没过多久，在地方反日政客的呼吁下，陆军部将埃德加提案中针对的人员由涉嫌谍报的日裔扩大到整个美国军事区域附近的所有日裔。新闻记者们也妄加猜测，在报纸上报道些并没有实际证据的信息，来证明珍珠港事件是日本间谍带给美国的灾难。
1942年2月19日，罗斯福签署了即日生效的第9066号行政法令，授权陆军部有权划定军事区域的范围，并且有权批准任何人进入、停留或者离开该区域。虽然该法案并没有提到什么种族群体，但陆军部对特定军事区域的日裔集中拘留的行动全面展开。短短几个月时间，共有11.05万人被关进集中营。在被关押的人中，具有美国国籍的日裔有7万人，占美国本土全部美籍日裔11.25万人的2/3。在联邦政策的影响下，美国左翼人士仇日情绪高涨，攻击日裔的事件屡见不鲜。
埃莉诺得知被拘役的日裔中包括妇女和儿童后，感到很不安。她知道罗斯福是个政治家，而不是什么坚定的民权维护者。她对罗斯福说了自己的顾虑：“现在陆军部的行为太极端了，这实在不符合我们国家一再强调的民主和自由。其中的7万名美籍日裔，他们是在星条旗下宣誓效忠后，才获得美国公民资格的；美国政府对他们的行为，容易引发新的种族主义浪潮。”
罗斯福摇摇头：“不要再说这些，最近我的大脑里已经接受了各种相互冲突的建议，实在是不想再提这个话题。”
埃莉诺皱着眉：“可是，那里包括妇女和孩子……”
罗斯福打断妻子的话：“以后不要再提这件事，我们现在关注的应该是怎么在太平洋上打败日本人，而不是这里美籍或非美籍日裔的状况。”
日本人取得珍珠港一役胜利后，又相继占领了美国、英国、荷兰在亚洲的其他几处军事基地，阿卡迪亚会议期间组建的ABDA司令部解散。从菲律宾美军基地奉命撤离的麦克阿瑟上将，被罗斯福任命为西南太平洋战区司令，在澳大利亚重整军备。同时，罗斯福任命太平洋舰队司令尼米兹上将兼任太平洋战区总司令。由于连续失利，美军的士气降到低谷。美国民众都在关注，希望美军能够在太平洋战场上恢复战斗力。
1942年4月18日，在罗斯福亲自筹划下，由新服役的“大黄蜂’，号航空母舰上起飞的16架轰炸机对日本东京展开了空袭，并取得了成功。这个行动好像在证明美军即将采取进攻姿态，这极大地振奋了自珍珠港事件以来颓丧的美军士气。其他战场的盟军也都觉得有了新的希望。美国各大报刊都用大字标题报道了空袭消息，罗斯福在白宫记者招待会上，更是妙语惊人，宣布执行这次任务的美国的轰炸机是从“香格里拉”起飞的。香格里拉，即希尔顿小说《消失的地平线》中的神秘天堂。
美军对东京的轰炸，引起了日本民众的恐慌情绪，也一定程度地影响了日本的战略安排。原本日本军方希望把所有力量集中到西南太平洋战区，现在他们接受了日本联合舰队指挥官们的建议，决定朝中途岛进发，把攻击重点放在还没有从珍珠港之役中恢复元气的美国太平洋舰队。中途岛是夏威夷群岛中最西边的一个岛屿，具有重要的战略意义。为了确保中途岛战役的胜利，日本军方制定了攻占莫尔兹比港的作战计划，以此切断美国西南太平洋战区与太平洋战区的联系。美军破译了日军的秘码，在珊瑚海海域突袭日本舰队，取得了胜利，迫使日军推迟入侵莫尔兹比港的计划。
1942年6月4日，罗斯福接到太平洋舰队司令尼米兹的电话。尼米兹很郑重地说道：“总统先生，今天我们已经报了珍珠港之仇！”
在尼米兹打电话前，日军和美军刚刚在中途岛海域展开了一场激战。由于美军已经破译日军密码，所以早就做好准备，等着伏击日军，以雪珍珠港之耻。在这场战役中，美国损失1艘航空母舰和1艘驱逐舰，150架飞机被毁坏；而日本方面却损失4艘航空母舰和1艘重巡洋舰，322架飞机被毁坏。另外，日军阵亡人数达到3500人，美军阵亡仅307人。
中途岛海战是一场决定性的战役，标志着太平洋战场的战略转折，美军由防御转为进攻，日本则由进攻转为防守。
随着中途岛海战的胜利，美国舆论都猜测太平洋战场会成为美军主战场，广大民众也认为应该先打败日本，再去打希特勒。罗斯福从整体战略上考虑，还是坚持“先欧后亚”的作战方向，认为不能将美军力量分散在太平洋战区，而是应该把主要作战力量放在欧洲。在和马歇尔商议后，罗斯福决定往欧洲派远征军，并就统帅人选问题征询马歇尔的意见。
马歇尔推荐陆军作战部部长德怀特·艾森豪威尔为远征军司令，并在给罗斯福的提名报告中附上一段说明：“艾森豪威尔除了具有军事学识和领导才能外，还具有组织能力和协调能力。他知道怎么让与之相处的人心情愉快，也能够得到别人的真心信赖。我认为，他的这些品德和长处，正是我们驻欧部队统帅所应具备的素质。”
艾森豪威尔1890年出生于德克萨斯州丹尼森市，1915年从西点军校毕业后到部队服役。1933年至1940年间，他一直担任麦克阿瑟的高级助理。1940年2月，他被调到驻加利福尼亚的第15步兵团任职。在随后的一年半中，艾森豪威尔连续三次升迁，成为美国陆军第三集团军参谋长，军衔由中校晋升为准将。在集团军参谋长任期内，他成功地组织了大规模的军事演习，引起陆军参谋长马歇尔的关注。珍珠港事件发生之后，艾森豪威尔调任陆军参谋部作战计划处副处长，两个月后升任作战计划处处长。1个月后，作战计划处被马歇尔改组为美国陆军的最高指挥机构--作战部，艾森豪威尔被任命为作战部处长。此后不久，艾森豪威尔晋升为少将。艾森豪威尔后来在回忆录中写道：“马歇尔将军亲自给参谋长联席会议写报告，他说自己创立的陆军作战计划处并不是参谋机构，他说我做的工作是调兵遣将，他说我是个指挥官。因此，他请求将我提升为少将。此后不久，他派我去英国，并给我加了一颗星，接着又加了一颗星。”
罗斯福相信马歇尔的识人能力，知道他或许算不上是一流的将军，但他绝对算是一流的伯乐。他听说过，马歇尔随身有一个黑皮笔记本，记录着他见过的一些有才华和潜力的军官的名字和表现，后面还标注相关评语。罗斯福不知道艾森豪威尔的名字在黑皮本上出现过几次，但是他知道，如果马歇尔认为这个人能够做统帅，那这个人肯定有资格做统帅。因此，罗斯福不顾众人的质疑，任命艾森豪威尔为欧洲战区美军司令。这个任命不仅艾森豪威尔本人没有想到，整个美国都想象不到。对美国人来说，艾森豪威尔这个名字太陌生了，怎么就成为继美国第一位五星上将潘兴后的第二位欧洲远征军统帅呢？美国军界纷纷质疑罗斯福这一任命，艾森豪威尔不过是刚刚晋升为少将的军官，而且还是个参谋官，根本就没有实战经验。在大家的质疑声中，艾森豪威尔被晋升为中将，此时距离他上次晋升才4个月。
1942年7月25日，罗斯福正式批准了关于盟军登陆北非的作战计划。8月，刚刚到任几个星期的欧洲战区美军司令艾森豪威尔中将被联席参谋长委员会任命为盟军北非远征军总司令。
1942年11月8日，艾森豪威尔率领盟军10.4万人，展开代号为“火炬”的北非登陆战。在强大的空军掩护下，盟军在卡萨布兰卡、阿尔及尔、奥兰三地登陆。美英联军接着向西挺进，占领整个摩洛哥和阿尔及利亚，对退入突尼斯的德意联军形成东西夹击之势。希特勒为了扭转战局，立即将因病休养的非洲军团司令、被称为“非洲之狐”的德军名将隆美尔重新派往非洲。
1942年3月6日，隆美尔指挥德军的三个装甲师，对盟军进行了四次大规模的进攻，每次都损失惨重。严酷的现实让他认识到，非洲的战局已经无法扭转，轴心国的军队若再留在这里就等于自杀。隆美尔把指挥权交属下阿尔林将军代理后，便返回欧洲向希特勒汇报战场上的严峻形势，建议迅速从北非撤军。希特勒不仅没有接受隆美尔的建议，还于3月31日下令让他免职休养。
1943年3月下旬，在艾森豪威尔的指挥下，盟军对突尼斯南部发动总攻。经过20多天的浴血奋战，盟军将德意军队驱赶至突尼斯北部。4月20日，盟军和德意军队展开决战。5月13日，被逼入绝境的25万德意联军投降，盟军取得了“二战”开始以来最大的一场胜利。斯大林曾这样评价北非战场胜利的意义：“凭借盟军在非洲战场的胜利，我们已经夺回了战争的主导权，也转变了不利于同盟国的欧洲军事政治状况。它打破了希特勒不败的神话，降低了德国在轴心国体系中的威信，为孤立德国和打败意大利创造了条件。最主要的是，它为在欧洲更接近德国要害地区开辟第二战场创造了前提，对战胜纳粹德国具有决定性意义。”
运筹帷幄的罗斯福对北非大捷尤为高兴，对指挥战斗的总司令艾森豪威尔更是称赞不已。
艾森豪威尔没有辜负罗斯福和马歇尔的信任，他凭借高超的指挥能力和令人景仰的高尚品格，赢得了盟军官兵的爱戴。在盟军部队中，有条不成文的禁令：叫谁“狗杂种”都行，但绝对不许说谁谁是“英国狗杂种”，谁谁是“美国狗杂种”。这条被官兵们当成是最幽默语言的禁令，正是出自艾森豪威尔之口。在北非作战中，一个美国军官和英国军官起了争执，先是动口，接着就动了手，最后事情闹到艾森豪威尔那里。艾森豪威尔询问了两人前后经过后，就安抚了英国军官几句，让他出去了。等英国军官出去后，艾森豪威尔严厉训斥美国军官：“你叫谁‘狗杂种’都行，但我绝对不许你说谁谁是‘英国狗杂种’，谁谁是‘美国狗杂种’。”作为惩戒，艾森豪威尔将这个军官遣返回国，然后把这件事通报全军，以示警戒。
北非战事进行期间，罗斯福和霍普金斯还曾经前往摩洛哥的卡萨布兰卡，与丘吉尔及两国高级将领举行过一次盟军战略会议。在会议召开之前，他曾两度邀请斯大林参加，但当时斯大林格勒战役正在进行，斯大林没有办法脱身。此次会议的主要议题是，盟军接下去的作战计划、未来法国的政治问题和土耳其战争立场问题。
关于盟军下一步作战计划，马歇尔认为应横渡英吉利海峡，在西欧登陆；丘吉尔则主张先进攻西西里和意大利，然后再进攻巴尔干。由于罗斯福的支持，会议最后通过了丘吉尔的地中海作战方案。在法国的政治问题上，罗斯福和丘吉尔就没有那样默契。罗斯福支持法国境内的吉罗政府，丘吉尔则支持总部设置在伦敦的戴高乐流亡政府。罗斯福见谁也说服不了谁，就提出一个折中建议，那就是组建联合政府。为此，他们请来吉罗和戴高乐，虽然两人都没有合作的意向，但还是在美英两国的压力下达成共同组建法国临时政府的协议。为了顺利实施地中海作战法案中的巴尔干计划，罗斯福和丘吉尔都认为应该把土耳其争取到同盟国一方。两人还签订了秘密协定，划分美英两国在亚洲地区的势力范围，将土耳其划归英国势力范围，中国划归美国势力范围。
1943年1月24日，在会议结束当天的记者招待会上，罗斯福提出了“无条件投降”的声明，把盟军作战目标定为迫使德国和日本无条件投降。意大利国内反墨索里尼的呼声日益高涨，所以罗斯福特意把意大利排除在无条件投降之外，静观其变。他还强调，对德国和日本实行无条件投降的政策，并不意味着毁灭德国人民和日本人民，而是要彻底摧毁法西斯势力。
在卡萨布兰卡会议期间，除了处理军政事务外，罗斯福、丘吉尔和霍普金斯都见到了在这里服役的儿子。在艾森豪威尔的特别批示下，罗斯福的儿子埃利奥特中校和小富兰克林上尉、丘吉尔的儿子伦道夫上尉和霍普金斯的儿子罗伯特中士获得假期，从前线过来和他们的父亲相会。罗斯福知道自己既是父亲也是总统，虽然他的儿子能够过来探望他，但是千千万万年轻士兵却不能有假期去探望父母。在美国驻摩洛哥总督乔治·巴顿少将陪同下，罗斯福驱车前往卡萨布兰卡东北方向的拉巴特，视察了正在受训的美军第7集团军，并且和2万多名士兵进行了露天会餐。
乔治·巴顿是北非远征军西部特遣部队司令，是马歇尔起用的另一匹千里马。在马歇尔的黑皮笔记本里，巴顿名字后面标注着三句话：“他能够带领部队赴汤蹈火；但是需要用根绳子紧紧套住他的脖子；一有装甲部队就交给他指挥。”
巴顿1885年出生于加利福尼亚州的一个军人世家，从小就爱出风头，立志要成为将军。1909年，他从西点军校毕业后到骑兵部队服役。1916年，巴顿作为潘兴将军的副官来到墨西哥，镇压当地的农民起义。马歇尔当时作为参谋官，也在墨西哥，耳闻目睹了巴顿奋勇作战的情形。因此，他在黑皮本上写下了巴顿的名字，并且标注自己的短评“他能够带领部队赴汤蹈火”。1917年，巴顿随美国远征军奔赴法国，参加第一次世界大战。同年11月，他奉命负责组建美军第一个装甲旅，开始了他的“坦克情缘”。1918年9月，巴顿指挥该旅参加了圣米耶勒战役与马斯一阿贡纳战役，并取得令人瞩目的成绩。“一战”结束后，巴顿返回美国，依旧在骑兵部队任职，同时开始坦克研究工作。1935年，他任夏威夷军区情报处长。“二战”爆发后，德国的坦克部队横扫西欧后，美国开始重视装甲兵建设，马歇尔第一个想到的就是巴顿。1940年7月，巴顿晋升为准将，奉马歇尔之命组建一个装甲旅。6个月后，他晋升为少将，担任第2装甲师师长。1941年1月，巴顿升任为第1装甲军军长。“火炬”行动中，他被任命为西路军司令，率领4万多美国官兵从卡萨布兰卡登陆。经过3天的激战，西路军打败了驻地德军，巴顿被任命为美国驻摩洛哥总督，并负责组建美第7集团军。
