这样做，朱元璋还觉得自己的行为不够严厉，又先后在全国发动了两次大规模打击贪污的行动，第一次则为“空印案”。
“空印案”发生在洪武九年（1376）。“空印案”的爆发，与朱元璋所制定的财务月报制度有着密切的关系。财务月报制度是指朱元璋规定各府州县要把本地方的户口、钱粮、学校、讼狱等方面的统计数字以报表形式，逐月上报。由于制度本身的不便，洪武六年便改月报为季报和年报，类似于现在的中期会计报表和年终会计报表。除了地方逐级上报外，各府、州、县和布政司每年还要将各地情况汇总成年终报表，上报户部，接受国家审计。在明初，这种国家对地方的财务检查的要求是相当严格的。为了以示公正无私，所汇总数据的准确无误，所有的会计账目都要求精确到分厘毫丝。这和我们今天要求精确到小数点后两位，有异曲同工之处。为了保证官员不能从中舞弊，朱元璋还规定了地方账目与户部账目要完全吻合。所以，如果地方的账目一旦不能与户部账目完全一致时，户部就会驳回，要求地方重新填写。
遵循这一规定，每年地方都要派专人到京城汇报，并与户部的账目进行核对。为了确保公正，地方上报的数据汇总造册后，须加盖地方衙门的大印才能有效，以示上报数据与户部的数据无二。但是，仅靠少数人力就保证数据统计的正确，是不可能的。所以经常会出现地方数据与户部数据之间有出入。如果这时候要求地方官员返回地方重新填写，有的人要往返上千里，乃至万里，这样不仅浪费时间，而且会延误上报。所以，各地官员们的权宜之计，就是带上事先盖好官印的空白文书，以备不时之需。很难确定这种行为是否合法。但是大家都这么做，又让人觉得是在情理之中。
洪武九年，这件事情被朱元璋发现了。他对这件事感到了极大的震惊与愤怒。他觉得，自己被各地官员甚至是中书省、户部的官员欺骗和愚弄了。这样一群中饱私囊之徒、奸诈之辈，竟当他在开国之初的戒饬为耳边风。这和掘他大明江山的根基、无视他这个皇帝的存在，有什么本质上的不同？于是，朱元璋下令逮捕了各地方衙门的主要官员，特别是掌印官员，将他们统统处死。有关联的官吏杖责一百，充军戍边。其中包括方孝孺的父亲方克勤，他是当时公认的好官。
很明显，这些被认为是从中渔利的官员们是冤枉的。朱元璋不分忠奸地大兴“空印案”，目的就是要杀一儆百，以达到他理想中的惩恶扬善、激浊扬清。在如此大的高压之下，中书省和御史台那些官员们，又有谁敢站出来澄清这一切呢？
“空印案”后，终于有一个布衣百姓勇敢地站了出来，上书向朱元璋讲述了事情的原委。这个布衣百姓名叫郑士利，为“空印案”当事人之一，时任湖广按察使佥事郑士元的弟弟。在“空印案”中，郑士元因参与考校钱谷册数，被系狱。郑士利的依据就是考校钱谷的册书，必须是两缝印，一印一纸不被允许考校钱谷册数。且各地编造钱谷册所凭依据在各府县都留有存根。因此，各地的钱谷之物不管在当地合计，还是到省城合计，都无法作弊。再者，带空印文书在身上，实为一种权宜之计，朝廷并无法令明确禁止这种行为。现在朝廷突然降重罪于这些官员，不分青红皂白，就被冠以欺君之罪名，让人不能心服。
虽然郑士利的上书把“空印案”的原委讲得很清楚，但朱元璋志在以重典治贪，为后世立下榜样，来杜绝奸诈之徒，又怎会理这个布衣平民呢？郑士利上书之后，即被下狱，并严刑拷问指使之人。不过，朱元璋自知理亏，并没有要他的命。但该杀的不该杀的都已经杀了，还能怎么办呢？最后郑士元兄弟俩都被判以重刑，也算是朱元璋对他们“皇恩浩荡”了。
（第五节）郭桓案：整治严厉，史所罕见
朱元璋对全国第二次集中打击贪污的行动，就是“郭桓案”。
“郭桓案”发生在洪武十八年（1385），案中主要人物郭桓为户部侍郎。在这年三月，郭被人揭发，说他伙同北平布政司、按察司官员坐盗官粮。朱元璋十分重视这一案件，下令严刑追赃。根据当时刑审案例汇编《大诰》的记载，户部侍郎郭桓卖放浙西秋粮，应收四百五十万石上仓。但郭桓等实收数目仅为六十万石，钞八十万锭入库，抵二百万石秋粮，这样就与应收数产生了一百九十万石的差额。郭桓等便把它分摊到军卫输粮上去。黄父、沈原等便私吞了这一百九十万石秋粮。郭桓本想把他盗卖的这批秋粮，以填补军卫输粮亏空的名义张榜公布。但这一百九十万石又数目过小，他恐怕浙西人民不信，便虚报了七百万石，以三年戍卫输粮亏空的数目报榜文张贴了出去。假如其余的仓分与十二布政使司相私通同谋盗卖现在的仓粮，按每次均受贿钞五十万贯，每次均盗卖一百九十万石秋粮；再加上如果应征收的各色杂税，鱼盐等项也都存在这种情况，其数目折成精粮来算的话，就会有二千四百余万石。在这个庞大的数字中，还不包括像承运库官员范朝宗偷金银、广惠库官员张裕妄支钞六百万贯的盗用库存宝钞金银的数目。
由以上可以看出，郭桓等人的确侵吞了国家的财产，应该予以严惩。但要是照上述所推，则天下诸司皆犯了贪赃之罪，于是这个案子被扩大化了。朱元璋对贪污行为是深恶痛绝的，对于郭桓这一干人等的非法行径，当然是眼里揉不得沙子的。于是，朱元璋下令，此案必须追查到底，追赃必须追出根底缘由，要顺藤摸瓜，无论是六部、布政使司，还是州、县，或是百姓，只要涉及，就一概缉拿到案。朱元璋还曾就此对臣下说：“在国家开创之际，像这种害民之奸徒，怎么能让他逃脱制裁呢？任何奸臣一定不要放过！”在这种寻根问底、严刑逼供的追赃办法下，六部以及各直省的大部分官吏，全部牵连了进去。因为扩大面非常之广，所以一些富室，特别是江南的一些富室巨甲，也都被牵扯了进来。
整个“郭桓案”下来，郭桓本人于五月被处死，包括礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志等高级官员也被牵连在内，几个部的尚书及侍郎以下的官吏数百人也被全部处死。其他被涉及的各直省官吏，被逮捕判刑处死的达到数万人。凡是被认为窝藏赃物的中产人家，也大抵破产了。
“郭桓案”是一场比“空印案”牵涉面更广的血案。它延续了“空印案”的作用，也达到了“空印案”没有达到的效果。朱元璋通过“郭桓案”，不仅打击、震慑了贪官污吏，而且，他也借此机会打击了地方豪强富甲。因为，这些人平时横行乡里，投机居奇，一旦有一天要是富可敌国的话，便会危害社稷。所以，打击他们是必要的。尤其是江南这些曾经支持过张士诚的富商巨甲，对于他们更是一个也不能留。
朱元璋在明初对贪污问题的治理上，是卓有成效的。他以“宁可错杀一千，也不放过一个”的恐怖做法，对贪官污吏进行整治，使明初清廉之风持续了很长一段时间。在明初，从布政使司到府衙州县，几乎没有能买得起马的官员，只能以毛驴代步，更没有人敢乘轿招摇过市。朱元璋打击贪官污吏的行动，得到了广大百姓空前的拥护，也受到了后世统治者们的赞扬。《明史》的纂修者们，对明初的清廉吏治给予了极高的评价：明太祖整治了自元末以来吏治纵弛的现象。针对民生凋敝，采取了以重典厉刑的整治贪官污吏的做法，使各地官员无不遵守规章制度，守法律己，洁己爱民。明初吏治较元末以来相比，已经焕然一新。
另外，吏治的肃清，客观上也为恢复农业发展、商业发展，起到了很大的推动作用。通过整治贪官污吏，能够保障农民有一个较稳定的耕种环境，不必为鱼肉乡里的地方官吏剥削而担心。在维持自己生计的基础上，能够为再生产作出足够的准备。通过打击贪官污吏和与之相勾结的奸商，也保障了商业的正常发展，为商业发展提供了正常的竞争环境，保证商品流通，为稳定全国经济起了一定作用。肃清吏治，极大地提高了明初政府工作机制的运转效率，上行下效，为后世的发展打下了坚实的经济基础。
经过明初十几年的整顿与发展，其社会经济整体水平已经有了明显上升。尤其是在江南一带，已经恢复到元代时的水平，其综合国力已大大增强。朱元璋惩治贪官的措施，初见成效。
