斯福把丹尼尔斯看成一无是处的乡巴佬，在社交界的朋友们面前模仿和嘲笑他的言行举止。罗斯福还公开表示希望丹尼尔斯早点辞职，由自己来出任海军部部长。丹尼尔斯对助手的傲慢采取了忍让的态度，并且成功地把罗斯福的热情引领到正确方向。在以后长达7年的共事时间里，罗斯福和丹尼尔斯的意见经常产生分歧，但是罗斯福心里已经很依恋他。两个性格迥异的人逐渐成为关系密切的最佳搭档，罗斯福负责内部管理事务，其中包括政府采购和配给、海军预算、船厂和仓库管理、海军文职官员的人事管理等；丹尼尔斯负责决策，统筹大局，游说国会争取海军拨款。
海军部的军官们瞧不起性格温和的海军部部长丹尼尔斯，但是都很喜欢助理部长罗斯福。他的工作热情和领导才能，以及对海军业务的熟练程度，都让大家心悦诚服。罗斯福具备的专业素质，平等的待人态度，让他很快就和军官们打成一片，而埃莉诺也和军官的妻子们相处得很友好。
罗斯福想装得老成一些，但是还是掩饰不了真实年纪和阅历。他听到军舰鸣17响礼炮向自己致敬时，非常自豪和骄傲，因为这比迎接海军少将还多4响。他设计了海军部助理部长旗帜，他每到一处就让人悬挂这面旗，让欢迎仪式更气派壮观。对罗斯福偶尔流露出的天真幼稚行为，有些军官会觉得可笑，但绝对不会轻视他。罗斯福的航海才能让人钦佩，他曾引导高速驱逐舰通过狭窄的坎波贝格海峡。
罗斯福在海军部能够应付自如，和豪的鼎力协助是分不开的。上任伊始，他就把豪调来海军部，担任秘书一职。表面上豪的主要任务是搜集整理海军部资料，为罗斯福和丹尼尔斯起草演讲稿，实际上还要处理采购、基建项目、劳工关系等事务。协助罗斯福成为美国总统，成了豪的人生目标。他努力维护罗斯福的形象，为将来的事业做准备。丹尼尔斯是这样评价豪的：“他是我见过的最精明的人，对海军部和全联邦政治情况都一清二楚。他只效忠罗斯福，而不是我或威尔逊总统。为了确保罗斯福的利益，他愿意做任何事，甚至愿意趴在地上让罗斯福从他身上踩过去。”
豪用精明的政治眼光分析局势，教导罗斯福如何等待和抓住有利时机，进行政治场上的角斗。他还能够敏锐地察觉到别人对罗斯福的敌意，为罗斯福的事业扫清障碍。虽然他的感觉是正确的，却为自己树立了不少敌人。实际上，罗斯福从豪这里得到的不是协助，而是指导。听从豪的安排，控制自己的急躁情绪，是罗斯福走向成功的重要因素之一。罗斯福听从豪的建议，注意和劳工组织搞好关系。他经常到下面视察，在劳工组织代表中很受欢迎。在他7年多的任期中，没有发生劳资纠纷或罢工等令人头痛的问题。大家都知道罗斯福钟爱海军事业，并为之付出了真诚和热情。
虽然身在华盛顿，可是罗斯福和豪没有放弃削弱纽约坦慕尼厅力量的机会。罗斯福为返回纽约州做政治准备，和邮政部长艾伯特·伯利森、财政部长麦卡杜以及其他政府机构负责人保持联系，因为这些人控制着纽约州几百个联邦职位。罗斯福支持民主党进步派，反对坦慕尼厅的势力，希望威尔逊总统任命自己为纽约州民主党负责人。威尔逊总统知道罗斯福在海军部的作用，所以并没有给出明确答复。
罗斯福到华盛顿任职后，埃莉诺带着孩子们过来，住在西奥多曾住过的一处宅院里。当年西奥多入主白宫前，把这里当成暂住地，所以这里也被华盛顿政界称为“小白宫”。埃莉诺和军官们的妻子交际往来，还要负责给官员们寄问候卡片，每周三还要接待些不熟悉的新客人。她逐渐赢得了大家的好感，在华盛顿社交圈应付自如。
尽管罗斯福的助理海军部长职位能够给他带来5千美元年薪，夫妻俩每年的基金收入也超过了1.5万美元，但经济上还是入不敷出。为了保持体面，罗斯福一家按照华盛顿上流社会的标准雇佣保姆、仆人、司机和家庭教师等等，开销庞大。等待母亲萨拉的主动接济，成了夫妻俩解决拮据状况的惟一办法。
威尔逊总统和夫人都很保守，很少举办社交宴会。其他的内阁官员，也不好公然和总统相背，所以很少出现在社交圈。罗斯福家人能够接触的人士多是西奥多的旧交，还有一些思想积极的年轻人。罗斯福经常参加各个大学举办的社交活动，表现得很活跃。除了豪之外，还是没有人能够看出罗斯福有什么政治潜质。
罗斯福的眼界比过去开阔，结识了一些有声望的政治家、威尔逊政府中的内阁成员和重要的外国人士等。在海军部内部，他对航海知识丰富的威廉·哈尔雷和哈罗克·斯塔克等年轻舰长印象深刻，他们就是罗斯福日后任命的海军上将。通过和不同阶层的人打交道，罗斯福了解到政府的复杂状态。他借交际机会，从这些人身上吸收各种知识。人们对他这种广泛交际的做法持否定态度，认为他会一事无成，但是豪却不这样认为。罗斯福在和人交往时，不是单纯地接纳对方观点，而是有自己的分析和理解。他会在日记中记录每个人的特点和长处，并且能够找到与其和睦相处的办法。
在罗斯福忙于海军事务时，新总统威尔逊开始进行大刀阔斧的改革。在他的敦促下，国会通过了《联邦储备法》，为国家的银行和货币制度确立了新的方针。另外国会还通过了《关税法》，把税率降到南北战争以来的最低点，并推出分级税率条例。为了实现对选民的承诺，威尔逊总统施行自己的“新自由主义”改革措施，例如反对垄断、发展技能教育、确保工人权益等。罗斯福支持总统的改革政策，拥护其为民众服务的政治观点。因为工作内容所限，他始终处于威尔逊政府的外围，和总统接触的次数有限，但是关系一直很融洽。罗斯福密切地观察威尔逊，看他如何在民众和国会之间周旋。
1913年3月，美日关系出现危机，罗斯福和海军将领们联名上书要求政府调动舰只和军队，向日本开战。威尔逊总统认为这样会被世人误会为美国在主动挑衅，会导致外交上的被动，因此驳回了这个请求。
1913年8月，墨西哥内战波及到美国边境，美墨武装冲突升级。威尔逊总统顺应民意，避免美军卷入墨西哥内战，再次采取了冷静观望的姿态。罗斯福知道参战是赢得声誉的契机，在豪的示意下他发表公开声明：“战争不可避免，美军应该马上出兵。”他又呼吁建立强大海军，保护海防线，并且在战争期间保卫商船正常开展对外贸易。罗斯福的这些主张和活动，和威尔逊总统温和克制的态度出入很大。有人分析，威尔逊总统心里是默认罗斯福的扩军备战观点的，他只是在通过罗斯福来试探美国舆论的反应。
当时欧洲局势紧张，世界大战一触即发，威尔逊也在为美国的发展方向伤脑筋，不知道应该保持孤立主义传统置身事外，还是应通过军事力量树立国际地位。罗斯福和华盛顿的社会名流们达成共识，只有加大海军力量，美国才能够控制海洋，才能够在国际事务中居于主导地位，否则美国在国际社会中就没有说话权。在豪的帮助下，罗斯福作为政治新星在华盛顿崭露头角。但是由于年龄和阅历关系，他没有引起华盛顿和纽约州政界的重视。在那些老谋深算的政客眼中，罗斯福只是个精力充沛的小伙子，是个不让自己闲下来的小忙人。
在威尔逊总统看来，罗斯福性格冲动，是个不安现状的年轻人。但总统相信，关键时刻这个年轻人的冲动或许会爆发出强大的力量。
三、第一次世界大战
20世纪初期，欧洲列强在地中海沿岸和巴尔干地区展开了激烈的争夺，各殖民地的独立斗争也层出不穷。在俄国的支持下，波斯尼亚和黑塞哥维那两地民众强烈要求摆脱奥匈帝国的殖民统治，想要和塞尔维亚合并建立统一国家。奥匈帝国为了维护本国在巴尔干地区的统治权，准备对塞尔维亚作战。德国为了牵制俄国在该地区的力量，和奥匈帝国约定，如果俄国出面协助塞尔维亚，德国将出兵支持奥匈帝国。
1914年6月28日，奥匈帝国在波斯尼亚邻近塞尔维亚的边境进行军事演习，以塞尔维亚为假想敌，由奥匈皇储弗兰兹·斐迪南大公亲自检阅这次演习。6月28日是塞尔维亚的“国耻日”，是1389年土耳其军队打败塞尔维亚和波斯尼亚联军的日子。奥匈帝国的挑衅意味非常明显，这引起塞尔维亚民族主义者的极大愤怒。演习结束后，斐迪南大公偕同夫人返回萨拉热窝市区时，被隐蔽在一旁的塞尔维亚爱国青年加弗利尔·普林西普开枪击中，双双毙命。
这就是著名的“萨拉热窝事件”，德国和奥匈帝国以此作为借口，公然发动战争。7月28日，奥匈帝国对塞尔维亚宣战。8月1日、3日，德国分别向俄、法两国宣战。8月4日，英国向德国宣战。8月6日，奥匈帝国向俄宣战。8月23日，日本向德国宣战。第一次世界大战以欧洲大陆为主战场全面爆发。
第一次世界大战爆发后，美国政府没有马上参战，依然延续传统的孤立主义政策，采取观望态度。听到奥匈帝国宣战的消息后，罗斯福立即结束了夏季休假，回到华盛顿，前往海军部。但这里依然是老样子，丝毫看不出因世界大战爆发而引发什么紧张情绪。欧洲的战火和硝烟显得很遥远，大家好像都无动于衷。丹尼尔斯对于发生这样影响世界和平的事情只是表示非常遗憾和伤感。国务卿布赖恩依然坚持自己的和平主义立场，尽量让美国在这次战争中置身事外。
1914年8月4日，威尔逊总统发表《中立声明》，表明美国政府的立场。8月19日，他又发表《告美国民众书》，要求民众冷静面对，不要卷入这场纠纷。罗斯福不满意政府的中立态度，积极要求加强海军军事装备。他劝说威尔逊总统设立国防委员会，用来监督工业动员，为不可避免的战争做准备。他还提出实行普遍兵役制，增加现役军人数量。虽然罗斯福充满了热情和干劲，但是威尔逊总统经过多方考虑，没有采纳他的建议。
罗斯福的热情没有减灭，他客观地分析战事走向，认识到这可能会是一场持久战。他明白海军力量在世界大战中的影响力，于是开始着手准备人力和物资等后备力量。他辛勤工作，期望政府早点放弃“中立”立场，加入英、法为首的协约国一方。战争开始，罗斯福就倾向协约国，这点始终没有改变。豪知道罗斯福这样做就是和威尔逊政府唱反调，会影响到政治前途。他提醒罗斯福要意识到这一点，不要拿自己的前途冒险。罗斯福放弃了激进行为和言论，变得小心谨慎起来。
1915年3月，共和党奥尔巴尼党魁威廉·巴讷斯和民主党坦慕尼厅头目墨菲联和起来，控告西奥多犯有诽谤罪，因为他曾在公开场合说过两人相勾结。律师找不到两人合谋的证据，形势对西奥多十分不利。罗斯福知道回报西奥多的机会来了，他出面说出墨菲和巴讷斯在“希恩事件”中合谋的事，并提供了收集到的相关证据。情况发生逆转，西奥多最后赢得了这场官司，墨菲和巴讷斯则像两只斗败的公鸡，怅然离去。西奥多和罗斯福互发电文，庆祝罗斯福家族对抗党魁的胜利。
1915年5月7日，德国潜艇在爱尔兰附近海域击沉英国丘纳德轮船公司的“露西塔亚”号客轮，1195人遇难，其中包括128名美国人。美国民众对德国产生强烈不满，要求政府宣战的呼声此起彼伏。美国国内媒体报道也越来越尖锐，以西奥多为首的参战派呼吁美国为荣誉而战，以布赖恩为首的和平主义者则要不顾一切维持平和。
表面上看来，威尔逊总统好像在为到底是参战还是继续观望而拿不定主意。实际上，他在等待时机，让美国能够在列强纷争中坐收渔利。为了化解国内民众高涨的不满情绪，他向德国政府提出并不严厉的抗议。国务卿布赖恩不赞同威尔逊总统对德国提出抗议，担心因此引发不必要的战争。为了表示维护国内和平的坚定决心，他毅然辞去国务卿一职。
到底要战争，还是要和平，成为美国人悬而不决的议论话题。但是关于备战问题，民众意见却出奇的一致。威尔逊总统也知道只有军事力量强大，选择是否参战的权利才会在自己手中，他向国会递交了扩军备战提案，其中包括罗斯福建立强大海军的计划。国会通过提案，美国备战活动全面展开，主要集中在增加陆军和海军现役军人数量，建造新式军舰，扩大舰队规模几方面。另外，政府成立了咨询委员会，以确保战争爆发后能够调动供给各项物资。
1916年6月3日，美国国会通过了《国防法》，规定增加现役军队数量，全国范围内进行预备役训练。
